MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Yersinia pestis biovar Medievalis str. Harbin 35 plasmid pPCP

Total Repeats: 86

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017264	AACG	2	8	4	11	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
2	NC_017264	TGG	2	6	1903	1908	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017264	CGT	2	6	1934	1939	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_017264	TGA	2	6	1948	1953	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017264	T	6	6	2005	2010	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017264	CAG	2	6	2086	2091	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_017264	ACA	2	6	2106	2111	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_017264	A	6	6	2122	2127	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017264	AC	3	6	2201	2206	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
10	NC_017264	GAT	2	6	2231	2236	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017264	T	6	6	2363	2368	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017264	GTT	2	6	2371	2376	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017264	T	6	6	2375	2380	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017264	GTC	2	6	2389	2394	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_017264	GACGG	2	10	2493	2502	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
16	NC_017264	A	6	6	2516	2521	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017264	TGT	2	6	2526	2531	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017264	TCAG	2	8	2534	2541	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
19	NC_017264	ACAG	2	8	2549	2556	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
20	NC_017264	T	7	7	2642	2648	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017264	T	6	6	2695	2700	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017264	TAC	2	6	2711	2716	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_017264	A	7	7	2736	2742	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017264	AAT	2	6	2789	2794	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017264	GCG	2	6	3398	3403	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_017264	CTCA	2	8	3415	3422	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
27	NC_017264	CA	3	6	3443	3448	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
28	NC_017264	C	6	6	3619	3624	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
29	NC_017264	TG	3	6	3772	3777	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017264	C	6	6	3784	3789	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
31	NC_017264	GCA	2	6	3868	3873	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_017264	TTGAAG	2	12	3915	3926	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017264	T	6	6	4051	4056	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017264	GCA	2	6	4066	4071	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_017264	A	7	7	4084	4090	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017264	AAG	2	6	4098	4103	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017264	CAG	2	6	4145	4150	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_017264	ATG	2	6	4157	4162	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017264	TGC	2	6	4178	4183	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_017264	TGTA	2	8	4208	4215	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017264	T	8	8	4254	4261	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017264	ATT	2	6	4299	4304	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017264	ATTT	2	8	4312	4319	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017264	ATT	2	6	4784	4789	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017264	A	7	7	5900	5906	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017264	A	9	9	5916	5924	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017264	TAA	2	6	5958	5963	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017264	CGC	2	6	5969	5974	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
49	NC_017264	AAT	2	6	5990	5995	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017264	GAC	2	6	6537	6542	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_017264	ATT	2	6	6559	6564	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017264	ATT	2	6	6580	6585	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017264	ATA	2	6	6614	6619	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017264	AG	3	6	6635	6640	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017264	TC	3	6	7609	7614	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
56	NC_017264	TCC	2	6	7621	7626	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
57	NC_017264	GGA	2	6	7635	7640	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017264	AGG	2	6	7652	7657	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017264	TG	3	6	7681	7686	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017264	TGT	2	6	7727	7732	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017264	CAC	2	6	8526	8531	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
62	NC_017264	ACAG	2	8	8559	8566	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
63	NC_017264	CAA	2	6	8577	8582	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_017264	CCG	2	6	8596	8601	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
65	NC_017264	ACGA	2	8	8656	8663	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
66	NC_017264	TGCC	2	8	8666	8673	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
67	NC_017264	T	6	6	8694	8699	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017264	TGG	2	6	8707	8712	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017264	TCAGAC	2	12	8839	8850	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_017264	CAG	2	6	8856	8861	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_017264	CTGT	2	8	8939	8946	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
72	NC_017264	CAA	2	6	9011	9016	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_017264	TGC	2	6	9062	9067	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_017264	A	8	8	9068	9075	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017264	AAT	2	6	9179	9184	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017264	ACAA	2	8	9196	9203	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
77	NC_017264	T	6	6	9210	9215	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017264	T	7	7	9223	9229	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017264	TAAT	2	8	9253	9260	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017264	T	7	7	9345	9351	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017264	CCT	2	6	9366	9371	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
82	NC_017264	CCA	2	6	9396	9401	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
83	NC_017264	A	6	6	9405	9410	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017264	AGG	2	6	9420	9425	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017264	A	6	6	9530	9535	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017264	ATA	2	6	9561	9566	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.