MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Vibrio cholerae LMA3984-4 chromosome II

Total Repeats: 3729

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017269	TTC	2	6	74	79	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_017269	TCC	2	6	271	276	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
3	NC_017269	GAT	2	6	299	304	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017269	CAG	2	6	311	316	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_017269	TTC	2	6	325	330	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_017269	A	6	6	334	339	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017269	TCA	2	6	369	374	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_017269	GAT	2	6	427	432	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017269	TCG	2	6	444	449	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_017269	TGA	2	6	517	522	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017269	TCAA	2	8	546	553	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
12	NC_017269	AAC	2	6	568	573	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_017269	ATC	2	6	688	693	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_017269	CT	3	6	694	699	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
15	NC_017269	ATC	2	6	702	707	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_017269	AGGA	2	8	732	739	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017269	TG	3	6	787	792	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017269	TGA	2	6	843	848	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017269	AAT	2	6	938	943	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017269	ACA	2	6	1045	1050	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_017269	TTTA	2	8	1059	1066	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017269	ACA	2	6	3155	3160	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_017269	CCG	2	6	3182	3187	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
24	NC_017269	TGA	2	6	3226	3231	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017269	GCTC	2	8	3271	3278	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
26	NC_017269	T	7	7	3279	3285	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017269	AG	3	6	3959	3964	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017269	CTTA	2	8	4395	4402	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
29	NC_017269	CAG	2	6	4734	4739	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_017269	AG	3	6	4796	4801	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017269	TCA	2	6	6566	6571	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_017269	AAC	2	6	6618	6623	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_017269	GTT	2	6	8306	8311	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017269	AGCGGT	2	12	8329	8340	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_017269	CTTG	2	8	8397	8404	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
36	NC_017269	TAA	2	6	8451	8456	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017269	AGTG	2	8	8483	8490	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017269	AG	3	6	8516	8521	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017269	TAG	2	6	8989	8994	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017269	CTT	2	6	9032	9037	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_017269	TGG	2	6	9089	9094	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017269	TCA	2	6	9244	9249	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_017269	AATG	2	8	9251	9258	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017269	GTG	2	6	9274	9279	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017269	AGC	2	6	9292	9297	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_017269	TGC	2	6	9371	9376	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_017269	TGGT	2	8	9409	9416	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017269	ATC	2	6	9456	9461	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_017269	AGC	2	6	9478	9483	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_017269	GC	3	6	9564	9569	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
51	NC_017269	GC	5	10	9596	9605	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
52	NC_017269	CAG	2	6	9714	9719	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_017269	AG	3	6	9723	9728	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017269	GCG	2	6	9910	9915	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_017269	GC	3	6	9956	9961	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
56	NC_017269	TGC	2	6	10003	10008	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_017269	TCAA	2	8	10012	10019	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
58	NC_017269	AGT	2	6	10093	10098	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017269	CTG	2	6	10149	10154	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_017269	CAT	2	6	10155	10160	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_017269	TTCAC	2	10	10195	10204	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
62	NC_017269	CGA	2	6	10205	10210	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_017269	CAGC	2	8	10271	10278	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
64	NC_017269	TGG	2	6	10352	10357	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017269	CGC	2	6	10389	10394	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
66	NC_017269	CAT	2	6	10415	10420	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_017269	GCCA	2	8	10441	10448	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
68	NC_017269	TTGA	2	8	10500	10507	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017269	CGC	2	6	10509	10514	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
70	NC_017269	CAG	2	6	10578	10583	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_017269	TGA	2	6	10621	10626	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017269	GGC	3	9	10653	10661	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_017269	TCTTGC	2	12	10672	10683	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_017269	GC	3	6	10692	10697	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
75	NC_017269	AGTT	2	8	10748	10755	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017269	CAT	2	6	10817	10822	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_017269	GCT	2	6	10836	10841	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_017269	TCG	2	6	10903	10908	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_017269	CTT	2	6	10922	10927	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_017269	GAGC	2	8	10985	10992	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
81	NC_017269	TGC	2	6	11005	11010	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_017269	GTTG	2	8	11105	11112	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017269	GTC	2	6	11122	11127	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_017269	CACG	2	8	11177	11184	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
85	NC_017269	AGG	2	6	11205	11210	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017269	ACC	2	6	11227	11232	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
87	NC_017269	A	8	8	11260	11267	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017269	TCA	2	6	11290	11295	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_017269	GGT	2	6	11303	11308	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017269	CAC	2	6	11319	11324	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
91	NC_017269	TGA	2	6	11382	11387	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017269	GCA	2	6	11459	11464	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_017269	ATC	2	6	11499	11504	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_017269	TGG	2	6	11555	11560	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017269	CGG	2	6	11573	11578	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_017269	TGC	2	6	11614	11619	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_017269	TCT	2	6	11696	11701	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_017269	TC	3	6	11703	11708	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
99	NC_017269	T	6	6	11854	11859	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017269	TCT	2	6	11861	11866	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_017269	TAC	2	6	11882	11887	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_017269	AATC	2	8	11914	11921	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
103	NC_017269	ATT	2	6	11983	11988	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017269	GTG	2	6	12018	12023	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017269	GGT	2	6	12070	12075	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017269	TCAC	2	8	12129	12136	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
107	NC_017269	CTC	3	9	12166	12174	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
108	NC_017269	TGA	2	6	12180	12185	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017269	GGA	2	6	12194	12199	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017269	T	6	6	14756	14761	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017269	GA	3	6	14798	14803	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017269	AAG	2	6	17022	17027	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017269	TCC	2	6	17047	17052	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
114	NC_017269	AC	3	6	17074	17079	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
115	NC_017269	GTTAG	2	10	17174	17183	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017269	A	7	7	19455	19461	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017269	GCG	2	6	19467	19472	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_017269	T	7	7	19474	19480	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017269	ATT	2	6	24865	24870	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017269	GA	3	6	24871	24876	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017269	T	8	8	24897	24904	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017269	TGA	2	6	24913	24918	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017269	GAA	2	6	24919	24924	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017269	TAA	2	6	24939	24944	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017269	A	6	6	24943	24948	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017269	ATT	2	6	24965	24970	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017269	ACT	2	6	25045	25050	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_017269	TGCTTT	2	12	25073	25084	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_017269	GCC	2	6	25618	25623	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
130	NC_017269	GTT	2	6	25639	25644	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017269	T	7	7	26812	26818	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017269	A	6	6	26825	26830	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017269	GTG	2	6	27943	27948	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017269	CAA	2	6	27995	28000	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_017269	ATA	2	6	28135	28140	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017269	A	6	6	29550	29555	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017269	CAG	2	6	29608	29613	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_017269	TGC	2	6	30422	30427	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_017269	AATC	2	8	30450	30457	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
140	NC_017269	TTTGT	2	10	30469	30478	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017269	CTC	2	6	30522	30527	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
142	NC_017269	T	8	8	30573	30580	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017269	A	6	6	30588	30593	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017269	TC	3	6	30595	30600	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
145	NC_017269	AG	3	6	30677	30682	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017269	GCA	2	6	33245	33250	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
147	NC_017269	AG	3	6	33289	33294	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
148	NC_017269	TCG	2	6	33344	33349	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
149	NC_017269	TGG	2	6	33371	33376	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
150	NC_017269	GAC	2	6	33383	33388	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
151	NC_017269	GCAAA	2	10	33413	33422	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
152	NC_017269	TC	4	8	33498	33505	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
153	NC_017269	TTC	2	6	33537	33542	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
154	NC_017269	CCA	2	6	33581	33586	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
155	NC_017269	TCT	2	6	35190	35195	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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157	NC_017269	GTG	2	6	37568	37573	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
158	NC_017269	A	6	6	37579	37584	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
159	NC_017269	TCG	2	6	37631	37636	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
160	NC_017269	AGT	2	6	37744	37749	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
161	NC_017269	TTA	2	6	37755	37760	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
162	NC_017269	AAG	2	6	39837	39842	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
163	NC_017269	CTT	2	6	39852	39857	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
164	NC_017269	CTA	2	6	40750	40755	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
165	NC_017269	ATT	2	6	40785	40790	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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169	NC_017269	ATT	2	6	42983	42988	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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171	NC_017269	TTG	2	6	43104	43109	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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175	NC_017269	TGT	2	6	43263	43268	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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181	NC_017269	TTG	2	6	45986	45991	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
182	NC_017269	CAA	2	6	46013	46018	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
183	NC_017269	ATG	2	6	46019	46024	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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185	NC_017269	GTT	2	6	46142	46147	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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189	NC_017269	T	6	6	46247	46252	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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197	NC_017269	ATCT	2	8	48593	48600	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
198	NC_017269	AAC	2	6	48926	48931	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
199	NC_017269	TTG	2	6	49011	49016	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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271	NC_017269	A	8	8	59778	59785	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
272	NC_017269	GTACA	2	10	59791	59800	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
273	NC_017269	GA	3	6	63983	63988	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
274	NC_017269	A	7	7	63988	63994	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
275	NC_017269	ATT	2	6	64359	64364	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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280	NC_017269	GTTC	2	8	64535	64542	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
281	NC_017269	GAT	2	6	64577	64582	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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284	NC_017269	T	7	7	66240	66246	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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286	NC_017269	ATA	2	6	66304	66309	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
287	NC_017269	T	6	6	66430	66435	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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433	NC_017269	GGT	2	6	106298	106303	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
434	NC_017269	TGG	2	6	106310	106315	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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451	NC_017269	GCC	2	6	107386	107391	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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454	NC_017269	GA	3	6	108183	108188	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
455	NC_017269	CAG	2	6	108240	108245	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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476	NC_017269	T	6	6	113872	113877	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
477	NC_017269	ATC	2	6	113921	113926	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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483	NC_017269	ACA	3	9	114025	114033	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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493	NC_017269	CGGG	2	8	137515	137522	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
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