MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Yersinia pestis Antiqua plasmid pPCP

Total Repeats: 219

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008121	AACG	2	8	10	17	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
2	NC_008121	GCC	2	6	221	226	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	108793633
3	NC_008121	CGC	2	6	235	240	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	108793633
4	NC_008121	CTG	2	6	244	249	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	108793633
5	NC_008121	TCGC	2	8	334	341	0 %	25 %	25 %	50 %	108793633
6	NC_008121	CATT	2	8	388	395	25 %	50 %	0 %	25 %	108793633
7	NC_008121	TC	4	8	399	406	0 %	50 %	0 %	50 %	108793633
8	NC_008121	CAGGAG	2	12	414	425	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	108793633
9	NC_008121	GTTCG	2	10	432	441	0 %	40 %	40 %	20 %	108793633
10	NC_008121	GAC	2	6	454	459	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	108793633
11	NC_008121	CTT	2	6	611	616	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	108793633
12	NC_008121	TGG	2	6	617	622	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	108793633
13	NC_008121	CG	3	6	628	633	0 %	0 %	50 %	50 %	108793633
14	NC_008121	TC	3	6	742	747	0 %	50 %	0 %	50 %	108793633
15	NC_008121	AAGGT	2	10	781	790	40 %	20 %	40 %	0 %	108793633
16	NC_008121	GCTG	2	8	901	908	0 %	25 %	50 %	25 %	108793633
17	NC_008121	AGC	2	6	976	981	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	108793633
18	NC_008121	A	6	6	1008	1013	100 %	0 %	0 %	0 %	108793633
19	NC_008121	TGA	2	6	1031	1036	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	108793633
20	NC_008121	CAT	2	6	1068	1073	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	108793633
21	NC_008121	TGA	2	6	1113	1118	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	108793633
22	NC_008121	AGCGC	2	10	1181	1190	20 %	0 %	40 %	40 %	108793634
23	NC_008121	GAA	2	6	1259	1264	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	108793634
24	NC_008121	TCA	2	6	1276	1281	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	108793634
25	NC_008121	CGG	2	6	1320	1325	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	108793634
26	NC_008121	CTCA	2	8	1396	1403	25 %	25 %	0 %	50 %	108793634
27	NC_008121	CAG	3	9	1524	1532	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	108793634
28	NC_008121	ACG	2	6	1580	1585	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	108793634
29	NC_008121	C	6	6	1605	1610	0 %	0 %	0 %	100 %	108793634
30	NC_008121	TCA	2	6	1617	1622	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	108793634
31	NC_008121	TGA	2	6	1624	1629	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	108793634
32	NC_008121	TCAG	2	8	1647	1654	25 %	25 %	25 %	25 %	108793634
33	NC_008121	GAA	2	6	1655	1660	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	108793634
34	NC_008121	TTC	2	6	1670	1675	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	108793634
35	NC_008121	GCA	2	6	1766	1771	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	108793634
36	NC_008121	TCAAA	2	10	1819	1828	60 %	20 %	0 %	20 %	108793634
37	NC_008121	CAGA	2	8	1846	1853	50 %	0 %	25 %	25 %	108793634
38	NC_008121	TGG	2	6	1919	1924	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_008121	CGT	2	6	1950	1955	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_008121	TGA	2	6	1964	1969	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_008121	T	6	6	2021	2026	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_008121	CAG	2	6	2102	2107	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_008121	ACA	2	6	2122	2127	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_008121	A	6	6	2138	2143	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_008121	AC	3	6	2217	2222	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
46	NC_008121	GAT	2	6	2247	2252	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
47	NC_008121	T	6	6	2379	2384	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_008121	GTT	2	6	2387	2392	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
49	NC_008121	T	6	6	2391	2396	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_008121	GTC	2	6	2405	2410	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_008121	GACGG	2	10	2509	2518	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
52	NC_008121	A	6	6	2532	2537	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_008121	TGT	2	6	2542	2547	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
54	NC_008121	TCAG	2	8	2550	2557	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
55	NC_008121	ACAG	2	8	2565	2572	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
56	NC_008121	T	7	7	2658	2664	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_008121	T	6	6	2711	2716	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_008121	TAC	2	6	2727	2732	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_008121	A	7	7	2752	2758	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_008121	AAT	2	6	2805	2810	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_008121	AACA	2	8	2934	2941	75 %	0 %	0 %	25 %	108793640
62	NC_008121	ACA	3	9	2939	2947	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	108793640
63	NC_008121	CGA	2	6	3023	3028	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	108793640
64	NC_008121	GGC	2	6	3032	3037	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	108793640
65	NC_008121	TG	3	6	3040	3045	0 %	50 %	50 %	0 %	108793640
66	NC_008121	GAA	2	6	3066	3071	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	108793640
67	NC_008121	TGA	2	6	3131	3136	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
68	NC_008121	T	6	6	3188	3193	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_008121	CAG	2	6	3269	3274	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_008121	ACA	2	6	3289	3294	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_008121	A	6	6	3305	3310	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_008121	AC	3	6	3384	3389	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
73	NC_008121	GAT	2	6	3414	3419	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
74	NC_008121	T	6	6	3546	3551	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_008121	GTT	2	6	3554	3559	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
76	NC_008121	T	6	6	3558	3563	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_008121	GTC	2	6	3572	3577	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_008121	GACGG	2	10	3676	3685	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
79	NC_008121	A	6	6	3699	3704	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_008121	TGT	2	6	3709	3714	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
81	NC_008121	TCAG	2	8	3717	3724	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
82	NC_008121	ACAG	2	8	3732	3739	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
83	NC_008121	T	7	7	3825	3831	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_008121	T	6	6	3878	3883	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_008121	TAC	2	6	3894	3899	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_008121	A	7	7	3919	3925	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_008121	AAT	2	6	3972	3977	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_008121	AACA	2	8	4101	4108	75 %	0 %	0 %	25 %	108793641
89	NC_008121	ACA	3	9	4106	4114	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	108793641
90	NC_008121	CGA	2	6	4190	4195	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	108793641
91	NC_008121	GGC	2	6	4199	4204	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	108793641
92	NC_008121	TG	3	6	4207	4212	0 %	50 %	50 %	0 %	108793641
93	NC_008121	GAA	2	6	4233	4238	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	108793641
94	NC_008121	GCG	2	6	4581	4586	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_008121	CTCA	2	8	4598	4605	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
96	NC_008121	CA	3	6	4626	4631	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
97	NC_008121	A	6	6	4665	4670	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_008121	C	6	6	4721	4726	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
99	NC_008121	C	6	6	4802	4807	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
100	NC_008121	TG	3	6	4955	4960	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
101	NC_008121	C	6	6	4967	4972	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
102	NC_008121	GCA	2	6	5051	5056	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_008121	TTGAAG	2	12	5098	5109	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
104	NC_008121	T	6	6	5234	5239	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_008121	GCA	2	6	5249	5254	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_008121	A	7	7	5267	5273	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_008121	AAG	2	6	5281	5286	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
108	NC_008121	CAG	2	6	5328	5333	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_008121	ATG	2	6	5340	5345	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
110	NC_008121	TGC	2	6	5361	5366	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_008121	TGTA	2	8	5391	5398	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
112	NC_008121	T	8	8	5437	5444	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_008121	ATT	2	6	5482	5487	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_008121	ATTT	2	8	5495	5502	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_008121	ATC	2	6	5566	5571	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_008121	A	7	7	5586	5592	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_008121	A	6	6	5723	5728	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_008121	GAT	2	6	5761	5766	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
119	NC_008121	AG	3	6	5790	5795	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
120	NC_008121	CTGT	2	8	5805	5812	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
121	NC_008121	TC	3	6	5823	5828	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
122	NC_008121	TAA	2	6	5829	5834	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_008121	A	7	7	5872	5878	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_008121	TAG	2	6	5898	5903	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
125	NC_008121	GAAA	2	8	5905	5912	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
126	NC_008121	TAT	2	6	5942	5947	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_008121	ATT	2	6	5967	5972	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_008121	CAA	2	6	6062	6067	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	108793635
129	NC_008121	TAT	2	6	6068	6073	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	108793635
130	NC_008121	CCT	2	6	6344	6349	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	108793635
131	NC_008121	ATA	2	6	6363	6368	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	108793635
132	NC_008121	CTA	2	6	6487	6492	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	108793635
133	NC_008121	CAA	2	6	6560	6565	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	108793635
134	NC_008121	ACG	2	6	6576	6581	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	108793635
135	NC_008121	TTA	2	6	6655	6660	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	108793635
136	NC_008121	TCTT	2	8	6679	6686	0 %	75 %	0 %	25 %	108793635
137	NC_008121	ACC	2	6	7026	7031	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	108793635
138	NC_008121	A	8	8	7083	7090	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_008121	A	8	8	7100	7107	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_008121	TAA	2	6	7141	7146	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_008121	CGC	2	6	7152	7157	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
142	NC_008121	AAT	2	6	7173	7178	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_008121	GGAAG	2	10	7223	7232	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
144	NC_008121	GCA	2	6	7237	7242	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
145	NC_008121	A	7	7	7268	7274	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_008121	CAAAA	2	10	7295	7304	80 %	0 %	0 %	20 %	108793636
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.