MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Yersinia pestis Antiqua plasmid pPCP

Total Repeats: 94

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008121	GCC	2	6	221	226	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	108793633
2	NC_008121	CGC	2	6	235	240	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	108793633
3	NC_008121	CTG	2	6	244	249	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	108793633
4	NC_008121	TCGC	2	8	334	341	0 %	25 %	25 %	50 %	108793633
5	NC_008121	CATT	2	8	388	395	25 %	50 %	0 %	25 %	108793633
6	NC_008121	TC	4	8	399	406	0 %	50 %	0 %	50 %	108793633
7	NC_008121	CAGGAG	2	12	414	425	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	108793633
8	NC_008121	GTTCG	2	10	432	441	0 %	40 %	40 %	20 %	108793633
9	NC_008121	GAC	2	6	454	459	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	108793633
10	NC_008121	CTT	2	6	611	616	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	108793633
11	NC_008121	TGG	2	6	617	622	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	108793633
12	NC_008121	CG	3	6	628	633	0 %	0 %	50 %	50 %	108793633
13	NC_008121	TC	3	6	742	747	0 %	50 %	0 %	50 %	108793633
14	NC_008121	AAGGT	2	10	781	790	40 %	20 %	40 %	0 %	108793633
15	NC_008121	GCTG	2	8	901	908	0 %	25 %	50 %	25 %	108793633
16	NC_008121	AGC	2	6	976	981	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	108793633
17	NC_008121	A	6	6	1008	1013	100 %	0 %	0 %	0 %	108793633
18	NC_008121	TGA	2	6	1031	1036	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	108793633
19	NC_008121	CAT	2	6	1068	1073	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	108793633
20	NC_008121	TGA	2	6	1113	1118	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	108793633
21	NC_008121	AGCGC	2	10	1181	1190	20 %	0 %	40 %	40 %	108793634
22	NC_008121	GAA	2	6	1259	1264	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	108793634
23	NC_008121	TCA	2	6	1276	1281	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	108793634
24	NC_008121	CGG	2	6	1320	1325	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	108793634
25	NC_008121	CTCA	2	8	1396	1403	25 %	25 %	0 %	50 %	108793634
26	NC_008121	CAG	3	9	1524	1532	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	108793634
27	NC_008121	ACG	2	6	1580	1585	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	108793634
28	NC_008121	C	6	6	1605	1610	0 %	0 %	0 %	100 %	108793634
29	NC_008121	TCA	2	6	1617	1622	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	108793634
30	NC_008121	TGA	2	6	1624	1629	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	108793634
31	NC_008121	TCAG	2	8	1647	1654	25 %	25 %	25 %	25 %	108793634
32	NC_008121	GAA	2	6	1655	1660	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	108793634
33	NC_008121	TTC	2	6	1670	1675	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	108793634
34	NC_008121	GCA	2	6	1766	1771	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	108793634
35	NC_008121	TCAAA	2	10	1819	1828	60 %	20 %	0 %	20 %	108793634
36	NC_008121	CAGA	2	8	1846	1853	50 %	0 %	25 %	25 %	108793634
37	NC_008121	AACA	2	8	2934	2941	75 %	0 %	0 %	25 %	108793640
38	NC_008121	ACA	3	9	2939	2947	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	108793640
39	NC_008121	CGA	2	6	3023	3028	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	108793640
40	NC_008121	GGC	2	6	3032	3037	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	108793640
41	NC_008121	TG	3	6	3040	3045	0 %	50 %	50 %	0 %	108793640
42	NC_008121	GAA	2	6	3066	3071	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	108793640
43	NC_008121	AACA	2	8	4101	4108	75 %	0 %	0 %	25 %	108793641
44	NC_008121	ACA	3	9	4106	4114	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	108793641
45	NC_008121	CGA	2	6	4190	4195	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	108793641
46	NC_008121	GGC	2	6	4199	4204	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	108793641
47	NC_008121	TG	3	6	4207	4212	0 %	50 %	50 %	0 %	108793641
48	NC_008121	GAA	2	6	4233	4238	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	108793641
49	NC_008121	CAA	2	6	6062	6067	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	108793635
50	NC_008121	TAT	2	6	6068	6073	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	108793635
51	NC_008121	CCT	2	6	6344	6349	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	108793635
52	NC_008121	ATA	2	6	6363	6368	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	108793635
53	NC_008121	CTA	2	6	6487	6492	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	108793635
54	NC_008121	CAA	2	6	6560	6565	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	108793635
55	NC_008121	ACG	2	6	6576	6581	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	108793635
56	NC_008121	TTA	2	6	6655	6660	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	108793635
57	NC_008121	TCTT	2	8	6679	6686	0 %	75 %	0 %	25 %	108793635
58	NC_008121	ACC	2	6	7026	7031	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	108793635
59	NC_008121	CAAAA	2	10	7295	7304	80 %	0 %	0 %	20 %	108793636
60	NC_008121	CTG	2	6	7341	7346	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	108793636
61	NC_008121	GAA	2	6	7371	7376	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	108793636
62	NC_008121	AC	3	6	7411	7416	50 %	0 %	0 %	50 %	108793636
63	NC_008121	A	7	7	7538	7544	100 %	0 %	0 %	0 %	108793636
64	NC_008121	GAA	2	6	7840	7845	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	108793637
65	NC_008121	GCA	2	6	7895	7900	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	108793637
66	NC_008121	AT	3	6	7920	7925	50 %	50 %	0 %	0 %	108793637
67	NC_008121	GAA	2	6	8007	8012	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	108793637
68	NC_008121	AT	3	6	8064	8069	50 %	50 %	0 %	0 %	108793637
69	NC_008121	ATGA	2	8	8159	8166	50 %	25 %	25 %	0 %	108793637
70	NC_008121	AATC	2	8	8168	8175	50 %	25 %	0 %	25 %	108793637
71	NC_008121	CTCAT	2	10	8191	8200	20 %	40 %	0 %	40 %	108793637
72	NC_008121	CAG	2	6	8289	8294	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	108793637
73	NC_008121	GGT	2	6	8330	8335	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	108793637
74	NC_008121	TAA	2	6	8347	8352	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	108793637
75	NC_008121	AT	3	6	8422	8427	50 %	50 %	0 %	0 %	108793637
76	NC_008121	ATT	2	6	8473	8478	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	108793637
77	NC_008121	ATG	2	6	8511	8516	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	108793637
78	NC_008121	GA	3	6	8527	8532	50 %	0 %	50 %	0 %	108793637
79	NC_008121	TTA	2	6	8566	8571	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	108793637
80	NC_008121	TACA	2	8	8632	8639	50 %	25 %	0 %	25 %	108793637
81	NC_008121	ATG	2	6	8646	8651	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	108793637
82	NC_008121	AGG	2	6	8659	8664	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	108793637
83	NC_008121	TGC	2	6	8716	8721	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	108793637
84	NC_008121	CGG	2	6	8751	8756	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	108793637
85	NC_008121	TCCT	2	8	8983	8990	0 %	50 %	0 %	50 %	108793638
86	NC_008121	GCT	2	6	9076	9081	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	108793638
87	NC_008121	CTG	2	6	9094	9099	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	108793638
88	NC_008121	TTC	2	6	9149	9154	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	108793638
89	NC_008121	CAT	2	6	9158	9163	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	108793638
90	NC_008121	ATC	2	6	9183	9188	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	108793638
91	NC_008121	GT	3	6	9276	9281	0 %	50 %	50 %	0 %	108793639
92	NC_008121	CGA	2	6	9377	9382	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	108793639
93	NC_008121	TCT	2	6	9554	9559	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	108793639
94	NC_008121	GTC	2	6	9574	9579	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	108793639

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.