MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Vibrio parahaemolyticus BB22OP chromosome 1

Total Repeats: 10698

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
10501	NC_019955	CAT	2	6	3222419	3222424	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10502	NC_019955	CCG	2	6	3222495	3222500	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
10503	NC_019955	GCC	2	6	3222570	3222575	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
10504	NC_019955	ATC	2	6	3222746	3222751	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10505	NC_019955	CA	3	6	3222762	3222767	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
10506	NC_019955	T	7	7	3223011	3223017	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
10507	NC_019955	T	6	6	3223031	3223036	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
10508	NC_019955	ACT	2	6	3223057	3223062	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10509	NC_019955	TAA	2	6	3223094	3223099	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10510	NC_019955	CTTA	2	8	3224782	3224789	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
10511	NC_019955	CTAT	3	12	3224834	3224845	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
10512	NC_019955	TTA	2	6	3225788	3225793	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10513	NC_019955	TGGC	2	8	3225816	3225823	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
10514	NC_019955	TAT	2	6	3226415	3226420	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10515	NC_019955	ATTC	2	8	3226440	3226447	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
10516	NC_019955	T	7	7	3226464	3226470	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
10517	NC_019955	CAA	3	9	3226491	3226499	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10518	NC_019955	ATC	2	6	3226601	3226606	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10519	NC_019955	AGC	2	6	3226642	3226647	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
10520	NC_019955	GGT	2	6	3226687	3226692	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
10521	NC_019955	CTC	2	6	3226707	3226712	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
10522	NC_019955	AGC	2	6	3226733	3226738	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
10523	NC_019955	ATC	2	6	3226763	3226768	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10524	NC_019955	GGT	2	6	3226778	3226783	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
10525	NC_019955	GGC	2	6	3226804	3226809	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
10526	NC_019955	CTAT	2	8	3226880	3226887	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
10527	NC_019955	CAT	2	6	3226996	3227001	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10528	NC_019955	CAA	2	6	3231688	3231693	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10529	NC_019955	GAAG	2	8	3232273	3232280	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
10530	NC_019955	TTA	2	6	3233248	3233253	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10531	NC_019955	AAT	2	6	3233259	3233264	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10532	NC_019955	CTTTA	2	10	3233294	3233303	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
10533	NC_019955	CCT	2	6	3239710	3239715	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
10534	NC_019955	TAC	3	9	3239730	3239738	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10535	NC_019955	GA	3	6	3239799	3239804	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
10536	NC_019955	CA	3	6	3240026	3240031	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
10537	NC_019955	GCG	2	6	3240177	3240182	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
10538	NC_019955	TCCT	2	8	3240202	3240209	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
10539	NC_019955	TTC	2	6	3240219	3240224	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10540	NC_019955	CTC	2	6	3240572	3240577	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
10541	NC_019955	T	7	7	3240586	3240592	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
10542	NC_019955	TTA	2	6	3240641	3240646	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10543	NC_019955	TGT	2	6	3240666	3240671	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10544	NC_019955	TAAT	2	8	3240745	3240752	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
10545	NC_019955	GCC	2	6	3240784	3240789	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
10546	NC_019955	A	6	6	3240799	3240804	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
10547	NC_019955	AAG	2	6	3240809	3240814	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10548	NC_019955	ACA	2	6	3244853	3244858	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10549	NC_019955	TAA	2	6	3244874	3244879	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10550	NC_019955	ATTC	2	8	3244979	3244986	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
10551	NC_019955	ACA	2	6	3244988	3244993	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10552	NC_019955	GCG	2	6	3245973	3245978	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
10553	NC_019955	CGC	2	6	3245993	3245998	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
10554	NC_019955	CTC	2	6	3246002	3246007	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
10555	NC_019955	TAA	2	6	3246655	3246660	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10556	NC_019955	TGT	2	6	3246685	3246690	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10557	NC_019955	TCAT	2	8	3246746	3246753	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
10558	NC_019955	CTC	2	6	3246816	3246821	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
10559	NC_019955	AATA	2	8	3246825	3246832	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
10560	NC_019955	CAA	2	6	3246852	3246857	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10561	NC_019955	AG	3	6	3246882	3246887	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
10562	NC_019955	AAG	2	6	3246936	3246941	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10563	NC_019955	GTT	2	6	3246992	3246997	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10564	NC_019955	TCG	2	6	3247033	3247038	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
10565	NC_019955	AACT	2	8	3247051	3247058	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
10566	NC_019955	TAA	2	6	3247100	3247105	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10567	NC_019955	ATCTT	2	10	3247129	3247138	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
10568	NC_019955	TATT	2	8	3247531	3247538	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
10569	NC_019955	ATC	2	6	3247571	3247576	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10570	NC_019955	TCT	2	6	3247583	3247588	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10571	NC_019955	GAT	2	6	3247593	3247598	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10572	NC_019955	TTA	2	6	3247617	3247622	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10573	NC_019955	TTTA	2	8	3247628	3247635	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
10574	NC_019955	CAA	2	6	3249081	3249086	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10575	NC_019955	ATT	2	6	3249103	3249108	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10576	NC_019955	T	6	6	3249144	3249149	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
10577	NC_019955	A	7	7	3249376	3249382	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
10578	NC_019955	ATA	2	6	3249422	3249427	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10579	NC_019955	TAA	2	6	3249452	3249457	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10580	NC_019955	CGA	2	6	3251643	3251648	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
10581	NC_019955	TCGCT	2	10	3251690	3251699	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
10582	NC_019955	CT	3	6	3251698	3251703	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
10583	NC_019955	AAG	2	6	3251770	3251775	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10584	NC_019955	TCAA	2	8	3251877	3251884	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
10585	NC_019955	AG	3	6	3251934	3251939	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
10586	NC_019955	CAA	2	6	3252024	3252029	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10587	NC_019955	ATA	2	6	3252097	3252102	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10588	NC_019955	AATC	2	8	3252115	3252122	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
10589	NC_019955	A	6	6	3252149	3252154	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
10590	NC_019955	ATG	2	6	3252160	3252165	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10591	NC_019955	CTG	2	6	3252196	3252201	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
10592	NC_019955	GTC	2	6	3252280	3252285	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
10593	NC_019955	CGA	2	6	3252340	3252345	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
10594	NC_019955	A	6	6	3252416	3252421	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
10595	NC_019955	TGA	2	6	3252454	3252459	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10596	NC_019955	TAA	2	6	3252489	3252494	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10597	NC_019955	CAAT	2	8	3252514	3252521	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
10598	NC_019955	TA	4	8	3252687	3252694	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
10599	NC_019955	ATGT	2	8	3252823	3252830	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
10600	NC_019955	AATT	2	8	3252876	3252883	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
10601	NC_019955	AAC	2	6	3252947	3252952	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10602	NC_019955	GGA	2	6	3252976	3252981	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
10603	NC_019955	TGT	2	6	3253272	3253277	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10604	NC_019955	CGG	2	6	3253287	3253292	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
10605	NC_019955	TCA	2	6	3253339	3253344	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10606	NC_019955	ACG	2	6	3253361	3253366	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
10607	NC_019955	TGTCA	2	10	3253403	3253412	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
10608	NC_019955	GAT	2	6	3253454	3253459	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10609	NC_019955	T	6	6	3253555	3253560	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
10610	NC_019955	T	6	6	3253606	3253611	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
10611	NC_019955	GTT	2	6	3253629	3253634	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10612	NC_019955	TCT	2	6	3253669	3253674	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10613	NC_019955	ATA	2	6	3253785	3253790	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10614	NC_019955	AC	3	6	3253806	3253811	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
10615	NC_019955	G	6	6	3256485	3256490	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
10616	NC_019955	AGAA	2	8	3256555	3256562	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
10617	NC_019955	T	6	6	3256563	3256568	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
10618	NC_019955	A	6	6	3256603	3256608	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
10619	NC_019955	ATA	2	6	3256649	3256654	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10620	NC_019955	CCT	2	6	3256676	3256681	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
10621	NC_019955	TG	3	6	3256733	3256738	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
10622	NC_019955	T	6	6	3256825	3256830	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
10623	NC_019955	AGG	2	6	3256869	3256874	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
10624	NC_019955	CTG	2	6	3256895	3256900	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
10625	NC_019955	TGCG	2	8	3256902	3256909	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
10626	NC_019955	CAG	2	6	3256940	3256945	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
10627	NC_019955	TG	3	6	3256970	3256975	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
10628	NC_019955	ACCA	2	8	3256992	3256999	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
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10630	NC_019955	CAA	2	6	3257214	3257219	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.