MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Yersinia pestis D182038 plasmid pPCP1

Total Repeats: 192

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017159	AACG	2	8	4	11	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
2	NC_017159	GCC	2	6	213	218	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384124310
3	NC_017159	CGC	2	6	227	232	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384124310
4	NC_017159	CTG	2	6	236	241	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384124310
5	NC_017159	TCGC	2	8	326	333	0 %	25 %	25 %	50 %	384124310
6	NC_017159	CATT	2	8	380	387	25 %	50 %	0 %	25 %	384124310
7	NC_017159	TC	4	8	391	398	0 %	50 %	0 %	50 %	384124310
8	NC_017159	CAGGAG	2	12	406	417	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	384124310
9	NC_017159	GTTCG	2	10	424	433	0 %	40 %	40 %	20 %	384124310
10	NC_017159	GAC	2	6	446	451	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384124310
11	NC_017159	CTT	2	6	603	608	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384124310
12	NC_017159	TGG	2	6	609	614	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384124310
13	NC_017159	CG	3	6	620	625	0 %	0 %	50 %	50 %	384124310
14	NC_017159	TC	3	6	734	739	0 %	50 %	0 %	50 %	384124310
15	NC_017159	AAGGT	2	10	773	782	40 %	20 %	40 %	0 %	384124310
16	NC_017159	GCTG	2	8	893	900	0 %	25 %	50 %	25 %	384124310
17	NC_017159	AGC	2	6	968	973	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384124310
18	NC_017159	A	6	6	1000	1005	100 %	0 %	0 %	0 %	384124310
19	NC_017159	TGA	2	6	1023	1028	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384124310
20	NC_017159	CAT	2	6	1060	1065	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384124310
21	NC_017159	TGA	2	6	1105	1110	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384124310
22	NC_017159	AGCGC	2	10	1173	1182	20 %	0 %	40 %	40 %	384124311
23	NC_017159	GAA	2	6	1251	1256	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384124311
24	NC_017159	TCA	2	6	1268	1273	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384124311
25	NC_017159	CGG	2	6	1312	1317	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384124311
26	NC_017159	CTCA	2	8	1388	1395	25 %	25 %	0 %	50 %	384124311
27	NC_017159	CAG	3	9	1516	1524	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384124311
28	NC_017159	ACG	2	6	1572	1577	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384124311
29	NC_017159	C	6	6	1597	1602	0 %	0 %	0 %	100 %	384124311
30	NC_017159	TCA	2	6	1609	1614	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384124311
31	NC_017159	TGA	2	6	1616	1621	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384124311
32	NC_017159	TCAG	2	8	1639	1646	25 %	25 %	25 %	25 %	384124311
33	NC_017159	GAA	2	6	1647	1652	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384124311
34	NC_017159	TTC	2	6	1662	1667	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384124311
35	NC_017159	GCA	2	6	1758	1763	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384124311
36	NC_017159	TCAAA	2	10	1811	1820	60 %	20 %	0 %	20 %	384124311
37	NC_017159	CAGA	2	8	1838	1845	50 %	0 %	25 %	25 %	384124311
38	NC_017159	TGG	2	6	1911	1916	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017159	CGT	2	6	1942	1947	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_017159	TGA	2	6	1956	1961	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017159	T	6	6	2013	2018	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017159	CAG	2	6	2094	2099	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_017159	ACA	2	6	2114	2119	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_017159	A	6	6	2130	2135	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017159	AC	3	6	2209	2214	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
46	NC_017159	GAT	2	6	2239	2244	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017159	T	6	6	2371	2376	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017159	GTT	2	6	2379	2384	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017159	T	6	6	2383	2388	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017159	GTC	2	6	2397	2402	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_017159	GACGG	2	10	2501	2510	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
52	NC_017159	A	6	6	2524	2529	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017159	TGT	2	6	2534	2539	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017159	TCAG	2	8	2542	2549	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
55	NC_017159	ACAG	2	8	2557	2564	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
56	NC_017159	T	7	7	2650	2656	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017159	T	6	6	2703	2708	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017159	TAC	2	6	2719	2724	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_017159	A	7	7	2744	2750	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017159	AAT	2	6	2797	2802	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017159	AACA	2	8	2926	2933	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
62	NC_017159	ACA	3	9	2931	2939	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_017159	CGA	2	6	3015	3020	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_017159	GGC	2	6	3024	3029	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_017159	TG	3	6	3032	3037	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017159	GAA	2	6	3058	3063	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017159	GCG	2	6	3406	3411	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_017159	CTCA	2	8	3423	3430	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
69	NC_017159	CA	3	6	3451	3456	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
70	NC_017159	A	6	6	3490	3495	100 %	0 %	0 %	0 %	384124312
71	NC_017159	C	6	6	3546	3551	0 %	0 %	0 %	100 %	384124312
72	NC_017159	C	6	6	3627	3632	0 %	0 %	0 %	100 %	384124312
73	NC_017159	TG	3	6	3780	3785	0 %	50 %	50 %	0 %	384124312
74	NC_017159	C	6	6	3792	3797	0 %	0 %	0 %	100 %	384124312
75	NC_017159	GCA	2	6	3876	3881	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_017159	TTGAAG	2	12	3923	3934	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017159	T	6	6	4059	4064	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017159	GCA	2	6	4074	4079	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_017159	A	7	7	4092	4098	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017159	AAG	2	6	4106	4111	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017159	CAG	2	6	4153	4158	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_017159	ATG	2	6	4165	4170	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017159	TGC	2	6	4186	4191	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_017159	TGTA	2	8	4216	4223	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017159	T	8	8	4262	4269	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017159	ATT	2	6	4307	4312	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017159	ATTT	2	8	4320	4327	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017159	ATC	2	6	4391	4396	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384124313
89	NC_017159	A	7	7	4411	4417	100 %	0 %	0 %	0 %	384124313
90	NC_017159	A	6	6	4548	4553	100 %	0 %	0 %	0 %	384124313
91	NC_017159	GAT	2	6	4586	4591	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384124313
92	NC_017159	AG	3	6	4615	4620	50 %	0 %	50 %	0 %	384124313
93	NC_017159	CTGT	2	8	4630	4637	0 %	50 %	25 %	25 %	384124313
94	NC_017159	TC	3	6	4648	4653	0 %	50 %	0 %	50 %	384124313
95	NC_017159	TAA	2	6	4654	4659	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384124313
96	NC_017159	A	7	7	4697	4703	100 %	0 %	0 %	0 %	384124313
97	NC_017159	TAG	2	6	4723	4728	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384124313
98	NC_017159	GAAA	2	8	4730	4737	75 %	0 %	25 %	0 %	384124313
99	NC_017159	TAT	2	6	4767	4772	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384124313
100	NC_017159	ATT	2	6	4792	4797	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017159	CAA	2	6	4887	4892	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384124314
102	NC_017159	TAT	2	6	4893	4898	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384124314
103	NC_017159	CCT	2	6	5169	5174	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384124314
104	NC_017159	ATA	2	6	5188	5193	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384124314
105	NC_017159	CTA	2	6	5312	5317	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384124314
106	NC_017159	CAA	2	6	5385	5390	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384124314
107	NC_017159	ACG	2	6	5401	5406	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384124314
108	NC_017159	TTA	2	6	5480	5485	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384124314
109	NC_017159	TCTT	2	8	5504	5511	0 %	75 %	0 %	25 %	384124314
110	NC_017159	ACC	2	6	5851	5856	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384124314
111	NC_017159	A	8	8	5908	5915	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017159	A	8	8	5925	5932	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017159	TAA	2	6	5966	5971	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017159	CGC	2	6	5977	5982	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
115	NC_017159	AAT	2	6	5998	6003	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017159	GGAAG	2	10	6048	6057	40 %	0 %	60 %	0 %	384124315
117	NC_017159	GCA	2	6	6062	6067	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384124315
118	NC_017159	A	7	7	6093	6099	100 %	0 %	0 %	0 %	384124315
119	NC_017159	CAAAA	2	10	6120	6129	80 %	0 %	0 %	20 %	384124315
120	NC_017159	CTG	2	6	6166	6171	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384124315
121	NC_017159	GAA	2	6	6196	6201	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384124315
122	NC_017159	AC	3	6	6236	6241	50 %	0 %	0 %	50 %	384124315
123	NC_017159	A	7	7	6363	6369	100 %	0 %	0 %	0 %	384124315
124	NC_017159	GAC	2	6	6545	6550	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_017159	ATT	2	6	6567	6572	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017159	ATT	2	6	6588	6593	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017159	ATA	2	6	6622	6627	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017159	AG	3	6	6643	6648	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017159	GAA	2	6	6665	6670	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384124316
130	NC_017159	GCA	2	6	6720	6725	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384124316
131	NC_017159	AT	3	6	6745	6750	50 %	50 %	0 %	0 %	384124316
132	NC_017159	GAA	2	6	6832	6837	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384124316
133	NC_017159	AT	3	6	6889	6894	50 %	50 %	0 %	0 %	384124316
134	NC_017159	ATGA	2	8	6984	6991	50 %	25 %	25 %	0 %	384124316
135	NC_017159	AATC	2	8	6993	7000	50 %	25 %	0 %	25 %	384124316
136	NC_017159	CTCAT	2	10	7016	7025	20 %	40 %	0 %	40 %	384124316
137	NC_017159	CAG	2	6	7114	7119	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384124316
138	NC_017159	GGT	2	6	7155	7160	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384124316
139	NC_017159	TAA	2	6	7172	7177	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384124316
140	NC_017159	AT	3	6	7247	7252	50 %	50 %	0 %	0 %	384124316
141	NC_017159	ATT	2	6	7298	7303	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384124316
142	NC_017159	ATG	2	6	7336	7341	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384124316
143	NC_017159	GA	3	6	7352	7357	50 %	0 %	50 %	0 %	384124316
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.