MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Yersinia pestis biovar Microtus str. 91001 plasmid pPCP1

Total Repeats: 106

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_005816	GCC	2	6	215	220	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	45478712
2	NC_005816	CGC	2	6	229	234	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	45478712
3	NC_005816	CTG	2	6	238	243	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	45478712
4	NC_005816	TCGC	2	8	328	335	0 %	25 %	25 %	50 %	45478712
5	NC_005816	CATT	2	8	382	389	25 %	50 %	0 %	25 %	45478712
6	NC_005816	TC	4	8	393	400	0 %	50 %	0 %	50 %	45478712
7	NC_005816	CAGGAG	2	12	408	419	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	45478712
8	NC_005816	GTTCG	2	10	426	435	0 %	40 %	40 %	20 %	45478712
9	NC_005816	GAC	2	6	448	453	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	45478712
10	NC_005816	CTT	2	6	605	610	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	45478712
11	NC_005816	TGG	2	6	611	616	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	45478712
12	NC_005816	CG	3	6	622	627	0 %	0 %	50 %	50 %	45478712
13	NC_005816	TC	3	6	736	741	0 %	50 %	0 %	50 %	45478712
14	NC_005816	AAGGT	2	10	775	784	40 %	20 %	40 %	0 %	45478712
15	NC_005816	GCTG	2	8	895	902	0 %	25 %	50 %	25 %	45478712
16	NC_005816	AGC	2	6	970	975	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	45478712
17	NC_005816	A	6	6	1002	1007	100 %	0 %	0 %	0 %	45478712
18	NC_005816	TGA	2	6	1025	1030	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	45478712
19	NC_005816	CAT	2	6	1062	1067	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	45478712
20	NC_005816	TGA	2	6	1107	1112	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	45478712
21	NC_005816	AGCGC	2	10	1175	1184	20 %	0 %	40 %	40 %	45478713
22	NC_005816	GAA	2	6	1253	1258	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	45478713
23	NC_005816	TCA	2	6	1270	1275	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	45478713
24	NC_005816	CGG	2	6	1314	1319	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	45478713
25	NC_005816	CTCA	2	8	1390	1397	25 %	25 %	0 %	50 %	45478713
26	NC_005816	CAG	3	9	1518	1526	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	45478713
27	NC_005816	ACG	2	6	1574	1579	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	45478713
28	NC_005816	C	6	6	1599	1604	0 %	0 %	0 %	100 %	45478713
29	NC_005816	TCA	2	6	1611	1616	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	45478713
30	NC_005816	TGA	2	6	1618	1623	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	45478713
31	NC_005816	TCAG	2	8	1641	1648	25 %	25 %	25 %	25 %	45478713
32	NC_005816	GAA	2	6	1649	1654	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	45478713
33	NC_005816	TTC	2	6	1664	1669	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	45478713
34	NC_005816	GCA	2	6	1760	1765	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	45478713
35	NC_005816	TCAAA	2	10	1813	1822	60 %	20 %	0 %	20 %	45478713
36	NC_005816	CAGA	2	8	1840	1847	50 %	0 %	25 %	25 %	45478713
37	NC_005816	AACA	2	8	2928	2935	75 %	0 %	0 %	25 %	45478714
38	NC_005816	ACA	3	9	2933	2941	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	45478714
39	NC_005816	CGA	2	6	3017	3022	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	45478714
40	NC_005816	GGC	2	6	3026	3031	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	45478714
41	NC_005816	TG	3	6	3034	3039	0 %	50 %	50 %	0 %	45478714
42	NC_005816	GAA	2	6	3060	3065	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	45478714
43	NC_005816	A	6	6	3492	3497	100 %	0 %	0 %	0 %	45478715
44	NC_005816	C	6	6	3548	3553	0 %	0 %	0 %	100 %	45478715
45	NC_005816	C	6	6	3629	3634	0 %	0 %	0 %	100 %	45478715
46	NC_005816	TG	3	6	3782	3787	0 %	50 %	50 %	0 %	45478715
47	NC_005816	C	6	6	3794	3799	0 %	0 %	0 %	100 %	45478715
48	NC_005816	ATC	2	6	4393	4398	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	45478716
49	NC_005816	A	7	7	4413	4419	100 %	0 %	0 %	0 %	45478716
50	NC_005816	A	6	6	4550	4555	100 %	0 %	0 %	0 %	45478716
51	NC_005816	GAT	2	6	4588	4593	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	45478716
52	NC_005816	AG	3	6	4617	4622	50 %	0 %	50 %	0 %	45478716
53	NC_005816	CTGT	2	8	4632	4639	0 %	50 %	25 %	25 %	45478716
54	NC_005816	TC	3	6	4650	4655	0 %	50 %	0 %	50 %	45478716
55	NC_005816	TAA	2	6	4656	4661	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	45478716
56	NC_005816	A	7	7	4699	4705	100 %	0 %	0 %	0 %	45478716
57	NC_005816	TAG	2	6	4725	4730	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	45478716
58	NC_005816	GAAA	2	8	4732	4739	75 %	0 %	25 %	0 %	45478716
59	NC_005816	TAT	2	6	4769	4774	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	45478716
60	NC_005816	CAA	2	6	4889	4894	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	45478717
61	NC_005816	TAT	2	6	4895	4900	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	45478717
62	NC_005816	CCT	2	6	5171	5176	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	45478717
63	NC_005816	ATA	2	6	5190	5195	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	45478717
64	NC_005816	CTA	2	6	5314	5319	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	45478717
65	NC_005816	CAA	2	6	5387	5392	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	45478717
66	NC_005816	ACG	2	6	5403	5408	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	45478717
67	NC_005816	TTA	2	6	5482	5487	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	45478717
68	NC_005816	TCTT	2	8	5506	5513	0 %	75 %	0 %	25 %	45478717
69	NC_005816	ACC	2	6	5853	5858	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	45478717
70	NC_005816	GGAAG	2	10	6049	6058	40 %	0 %	60 %	0 %	45478718
71	NC_005816	GCA	2	6	6063	6068	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	45478718
72	NC_005816	A	7	7	6094	6100	100 %	0 %	0 %	0 %	45478718
73	NC_005816	CAAAA	2	10	6121	6130	80 %	0 %	0 %	20 %	45478718
74	NC_005816	CTG	2	6	6167	6172	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	45478718
75	NC_005816	GAA	2	6	6197	6202	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	45478718
76	NC_005816	AC	3	6	6237	6242	50 %	0 %	0 %	50 %	45478718
77	NC_005816	A	7	7	6364	6370	100 %	0 %	0 %	0 %	45478718
78	NC_005816	GAA	2	6	6666	6671	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	45478719
79	NC_005816	GCA	2	6	6721	6726	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	45478719
80	NC_005816	AT	3	6	6746	6751	50 %	50 %	0 %	0 %	45478719
81	NC_005816	GAA	2	6	6833	6838	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	45478719
82	NC_005816	AT	3	6	6890	6895	50 %	50 %	0 %	0 %	45478719
83	NC_005816	ATGA	2	8	6985	6992	50 %	25 %	25 %	0 %	45478719
84	NC_005816	AATC	2	8	6994	7001	50 %	25 %	0 %	25 %	45478719
85	NC_005816	CTCAT	2	10	7017	7026	20 %	40 %	0 %	40 %	45478719
86	NC_005816	CAG	2	6	7115	7120	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	45478719
87	NC_005816	GGT	2	6	7156	7161	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	45478719
88	NC_005816	TAA	2	6	7173	7178	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	45478719
89	NC_005816	AT	3	6	7248	7253	50 %	50 %	0 %	0 %	45478719
90	NC_005816	ATT	2	6	7299	7304	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	45478719
91	NC_005816	ATG	2	6	7337	7342	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	45478719
92	NC_005816	GA	3	6	7353	7358	50 %	0 %	50 %	0 %	45478719
93	NC_005816	TTA	2	6	7392	7397	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	45478719
94	NC_005816	TACA	2	8	7458	7465	50 %	25 %	0 %	25 %	45478719
95	NC_005816	ATG	2	6	7472	7477	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	45478719
96	NC_005816	AGG	2	6	7485	7490	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	45478719
97	NC_005816	TGC	2	6	7542	7547	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	45478719
98	NC_005816	CGG	2	6	7577	7582	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	45478719
99	NC_005816	TCCT	2	8	7809	7816	0 %	50 %	0 %	50 %	45478720
100	NC_005816	GCT	2	6	7902	7907	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	45478720
101	NC_005816	CTG	2	6	7920	7925	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	45478720
102	NC_005816	TTC	2	6	7975	7980	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	45478720
103	NC_005816	CAT	2	6	7984	7989	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	45478720
104	NC_005816	ATC	2	6	8009	8014	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	45478720
105	NC_005816	GT	3	6	8102	8107	0 %	50 %	50 %	0 %	45478721
106	NC_005816	CGA	2	6	8203	8208	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	45478721

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.