MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Yersinia pestis D106004 plasmid pPCY1

Total Repeats: 103

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017156	GCC	2	6	215	220	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384124300
2	NC_017156	CGC	2	6	229	234	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384124300
3	NC_017156	CTG	2	6	238	243	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384124300
4	NC_017156	TCGC	2	8	328	335	0 %	25 %	25 %	50 %	384124300
5	NC_017156	CATT	2	8	382	389	25 %	50 %	0 %	25 %	384124300
6	NC_017156	TC	4	8	393	400	0 %	50 %	0 %	50 %	384124300
7	NC_017156	CAGGAG	2	12	408	419	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	384124300
8	NC_017156	GTTCG	2	10	426	435	0 %	40 %	40 %	20 %	384124300
9	NC_017156	GAC	2	6	448	453	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384124300
10	NC_017156	CTT	2	6	605	610	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384124300
11	NC_017156	TGG	2	6	611	616	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384124300
12	NC_017156	CG	3	6	622	627	0 %	0 %	50 %	50 %	384124300
13	NC_017156	TC	3	6	736	741	0 %	50 %	0 %	50 %	384124300
14	NC_017156	AAGGT	2	10	775	784	40 %	20 %	40 %	0 %	384124300
15	NC_017156	GCTG	2	8	895	902	0 %	25 %	50 %	25 %	384124300
16	NC_017156	AGC	2	6	970	975	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384124300
17	NC_017156	A	6	6	1002	1007	100 %	0 %	0 %	0 %	384124300
18	NC_017156	TGA	2	6	1025	1030	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384124300
19	NC_017156	CAT	2	6	1062	1067	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384124300
20	NC_017156	TGA	2	6	1107	1112	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384124300
21	NC_017156	AGCGC	2	10	1175	1184	20 %	0 %	40 %	40 %	384124301
22	NC_017156	GAA	2	6	1253	1258	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384124301
23	NC_017156	TCA	2	6	1270	1275	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384124301
24	NC_017156	CGG	2	6	1314	1319	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384124301
25	NC_017156	CTCA	2	8	1390	1397	25 %	25 %	0 %	50 %	384124301
26	NC_017156	CAG	3	9	1518	1526	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384124301
27	NC_017156	ACG	2	6	1574	1579	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384124301
28	NC_017156	C	6	6	1599	1604	0 %	0 %	0 %	100 %	384124301
29	NC_017156	TCA	2	6	1611	1616	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384124301
30	NC_017156	TGA	2	6	1618	1623	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384124301
31	NC_017156	TCAG	2	8	1641	1648	25 %	25 %	25 %	25 %	384124301
32	NC_017156	GAA	2	6	1649	1654	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384124301
33	NC_017156	TTC	2	6	1664	1669	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384124301
34	NC_017156	GCA	2	6	1760	1765	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384124301
35	NC_017156	TCAAA	2	10	1813	1822	60 %	20 %	0 %	20 %	384124301
36	NC_017156	CAGA	2	8	1840	1847	50 %	0 %	25 %	25 %	384124301
37	NC_017156	A	6	6	3492	3497	100 %	0 %	0 %	0 %	384124302
38	NC_017156	C	6	6	3548	3553	0 %	0 %	0 %	100 %	384124302
39	NC_017156	C	6	6	3629	3634	0 %	0 %	0 %	100 %	384124302
40	NC_017156	TG	3	6	3782	3787	0 %	50 %	50 %	0 %	384124302
41	NC_017156	C	6	6	3794	3799	0 %	0 %	0 %	100 %	384124302
42	NC_017156	ATC	2	6	4393	4398	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384124303
43	NC_017156	A	7	7	4413	4419	100 %	0 %	0 %	0 %	384124303
44	NC_017156	A	6	6	4550	4555	100 %	0 %	0 %	0 %	384124303
45	NC_017156	GAT	2	6	4588	4593	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384124303
46	NC_017156	AG	3	6	4617	4622	50 %	0 %	50 %	0 %	384124303
47	NC_017156	CTGT	2	8	4632	4639	0 %	50 %	25 %	25 %	384124303
48	NC_017156	TC	3	6	4650	4655	0 %	50 %	0 %	50 %	384124303
49	NC_017156	TAA	2	6	4656	4661	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384124303
50	NC_017156	A	7	7	4699	4705	100 %	0 %	0 %	0 %	384124303
51	NC_017156	TAG	2	6	4725	4730	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384124303
52	NC_017156	GAAA	2	8	4732	4739	75 %	0 %	25 %	0 %	384124303
53	NC_017156	TAT	2	6	4770	4775	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384124303
54	NC_017156	ATT	2	6	4795	4800	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384124303
55	NC_017156	CAA	2	6	4890	4895	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384124304
56	NC_017156	TAT	2	6	4896	4901	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384124304
57	NC_017156	CCT	2	6	5172	5177	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384124304
58	NC_017156	ATA	2	6	5191	5196	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384124304
59	NC_017156	CTA	2	6	5315	5320	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384124304
60	NC_017156	CAA	2	6	5388	5393	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384124304
61	NC_017156	ACG	2	6	5404	5409	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384124304
62	NC_017156	TTA	2	6	5483	5488	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384124304
63	NC_017156	TCTT	2	8	5507	5514	0 %	75 %	0 %	25 %	384124304
64	NC_017156	ACC	2	6	5854	5859	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384124304
65	NC_017156	GGAAG	2	10	6051	6060	40 %	0 %	60 %	0 %	384124305
66	NC_017156	GCA	2	6	6065	6070	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384124305
67	NC_017156	A	7	7	6096	6102	100 %	0 %	0 %	0 %	384124305
68	NC_017156	CAAAA	2	10	6123	6132	80 %	0 %	0 %	20 %	384124305
69	NC_017156	CTG	2	6	6169	6174	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384124305
70	NC_017156	GAA	2	6	6199	6204	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384124305
71	NC_017156	AC	3	6	6239	6244	50 %	0 %	0 %	50 %	384124305
72	NC_017156	A	7	7	6366	6372	100 %	0 %	0 %	0 %	384124305
73	NC_017156	GAA	2	6	6668	6673	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384124306
74	NC_017156	GCA	2	6	6723	6728	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384124306
75	NC_017156	AT	3	6	6748	6753	50 %	50 %	0 %	0 %	384124306
76	NC_017156	GAA	2	6	6835	6840	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384124306
77	NC_017156	AT	3	6	6892	6897	50 %	50 %	0 %	0 %	384124306
78	NC_017156	ATGA	2	8	6987	6994	50 %	25 %	25 %	0 %	384124306
79	NC_017156	AATC	2	8	6996	7003	50 %	25 %	0 %	25 %	384124306
80	NC_017156	CTCAT	2	10	7019	7028	20 %	40 %	0 %	40 %	384124306
81	NC_017156	CAG	2	6	7117	7122	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384124306
82	NC_017156	GGT	2	6	7158	7163	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384124306
83	NC_017156	TAA	2	6	7175	7180	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384124306
84	NC_017156	AT	3	6	7250	7255	50 %	50 %	0 %	0 %	384124306
85	NC_017156	ATT	2	6	7301	7306	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384124306
86	NC_017156	ATG	2	6	7339	7344	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384124306
87	NC_017156	GA	3	6	7355	7360	50 %	0 %	50 %	0 %	384124306
88	NC_017156	TTA	2	6	7394	7399	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384124306
89	NC_017156	TACA	2	8	7460	7467	50 %	25 %	0 %	25 %	384124306
90	NC_017156	ATG	2	6	7474	7479	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384124306
91	NC_017156	AGG	2	6	7487	7492	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384124306
92	NC_017156	TGC	2	6	7544	7549	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384124306
93	NC_017156	CGG	2	6	7579	7584	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384124306
94	NC_017156	TCCT	2	8	7811	7818	0 %	50 %	0 %	50 %	384124307
95	NC_017156	GCT	2	6	7904	7909	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384124307
96	NC_017156	CTG	2	6	7922	7927	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384124307
97	NC_017156	TTC	2	6	7977	7982	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384124307
98	NC_017156	CAT	2	6	7986	7991	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384124307
99	NC_017156	ATC	2	6	8011	8016	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384124307
100	NC_017156	GT	3	6	8104	8109	0 %	50 %	50 %	0 %	384124308
101	NC_017156	CGA	2	6	8205	8210	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384124308
102	NC_017156	TCT	2	6	8382	8387	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384124308
103	NC_017156	GTC	2	6	8402	8407	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384124308

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.