MICAS: Microsatellite Analysis Server

All Non-Coding Repeats of Treponema pallidum subsp. pallidum str. Chicago chromosome

Total Repeats: 3342

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1001	NC_017268	G	7	7	275820	275826	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
1002	NC_017268	G	6	6	275831	275836	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
1003	NC_017268	T	6	6	275881	275886	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1004	NC_017268	GTGA	2	8	275940	275947	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
1005	NC_017268	GTT	2	6	275960	275965	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1006	NC_017268	TTC	2	6	275975	275980	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1007	NC_017268	GC	3	6	276050	276055	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1008	NC_017268	TGC	2	6	276121	276126	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1009	NC_017268	CCA	2	6	276140	276145	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1010	NC_017268	ACG	2	6	276157	276162	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1011	NC_017268	CG	3	6	276166	276171	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1012	NC_017268	GGT	2	6	276320	276325	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1013	NC_017268	GAA	2	6	276333	276338	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1014	NC_017268	CCG	2	6	276345	276350	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1015	NC_017268	TGC	2	6	276367	276372	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1016	NC_017268	CAGG	2	8	276402	276409	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
1017	NC_017268	AGG	2	6	276440	276445	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1018	NC_017268	GGT	2	6	276455	276460	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1019	NC_017268	GCAG	2	8	276494	276501	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
1020	NC_017268	TTC	2	6	276510	276515	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1021	NC_017268	GGT	2	6	276572	276577	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1022	NC_017268	GGT	2	6	276665	276670	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1023	NC_017268	GGC	2	6	276737	276742	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1024	NC_017268	GGGT	2	8	276856	276863	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
1025	NC_017268	T	7	7	276911	276917	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1026	NC_017268	GCA	2	6	276924	276929	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1027	NC_017268	GAG	2	6	276945	276950	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1028	NC_017268	GGA	2	6	277026	277031	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1029	NC_017268	GAGG	2	8	277712	277719	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
1030	NC_017268	CGC	2	6	277868	277873	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1031	NC_017268	GCT	2	6	277896	277901	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1032	NC_017268	CGG	2	6	277955	277960	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1033	NC_017268	GC	3	6	278056	278061	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1034	NC_017268	C	6	6	278093	278098	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
1035	NC_017268	TCC	2	6	279498	279503	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1036	NC_017268	GGGA	2	8	279693	279700	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
1037	NC_017268	AAT	2	6	279752	279757	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1038	NC_017268	GAAC	2	8	279782	279789	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
1039	NC_017268	TTG	2	6	280009	280014	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1040	NC_017268	AC	3	6	280071	280076	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
1041	NC_017268	GCA	2	6	280111	280116	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1042	NC_017268	CGA	2	6	280203	280208	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1043	NC_017268	GGGA	2	8	280220	280227	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
1044	NC_017268	TGA	2	6	280237	280242	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1045	NC_017268	CAG	2	6	280280	280285	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1046	NC_017268	GTT	2	6	280311	280316	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1047	NC_017268	ATT	2	6	280321	280326	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1048	NC_017268	CTG	2	6	280404	280409	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1049	NC_017268	GAA	2	6	280472	280477	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1050	NC_017268	GAT	2	6	280506	280511	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1051	NC_017268	CA	3	6	280567	280572	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
1052	NC_017268	GAT	2	6	280721	280726	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1053	NC_017268	TGC	2	6	280808	280813	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1054	NC_017268	GTC	2	6	280820	280825	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1055	NC_017268	GTG	2	6	280894	280899	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1056	NC_017268	GGA	2	6	280934	280939	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1057	NC_017268	TCA	2	6	280959	280964	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1058	NC_017268	AC	3	6	280985	280990	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
1059	NC_017268	AC	3	6	281154	281159	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
1060	NC_017268	AGGG	2	8	281214	281221	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
1061	NC_017268	AGG	2	6	281245	281250	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1062	NC_017268	CCT	2	6	281297	281302	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1063	NC_017268	GCATG	2	10	281323	281332	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
1064	NC_017268	TC	3	6	281393	281398	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
1065	NC_017268	CCCTT	2	10	281399	281408	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
1066	NC_017268	TAT	2	6	281502	281507	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1067	NC_017268	TTTGT	2	10	281520	281529	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
1068	NC_017268	GGT	2	6	281547	281552	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1069	NC_017268	GGGTG	2	10	281574	281583	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
1070	NC_017268	ATA	2	6	281603	281608	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1071	NC_017268	GAG	2	6	281692	281697	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1072	NC_017268	TGAA	2	8	281768	281775	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
1073	NC_017268	AGGG	2	8	281777	281784	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
1074	NC_017268	TGAAC	2	10	281800	281809	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
1075	NC_017268	AG	3	6	281838	281843	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
1076	NC_017268	AGT	2	6	281852	281857	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1077	NC_017268	GCGA	2	8	281859	281866	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
1078	NC_017268	GGA	2	6	281871	281876	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1079	NC_017268	CG	3	6	281910	281915	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1080	NC_017268	GGTG	2	8	281927	281934	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
1081	NC_017268	AAT	2	6	281936	281941	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1082	NC_017268	AG	3	6	281978	281983	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
1083	NC_017268	CTG	2	6	282016	282021	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1084	NC_017268	CGG	2	6	282038	282043	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1085	NC_017268	CAA	2	6	282187	282192	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1086	NC_017268	GGT	2	6	282211	282216	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1087	NC_017268	GCA	2	6	282256	282261	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1088	NC_017268	GTG	2	6	282315	282320	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1089	NC_017268	CGT	2	6	282328	282333	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1090	NC_017268	GGA	2	6	282392	282397	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1091	NC_017268	A	6	6	282415	282420	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1092	NC_017268	AAAC	2	8	282455	282462	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
1093	NC_017268	TGCG	2	8	282613	282620	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
1094	NC_017268	AGG	2	6	282718	282723	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1095	NC_017268	AGC	2	6	282734	282739	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1096	NC_017268	TGA	2	6	282874	282879	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1097	NC_017268	GAG	2	6	282892	282897	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1098	NC_017268	AG	3	6	282914	282919	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
1099	NC_017268	AGG	2	6	282943	282948	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1100	NC_017268	TTCC	2	8	282955	282962	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
1101	NC_017268	CGT	2	6	283174	283179	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1102	NC_017268	GTGCGA	2	12	283190	283201	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
1103	NC_017268	AGGTT	2	10	283259	283268	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
1104	NC_017268	AGGT	2	8	283296	283303	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
1105	NC_017268	GA	3	6	283327	283332	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
1106	NC_017268	AC	3	6	283359	283364	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
1107	NC_017268	GGT	2	6	283476	283481	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1108	NC_017268	AGAGG	2	10	283508	283517	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
1109	NC_017268	TTGAA	2	10	283537	283546	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
1110	NC_017268	CGG	2	6	283558	283563	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1111	NC_017268	AAG	2	6	283687	283692	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1112	NC_017268	GTA	2	6	283769	283774	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1113	NC_017268	ACC	2	6	283830	283835	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1114	NC_017268	CCT	2	6	283918	283923	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1115	NC_017268	AGG	2	6	283994	283999	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1116	NC_017268	GAG	2	6	284298	284303	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1117	NC_017268	TAA	2	6	284539	284544	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1118	NC_017268	ATT	2	6	284563	284568	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1119	NC_017268	TCCTTC	2	12	284571	284582	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
1120	NC_017268	TGG	2	6	284622	284627	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1121	NC_017268	GAT	2	6	284680	284685	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1122	NC_017268	GTAG	2	8	284705	284712	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
1123	NC_017268	TTC	2	6	285798	285803	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1124	NC_017268	TAAA	3	12	290506	290517	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
1125	NC_017268	A	7	7	290649	290655	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1126	NC_017268	CATTG	2	10	290656	290665	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
1127	NC_017268	GGGTA	2	10	290720	290729	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
1128	NC_017268	GTT	2	6	290766	290771	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1129	NC_017268	CA	3	6	290874	290879	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
1130	NC_017268	GT	4	8	290928	290935	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
1131	NC_017268	GT	3	6	290956	290961	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
1132	NC_017268	GCAC	2	8	290974	290981	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
1133	NC_017268	GTGC	2	8	291064	291071	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
1134	NC_017268	TC	3	6	291105	291110	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
1135	NC_017268	T	6	6	291121	291126	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1136	NC_017268	CCTT	2	8	291143	291150	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
1137	NC_017268	T	6	6	291198	291203	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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1166	NC_017268	T	6	6	305881	305886	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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1411	NC_017268	CCT	2	6	394487	394492	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1412	NC_017268	CTGAGC	2	12	394512	394523	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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1414	NC_017268	GAA	2	6	394556	394561	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1415	NC_017268	CG	3	6	394581	394586	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1416	NC_017268	CG	4	8	394590	394597	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
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1430	NC_017268	GT	3	6	395142	395147	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
1431	NC_017268	GC	3	6	395279	395284	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1432	NC_017268	CG	3	6	395305	395310	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1433	NC_017268	TCGCT	2	10	395319	395328	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
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1445	NC_017268	CTG	2	6	401410	401415	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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1454	NC_017268	AGT	2	6	402096	402101	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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1471	NC_017268	TCTG	2	8	402858	402865	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
1472	NC_017268	GCCC	2	8	402988	402995	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
1473	NC_017268	CAAG	2	8	403024	403031	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
1474	NC_017268	AGTG	2	8	403047	403054	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
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1485	NC_017268	T	8	8	423026	423033	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1486	NC_017268	GT	3	6	423945	423950	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
1487	NC_017268	CTGTG	2	10	423975	423984	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
1488	NC_017268	GGA	2	6	423990	423995	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1489	NC_017268	GAGGG	2	10	424474	424483	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
1490	NC_017268	TGT	2	6	427259	427264	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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1493	NC_017268	TG	3	6	432099	432104	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
1494	NC_017268	AG	3	6	432118	432123	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
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1497	NC_017268	TGCG	2	8	432275	432282	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
1498	NC_017268	GTGCG	2	10	432287	432296	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
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1500	NC_017268	T	9	9	432346	432354	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding

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