MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Yersinia pestis biovar Medievalis str. Harbin 35 plasmid pMT

Total Repeats: 269

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017266	AACG	2	8	4	11	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
2	NC_017266	TGG	2	6	1913	1918	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017266	CGT	2	6	1944	1949	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_017266	TGA	2	6	1958	1963	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017266	TA	3	6	1998	2003	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017266	CTAC	2	8	2009	2016	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
7	NC_017266	CCAA	2	8	2706	2713	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
8	NC_017266	AT	3	6	2748	2753	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017266	A	6	6	2913	2918	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017266	ACTT	2	8	5863	5870	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
11	NC_017266	AAAG	2	8	5885	5892	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017266	CTT	2	6	11178	11183	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_017266	ATA	2	6	13299	13304	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017266	AG	3	6	18987	18992	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017266	TA	3	6	19829	19834	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017266	GGC	2	6	22425	22430	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_017266	GCC	2	6	22434	22439	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
18	NC_017266	TTAC	2	8	23167	23174	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
19	NC_017266	TCG	2	6	24516	24521	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_017266	TAGG	2	8	26605	26612	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017266	AAC	2	6	28562	28567	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_017266	TA	3	6	28646	28651	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017266	TAA	2	6	28654	28659	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017266	TA	4	8	28673	28680	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017266	TA	3	6	32137	32142	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017266	TACT	3	12	32145	32156	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
27	NC_017266	ATA	2	6	32157	32162	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017266	TAA	2	6	35067	35072	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017266	TTA	2	6	35087	35092	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017266	AT	3	6	35148	35153	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017266	ATAA	3	12	35330	35341	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017266	ATTTT	2	10	36089	36098	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017266	T	6	6	36095	36100	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017266	TCC	2	6	36351	36356	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
35	NC_017266	A	6	6	37053	37058	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017266	ACCT	2	8	37097	37104	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
37	NC_017266	AAC	2	6	41723	41728	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_017266	ACA	2	6	41733	41738	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_017266	AGA	2	6	41745	41750	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017266	TAAG	2	8	41784	41791	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017266	CGTCA	2	10	41845	41854	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
42	NC_017266	CAG	2	6	41887	41892	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_017266	TAT	2	6	43162	43167	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017266	TCT	2	6	43221	43226	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_017266	ACT	2	6	43231	43236	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_017266	ATT	2	6	44195	44200	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017266	AAT	2	6	44215	44220	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017266	AG	3	6	44230	44235	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017266	AGA	2	6	44243	44248	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017266	AG	3	6	44339	44344	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017266	ATA	2	6	44346	44351	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017266	CT	3	6	44375	44380	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
53	NC_017266	AGG	2	6	44411	44416	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017266	AT	3	6	44478	44483	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017266	GTTT	2	8	44506	44513	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017266	CCA	2	6	44514	44519	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
57	NC_017266	CA	3	6	44518	44523	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
58	NC_017266	AG	3	6	44701	44706	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017266	ACCA	2	8	44731	44738	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
60	NC_017266	AG	3	6	44743	44748	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017266	TGA	2	6	44784	44789	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017266	CCA	2	6	44819	44824	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
63	NC_017266	AG	3	6	45931	45936	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017266	AAC	3	9	46006	46014	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_017266	AATG	2	8	46055	46062	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017266	CT	3	6	46133	46138	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
67	NC_017266	GTT	2	6	46309	46314	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017266	TGAA	2	8	46320	46327	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017266	CT	3	6	46338	46343	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
70	NC_017266	CAC	2	6	46368	46373	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
71	NC_017266	CG	4	8	46445	46452	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
72	NC_017266	TGGT	2	8	46475	46482	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017266	TA	3	6	47229	47234	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017266	TTG	2	6	47537	47542	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017266	TTAT	2	8	47551	47558	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017266	CTT	2	6	48370	48375	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_017266	TTG	2	6	48449	48454	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017266	ATA	2	6	48458	48463	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017266	A	6	6	48471	48476	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017266	ATA	2	6	49577	49582	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017266	AGTA	2	8	49583	49590	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017266	TA	3	6	49593	49598	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017266	CGAG	2	8	53088	53095	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
84	NC_017266	ATA	2	6	53100	53105	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017266	TACT	2	8	53112	53119	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
86	NC_017266	ATC	2	6	53121	53126	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_017266	GAAA	2	8	53610	53617	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017266	GAAG	2	8	53636	53643	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017266	GGGGT	2	10	53651	53660	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017266	TGA	2	6	53669	53674	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017266	GGA	2	6	53780	53785	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017266	TGGGTT	2	12	53848	53859	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017266	CAG	2	6	53861	53866	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_017266	GCTGC	2	10	53892	53901	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
95	NC_017266	CAC	2	6	53929	53934	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
96	NC_017266	A	6	6	54031	54036	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017266	TAG	2	6	54037	54042	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017266	GCC	2	6	54058	54063	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
99	NC_017266	CCG	2	6	54682	54687	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
100	NC_017266	TGG	2	6	58759	58764	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017266	AG	3	6	58822	58827	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017266	TCGT	2	8	60106	60113	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
103	NC_017266	TA	3	6	60125	60130	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017266	AT	3	6	60132	60137	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017266	AGTA	2	8	60148	60155	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017266	TTA	2	6	62562	62567	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017266	TG	3	6	62586	62591	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017266	TAGG	2	8	62642	62649	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017266	GAAA	2	8	63042	63049	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017266	TTA	2	6	63126	63131	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017266	A	7	7	64801	64807	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017266	GCT	2	6	64827	64832	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_017266	TTG	2	6	64833	64838	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017266	GAT	2	6	64849	64854	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017266	CTC	2	6	64871	64876	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
116	NC_017266	GAAA	2	8	64895	64902	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017266	AGGG	2	8	64912	64919	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017266	ATT	2	6	64936	64941	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017266	TAA	2	6	64946	64951	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017266	A	6	6	64950	64955	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017266	AAC	2	6	64966	64971	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_017266	AAT	2	6	64986	64991	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017266	AAT	2	6	65007	65012	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017266	A	7	7	65076	65082	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017266	ATA	2	6	65093	65098	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017266	TAT	2	6	65151	65156	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017266	CT	3	6	65168	65173	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
128	NC_017266	TAT	2	6	65191	65196	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017266	AGG	2	6	65335	65340	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017266	ATA	2	6	65343	65348	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017266	CCT	2	6	65351	65356	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
132	NC_017266	TAT	2	6	65362	65367	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017266	AAT	2	6	65905	65910	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017266	AG	3	6	65932	65937	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017266	CCT	2	6	69281	69286	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
136	NC_017266	ACA	2	6	69299	69304	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
137	NC_017266	CAT	2	6	69322	69327	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_017266	CGA	2	6	69335	69340	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_017266	TTTA	2	8	69411	69418	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017266	CA	3	6	69425	69430	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
141	NC_017266	CTTG	2	8	69455	69462	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
142	NC_017266	TAT	2	6	69575	69580	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017266	A	6	6	70610	70615	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017266	AGCC	2	8	70648	70655	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
145	NC_017266	CGC	2	6	70665	70670	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
146	NC_017266	GCTG	2	8	70730	70737	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
147	NC_017266	GAT	2	6	70745	70750	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
148	NC_017266	GGAAT	2	10	70751	70760	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
149	NC_017266	AACC	2	8	70766	70773	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
150	NC_017266	GTG	2	6	70807	70812	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.