MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Yersinia pestis A1122 plasmid unnamed

Total Repeats: 292

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017169	AG	3	6	20	25	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017169	CAA	2	6	84	89	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_017169	CGC	2	6	105	110	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
4	NC_017169	GCAG	2	8	147	154	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
5	NC_017169	TGCT	2	8	159	166	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
6	NC_017169	GGC	2	6	231	236	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_017169	CAT	2	6	247	252	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_017169	GCA	2	6	282	287	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_017169	CAT	2	6	319	324	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_017169	TCG	2	6	365	370	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_017169	TCT	2	6	408	413	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_017169	TCG	2	6	416	421	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_017169	TGG	3	9	459	467	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017169	GCG	2	6	487	492	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_017169	GTT	2	6	544	549	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017169	CGAT	2	8	764	771	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
17	NC_017169	GTT	2	6	802	807	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017169	TCA	2	6	824	829	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_017169	TAGG	2	8	3319	3326	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017169	AAC	2	6	5276	5281	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_017169	TA	3	6	5360	5365	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017169	TAA	2	6	5368	5373	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017169	TA	4	8	5387	5394	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017169	TA	3	6	8851	8856	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017169	TACT	3	12	8859	8870	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
26	NC_017169	ATA	2	6	8871	8876	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017169	TAA	2	6	11781	11786	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017169	TTA	2	6	11801	11806	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017169	AT	3	6	11862	11867	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017169	ATTT	2	8	11891	11898	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017169	GAA	2	6	11951	11956	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017169	T	7	7	11959	11965	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017169	A	6	6	11976	11981	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017169	ATAA	3	12	12042	12053	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017169	ATTTT	2	10	12801	12810	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017169	T	6	6	12807	12812	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017169	T	6	6	13079	13084	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017169	TTG	2	6	13116	13121	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017169	T	6	6	13127	13132	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017169	TG	3	6	13201	13206	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017169	A	6	6	13232	13237	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017169	TGTCG	2	10	13272	13281	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
43	NC_017169	CCG	2	6	13565	13570	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
44	NC_017169	CT	3	6	13616	13621	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
45	NC_017169	TGG	2	6	13651	13656	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017169	AAAG	2	8	13661	13668	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017169	CCCCT	2	10	13681	13690	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
48	NC_017169	TTG	2	6	14204	14209	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017169	TGG	2	6	14261	14266	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017169	GTT	2	6	14285	14290	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017169	GGTG	2	8	14310	14317	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017169	CCA	2	6	14354	14359	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
53	NC_017169	TCC	2	6	14669	14674	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
54	NC_017169	TTG	2	6	14696	14701	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017169	A	6	6	14729	14734	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017169	TAA	2	6	14752	14757	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017169	TCC	2	6	14761	14766	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
58	NC_017169	TTG	2	6	15340	15345	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017169	A	6	6	15463	15468	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017169	ACCT	2	8	15507	15514	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
61	NC_017169	TCT	2	6	18942	18947	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_017169	AAC	2	6	20133	20138	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_017169	ACA	2	6	20143	20148	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_017169	AGA	2	6	20155	20160	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017169	TAAG	2	8	20194	20201	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017169	TAT	2	6	20433	20438	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017169	T	7	7	20448	20454	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017169	TAT	2	6	21572	21577	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017169	TCT	2	6	21631	21636	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_017169	ACT	2	6	21641	21646	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_017169	ATT	2	6	22605	22610	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017169	AAT	2	6	22625	22630	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017169	AG	3	6	22640	22645	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017169	AGA	2	6	22653	22658	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017169	AG	3	6	22749	22754	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017169	ATA	2	6	22756	22761	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017169	CT	3	6	22785	22790	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
78	NC_017169	AGG	2	6	22821	22826	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017169	AT	3	6	22888	22893	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017169	GTTT	2	8	22916	22923	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017169	CCA	2	6	22924	22929	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
82	NC_017169	CA	3	6	22928	22933	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
83	NC_017169	AG	3	6	23111	23116	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017169	ACCA	2	8	23141	23148	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
85	NC_017169	AG	3	6	23153	23158	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017169	TGA	2	6	23194	23199	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017169	CCA	2	6	23229	23234	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
88	NC_017169	AG	3	6	24341	24346	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017169	AAC	3	9	24416	24424	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_017169	AATG	2	8	24465	24472	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017169	CT	3	6	24543	24548	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
92	NC_017169	GTT	2	6	24719	24724	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017169	TGAA	2	8	24730	24737	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017169	CT	3	6	24748	24753	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
95	NC_017169	CAC	2	6	24778	24783	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
96	NC_017169	CG	4	8	24855	24862	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
97	NC_017169	TGGT	2	8	24885	24892	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017169	TA	3	6	25639	25644	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017169	TTG	2	6	25947	25952	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017169	TTAT	2	8	25961	25968	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017169	CTT	2	6	26780	26785	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_017169	TTG	2	6	26859	26864	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017169	ATA	2	6	26868	26873	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017169	A	6	6	26881	26886	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017169	ATA	2	6	27987	27992	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017169	AGTA	2	8	27993	28000	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017169	TA	3	6	28003	28008	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017169	CGAG	2	8	31498	31505	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
109	NC_017169	ATA	2	6	31510	31515	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017169	TACT	2	8	31522	31529	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
111	NC_017169	ATC	2	6	31531	31536	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_017169	GAAA	2	8	32020	32027	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017169	GAAG	2	8	32046	32053	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017169	GGGGT	2	10	32061	32070	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017169	TGA	2	6	32079	32084	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017169	GGA	2	6	32190	32195	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017169	GCC	2	6	32468	32473	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
118	NC_017169	CCG	2	6	33092	33097	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
119	NC_017169	CGTT	2	8	35987	35994	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
120	NC_017169	GCC	2	6	36001	36006	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
121	NC_017169	CA	3	6	36012	36017	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
122	NC_017169	GGC	2	6	36020	36025	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_017169	TGA	2	6	38066	38071	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017169	CTC	2	6	38352	38357	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
125	NC_017169	CGC	2	6	38408	38413	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
126	NC_017169	ACG	2	6	38574	38579	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_017169	CG	3	6	38583	38588	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
128	NC_017169	GAA	2	6	38610	38615	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017169	GCA	2	6	38621	38626	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_017169	CCG	2	6	38630	38635	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
131	NC_017169	GCG	2	6	38647	38652	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_017169	GAA	2	6	38795	38800	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017169	GACAG	2	10	38806	38815	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
134	NC_017169	ACC	2	6	38932	38937	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
135	NC_017169	GCG	2	6	38978	38983	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_017169	GGCA	2	8	38993	39000	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
137	NC_017169	GC	3	6	39018	39023	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
138	NC_017169	GGC	2	6	39033	39038	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_017169	A	6	6	39567	39572	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017169	TCC	2	6	39573	39578	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
141	NC_017169	TGT	2	6	39587	39592	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017169	CGACA	2	10	39616	39625	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
143	NC_017169	AGCG	2	8	39705	39712	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
144	NC_017169	ACG	2	6	39729	39734	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
145	NC_017169	GAA	2	6	39736	39741	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017169	TAGAG	2	10	39821	39830	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017169	AAC	2	6	39881	39886	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
148	NC_017169	GGA	2	6	39889	39894	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
149	NC_017169	GCC	3	9	39944	39952	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
150	NC_017169	CTG	2	6	39955	39960	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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292	NC_017169	GCG	2	6	96200	96205	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.