MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Thermus oshimai JL-2 plasmid pTHEOS02

Total Repeats: 234

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019388	GAG	2	6	11	16	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_019388	AG	3	6	15	20	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
3	NC_019388	CTC	2	6	3162	3167	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
4	NC_019388	GAG	2	6	3221	3226	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_019388	C	6	6	3227	3232	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
6	NC_019388	CTC	2	6	3234	3239	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
7	NC_019388	CGC	2	6	3254	3259	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
8	NC_019388	CCT	2	6	3284	3289	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
9	NC_019388	ACT	2	6	3351	3356	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_019388	TCT	2	6	3357	3362	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_019388	CTT	2	6	4043	4048	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_019388	GCAC	2	8	4144	4151	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
13	NC_019388	C	7	7	4190	4196	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
14	NC_019388	C	6	6	4225	4230	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
15	NC_019388	GCGT	2	8	4232	4239	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
16	NC_019388	CCG	2	6	4337	4342	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
17	NC_019388	G	7	7	4423	4429	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
18	NC_019388	GGA	2	6	4479	4484	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_019388	G	7	7	4618	4624	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
20	NC_019388	ACCCC	3	15	4690	4704	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
21	NC_019388	GCC	3	9	4779	4787	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
22	NC_019388	AGGGG	2	10	4826	4835	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
23	NC_019388	TGCCCC	2	12	4847	4858	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
24	NC_019388	CCG	2	6	4910	4915	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
25	NC_019388	GC	3	6	4989	4994	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
26	NC_019388	AGA	2	6	5100	5105	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_019388	GGC	2	6	5125	5130	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_019388	CG	3	6	5150	5155	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
29	NC_019388	GGA	2	6	5165	5170	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_019388	G	6	6	5180	5185	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
31	NC_019388	G	6	6	5470	5475	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
32	NC_019388	G	6	6	6028	6033	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
33	NC_019388	GCCC	2	8	6041	6048	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
34	NC_019388	C	6	6	6129	6134	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
35	NC_019388	CCG	2	6	6182	6187	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
36	NC_019388	CGG	2	6	6207	6212	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_019388	G	6	6	6239	6244	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
38	NC_019388	G	6	6	8303	8308	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
39	NC_019388	AGG	2	6	8339	8344	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_019388	CGC	2	6	9859	9864	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
41	NC_019388	AGG	2	6	9931	9936	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_019388	G	6	6	10391	10396	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
43	NC_019388	AGG	2	6	10427	10432	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_019388	GGA	2	6	10739	10744	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_019388	GCTC	2	8	11073	11080	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
46	NC_019388	AGG	2	6	11095	11100	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
47	NC_019388	AGG	2	6	11271	11276	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_019388	CCCA	2	8	11830	11837	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
49	NC_019388	AGG	2	6	11891	11896	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
50	NC_019388	AGG	2	6	12199	12204	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_019388	G	7	7	12671	12677	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
52	NC_019388	AGG	2	6	12709	12714	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_019388	GGA	2	6	13135	13140	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_019388	AGG	2	6	14105	14110	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_019388	GGA	2	6	14436	14441	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
56	NC_019388	AGG	2	6	14465	14470	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_019388	GAG	3	9	14873	14881	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_019388	G	6	6	15122	15127	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
59	NC_019388	GAG	2	6	15183	15188	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
60	NC_019388	CTC	2	6	15262	15267	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
61	NC_019388	GGA	2	6	15324	15329	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_019388	GCG	2	6	15408	15413	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_019388	GGC	2	6	15432	15437	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_019388	GCG	2	6	15445	15450	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_019388	GAA	3	9	15518	15526	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
66	NC_019388	GAG	2	6	16138	16143	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
67	NC_019388	ATA	2	6	17851	17856	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_019388	A	6	6	17861	17866	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_019388	AGA	2	6	18646	18651	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
70	NC_019388	AGC	2	6	18660	18665	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_019388	AGCA	2	8	18669	18676	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
72	NC_019388	TCA	2	6	18712	18717	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_019388	CCA	2	6	18812	18817	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
74	NC_019388	GGGCCA	2	12	18818	18829	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_019388	CCT	2	6	18861	18866	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
76	NC_019388	C	9	9	18905	18913	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
77	NC_019388	C	6	6	18971	18976	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
78	NC_019388	A	6	6	18985	18990	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_019388	CTAC	2	8	19060	19067	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
80	NC_019388	TCG	2	6	19096	19101	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_019388	AAAAGC	2	12	19123	19134	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_019388	TCC	3	9	19177	19185	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
83	NC_019388	AGC	2	6	19208	19213	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_019388	CTCC	2	8	19276	19283	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
85	NC_019388	TCC	2	6	19308	19313	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
86	NC_019388	GCT	2	6	19327	19332	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_019388	GGT	2	6	19378	19383	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
88	NC_019388	CT	4	8	19430	19437	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
89	NC_019388	GGTGGG	2	12	19450	19461	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
90	NC_019388	TGA	2	6	19500	19505	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
91	NC_019388	CTT	2	6	19519	19524	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_019388	CTT	2	6	19535	19540	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_019388	GGT	2	6	19687	19692	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
94	NC_019388	GA	3	6	19705	19710	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
95	NC_019388	CTG	2	6	19832	19837	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_019388	G	6	6	19881	19886	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
97	NC_019388	G	6	6	20956	20961	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
98	NC_019388	CCT	2	6	20962	20967	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
99	NC_019388	CCCAG	2	10	20994	21003	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
100	NC_019388	AGG	2	6	21061	21066	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
101	NC_019388	C	6	6	22591	22596	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
102	NC_019388	CGGG	3	12	23801	23812	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
103	NC_019388	GGGC	2	8	23834	23841	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
104	NC_019388	T	8	8	23847	23854	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_019388	C	6	6	23863	23868	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
106	NC_019388	CTGG	2	8	23988	23995	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
107	NC_019388	GC	3	6	24012	24017	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
108	NC_019388	G	6	6	24102	24107	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
109	NC_019388	CGG	2	6	24157	24162	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_019388	CTCC	2	8	24318	24325	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
111	NC_019388	GCC	2	6	24340	24345	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
112	NC_019388	GTA	2	6	24375	24380	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
113	NC_019388	AGC	2	6	24416	24421	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_019388	GGC	2	6	24422	24427	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_019388	CCT	2	6	24480	24485	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
116	NC_019388	GGC	3	9	24565	24573	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_019388	CGG	2	6	24579	24584	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_019388	AGG	2	6	24590	24595	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
119	NC_019388	G	7	7	24631	24637	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
120	NC_019388	GCG	2	6	24711	24716	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_019388	GAA	2	6	24817	24822	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
122	NC_019388	C	6	6	24885	24890	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
123	NC_019388	CAC	2	6	25013	25018	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
124	NC_019388	GCA	2	6	25023	25028	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_019388	AGG	2	6	25057	25062	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
126	NC_019388	TGAG	2	8	25072	25079	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
127	NC_019388	TGACC	2	10	25106	25115	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
128	NC_019388	C	6	6	25157	25162	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
129	NC_019388	G	6	6	25172	25177	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
130	NC_019388	CAG	2	6	25221	25226	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_019388	C	6	6	25319	25324	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
132	NC_019388	GGC	2	6	25335	25340	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_019388	CG	3	6	25346	25351	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
134	NC_019388	GAA	2	6	25358	25363	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
135	NC_019388	CAG	2	6	25435	25440	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_019388	ATG	2	6	25476	25481	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
137	NC_019388	AGGG	2	8	25498	25505	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
138	NC_019388	CT	3	6	26404	26409	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
139	NC_019388	CCG	4	12	26440	26451	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
140	NC_019388	GGA	2	6	26771	26776	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
141	NC_019388	G	7	7	28702	28708	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
142	NC_019388	C	6	6	28715	28720	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
143	NC_019388	C	6	6	28824	28829	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
144	NC_019388	C	6	6	28832	28837	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
145	NC_019388	C	6	6	29139	29144	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
146	NC_019388	CCT	2	6	29789	29794	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
147	NC_019388	CT	3	6	29840	29845	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
148	NC_019388	CCT	2	6	29851	29856	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
149	NC_019388	GCC	2	6	29860	29865	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
150	NC_019388	C	6	6	29880	29885	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
151	NC_019388	C	6	6	29988	29993	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
152	NC_019388	TCC	2	6	29994	29999	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
153	NC_019388	GCC	2	6	30017	30022	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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185	NC_019388	GAC	2	6	35251	35256	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
186	NC_019388	CTT	2	6	35277	35282	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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188	NC_019388	CCT	2	6	35325	35330	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
189	NC_019388	GGT	2	6	35382	35387	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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230	NC_019388	G	6	6	47206	47211	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
231	NC_019388	G	6	6	47221	47226	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
232	NC_019388	CGG	2	6	47251	47256	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
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234	NC_019388	GGTA	2	8	50216	50223	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.