MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Yersinia pestis D182038 plasmid pPCP1

Total Repeats: 90

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017159	AACG	2	8	4	11	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
2	NC_017159	TGG	2	6	1911	1916	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017159	CGT	2	6	1942	1947	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_017159	TGA	2	6	1956	1961	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017159	T	6	6	2013	2018	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017159	CAG	2	6	2094	2099	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_017159	ACA	2	6	2114	2119	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_017159	A	6	6	2130	2135	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017159	AC	3	6	2209	2214	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
10	NC_017159	GAT	2	6	2239	2244	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017159	T	6	6	2371	2376	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017159	GTT	2	6	2379	2384	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017159	T	6	6	2383	2388	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017159	GTC	2	6	2397	2402	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_017159	GACGG	2	10	2501	2510	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
16	NC_017159	A	6	6	2524	2529	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017159	TGT	2	6	2534	2539	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017159	TCAG	2	8	2542	2549	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
19	NC_017159	ACAG	2	8	2557	2564	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
20	NC_017159	T	7	7	2650	2656	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017159	T	6	6	2703	2708	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017159	TAC	2	6	2719	2724	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_017159	A	7	7	2744	2750	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017159	AAT	2	6	2797	2802	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017159	AACA	2	8	2926	2933	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
26	NC_017159	ACA	3	9	2931	2939	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_017159	CGA	2	6	3015	3020	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_017159	GGC	2	6	3024	3029	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_017159	TG	3	6	3032	3037	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017159	GAA	2	6	3058	3063	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017159	GCG	2	6	3406	3411	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_017159	CTCA	2	8	3423	3430	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
33	NC_017159	CA	3	6	3451	3456	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
34	NC_017159	GCA	2	6	3876	3881	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_017159	TTGAAG	2	12	3923	3934	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017159	T	6	6	4059	4064	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017159	GCA	2	6	4074	4079	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_017159	A	7	7	4092	4098	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017159	AAG	2	6	4106	4111	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017159	CAG	2	6	4153	4158	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_017159	ATG	2	6	4165	4170	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017159	TGC	2	6	4186	4191	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_017159	TGTA	2	8	4216	4223	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017159	T	8	8	4262	4269	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017159	ATT	2	6	4307	4312	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017159	ATTT	2	8	4320	4327	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017159	ATT	2	6	4792	4797	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017159	A	8	8	5908	5915	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017159	A	8	8	5925	5932	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017159	TAA	2	6	5966	5971	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017159	CGC	2	6	5977	5982	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
52	NC_017159	AAT	2	6	5998	6003	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017159	GAC	2	6	6545	6550	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_017159	ATT	2	6	6567	6572	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017159	ATT	2	6	6588	6593	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017159	ATA	2	6	6622	6627	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017159	AG	3	6	6643	6648	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017159	TC	3	6	7617	7622	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
59	NC_017159	TCC	2	6	7629	7634	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
60	NC_017159	GGA	2	6	7643	7648	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017159	AGG	2	6	7660	7665	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017159	TG	3	6	7689	7694	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017159	TGT	2	6	7735	7740	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017159	CAC	2	6	8534	8539	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
65	NC_017159	ACAG	2	8	8567	8574	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
66	NC_017159	CAA	2	6	8585	8590	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_017159	CCG	2	6	8604	8609	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
68	NC_017159	ACGA	2	8	8664	8671	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
69	NC_017159	TGCC	2	8	8674	8681	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
70	NC_017159	T	6	6	8702	8707	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017159	TGG	2	6	8715	8720	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017159	CAA	2	6	8799	8804	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_017159	TCAGAC	2	12	8847	8858	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_017159	CAG	2	6	8864	8869	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_017159	CTGT	2	8	8947	8954	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
76	NC_017159	CAA	2	6	9019	9024	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_017159	TGC	2	6	9070	9075	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_017159	A	8	8	9076	9083	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017159	AAT	2	6	9187	9192	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017159	ACAA	2	8	9204	9211	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
81	NC_017159	T	6	6	9218	9223	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017159	T	7	7	9231	9237	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017159	TAAT	2	8	9261	9268	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017159	T	7	7	9353	9359	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017159	CCT	2	6	9374	9379	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
86	NC_017159	CCA	2	6	9404	9409	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
87	NC_017159	A	6	6	9413	9418	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017159	AGG	2	6	9428	9433	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017159	A	6	6	9538	9543	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017159	ATA	2	6	9569	9574	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.