MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Yersinia pestis biovar Microtus str. 91001 plasmid pPCP1

Total Repeats: 192

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_005816	AACG	2	8	4	11	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
2	NC_005816	GCC	2	6	215	220	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	45478712
3	NC_005816	CGC	2	6	229	234	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	45478712
4	NC_005816	CTG	2	6	238	243	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	45478712
5	NC_005816	TCGC	2	8	328	335	0 %	25 %	25 %	50 %	45478712
6	NC_005816	CATT	2	8	382	389	25 %	50 %	0 %	25 %	45478712
7	NC_005816	TC	4	8	393	400	0 %	50 %	0 %	50 %	45478712
8	NC_005816	CAGGAG	2	12	408	419	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	45478712
9	NC_005816	GTTCG	2	10	426	435	0 %	40 %	40 %	20 %	45478712
10	NC_005816	GAC	2	6	448	453	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	45478712
11	NC_005816	CTT	2	6	605	610	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	45478712
12	NC_005816	TGG	2	6	611	616	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	45478712
13	NC_005816	CG	3	6	622	627	0 %	0 %	50 %	50 %	45478712
14	NC_005816	TC	3	6	736	741	0 %	50 %	0 %	50 %	45478712
15	NC_005816	AAGGT	2	10	775	784	40 %	20 %	40 %	0 %	45478712
16	NC_005816	GCTG	2	8	895	902	0 %	25 %	50 %	25 %	45478712
17	NC_005816	AGC	2	6	970	975	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	45478712
18	NC_005816	A	6	6	1002	1007	100 %	0 %	0 %	0 %	45478712
19	NC_005816	TGA	2	6	1025	1030	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	45478712
20	NC_005816	CAT	2	6	1062	1067	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	45478712
21	NC_005816	TGA	2	6	1107	1112	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	45478712
22	NC_005816	AGCGC	2	10	1175	1184	20 %	0 %	40 %	40 %	45478713
23	NC_005816	GAA	2	6	1253	1258	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	45478713
24	NC_005816	TCA	2	6	1270	1275	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	45478713
25	NC_005816	CGG	2	6	1314	1319	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	45478713
26	NC_005816	CTCA	2	8	1390	1397	25 %	25 %	0 %	50 %	45478713
27	NC_005816	CAG	3	9	1518	1526	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	45478713
28	NC_005816	ACG	2	6	1574	1579	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	45478713
29	NC_005816	C	6	6	1599	1604	0 %	0 %	0 %	100 %	45478713
30	NC_005816	TCA	2	6	1611	1616	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	45478713
31	NC_005816	TGA	2	6	1618	1623	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	45478713
32	NC_005816	TCAG	2	8	1641	1648	25 %	25 %	25 %	25 %	45478713
33	NC_005816	GAA	2	6	1649	1654	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	45478713
34	NC_005816	TTC	2	6	1664	1669	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	45478713
35	NC_005816	GCA	2	6	1760	1765	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	45478713
36	NC_005816	TCAAA	2	10	1813	1822	60 %	20 %	0 %	20 %	45478713
37	NC_005816	CAGA	2	8	1840	1847	50 %	0 %	25 %	25 %	45478713
38	NC_005816	TGG	2	6	1913	1918	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_005816	CGT	2	6	1944	1949	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_005816	TGA	2	6	1958	1963	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_005816	T	6	6	2015	2020	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_005816	CAG	2	6	2096	2101	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_005816	ACA	2	6	2116	2121	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_005816	A	6	6	2132	2137	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_005816	AC	3	6	2211	2216	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
46	NC_005816	GAT	2	6	2241	2246	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
47	NC_005816	T	6	6	2373	2378	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_005816	GTT	2	6	2381	2386	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
49	NC_005816	T	6	6	2385	2390	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_005816	GTC	2	6	2399	2404	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_005816	GACGG	2	10	2503	2512	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
52	NC_005816	A	6	6	2526	2531	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_005816	TGT	2	6	2536	2541	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
54	NC_005816	TCAG	2	8	2544	2551	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
55	NC_005816	ACAG	2	8	2559	2566	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
56	NC_005816	T	7	7	2652	2658	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_005816	T	6	6	2705	2710	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_005816	TAC	2	6	2721	2726	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_005816	A	7	7	2746	2752	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_005816	AAT	2	6	2799	2804	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_005816	AACA	2	8	2928	2935	75 %	0 %	0 %	25 %	45478714
62	NC_005816	ACA	3	9	2933	2941	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	45478714
63	NC_005816	CGA	2	6	3017	3022	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	45478714
64	NC_005816	GGC	2	6	3026	3031	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	45478714
65	NC_005816	TG	3	6	3034	3039	0 %	50 %	50 %	0 %	45478714
66	NC_005816	GAA	2	6	3060	3065	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	45478714
67	NC_005816	GCG	2	6	3408	3413	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_005816	CTCA	2	8	3425	3432	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
69	NC_005816	CA	3	6	3453	3458	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
70	NC_005816	A	6	6	3492	3497	100 %	0 %	0 %	0 %	45478715
71	NC_005816	C	6	6	3548	3553	0 %	0 %	0 %	100 %	45478715
72	NC_005816	C	6	6	3629	3634	0 %	0 %	0 %	100 %	45478715
73	NC_005816	TG	3	6	3782	3787	0 %	50 %	50 %	0 %	45478715
74	NC_005816	C	6	6	3794	3799	0 %	0 %	0 %	100 %	45478715
75	NC_005816	GCA	2	6	3878	3883	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_005816	TTGAAG	2	12	3925	3936	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_005816	T	6	6	4061	4066	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_005816	GCA	2	6	4076	4081	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_005816	A	7	7	4094	4100	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_005816	AAG	2	6	4108	4113	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
81	NC_005816	CAG	2	6	4155	4160	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_005816	ATG	2	6	4167	4172	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
83	NC_005816	TGC	2	6	4188	4193	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_005816	TGTA	2	8	4218	4225	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
85	NC_005816	T	8	8	4264	4271	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_005816	ATT	2	6	4309	4314	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_005816	ATTT	2	8	4322	4329	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_005816	ATC	2	6	4393	4398	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	45478716
89	NC_005816	A	7	7	4413	4419	100 %	0 %	0 %	0 %	45478716
90	NC_005816	A	6	6	4550	4555	100 %	0 %	0 %	0 %	45478716
91	NC_005816	GAT	2	6	4588	4593	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	45478716
92	NC_005816	AG	3	6	4617	4622	50 %	0 %	50 %	0 %	45478716
93	NC_005816	CTGT	2	8	4632	4639	0 %	50 %	25 %	25 %	45478716
94	NC_005816	TC	3	6	4650	4655	0 %	50 %	0 %	50 %	45478716
95	NC_005816	TAA	2	6	4656	4661	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	45478716
96	NC_005816	A	7	7	4699	4705	100 %	0 %	0 %	0 %	45478716
97	NC_005816	TAG	2	6	4725	4730	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	45478716
98	NC_005816	GAAA	2	8	4732	4739	75 %	0 %	25 %	0 %	45478716
99	NC_005816	TAT	2	6	4769	4774	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	45478716
100	NC_005816	ATT	2	6	4794	4799	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_005816	CAA	2	6	4889	4894	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	45478717
102	NC_005816	TAT	2	6	4895	4900	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	45478717
103	NC_005816	CCT	2	6	5171	5176	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	45478717
104	NC_005816	ATA	2	6	5190	5195	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	45478717
105	NC_005816	CTA	2	6	5314	5319	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	45478717
106	NC_005816	CAA	2	6	5387	5392	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	45478717
107	NC_005816	ACG	2	6	5403	5408	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	45478717
108	NC_005816	TTA	2	6	5482	5487	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	45478717
109	NC_005816	TCTT	2	8	5506	5513	0 %	75 %	0 %	25 %	45478717
110	NC_005816	ACC	2	6	5853	5858	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	45478717
111	NC_005816	A	8	8	5910	5917	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_005816	A	7	7	5927	5933	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_005816	TAA	2	6	5967	5972	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_005816	CGC	2	6	5978	5983	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
115	NC_005816	AAT	2	6	5999	6004	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_005816	GGAAG	2	10	6049	6058	40 %	0 %	60 %	0 %	45478718
117	NC_005816	GCA	2	6	6063	6068	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	45478718
118	NC_005816	A	7	7	6094	6100	100 %	0 %	0 %	0 %	45478718
119	NC_005816	CAAAA	2	10	6121	6130	80 %	0 %	0 %	20 %	45478718
120	NC_005816	CTG	2	6	6167	6172	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	45478718
121	NC_005816	GAA	2	6	6197	6202	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	45478718
122	NC_005816	AC	3	6	6237	6242	50 %	0 %	0 %	50 %	45478718
123	NC_005816	A	7	7	6364	6370	100 %	0 %	0 %	0 %	45478718
124	NC_005816	GAC	2	6	6546	6551	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_005816	ATT	2	6	6568	6573	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_005816	ATT	2	6	6589	6594	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_005816	ATA	2	6	6623	6628	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_005816	AG	3	6	6644	6649	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
129	NC_005816	GAA	2	6	6666	6671	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	45478719
130	NC_005816	GCA	2	6	6721	6726	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	45478719
131	NC_005816	AT	3	6	6746	6751	50 %	50 %	0 %	0 %	45478719
132	NC_005816	GAA	2	6	6833	6838	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	45478719
133	NC_005816	AT	3	6	6890	6895	50 %	50 %	0 %	0 %	45478719
134	NC_005816	ATGA	2	8	6985	6992	50 %	25 %	25 %	0 %	45478719
135	NC_005816	AATC	2	8	6994	7001	50 %	25 %	0 %	25 %	45478719
136	NC_005816	CTCAT	2	10	7017	7026	20 %	40 %	0 %	40 %	45478719
137	NC_005816	CAG	2	6	7115	7120	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	45478719
138	NC_005816	GGT	2	6	7156	7161	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	45478719
139	NC_005816	TAA	2	6	7173	7178	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	45478719
140	NC_005816	AT	3	6	7248	7253	50 %	50 %	0 %	0 %	45478719
141	NC_005816	ATT	2	6	7299	7304	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	45478719
142	NC_005816	ATG	2	6	7337	7342	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	45478719
143	NC_005816	GA	3	6	7353	7358	50 %	0 %	50 %	0 %	45478719
144	NC_005816	TTA	2	6	7392	7397	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	45478719
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192	NC_005816	ATA	2	6	9570	9575	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.