MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Yersinia pestis biovar Medievalis str. Harbin 35 plasmid pPCP

Total Repeats: 192

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017264	AACG	2	8	4	11	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
2	NC_017264	GCC	2	6	215	220	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384412694
3	NC_017264	CGC	2	6	229	234	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384412694
4	NC_017264	CTG	2	6	238	243	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384412694
5	NC_017264	TCGC	2	8	328	335	0 %	25 %	25 %	50 %	384412694
6	NC_017264	CATT	2	8	382	389	25 %	50 %	0 %	25 %	384412694
7	NC_017264	TC	4	8	393	400	0 %	50 %	0 %	50 %	384412694
8	NC_017264	CAGGAG	2	12	408	419	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	384412694
9	NC_017264	GTTCG	2	10	426	435	0 %	40 %	40 %	20 %	384412694
10	NC_017264	GAC	2	6	448	453	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384412694
11	NC_017264	CTT	2	6	605	610	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384412694
12	NC_017264	TGG	2	6	611	616	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384412694
13	NC_017264	CG	3	6	622	627	0 %	0 %	50 %	50 %	384412694
14	NC_017264	TC	3	6	736	741	0 %	50 %	0 %	50 %	384412694
15	NC_017264	AAGGT	2	10	775	784	40 %	20 %	40 %	0 %	384412694
16	NC_017264	GCTG	2	8	895	902	0 %	25 %	50 %	25 %	384412694
17	NC_017264	AGC	2	6	960	965	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384412694
18	NC_017264	A	6	6	992	997	100 %	0 %	0 %	0 %	384412694
19	NC_017264	TGA	2	6	1015	1020	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384412694
20	NC_017264	CAT	2	6	1052	1057	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384412695
21	NC_017264	TGA	2	6	1097	1102	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384412695
22	NC_017264	AGCGC	2	10	1165	1174	20 %	0 %	40 %	40 %	384412696
23	NC_017264	GAA	2	6	1243	1248	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384412696
24	NC_017264	TCA	2	6	1260	1265	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384412696
25	NC_017264	CGG	2	6	1304	1309	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384412696
26	NC_017264	CTCA	2	8	1380	1387	25 %	25 %	0 %	50 %	384412696
27	NC_017264	CAG	3	9	1508	1516	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384412696
28	NC_017264	ACG	2	6	1564	1569	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384412696
29	NC_017264	C	6	6	1589	1594	0 %	0 %	0 %	100 %	384412696
30	NC_017264	TCA	2	6	1601	1606	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384412696
31	NC_017264	TGA	2	6	1608	1613	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384412696
32	NC_017264	TCAG	2	8	1631	1638	25 %	25 %	25 %	25 %	384412696
33	NC_017264	GAA	2	6	1639	1644	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384412696
34	NC_017264	TTC	2	6	1654	1659	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384412696
35	NC_017264	GCA	2	6	1750	1755	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384412696
36	NC_017264	TCAAA	2	10	1803	1812	60 %	20 %	0 %	20 %	384412696
37	NC_017264	CAGA	2	8	1830	1837	50 %	0 %	25 %	25 %	384412696
38	NC_017264	TGG	2	6	1903	1908	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017264	CGT	2	6	1934	1939	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_017264	TGA	2	6	1948	1953	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017264	T	6	6	2005	2010	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017264	CAG	2	6	2086	2091	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_017264	ACA	2	6	2106	2111	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_017264	A	6	6	2122	2127	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017264	AC	3	6	2201	2206	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
46	NC_017264	GAT	2	6	2231	2236	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017264	T	6	6	2363	2368	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017264	GTT	2	6	2371	2376	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017264	T	6	6	2375	2380	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017264	GTC	2	6	2389	2394	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_017264	GACGG	2	10	2493	2502	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
52	NC_017264	A	6	6	2516	2521	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017264	TGT	2	6	2526	2531	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017264	TCAG	2	8	2534	2541	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
55	NC_017264	ACAG	2	8	2549	2556	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
56	NC_017264	T	7	7	2642	2648	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017264	T	6	6	2695	2700	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017264	TAC	2	6	2711	2716	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_017264	A	7	7	2736	2742	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017264	AAT	2	6	2789	2794	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017264	AACA	2	8	2918	2925	75 %	0 %	0 %	25 %	384412697
62	NC_017264	ACA	3	9	2923	2931	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384412697
63	NC_017264	CGA	2	6	3007	3012	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384412697
64	NC_017264	GGC	2	6	3016	3021	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384412697
65	NC_017264	TG	3	6	3024	3029	0 %	50 %	50 %	0 %	384412697
66	NC_017264	GAA	2	6	3050	3055	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384412697
67	NC_017264	GCG	2	6	3398	3403	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_017264	CTCA	2	8	3415	3422	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
69	NC_017264	CA	3	6	3443	3448	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
70	NC_017264	A	6	6	3482	3487	100 %	0 %	0 %	0 %	384412698
71	NC_017264	C	6	6	3538	3543	0 %	0 %	0 %	100 %	384412698
72	NC_017264	C	6	6	3619	3624	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
73	NC_017264	TG	3	6	3772	3777	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017264	C	6	6	3784	3789	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
75	NC_017264	GCA	2	6	3868	3873	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_017264	TTGAAG	2	12	3915	3926	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017264	T	6	6	4051	4056	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017264	GCA	2	6	4066	4071	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_017264	A	7	7	4084	4090	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017264	AAG	2	6	4098	4103	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017264	CAG	2	6	4145	4150	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_017264	ATG	2	6	4157	4162	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017264	TGC	2	6	4178	4183	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_017264	TGTA	2	8	4208	4215	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017264	T	8	8	4254	4261	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017264	ATT	2	6	4299	4304	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017264	ATTT	2	8	4312	4319	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017264	ATC	2	6	4383	4388	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384412699
89	NC_017264	A	7	7	4403	4409	100 %	0 %	0 %	0 %	384412699
90	NC_017264	A	6	6	4540	4545	100 %	0 %	0 %	0 %	384412699
91	NC_017264	GAT	2	6	4578	4583	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384412699
92	NC_017264	AG	3	6	4607	4612	50 %	0 %	50 %	0 %	384412699
93	NC_017264	CTGT	2	8	4622	4629	0 %	50 %	25 %	25 %	384412699
94	NC_017264	TC	3	6	4640	4645	0 %	50 %	0 %	50 %	384412699
95	NC_017264	TAA	2	6	4646	4651	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384412699
96	NC_017264	A	7	7	4689	4695	100 %	0 %	0 %	0 %	384412699
97	NC_017264	TAG	2	6	4715	4720	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384412699
98	NC_017264	GAAA	2	8	4722	4729	75 %	0 %	25 %	0 %	384412699
99	NC_017264	TAT	2	6	4759	4764	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384412699
100	NC_017264	ATT	2	6	4784	4789	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017264	CAA	2	6	4879	4884	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384412700
102	NC_017264	TAT	2	6	4885	4890	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384412700
103	NC_017264	CCT	2	6	5161	5166	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384412700
104	NC_017264	ATA	2	6	5180	5185	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384412700
105	NC_017264	CTA	2	6	5304	5309	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384412700
106	NC_017264	CAA	2	6	5377	5382	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384412700
107	NC_017264	ACG	2	6	5393	5398	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384412700
108	NC_017264	TTA	2	6	5472	5477	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384412700
109	NC_017264	TCTT	2	8	5496	5503	0 %	75 %	0 %	25 %	384412700
110	NC_017264	ACC	2	6	5843	5848	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384412700
111	NC_017264	A	7	7	5900	5906	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017264	A	9	9	5916	5924	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017264	TAA	2	6	5958	5963	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017264	CGC	2	6	5969	5974	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
115	NC_017264	AAT	2	6	5990	5995	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017264	GGAAG	2	10	6040	6049	40 %	0 %	60 %	0 %	384412701
117	NC_017264	GCA	2	6	6054	6059	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384412701
118	NC_017264	A	7	7	6085	6091	100 %	0 %	0 %	0 %	384412701
119	NC_017264	CAAAA	2	10	6112	6121	80 %	0 %	0 %	20 %	384412701
120	NC_017264	CTG	2	6	6158	6163	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384412701
121	NC_017264	GAA	2	6	6188	6193	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384412701
122	NC_017264	AC	3	6	6228	6233	50 %	0 %	0 %	50 %	384412701
123	NC_017264	A	7	7	6355	6361	100 %	0 %	0 %	0 %	384412701
124	NC_017264	GAC	2	6	6537	6542	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_017264	ATT	2	6	6559	6564	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017264	ATT	2	6	6580	6585	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017264	ATA	2	6	6614	6619	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017264	AG	3	6	6635	6640	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017264	GAA	2	6	6657	6662	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384412702
130	NC_017264	GCA	2	6	6712	6717	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384412702
131	NC_017264	AT	3	6	6737	6742	50 %	50 %	0 %	0 %	384412702
132	NC_017264	GAA	2	6	6824	6829	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384412702
133	NC_017264	AT	3	6	6881	6886	50 %	50 %	0 %	0 %	384412702
134	NC_017264	ATGA	2	8	6976	6983	50 %	25 %	25 %	0 %	384412702
135	NC_017264	AATC	2	8	6985	6992	50 %	25 %	0 %	25 %	384412702
136	NC_017264	CTCAT	2	10	7008	7017	20 %	40 %	0 %	40 %	384412702
137	NC_017264	CAG	2	6	7106	7111	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384412702
138	NC_017264	GGT	2	6	7147	7152	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384412702
139	NC_017264	TAA	2	6	7164	7169	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384412702
140	NC_017264	AT	3	6	7239	7244	50 %	50 %	0 %	0 %	384412702
141	NC_017264	ATT	2	6	7290	7295	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384412702
142	NC_017264	ATG	2	6	7328	7333	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384412702
143	NC_017264	GA	3	6	7344	7349	50 %	0 %	50 %	0 %	384412702
144	NC_017264	TTA	2	6	7383	7388	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384412702
145	NC_017264	TACA	2	8	7449	7456	50 %	25 %	0 %	25 %	384412702
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171	NC_017264	TGCC	2	8	8666	8673	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
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185	NC_017264	TAAT	2	8	9253	9260	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
186	NC_017264	T	7	7	9345	9351	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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192	NC_017264	ATA	2	6	9561	9566	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.