MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Xanthomonas axonopodis pv. citri str. 306 chromosome

Total Repeats: 127074

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
127001	NC_003919	GCG	2	6	5172798	5172803	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	77748781
127002	NC_003919	GCA	2	6	5172804	5172809	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	77748781
127003	NC_003919	TCGC	2	8	5172810	5172817	0 %	25 %	25 %	50 %	77748781
127004	NC_003919	TGCC	2	8	5172822	5172829	0 %	25 %	25 %	50 %	77748781
127005	NC_003919	GCCAGC	2	12	5172837	5172848	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	77748781
127006	NC_003919	ACG	2	6	5172900	5172905	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	77748781
127007	NC_003919	ACA	2	6	5172924	5172929	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
127008	NC_003919	GCG	2	6	5172968	5172973	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
127009	NC_003919	CTT	2	6	5172977	5172982	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
127010	NC_003919	ACTT	2	8	5172985	5172992	25 %	50 %	0 %	25 %	21245084
127011	NC_003919	GAT	2	6	5173005	5173010	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	21245084
127012	NC_003919	ATC	2	6	5173039	5173044	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	21245084
127013	NC_003919	CAGGCC	2	12	5173059	5173070	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	21245084
127014	NC_003919	ACC	2	6	5173078	5173083	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	21245084
127015	NC_003919	GGCC	2	8	5173097	5173104	0 %	0 %	50 %	50 %	21245084
127016	NC_003919	CAT	2	6	5173116	5173121	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	21245084
127017	NC_003919	CAT	2	6	5173149	5173154	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	21245084
127018	NC_003919	CGGGGT	2	12	5173179	5173190	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	21245084
127019	NC_003919	CG	3	6	5173250	5173255	0 %	0 %	50 %	50 %	21245084
127020	NC_003919	CCAGC	2	10	5173272	5173281	20 %	0 %	20 %	60 %	21245084
127021	NC_003919	CCA	2	6	5173310	5173315	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	21245084
127022	NC_003919	GAA	2	6	5173332	5173337	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	21245084
127023	NC_003919	GGCA	2	8	5173360	5173367	25 %	0 %	50 %	25 %	21245084
127024	NC_003919	GCC	2	6	5173368	5173373	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	21245084
127025	NC_003919	CTT	2	6	5173392	5173397	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	21245084
127026	NC_003919	TCG	2	6	5173409	5173414	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	21245084
127027	NC_003919	CTG	2	6	5173416	5173421	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	21245084
127028	NC_003919	TCG	2	6	5173435	5173440	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	21245084
127029	NC_003919	GCA	3	9	5173538	5173546	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	21245084
127030	NC_003919	CCA	2	6	5173547	5173552	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	21245084
127031	NC_003919	GAT	2	6	5173557	5173562	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	21245084
127032	NC_003919	GAT	2	6	5173626	5173631	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	21245084
127033	NC_003919	CCCA	2	8	5173717	5173724	25 %	0 %	0 %	75 %	21245084
127034	NC_003919	GC	3	6	5173728	5173733	0 %	0 %	50 %	50 %	21245084
127035	NC_003919	CG	3	6	5173796	5173801	0 %	0 %	50 %	50 %	21245084
127036	NC_003919	GAA	2	6	5173860	5173865	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	21245084
127037	NC_003919	GTG	2	6	5173866	5173871	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	21245084
127038	NC_003919	GCA	2	6	5173874	5173879	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	21245084
127039	NC_003919	GCC	2	6	5173890	5173895	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	21245084
127040	NC_003919	CGT	2	6	5173919	5173924	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	21245084
127041	NC_003919	GC	3	6	5174075	5174080	0 %	0 %	50 %	50 %	21245084
127042	NC_003919	TTG	2	6	5174086	5174091	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	21245084
127043	NC_003919	CAC	2	6	5174187	5174192	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	21245084
127044	NC_003919	CGT	2	6	5174223	5174228	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	21245084
127045	NC_003919	GCT	2	6	5174234	5174239	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	21245084
127046	NC_003919	GCC	2	6	5174250	5174255	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	21245084
127047	NC_003919	TGG	2	6	5174294	5174299	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	21245084
127048	NC_003919	CAG	2	6	5174328	5174333	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	21245084
127049	NC_003919	GCA	2	6	5174372	5174377	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	21245084
127050	NC_003919	GCA	2	6	5174417	5174422	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	21245084
127051	NC_003919	CAC	2	6	5174439	5174444	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	21245084
127052	NC_003919	GCG	2	6	5174449	5174454	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	21245084
127053	NC_003919	GCA	2	6	5174458	5174463	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	21245084
127054	NC_003919	CGG	2	6	5174474	5174479	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	21245084
127055	NC_003919	GC	3	6	5174507	5174512	0 %	0 %	50 %	50 %	21245084
127056	NC_003919	AGC	2	6	5174532	5174537	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	21245084
127057	NC_003919	GCC	2	6	5174581	5174586	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	21245084
127058	NC_003919	TCCA	2	8	5174647	5174654	25 %	25 %	0 %	50 %	21245084
127059	NC_003919	CAG	2	6	5174655	5174660	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	21245084
127060	NC_003919	CGC	2	6	5174661	5174666	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	21245084
127061	NC_003919	GCA	2	6	5174715	5174720	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
127062	NC_003919	GGA	2	6	5174764	5174769	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	21245085
127063	NC_003919	GGCG	2	8	5174785	5174792	0 %	0 %	75 %	25 %	21245085
127064	NC_003919	GCCG	2	8	5174800	5174807	0 %	0 %	50 %	50 %	21245085
127065	NC_003919	CAG	2	6	5174808	5174813	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	21245085
127066	NC_003919	GCA	2	6	5174838	5174843	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	21245085
127067	NC_003919	GC	3	6	5174896	5174901	0 %	0 %	50 %	50 %	21245085
127068	NC_003919	GCG	3	9	5175030	5175038	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	21245085
127069	NC_003919	GCG	2	6	5175201	5175206	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
127070	NC_003919	GCG	3	9	5175243	5175251	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	21245086
127071	NC_003919	CGG	2	6	5175272	5175277	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	21245086
127072	NC_003919	TGG	2	6	5175344	5175349	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	21245086
127073	NC_003919	GCG	3	9	5175408	5175416	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
127074	NC_003919	CCG	2	6	5175438	5175443	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding

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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.