MICAS: Microsatellite Analysis Server

All Non-Coding Repeats of Treponema pallidum subsp. pallidum str. Mexico A chromosome

Total Repeats: 2109

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1501	NC_018722	TGC	2	6	744429	744434	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1502	NC_018722	GC	3	6	744433	744438	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1503	NC_018722	GC	3	6	746942	746947	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1504	NC_018722	TCC	2	6	746950	746955	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1505	NC_018722	C	6	6	748769	748774	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
1506	NC_018722	CA	3	6	748801	748806	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
1507	NC_018722	GGCAC	2	10	750010	750019	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
1508	NC_018722	GAA	2	6	750033	750038	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1509	NC_018722	AAG	2	6	750065	750070	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1510	NC_018722	CG	3	6	750137	750142	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1511	NC_018722	GC	3	6	750174	750179	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1512	NC_018722	CG	3	6	750189	750194	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1513	NC_018722	AGG	2	6	750219	750224	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1514	NC_018722	GCT	2	6	751475	751480	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1515	NC_018722	TAGG	2	8	751509	751516	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
1516	NC_018722	CG	4	8	751540	751547	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1517	NC_018722	GAG	2	6	753058	753063	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1518	NC_018722	AAG	2	6	754770	754775	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1519	NC_018722	CAT	2	6	756895	756900	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1520	NC_018722	GGC	2	6	760690	760695	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1521	NC_018722	ACC	2	6	761973	761978	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1522	NC_018722	CA	3	6	761981	761986	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
1523	NC_018722	GCT	2	6	762039	762044	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1524	NC_018722	CGG	2	6	762071	762076	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1525	NC_018722	ACA	2	6	762092	762097	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1526	NC_018722	TTC	2	6	762108	762113	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1527	NC_018722	CAC	2	6	763541	763546	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1528	NC_018722	CCA	2	6	763601	763606	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1529	NC_018722	TCT	2	6	763620	763625	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1530	NC_018722	GAC	2	6	763645	763650	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1531	NC_018722	ACC	2	6	763657	763662	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1532	NC_018722	TCC	2	6	764354	764359	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1533	NC_018722	CA	3	6	764368	764373	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
1534	NC_018722	TGCA	2	8	764376	764383	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
1535	NC_018722	AGG	2	6	764417	764422	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1536	NC_018722	GC	4	8	767057	767064	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1537	NC_018722	ACGCGC	2	12	767069	767080	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
1538	NC_018722	GC	3	6	767083	767088	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1539	NC_018722	ACCCC	2	10	767091	767100	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
1540	NC_018722	AGC	2	6	767101	767106	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1541	NC_018722	GACA	2	8	767268	767275	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
1542	NC_018722	A	6	6	767292	767297	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1543	NC_018722	AGAA	2	8	767374	767381	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
1544	NC_018722	ACCC	2	8	767404	767411	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
1545	NC_018722	GC	3	6	767423	767428	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1546	NC_018722	CA	3	6	767587	767592	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
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1549	NC_018722	TCACC	2	10	767721	767730	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
1550	NC_018722	ACCA	2	8	767736	767743	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
1551	NC_018722	CA	3	6	768301	768306	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
1552	NC_018722	C	6	6	768365	768370	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
1553	NC_018722	A	6	6	768378	768383	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1554	NC_018722	CTGC	2	8	768395	768402	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
1555	NC_018722	AAC	2	6	768873	768878	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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1557	NC_018722	CGCGC	2	10	769163	769172	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
1558	NC_018722	C	6	6	769199	769204	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
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1561	NC_018722	ACC	2	6	772690	772695	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1562	NC_018722	CAC	2	6	772729	772734	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1563	NC_018722	AC	3	6	772733	772738	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
1564	NC_018722	AGA	2	6	775510	775515	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1565	NC_018722	AC	3	6	775553	775558	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
1566	NC_018722	ACCG	2	8	775595	775602	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
1567	NC_018722	CG	3	6	775601	775606	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1568	NC_018722	AG	3	6	775706	775711	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
1569	NC_018722	GAG	3	9	775709	775717	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1570	NC_018722	A	6	6	777267	777272	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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1572	NC_018722	TAC	2	6	792054	792059	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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1575	NC_018722	CA	3	6	793906	793911	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
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1580	NC_018722	C	6	6	795885	795890	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
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1586	NC_018722	GC	4	8	801048	801055	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1587	NC_018722	CTCC	2	8	801767	801774	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
1588	NC_018722	CG	3	6	801811	801816	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
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1591	NC_018722	GATG	2	8	804277	804284	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
1592	NC_018722	TTC	2	6	804322	804327	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1593	NC_018722	GCT	2	6	804362	804367	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1594	NC_018722	TCA	2	6	804372	804377	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1595	NC_018722	TCG	2	6	807381	807386	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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1599	NC_018722	GAA	2	6	808094	808099	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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1602	NC_018722	CTT	2	6	809934	809939	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1603	NC_018722	AGG	2	6	809960	809965	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1604	NC_018722	C	6	6	810257	810262	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
1605	NC_018722	A	6	6	810949	810954	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1606	NC_018722	ACGCAG	2	12	810976	810987	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1607	NC_018722	ACGA	2	8	811034	811041	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
1608	NC_018722	TGA	2	6	814808	814813	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1609	NC_018722	TCTA	2	8	814868	814875	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
1610	NC_018722	CAC	2	6	818598	818603	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1611	NC_018722	TG	3	6	818634	818639	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
1612	NC_018722	ACACGC	2	12	819811	819822	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
1613	NC_018722	GC	3	6	819821	819826	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1614	NC_018722	CT	3	6	821550	821555	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
1615	NC_018722	TTC	2	6	822209	822214	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1616	NC_018722	AACC	2	8	822220	822227	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
1617	NC_018722	AC	3	6	822248	822253	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
1618	NC_018722	CAT	2	6	822264	822269	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1619	NC_018722	A	7	7	824021	824027	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1620	NC_018722	TTC	2	6	824078	824083	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1621	NC_018722	GCAC	2	8	824106	824113	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
1622	NC_018722	GT	3	6	828252	828257	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
1623	NC_018722	GCAGGG	2	12	828263	828274	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
1624	NC_018722	AGCA	2	8	832209	832216	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
1625	NC_018722	CGAG	2	8	832238	832245	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
1626	NC_018722	GAC	2	6	832285	832290	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1627	NC_018722	G	6	6	832310	832315	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
1628	NC_018722	A	6	6	832323	832328	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1629	NC_018722	GAA	2	6	832342	832347	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1630	NC_018722	GC	3	6	832402	832407	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1631	NC_018722	AAG	2	6	832434	832439	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1632	NC_018722	TG	3	6	832457	832462	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
1633	NC_018722	TGC	2	6	832512	832517	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1634	NC_018722	A	7	7	832518	832524	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1635	NC_018722	CG	4	8	832529	832536	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1636	NC_018722	GC	3	6	832555	832560	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1637	NC_018722	GC	3	6	833508	833513	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1638	NC_018722	GGCG	2	8	833544	833551	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
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1640	NC_018722	GC	3	6	833641	833646	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
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1919	NC_018722	A	7	7	1026121	1026127	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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1946	NC_018722	TCT	2	6	1044355	1044360	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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1957	NC_018722	GC	4	8	1056126	1056133	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1958	NC_018722	CCT	2	6	1056800	1056805	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1959	NC_018722	CTT	2	6	1056833	1056838	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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1967	NC_018722	CG	3	6	1064182	1064187	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
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1976	NC_018722	CG	4	8	1070629	1070636	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1977	NC_018722	GCA	2	6	1070655	1070660	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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1990	NC_018722	TCC	2	6	1079196	1079201	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1991	NC_018722	GAGAC	2	10	1080407	1080416	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
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1996	NC_018722	CATGC	2	10	1084569	1084578	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
1997	NC_018722	AAC	2	6	1084632	1084637	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1998	NC_018722	TG	3	6	1086481	1086486	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
1999	NC_018722	ACG	2	6	1090497	1090502	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2000	NC_018722	A	6	6	1090559	1090564	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding

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