MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Yersinia pestis Antiqua plasmid pPCP

Total Repeats: 125

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008121	AACG	2	8	10	17	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
2	NC_008121	TGG	2	6	1919	1924	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_008121	CGT	2	6	1950	1955	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_008121	TGA	2	6	1964	1969	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_008121	T	6	6	2021	2026	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_008121	CAG	2	6	2102	2107	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_008121	ACA	2	6	2122	2127	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_008121	A	6	6	2138	2143	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_008121	AC	3	6	2217	2222	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
10	NC_008121	GAT	2	6	2247	2252	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_008121	T	6	6	2379	2384	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_008121	GTT	2	6	2387	2392	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13	NC_008121	T	6	6	2391	2396	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_008121	GTC	2	6	2405	2410	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_008121	GACGG	2	10	2509	2518	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
16	NC_008121	A	6	6	2532	2537	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_008121	TGT	2	6	2542	2547	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
18	NC_008121	TCAG	2	8	2550	2557	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
19	NC_008121	ACAG	2	8	2565	2572	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
20	NC_008121	T	7	7	2658	2664	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_008121	T	6	6	2711	2716	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_008121	TAC	2	6	2727	2732	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_008121	A	7	7	2752	2758	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_008121	AAT	2	6	2805	2810	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_008121	TGA	2	6	3131	3136	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
26	NC_008121	T	6	6	3188	3193	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_008121	CAG	2	6	3269	3274	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_008121	ACA	2	6	3289	3294	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_008121	A	6	6	3305	3310	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_008121	AC	3	6	3384	3389	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
31	NC_008121	GAT	2	6	3414	3419	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
32	NC_008121	T	6	6	3546	3551	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_008121	GTT	2	6	3554	3559	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
34	NC_008121	T	6	6	3558	3563	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_008121	GTC	2	6	3572	3577	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_008121	GACGG	2	10	3676	3685	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
37	NC_008121	A	6	6	3699	3704	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_008121	TGT	2	6	3709	3714	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_008121	TCAG	2	8	3717	3724	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
40	NC_008121	ACAG	2	8	3732	3739	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
41	NC_008121	T	7	7	3825	3831	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_008121	T	6	6	3878	3883	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_008121	TAC	2	6	3894	3899	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_008121	A	7	7	3919	3925	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_008121	AAT	2	6	3972	3977	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_008121	GCG	2	6	4581	4586	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_008121	CTCA	2	8	4598	4605	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
48	NC_008121	CA	3	6	4626	4631	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
49	NC_008121	A	6	6	4665	4670	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_008121	C	6	6	4721	4726	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
51	NC_008121	C	6	6	4802	4807	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
52	NC_008121	TG	3	6	4955	4960	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
53	NC_008121	C	6	6	4967	4972	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
54	NC_008121	GCA	2	6	5051	5056	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_008121	TTGAAG	2	12	5098	5109	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
56	NC_008121	T	6	6	5234	5239	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_008121	GCA	2	6	5249	5254	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_008121	A	7	7	5267	5273	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_008121	AAG	2	6	5281	5286	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
60	NC_008121	CAG	2	6	5328	5333	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_008121	ATG	2	6	5340	5345	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
62	NC_008121	TGC	2	6	5361	5366	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_008121	TGTA	2	8	5391	5398	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
64	NC_008121	T	8	8	5437	5444	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_008121	ATT	2	6	5482	5487	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_008121	ATTT	2	8	5495	5502	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_008121	ATC	2	6	5566	5571	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_008121	A	7	7	5586	5592	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_008121	A	6	6	5723	5728	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_008121	GAT	2	6	5761	5766	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
71	NC_008121	AG	3	6	5790	5795	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
72	NC_008121	CTGT	2	8	5805	5812	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
73	NC_008121	TC	3	6	5823	5828	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
74	NC_008121	TAA	2	6	5829	5834	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_008121	A	7	7	5872	5878	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_008121	TAG	2	6	5898	5903	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_008121	GAAA	2	8	5905	5912	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
78	NC_008121	TAT	2	6	5942	5947	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_008121	ATT	2	6	5967	5972	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_008121	A	8	8	7083	7090	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_008121	A	8	8	7100	7107	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_008121	TAA	2	6	7141	7146	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_008121	CGC	2	6	7152	7157	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
84	NC_008121	AAT	2	6	7173	7178	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_008121	GGAAG	2	10	7223	7232	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
86	NC_008121	GCA	2	6	7237	7242	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_008121	A	7	7	7268	7274	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_008121	GAC	2	6	7720	7725	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_008121	ATT	2	6	7742	7747	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_008121	ATT	2	6	7763	7768	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_008121	ATA	2	6	7797	7802	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_008121	AG	3	6	7818	7823	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
93	NC_008121	TC	3	6	8792	8797	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
94	NC_008121	TCC	2	6	8804	8809	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
95	NC_008121	GGA	2	6	8818	8823	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
96	NC_008121	AGG	2	6	8835	8840	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
97	NC_008121	TG	3	6	8864	8869	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
98	NC_008121	TGT	2	6	8910	8915	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
99	NC_008121	CAC	2	6	9709	9714	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
100	NC_008121	ACAG	2	8	9742	9749	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
101	NC_008121	CAA	2	6	9760	9765	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_008121	CCG	2	6	9779	9784	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
103	NC_008121	ACGA	2	8	9839	9846	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
104	NC_008121	TGCC	2	8	9849	9856	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
105	NC_008121	T	6	6	9877	9882	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_008121	TGG	2	6	9890	9895	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
107	NC_008121	CAA	2	6	9974	9979	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_008121	TCAGAC	2	12	10022	10033	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_008121	CAG	2	6	10039	10044	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_008121	CTGT	2	8	10122	10129	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
111	NC_008121	CAA	2	6	10194	10199	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_008121	TGC	2	6	10245	10250	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_008121	A	8	8	10251	10258	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_008121	AAT	2	6	10362	10367	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_008121	ACAA	2	8	10379	10386	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
116	NC_008121	T	6	6	10393	10398	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_008121	T	7	7	10406	10412	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_008121	TAAT	2	8	10436	10443	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_008121	T	7	7	10528	10534	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_008121	CCT	2	6	10549	10554	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
121	NC_008121	CCA	2	6	10579	10584	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
122	NC_008121	A	6	6	10588	10593	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_008121	AGG	2	6	10603	10608	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
124	NC_008121	A	6	6	10713	10718	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_008121	ATA	2	6	10744	10749	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.