MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Yersinia pestis D182038 plasmid pPCP1

Total Repeats: 102

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017159	GCC	2	6	213	218	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384124310
2	NC_017159	CGC	2	6	227	232	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384124310
3	NC_017159	CTG	2	6	236	241	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384124310
4	NC_017159	TCGC	2	8	326	333	0 %	25 %	25 %	50 %	384124310
5	NC_017159	CATT	2	8	380	387	25 %	50 %	0 %	25 %	384124310
6	NC_017159	TC	4	8	391	398	0 %	50 %	0 %	50 %	384124310
7	NC_017159	CAGGAG	2	12	406	417	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	384124310
8	NC_017159	GTTCG	2	10	424	433	0 %	40 %	40 %	20 %	384124310
9	NC_017159	GAC	2	6	446	451	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384124310
10	NC_017159	CTT	2	6	603	608	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384124310
11	NC_017159	TGG	2	6	609	614	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384124310
12	NC_017159	CG	3	6	620	625	0 %	0 %	50 %	50 %	384124310
13	NC_017159	TC	3	6	734	739	0 %	50 %	0 %	50 %	384124310
14	NC_017159	AAGGT	2	10	773	782	40 %	20 %	40 %	0 %	384124310
15	NC_017159	GCTG	2	8	893	900	0 %	25 %	50 %	25 %	384124310
16	NC_017159	AGC	2	6	968	973	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384124310
17	NC_017159	A	6	6	1000	1005	100 %	0 %	0 %	0 %	384124310
18	NC_017159	TGA	2	6	1023	1028	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384124310
19	NC_017159	CAT	2	6	1060	1065	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384124310
20	NC_017159	TGA	2	6	1105	1110	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384124310
21	NC_017159	AGCGC	2	10	1173	1182	20 %	0 %	40 %	40 %	384124311
22	NC_017159	GAA	2	6	1251	1256	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384124311
23	NC_017159	TCA	2	6	1268	1273	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384124311
24	NC_017159	CGG	2	6	1312	1317	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384124311
25	NC_017159	CTCA	2	8	1388	1395	25 %	25 %	0 %	50 %	384124311
26	NC_017159	CAG	3	9	1516	1524	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384124311
27	NC_017159	ACG	2	6	1572	1577	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384124311
28	NC_017159	C	6	6	1597	1602	0 %	0 %	0 %	100 %	384124311
29	NC_017159	TCA	2	6	1609	1614	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384124311
30	NC_017159	TGA	2	6	1616	1621	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384124311
31	NC_017159	TCAG	2	8	1639	1646	25 %	25 %	25 %	25 %	384124311
32	NC_017159	GAA	2	6	1647	1652	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384124311
33	NC_017159	TTC	2	6	1662	1667	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384124311
34	NC_017159	GCA	2	6	1758	1763	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384124311
35	NC_017159	TCAAA	2	10	1811	1820	60 %	20 %	0 %	20 %	384124311
36	NC_017159	CAGA	2	8	1838	1845	50 %	0 %	25 %	25 %	384124311
37	NC_017159	A	6	6	3490	3495	100 %	0 %	0 %	0 %	384124312
38	NC_017159	C	6	6	3546	3551	0 %	0 %	0 %	100 %	384124312
39	NC_017159	C	6	6	3627	3632	0 %	0 %	0 %	100 %	384124312
40	NC_017159	TG	3	6	3780	3785	0 %	50 %	50 %	0 %	384124312
41	NC_017159	C	6	6	3792	3797	0 %	0 %	0 %	100 %	384124312
42	NC_017159	ATC	2	6	4391	4396	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384124313
43	NC_017159	A	7	7	4411	4417	100 %	0 %	0 %	0 %	384124313
44	NC_017159	A	6	6	4548	4553	100 %	0 %	0 %	0 %	384124313
45	NC_017159	GAT	2	6	4586	4591	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384124313
46	NC_017159	AG	3	6	4615	4620	50 %	0 %	50 %	0 %	384124313
47	NC_017159	CTGT	2	8	4630	4637	0 %	50 %	25 %	25 %	384124313
48	NC_017159	TC	3	6	4648	4653	0 %	50 %	0 %	50 %	384124313
49	NC_017159	TAA	2	6	4654	4659	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384124313
50	NC_017159	A	7	7	4697	4703	100 %	0 %	0 %	0 %	384124313
51	NC_017159	TAG	2	6	4723	4728	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384124313
52	NC_017159	GAAA	2	8	4730	4737	75 %	0 %	25 %	0 %	384124313
53	NC_017159	TAT	2	6	4767	4772	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384124313
54	NC_017159	CAA	2	6	4887	4892	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384124314
55	NC_017159	TAT	2	6	4893	4898	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384124314
56	NC_017159	CCT	2	6	5169	5174	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384124314
57	NC_017159	ATA	2	6	5188	5193	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384124314
58	NC_017159	CTA	2	6	5312	5317	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384124314
59	NC_017159	CAA	2	6	5385	5390	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384124314
60	NC_017159	ACG	2	6	5401	5406	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384124314
61	NC_017159	TTA	2	6	5480	5485	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384124314
62	NC_017159	TCTT	2	8	5504	5511	0 %	75 %	0 %	25 %	384124314
63	NC_017159	ACC	2	6	5851	5856	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384124314
64	NC_017159	GGAAG	2	10	6048	6057	40 %	0 %	60 %	0 %	384124315
65	NC_017159	GCA	2	6	6062	6067	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384124315
66	NC_017159	A	7	7	6093	6099	100 %	0 %	0 %	0 %	384124315
67	NC_017159	CAAAA	2	10	6120	6129	80 %	0 %	0 %	20 %	384124315
68	NC_017159	CTG	2	6	6166	6171	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384124315
69	NC_017159	GAA	2	6	6196	6201	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384124315
70	NC_017159	AC	3	6	6236	6241	50 %	0 %	0 %	50 %	384124315
71	NC_017159	A	7	7	6363	6369	100 %	0 %	0 %	0 %	384124315
72	NC_017159	GAA	2	6	6665	6670	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384124316
73	NC_017159	GCA	2	6	6720	6725	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384124316
74	NC_017159	AT	3	6	6745	6750	50 %	50 %	0 %	0 %	384124316
75	NC_017159	GAA	2	6	6832	6837	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384124316
76	NC_017159	AT	3	6	6889	6894	50 %	50 %	0 %	0 %	384124316
77	NC_017159	ATGA	2	8	6984	6991	50 %	25 %	25 %	0 %	384124316
78	NC_017159	AATC	2	8	6993	7000	50 %	25 %	0 %	25 %	384124316
79	NC_017159	CTCAT	2	10	7016	7025	20 %	40 %	0 %	40 %	384124316
80	NC_017159	CAG	2	6	7114	7119	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384124316
81	NC_017159	GGT	2	6	7155	7160	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384124316
82	NC_017159	TAA	2	6	7172	7177	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384124316
83	NC_017159	AT	3	6	7247	7252	50 %	50 %	0 %	0 %	384124316
84	NC_017159	ATT	2	6	7298	7303	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384124316
85	NC_017159	ATG	2	6	7336	7341	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384124316
86	NC_017159	GA	3	6	7352	7357	50 %	0 %	50 %	0 %	384124316
87	NC_017159	TTA	2	6	7391	7396	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384124316
88	NC_017159	TACA	2	8	7457	7464	50 %	25 %	0 %	25 %	384124316
89	NC_017159	ATG	2	6	7471	7476	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384124316
90	NC_017159	AGG	2	6	7484	7489	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384124316
91	NC_017159	TGC	2	6	7541	7546	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384124316
92	NC_017159	CGG	2	6	7576	7581	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384124316
93	NC_017159	TCCT	2	8	7808	7815	0 %	50 %	0 %	50 %	384124317
94	NC_017159	GCT	2	6	7901	7906	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384124317
95	NC_017159	CTG	2	6	7919	7924	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384124317
96	NC_017159	TTC	2	6	7974	7979	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384124317
97	NC_017159	CAT	2	6	7983	7988	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384124317
98	NC_017159	ATC	2	6	8008	8013	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384124317
99	NC_017159	GT	3	6	8101	8106	0 %	50 %	50 %	0 %	384124318
100	NC_017159	CGA	2	6	8202	8207	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384124318
101	NC_017159	TCT	2	6	8379	8384	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384124318
102	NC_017159	GTC	2	6	8399	8404	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384124318

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.