MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Yersinia pestis Nepal516 plasmid pPCP

Total Repeats: 124

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008119	TGG	2	6	1907	1912	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_008119	CGT	2	6	1938	1943	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_008119	TGA	2	6	1952	1957	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4	NC_008119	T	6	6	2009	2014	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_008119	CAG	2	6	2090	2095	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_008119	ACA	2	6	2110	2115	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_008119	A	6	6	2126	2131	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_008119	AC	3	6	2205	2210	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
9	NC_008119	GAT	2	6	2235	2240	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10	NC_008119	T	6	6	2367	2372	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_008119	GTT	2	6	2375	2380	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_008119	T	6	6	2379	2384	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_008119	GTC	2	6	2393	2398	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_008119	GACGG	2	10	2497	2506	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
15	NC_008119	A	6	6	2520	2525	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_008119	TGT	2	6	2530	2535	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
17	NC_008119	TCAG	2	8	2538	2545	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
18	NC_008119	ACAG	2	8	2553	2560	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
19	NC_008119	T	7	7	2646	2652	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_008119	T	6	6	2699	2704	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_008119	TAC	2	6	2715	2720	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_008119	A	7	7	2740	2746	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_008119	AAT	2	6	2793	2798	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_008119	TGA	2	6	3119	3124	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
25	NC_008119	T	6	6	3176	3181	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_008119	CAG	2	6	3257	3262	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_008119	ACA	2	6	3277	3282	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_008119	A	6	6	3293	3298	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_008119	AC	3	6	3372	3377	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
30	NC_008119	GAT	2	6	3402	3407	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
31	NC_008119	T	6	6	3534	3539	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_008119	GTT	2	6	3542	3547	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
33	NC_008119	T	6	6	3546	3551	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_008119	GTC	2	6	3560	3565	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_008119	GACGG	2	10	3664	3673	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
36	NC_008119	A	6	6	3687	3692	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_008119	TGT	2	6	3697	3702	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
38	NC_008119	TCAG	2	8	3705	3712	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
39	NC_008119	ACAG	2	8	3720	3727	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
40	NC_008119	T	7	7	3813	3819	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_008119	T	6	6	3866	3871	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_008119	TAC	2	6	3882	3887	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_008119	A	7	7	3907	3913	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_008119	AAT	2	6	3960	3965	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_008119	GCG	2	6	4569	4574	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_008119	CTCA	2	8	4586	4593	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
47	NC_008119	CA	3	6	4614	4619	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
48	NC_008119	A	6	6	4653	4658	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_008119	C	6	6	4709	4714	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
50	NC_008119	C	6	6	4790	4795	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
51	NC_008119	TG	3	6	4943	4948	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
52	NC_008119	C	6	6	4955	4960	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
53	NC_008119	GCA	2	6	5039	5044	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_008119	TTGAAG	2	12	5086	5097	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
55	NC_008119	T	6	6	5222	5227	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_008119	GCA	2	6	5237	5242	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_008119	A	7	7	5255	5261	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_008119	AAG	2	6	5269	5274	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
59	NC_008119	CAG	2	6	5316	5321	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_008119	ATG	2	6	5328	5333	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
61	NC_008119	TGC	2	6	5349	5354	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_008119	TGTA	2	8	5379	5386	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
63	NC_008119	T	8	8	5425	5432	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_008119	ATT	2	6	5470	5475	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_008119	ATTT	2	8	5483	5490	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_008119	ATC	2	6	5554	5559	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_008119	A	7	7	5574	5580	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_008119	A	6	6	5711	5716	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_008119	GAT	2	6	5749	5754	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
70	NC_008119	AG	3	6	5778	5783	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
71	NC_008119	CTGT	2	8	5793	5800	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
72	NC_008119	TC	3	6	5811	5816	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
73	NC_008119	TAA	2	6	5817	5822	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_008119	A	7	7	5860	5866	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_008119	TAG	2	6	5886	5891	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
76	NC_008119	GAAA	2	8	5893	5900	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
77	NC_008119	TAT	2	6	5930	5935	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_008119	ATT	2	6	5955	5960	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_008119	A	8	8	7071	7078	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_008119	A	9	9	7088	7096	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_008119	TAA	2	6	7130	7135	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_008119	CGC	2	6	7141	7146	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
83	NC_008119	AAT	2	6	7162	7167	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_008119	GGAAG	2	10	7212	7221	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
85	NC_008119	GCA	2	6	7226	7231	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_008119	A	7	7	7257	7263	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_008119	GAC	2	6	7709	7714	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_008119	ATT	2	6	7731	7736	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_008119	ATT	2	6	7752	7757	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_008119	ATA	2	6	7786	7791	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_008119	AG	3	6	7807	7812	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
92	NC_008119	TC	3	6	8781	8786	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
93	NC_008119	TCC	2	6	8793	8798	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
94	NC_008119	GGA	2	6	8807	8812	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
95	NC_008119	AGG	2	6	8824	8829	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
96	NC_008119	TG	3	6	8853	8858	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
97	NC_008119	TGT	2	6	8899	8904	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
98	NC_008119	CAC	2	6	9698	9703	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
99	NC_008119	ACAG	2	8	9731	9738	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
100	NC_008119	CAA	2	6	9749	9754	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_008119	CCG	2	6	9768	9773	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
102	NC_008119	ACGA	2	8	9828	9835	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
103	NC_008119	TGCC	2	8	9838	9845	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
104	NC_008119	T	6	6	9866	9871	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_008119	TGG	2	6	9879	9884	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
106	NC_008119	CAA	2	6	9963	9968	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_008119	TCAGAC	2	12	10011	10022	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_008119	CAG	2	6	10028	10033	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_008119	CTGT	2	8	10111	10118	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
110	NC_008119	CAA	2	6	10183	10188	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_008119	TGC	2	6	10234	10239	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_008119	A	8	8	10240	10247	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_008119	AAT	2	6	10351	10356	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_008119	ACAA	2	8	10368	10375	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
115	NC_008119	T	6	6	10382	10387	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_008119	T	7	7	10395	10401	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_008119	TAAT	2	8	10425	10432	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_008119	T	7	7	10517	10523	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_008119	CCT	2	6	10538	10543	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
120	NC_008119	CCA	2	6	10568	10573	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
121	NC_008119	A	6	6	10577	10582	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_008119	AGG	2	6	10592	10597	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
123	NC_008119	A	6	6	10702	10707	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_008119	ATA	2	6	10733	10738	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.