MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Yersinia pestis CO92 plasmid pPCP1

Total Repeats: 103

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_003132	GCC	2	6	215	220	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	16082680
2	NC_003132	CGC	2	6	229	234	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	16082680
3	NC_003132	CTG	2	6	238	243	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	16082680
4	NC_003132	TCGC	2	8	328	335	0 %	25 %	25 %	50 %	16082680
5	NC_003132	CATT	2	8	382	389	25 %	50 %	0 %	25 %	16082680
6	NC_003132	TC	4	8	393	400	0 %	50 %	0 %	50 %	16082680
7	NC_003132	CAGGAG	2	12	408	419	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	16082680
8	NC_003132	GTTCG	2	10	426	435	0 %	40 %	40 %	20 %	16082680
9	NC_003132	GAC	2	6	448	453	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	16082680
10	NC_003132	CTT	2	6	605	610	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	16082680
11	NC_003132	TGG	2	6	611	616	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	16082680
12	NC_003132	CG	3	6	622	627	0 %	0 %	50 %	50 %	16082680
13	NC_003132	TC	3	6	736	741	0 %	50 %	0 %	50 %	16082680
14	NC_003132	AAGGT	2	10	775	784	40 %	20 %	40 %	0 %	16082680
15	NC_003132	GCTG	2	8	895	902	0 %	25 %	50 %	25 %	16082680
16	NC_003132	AGC	2	6	970	975	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	16082680
17	NC_003132	A	6	6	1002	1007	100 %	0 %	0 %	0 %	16082680
18	NC_003132	TGA	2	6	1025	1030	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	16082680
19	NC_003132	CAT	2	6	1062	1067	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	16082680
20	NC_003132	TGA	2	6	1107	1112	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	16082680
21	NC_003132	AGCGC	2	10	1175	1184	20 %	0 %	40 %	40 %	16082681
22	NC_003132	GAA	2	6	1253	1258	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	16082681
23	NC_003132	TCA	2	6	1270	1275	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	16082681
24	NC_003132	CGG	2	6	1314	1319	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	16082681
25	NC_003132	CTCA	2	8	1390	1397	25 %	25 %	0 %	50 %	16082681
26	NC_003132	CAG	3	9	1518	1526	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	16082681
27	NC_003132	ACG	2	6	1574	1579	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	16082681
28	NC_003132	C	6	6	1599	1604	0 %	0 %	0 %	100 %	16082681
29	NC_003132	TCA	2	6	1611	1616	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	16082681
30	NC_003132	TGA	2	6	1618	1623	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	16082681
31	NC_003132	TCAG	2	8	1641	1648	25 %	25 %	25 %	25 %	16082681
32	NC_003132	GAA	2	6	1649	1654	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	16082681
33	NC_003132	TTC	2	6	1664	1669	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	16082681
34	NC_003132	GCA	2	6	1760	1765	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	16082681
35	NC_003132	TCAAA	2	10	1813	1822	60 %	20 %	0 %	20 %	16082681
36	NC_003132	CAGA	2	8	1840	1847	50 %	0 %	25 %	25 %	16082681
37	NC_003132	AACA	2	8	2928	2935	75 %	0 %	0 %	25 %	16082682
38	NC_003132	ACA	3	9	2933	2941	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	16082682
39	NC_003132	CGA	2	6	3017	3022	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	16082682
40	NC_003132	GGC	2	6	3026	3031	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	16082682
41	NC_003132	TG	3	6	3034	3039	0 %	50 %	50 %	0 %	16082682
42	NC_003132	GAA	2	6	3060	3065	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	16082682
43	NC_003132	ATC	2	6	4393	4398	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	16082683
44	NC_003132	A	7	7	4413	4419	100 %	0 %	0 %	0 %	16082683
45	NC_003132	A	6	6	4550	4555	100 %	0 %	0 %	0 %	16082683
46	NC_003132	GAT	2	6	4588	4593	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	16082683
47	NC_003132	AG	3	6	4617	4622	50 %	0 %	50 %	0 %	16082683
48	NC_003132	CTGT	2	8	4632	4639	0 %	50 %	25 %	25 %	16082683
49	NC_003132	TC	3	6	4650	4655	0 %	50 %	0 %	50 %	16082683
50	NC_003132	TAA	2	6	4656	4661	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	16082683
51	NC_003132	A	7	7	4699	4705	100 %	0 %	0 %	0 %	16082683
52	NC_003132	TAG	2	6	4725	4730	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	16082683
53	NC_003132	GAAA	2	8	4732	4739	75 %	0 %	25 %	0 %	16082683
54	NC_003132	TAT	2	6	4769	4774	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	16082683
55	NC_003132	CAA	2	6	4889	4894	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	16082684
56	NC_003132	TAT	2	6	4895	4900	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	16082684
57	NC_003132	CCT	2	6	5171	5176	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	16082684
58	NC_003132	ATA	2	6	5190	5195	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	16082684
59	NC_003132	CTA	2	6	5314	5319	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	16082684
60	NC_003132	CAA	2	6	5387	5392	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	16082684
61	NC_003132	ACG	2	6	5403	5408	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	16082684
62	NC_003132	TTA	2	6	5482	5487	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	16082684
63	NC_003132	TCTT	2	8	5506	5513	0 %	75 %	0 %	25 %	16082684
64	NC_003132	ACC	2	6	5853	5858	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	16082684
65	NC_003132	GGAAG	2	10	6050	6059	40 %	0 %	60 %	0 %	16082685
66	NC_003132	GCA	2	6	6064	6069	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	16082685
67	NC_003132	A	7	7	6095	6101	100 %	0 %	0 %	0 %	16082685
68	NC_003132	CAAAA	2	10	6122	6131	80 %	0 %	0 %	20 %	16082685
69	NC_003132	CTG	2	6	6168	6173	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	16082685
70	NC_003132	GAA	2	6	6198	6203	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	16082685
71	NC_003132	AC	3	6	6238	6243	50 %	0 %	0 %	50 %	16082685
72	NC_003132	A	7	7	6365	6371	100 %	0 %	0 %	0 %	16082685
73	NC_003132	GAA	2	6	6667	6672	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	16082686
74	NC_003132	GCA	2	6	6722	6727	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	16082686
75	NC_003132	AT	3	6	6747	6752	50 %	50 %	0 %	0 %	16082686
76	NC_003132	GAA	2	6	6834	6839	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	16082686
77	NC_003132	AT	3	6	6891	6896	50 %	50 %	0 %	0 %	16082686
78	NC_003132	ATGA	2	8	6986	6993	50 %	25 %	25 %	0 %	16082686
79	NC_003132	AATC	2	8	6995	7002	50 %	25 %	0 %	25 %	16082686
80	NC_003132	CTCAT	2	10	7018	7027	20 %	40 %	0 %	40 %	16082686
81	NC_003132	CAG	2	6	7116	7121	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	16082686
82	NC_003132	GGT	2	6	7157	7162	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	16082686
83	NC_003132	TAA	2	6	7174	7179	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	16082686
84	NC_003132	AT	3	6	7249	7254	50 %	50 %	0 %	0 %	16082686
85	NC_003132	ATT	2	6	7300	7305	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	16082686
86	NC_003132	ATG	2	6	7338	7343	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	16082686
87	NC_003132	GA	3	6	7354	7359	50 %	0 %	50 %	0 %	16082686
88	NC_003132	TTA	2	6	7393	7398	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	16082686
89	NC_003132	TACA	2	8	7459	7466	50 %	25 %	0 %	25 %	16082686
90	NC_003132	ATG	2	6	7473	7478	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	16082686
91	NC_003132	AGG	2	6	7486	7491	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	16082686
92	NC_003132	TGC	2	6	7543	7548	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	16082686
93	NC_003132	CGG	2	6	7578	7583	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	16082686
94	NC_003132	TCCT	2	8	7810	7817	0 %	50 %	0 %	50 %	16082687
95	NC_003132	GCT	2	6	7903	7908	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	16082687
96	NC_003132	CTG	2	6	7921	7926	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	16082687
97	NC_003132	TTC	2	6	7976	7981	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	16082687
98	NC_003132	CAT	2	6	7985	7990	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	16082687
99	NC_003132	ATC	2	6	8010	8015	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	16082687
100	NC_003132	GT	3	6	8103	8108	0 %	50 %	50 %	0 %	16082688
101	NC_003132	CGA	2	6	8204	8209	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	16082688
102	NC_003132	TCT	2	6	8381	8386	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	16082688
103	NC_003132	GTC	2	6	8401	8406	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	16082688

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.