MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Vibrio cholerae O395 chromosome 1

Total Repeats: 20894

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009456	TTG	2	6	118	123	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	147671835
2	NC_009456	CTA	2	6	134	139	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	147671835
3	NC_009456	GTCT	2	8	244	251	0 %	50 %	25 %	25 %	147671835
4	NC_009456	GCA	2	6	367	372	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	147671835
5	NC_009456	CTG	2	6	390	395	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	147671835
6	NC_009456	TGG	2	6	456	461	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	147671835
7	NC_009456	GTG	2	6	475	480	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	147671835
8	NC_009456	GGT	3	9	516	524	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	147671835
9	NC_009456	GAT	2	6	567	572	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	147671835
10	NC_009456	CTTT	2	8	598	605	0 %	75 %	0 %	25 %	147671835
11	NC_009456	CTC	2	6	649	654	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	147671835
12	NC_009456	ACC	2	6	668	673	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	147671835
13	NC_009456	GAT	2	6	702	707	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	147671835
14	NC_009456	TCT	2	6	748	753	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	147671835
15	NC_009456	CAA	3	9	767	775	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	147671835
16	NC_009456	CGATTG	2	12	787	798	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	147671835
17	NC_009456	AAG	2	6	859	864	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	147671835
18	NC_009456	TCT	2	6	888	893	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	147671835
19	NC_009456	GGGC	2	8	916	923	0 %	0 %	75 %	25 %	147671835
20	NC_009456	TGT	2	6	937	942	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	147671835
21	NC_009456	GCC	2	6	973	978	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	147671835
22	NC_009456	CAG	2	6	985	990	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	147671835
23	NC_009456	GCT	2	6	1071	1076	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	147671835
24	NC_009456	GAA	2	6	1148	1153	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	147671835
25	NC_009456	GCC	2	6	1155	1160	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	147671835
26	NC_009456	GCA	2	6	1167	1172	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	147671835
27	NC_009456	GGT	2	6	1200	1205	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	147671835
28	NC_009456	GGC	2	6	1260	1265	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	147671835
29	NC_009456	GT	3	6	1378	1383	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
30	NC_009456	CGC	2	6	1422	1427	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
31	NC_009456	CT	4	8	1455	1462	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
32	NC_009456	GAA	2	6	1504	1509	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
33	NC_009456	A	6	6	1511	1516	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_009456	ATG	2	6	1524	1529	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	147672362
35	NC_009456	CTG	2	6	1551	1556	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	147672362
36	NC_009456	ACAT	2	8	1649	1656	50 %	25 %	0 %	25 %	147672362
37	NC_009456	TGA	2	6	1714	1719	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	147672362
38	NC_009456	TGG	2	6	1735	1740	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	147672362
39	NC_009456	TTA	2	6	1817	1822	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	147672362
40	NC_009456	AGA	2	6	1964	1969	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	147672362
41	NC_009456	ACA	2	6	2008	2013	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	147672362
42	NC_009456	GAC	2	6	2121	2126	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	147672362
43	NC_009456	ATCT	2	8	2130	2137	25 %	50 %	0 %	25 %	147672362
44	NC_009456	ATG	2	6	2173	2178	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	147672362
45	NC_009456	GCT	2	6	2180	2185	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	147672362
46	NC_009456	GCT	2	6	2219	2224	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	147672362
47	NC_009456	TATGAC	2	12	2280	2291	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	147672362
48	NC_009456	GGC	2	6	2307	2312	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	147672362
49	NC_009456	GTTG	2	8	2363	2370	0 %	50 %	50 %	0 %	147672362
50	NC_009456	ATG	2	6	2371	2376	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	147672362
51	NC_009456	CCA	2	6	2380	2385	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	147672362
52	NC_009456	ACA	2	6	2389	2394	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	147672362
53	NC_009456	TGA	2	6	2410	2415	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	147672362
54	NC_009456	AGCA	2	8	2416	2423	50 %	0 %	25 %	25 %	147672362
55	NC_009456	GTG	2	6	2439	2444	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	147672362
56	NC_009456	AAT	2	6	2590	2595	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	147672362
57	NC_009456	TGA	2	6	2691	2696	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	147671726
58	NC_009456	CCA	2	6	2733	2738	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	147671726
59	NC_009456	AGC	2	6	2843	2848	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	147671726
60	NC_009456	A	6	6	2941	2946	100 %	0 %	0 %	0 %	147671726
61	NC_009456	TTC	2	6	3019	3024	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	147671726
62	NC_009456	CCA	2	6	3027	3032	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	147671726
63	NC_009456	A	6	6	3058	3063	100 %	0 %	0 %	0 %	147671726
64	NC_009456	GCC	2	6	3128	3133	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	147671726
65	NC_009456	TGC	2	6	3194	3199	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	147671726
66	NC_009456	GCAG	2	8	3266	3273	25 %	0 %	50 %	25 %	147671726
67	NC_009456	GTA	2	6	3305	3310	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	147671726
68	NC_009456	T	6	6	3368	3373	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_009456	CTCA	2	8	3402	3409	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
70	NC_009456	TGAG	2	8	3429	3436	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
71	NC_009456	ATGC	2	8	3490	3497	25 %	25 %	25 %	25 %	147671999
72	NC_009456	AGC	2	6	3500	3505	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	147671999
73	NC_009456	CAGC	2	8	3511	3518	25 %	0 %	25 %	50 %	147671999
74	NC_009456	CAT	2	6	3530	3535	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	147671999
75	NC_009456	ACA	2	6	3589	3594	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	147671999
76	NC_009456	ATT	2	6	3599	3604	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	147671999
77	NC_009456	CCG	2	6	3670	3675	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	147671999
78	NC_009456	CTT	2	6	3715	3720	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	147671999
79	NC_009456	GCGA	2	8	3742	3749	25 %	0 %	50 %	25 %	147671999
80	NC_009456	ACTG	2	8	3771	3778	25 %	25 %	25 %	25 %	147671999
81	NC_009456	GCG	2	6	3837	3842	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	147671999
82	NC_009456	AT	3	6	3846	3851	50 %	50 %	0 %	0 %	147671999
83	NC_009456	TCA	2	6	3867	3872	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	147671999
84	NC_009456	CCA	2	6	3886	3891	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	147671999
85	NC_009456	CAC	2	6	3961	3966	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	147671999
86	NC_009456	GAT	2	6	3989	3994	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	147671999
87	NC_009456	ATGG	2	8	3996	4003	25 %	25 %	50 %	0 %	147671999
88	NC_009456	TGC	2	6	4018	4023	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	147671999
89	NC_009456	CAC	2	6	4051	4056	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	147671999
90	NC_009456	CAA	2	6	4103	4108	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	147671999
91	NC_009456	T	7	7	4220	4226	0 %	100 %	0 %	0 %	147671650
92	NC_009456	AG	3	6	4303	4308	50 %	0 %	50 %	0 %	147671650
93	NC_009456	AC	3	6	4314	4319	50 %	0 %	0 %	50 %	147671650
94	NC_009456	TGA	2	6	4344	4349	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	147671650
95	NC_009456	CAC	2	6	4357	4362	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	147671650
96	NC_009456	TCA	2	6	4395	4400	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	147671650
97	NC_009456	CCA	2	6	4410	4415	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	147671650
98	NC_009456	TCG	2	6	4431	4436	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	147671650
99	NC_009456	AAAGA	2	10	4526	4535	80 %	0 %	20 %	0 %	147671650
100	NC_009456	TCA	2	6	4557	4562	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	147671650
101	NC_009456	ATGC	2	8	4583	4590	25 %	25 %	25 %	25 %	147671650
102	NC_009456	AGC	2	6	4595	4600	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	147671650
103	NC_009456	GCT	2	6	4609	4614	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	147671650
104	NC_009456	ACG	2	6	4625	4630	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	147671650
105	NC_009456	AGA	2	6	4689	4694	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	147671650
106	NC_009456	CAA	2	6	4708	4713	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	147671650
107	NC_009456	CAAA	2	8	4773	4780	75 %	0 %	0 %	25 %	147671650
108	NC_009456	T	6	6	4791	4796	0 %	100 %	0 %	0 %	147671650
109	NC_009456	CAAAC	2	10	4822	4831	60 %	0 %	0 %	40 %	147671650
110	NC_009456	A	7	7	4909	4915	100 %	0 %	0 %	0 %	147671650
111	NC_009456	TCA	2	6	4917	4922	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	147671650
112	NC_009456	TC	3	6	4938	4943	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
113	NC_009456	CAC	2	6	5082	5087	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	147671890
114	NC_009456	GTG	2	6	5119	5124	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	147671890
115	NC_009456	GATG	2	8	5189	5196	25 %	25 %	50 %	0 %	147671890
116	NC_009456	CAT	2	6	5234	5239	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	147671890
117	NC_009456	CAT	2	6	5313	5318	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	147671890
118	NC_009456	AAAC	2	8	5327	5334	75 %	0 %	0 %	25 %	147671890
119	NC_009456	ACC	2	6	5385	5390	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	147671890
120	NC_009456	CAATC	2	10	5414	5423	40 %	20 %	0 %	40 %	147671890
121	NC_009456	TGG	2	6	5488	5493	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	147671890
122	NC_009456	GCC	2	6	5554	5559	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	147671890
123	NC_009456	CAG	2	6	5697	5702	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	147671890
124	NC_009456	GCA	2	6	5723	5728	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	147671890
125	NC_009456	A	6	6	5838	5843	100 %	0 %	0 %	0 %	147671890
126	NC_009456	GGT	2	6	5856	5861	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	147671890
127	NC_009456	CG	3	6	5905	5910	0 %	0 %	50 %	50 %	147671890
128	NC_009456	GCG	2	6	5941	5946	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	147671890
129	NC_009456	TCA	2	6	5968	5973	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	147671890
130	NC_009456	TGG	2	6	6050	6055	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	147671890
131	NC_009456	GCGGCA	2	12	6152	6163	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	147671538
132	NC_009456	CAA	2	6	6202	6207	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	147671538
133	NC_009456	GCG	2	6	6242	6247	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	147671538
134	NC_009456	GTG	2	6	6248	6253	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	147671538
135	NC_009456	CAC	2	6	6265	6270	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	147671538
136	NC_009456	CA	3	6	6311	6316	50 %	0 %	0 %	50 %	147671538
137	NC_009456	TAA	2	6	6333	6338	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	147671538
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241	NC_009456	ATA	2	6	11102	11107	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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252	NC_009456	TG	3	6	11547	11552	0 %	50 %	50 %	0 %	147672208
253	NC_009456	AAC	2	6	11597	11602	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
254	NC_009456	TTAA	2	8	11642	11649	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
255	NC_009456	GTA	2	6	11656	11661	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
256	NC_009456	CATT	2	8	11671	11678	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
257	NC_009456	TAT	2	6	11711	11716	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	147671565
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259	NC_009456	CAC	2	6	11795	11800	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	147671565
260	NC_009456	TA	3	6	11817	11822	50 %	50 %	0 %	0 %	147671565
261	NC_009456	TGCT	2	8	11854	11861	0 %	50 %	25 %	25 %	147671565
262	NC_009456	ATC	2	6	11868	11873	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	147671565
263	NC_009456	AGA	2	6	11898	11903	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	147671565
264	NC_009456	ATT	2	6	11907	11912	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	147671565
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396	NC_009456	TTC	2	6	19210	19215	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	147671876
397	NC_009456	GCA	2	6	19245	19250	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	147671876
398	NC_009456	AAAG	2	8	19384	19391	75 %	0 %	25 %	0 %	147671876
399	NC_009456	GCA	2	6	19485	19490	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	147671876
400	NC_009456	GGCGGT	2	12	19516	19527	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	147671876
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403	NC_009456	CAT	2	6	19638	19643	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	147671876
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