MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Uncultured Termite group 1 bacterium phylotype Rs-D17 plasmid pTGRD1 DNA

Total Repeats: 148

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020420	A	6	6	32	37	100 %	0 %	0 %	0 %	189485766
2	NC_020420	AT	3	6	86	91	50 %	50 %	0 %	0 %	189485766
3	NC_020420	TTG	2	6	209	214	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	189485766
4	NC_020420	TAA	2	6	269	274	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	189485766
5	NC_020420	A	8	8	273	280	100 %	0 %	0 %	0 %	189485766
6	NC_020420	A	6	6	349	354	100 %	0 %	0 %	0 %	189485766
7	NC_020420	GAAATA	2	12	355	366	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	189485766
8	NC_020420	TAA	2	6	422	427	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	189485766
9	NC_020420	A	6	6	477	482	100 %	0 %	0 %	0 %	189485766
10	NC_020420	AAC	3	9	585	593	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	189485766
11	NC_020420	TTGC	2	8	607	614	0 %	50 %	25 %	25 %	189485766
12	NC_020420	AT	3	6	623	628	50 %	50 %	0 %	0 %	189485766
13	NC_020420	TAC	2	6	681	686	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	189485766
14	NC_020420	GA	3	6	690	695	50 %	0 %	50 %	0 %	189485766
15	NC_020420	A	7	7	702	708	100 %	0 %	0 %	0 %	189485766
16	NC_020420	A	6	6	755	760	100 %	0 %	0 %	0 %	189485766
17	NC_020420	AAG	2	6	803	808	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	189485766
18	NC_020420	ACG	2	6	830	835	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189485766
19	NC_020420	AGA	2	6	880	885	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	189485766
20	NC_020420	TGCTA	2	10	998	1007	20 %	40 %	20 %	20 %	189485766
21	NC_020420	AAT	2	6	1017	1022	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	189485766
22	NC_020420	AT	3	6	1046	1051	50 %	50 %	0 %	0 %	189485766
23	NC_020420	ACA	2	6	1233	1238	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	189485766
24	NC_020420	TTA	2	6	1252	1257	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	189485766
25	NC_020420	TGTTT	2	10	2290	2299	0 %	80 %	20 %	0 %	189485767
26	NC_020420	TGC	2	6	2333	2338	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189485767
27	NC_020420	CCT	3	9	2398	2406	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	189485767
28	NC_020420	TA	3	6	2511	2516	50 %	50 %	0 %	0 %	189485767
29	NC_020420	TGT	2	6	2524	2529	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	189485767
30	NC_020420	TAG	2	6	2633	2638	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	189485767
31	NC_020420	A	8	8	3185	3192	100 %	0 %	0 %	0 %	189485768
32	NC_020420	A	6	6	3201	3206	100 %	0 %	0 %	0 %	189485768
33	NC_020420	CAG	2	6	3306	3311	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189485768
34	NC_020420	ATA	2	6	3334	3339	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	189485768
35	NC_020420	AAT	2	6	3344	3349	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	189485768
36	NC_020420	A	7	7	3365	3371	100 %	0 %	0 %	0 %	189485768
37	NC_020420	GTT	2	6	3396	3401	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	189485768
38	NC_020420	CAA	2	6	3570	3575	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	189485768
39	NC_020420	CAG	2	6	3615	3620	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189485768
40	NC_020420	ACA	2	6	3644	3649	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	189485768
41	NC_020420	TCAAT	2	10	3710	3719	40 %	40 %	0 %	20 %	189485768
42	NC_020420	ACA	2	6	3752	3757	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	189485768
43	NC_020420	CAA	3	9	3816	3824	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	189485768
44	NC_020420	CAACTA	2	12	3843	3854	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	189485768
45	NC_020420	A	6	6	4067	4072	100 %	0 %	0 %	0 %	189485769
46	NC_020420	TAT	2	6	4082	4087	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	189485769
47	NC_020420	CTG	2	6	4107	4112	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189485769
48	NC_020420	TTG	2	6	4169	4174	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	189485769
49	NC_020420	TATT	2	8	4187	4194	25 %	75 %	0 %	0 %	189485769
50	NC_020420	T	6	6	4201	4206	0 %	100 %	0 %	0 %	189485769
51	NC_020420	TCG	2	6	4222	4227	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189485769
52	NC_020420	TGG	2	6	4237	4242	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	189485769
53	NC_020420	ATA	2	6	4254	4259	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	189485769
54	NC_020420	A	6	6	4301	4306	100 %	0 %	0 %	0 %	189485769
55	NC_020420	TGT	2	6	4345	4350	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	189485769
56	NC_020420	CGTTT	2	10	4359	4368	0 %	60 %	20 %	20 %	189485769
57	NC_020420	TGT	2	6	4384	4389	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	189485769
58	NC_020420	AAT	2	6	4391	4396	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	189485769
59	NC_020420	A	8	8	7360	7367	100 %	0 %	0 %	0 %	189485770
60	NC_020420	A	6	6	7376	7381	100 %	0 %	0 %	0 %	189485770
61	NC_020420	CAG	2	6	7481	7486	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189485770
62	NC_020420	TAA	2	6	7510	7515	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	189485770
63	NC_020420	AAT	2	6	7519	7524	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	189485770
64	NC_020420	TAATGG	2	12	7576	7587	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	189485770
65	NC_020420	GAA	2	6	7631	7636	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	189485770
66	NC_020420	TGT	2	6	7726	7731	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	189485770
67	NC_020420	AGT	2	6	7732	7737	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	189485770
68	NC_020420	ACC	2	6	7801	7806	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	189485770
69	NC_020420	ACC	2	6	7825	7830	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	189485770
70	NC_020420	ACC	2	6	7849	7854	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	189485770
71	NC_020420	ACC	2	6	7873	7878	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	189485770
72	NC_020420	ACC	2	6	7897	7902	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	189485770
73	NC_020420	ACC	2	6	7921	7926	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	189485770
74	NC_020420	ACC	2	6	7945	7950	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	189485770
75	NC_020420	ACC	2	6	7969	7974	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	189485770
76	NC_020420	CTA	2	6	7985	7990	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	189485770
77	NC_020420	ACT	2	6	8002	8007	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	189485770
78	NC_020420	ACA	2	6	8053	8058	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	189485770
79	NC_020420	CAACAG	2	12	8063	8074	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	189485770
80	NC_020420	AGA	2	6	8083	8088	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	189485770
81	NC_020420	CGC	2	6	8119	8124	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	189485770
82	NC_020420	GATGT	2	10	8150	8159	20 %	40 %	40 %	0 %	189485770
83	NC_020420	AAC	2	6	8220	8225	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	189485770
84	NC_020420	CACAAG	2	12	8241	8252	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	189485770
85	NC_020420	AAC	2	6	8253	8258	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	189485770
86	NC_020420	TAC	2	6	8259	8264	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	189485770
87	NC_020420	AAGA	2	8	8277	8284	75 %	0 %	25 %	0 %	189485770
88	NC_020420	AATA	2	8	8326	8333	75 %	25 %	0 %	0 %	189485770
89	NC_020420	ACA	2	6	8413	8418	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	189485770
90	NC_020420	ATT	2	6	8419	8424	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	189485770
91	NC_020420	CAA	2	6	8426	8431	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	189485770
92	NC_020420	CAA	3	9	8435	8443	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	189485770
93	NC_020420	ACA	2	6	8446	8451	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	189485770
94	NC_020420	AAC	3	9	8460	8468	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	189485770
95	NC_020420	CAA	2	6	8492	8497	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	189485770
96	NC_020420	ACA	2	6	8500	8505	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	189485770
97	NC_020420	AAC	3	9	8514	8522	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	189485770
98	NC_020420	CAA	2	6	8546	8551	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	189485770
99	NC_020420	AGAACA	2	12	8557	8568	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	189485770
100	NC_020420	ACA	3	9	8566	8574	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	189485770
101	NC_020420	AAC	3	9	8577	8585	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	189485770
102	NC_020420	GA	3	6	8635	8640	50 %	0 %	50 %	0 %	189485771
103	NC_020420	AT	3	6	8685	8690	50 %	50 %	0 %	0 %	189485771
104	NC_020420	TAAT	2	8	8745	8752	50 %	50 %	0 %	0 %	189485771
105	NC_020420	ATT	2	6	8771	8776	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	189485771
106	NC_020420	A	6	6	8807	8812	100 %	0 %	0 %	0 %	189485771
107	NC_020420	A	6	6	8841	8846	100 %	0 %	0 %	0 %	189485771
108	NC_020420	GAAA	2	8	8899	8906	75 %	0 %	25 %	0 %	189485771
109	NC_020420	A	7	7	8904	8910	100 %	0 %	0 %	0 %	189485771
110	NC_020420	AAG	2	6	8931	8936	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	189485771
111	NC_020420	AAG	2	6	8961	8966	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	189485771
112	NC_020420	T	6	6	9022	9027	0 %	100 %	0 %	0 %	189485771
113	NC_020420	TTAC	2	8	9038	9045	25 %	50 %	0 %	25 %	189485771
114	NC_020420	TGT	2	6	9074	9079	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	189485771
115	NC_020420	TTG	2	6	9091	9096	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	189485771
116	NC_020420	A	6	6	9324	9329	100 %	0 %	0 %	0 %	189485772
117	NC_020420	TAT	2	6	9339	9344	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	189485772
118	NC_020420	CTG	2	6	9364	9369	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189485772
119	NC_020420	TTG	2	6	9426	9431	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	189485772
120	NC_020420	TATT	2	8	9444	9451	25 %	75 %	0 %	0 %	189485772
121	NC_020420	T	6	6	9458	9463	0 %	100 %	0 %	0 %	189485772
122	NC_020420	TCG	2	6	9479	9484	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189485772
123	NC_020420	TGG	2	6	9494	9499	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	189485772
124	NC_020420	ATA	2	6	9511	9516	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	189485772
125	NC_020420	A	6	6	9558	9563	100 %	0 %	0 %	0 %	189485772
126	NC_020420	TGT	2	6	9602	9607	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	189485772
127	NC_020420	CGTTT	2	10	9616	9625	0 %	60 %	20 %	20 %	189485772
128	NC_020420	TGT	2	6	9641	9646	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	189485772
129	NC_020420	AAT	2	6	9648	9653	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	189485772
130	NC_020420	A	7	7	10546	10552	100 %	0 %	0 %	0 %	189485773
131	NC_020420	GTT	2	6	10567	10572	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	189485773
132	NC_020420	T	7	7	10571	10577	0 %	100 %	0 %	0 %	189485773
133	NC_020420	T	6	6	10582	10587	0 %	100 %	0 %	0 %	189485773
134	NC_020420	A	6	6	10597	10602	100 %	0 %	0 %	0 %	189485773
135	NC_020420	TCCCTG	2	12	10616	10627	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	189485773
136	NC_020420	TAT	2	6	10660	10665	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	189485773
137	NC_020420	T	8	8	10717	10724	0 %	100 %	0 %	0 %	189485773
138	NC_020420	T	6	6	10752	10757	0 %	100 %	0 %	0 %	189485773
139	NC_020420	AGG	2	6	10786	10791	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	189485773
140	NC_020420	AAT	2	6	10831	10836	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	189485773
141	NC_020420	A	7	7	10857	10863	100 %	0 %	0 %	0 %	189485774
142	NC_020420	TGT	2	6	10882	10887	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	189485774
143	NC_020420	ATG	2	6	10945	10950	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	189485774
144	NC_020420	TGA	2	6	11078	11083	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	189485774
145	NC_020420	TTA	2	6	11084	11089	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	189485774
146	NC_020420	TGA	3	9	11123	11131	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	189485774
147	NC_020420	TAAGCA	2	12	11150	11161	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	189485774
148	NC_020420	TTA	2	6	11184	11189	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	189485774

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.