MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Treponema pallidum subsp. pallidum DAL-1 chromosome

Total Repeats: 1724

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1001	NC_016844	TCA	2	6	563421	563426	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1002	NC_016844	CAA	2	6	563567	563572	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1003	NC_016844	TCAT	2	8	563619	563626	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
1004	NC_016844	T	6	6	563637	563642	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1005	NC_016844	GC	3	6	563644	563649	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1006	NC_016844	A	6	6	569285	569290	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1007	NC_016844	AG	3	6	569349	569354	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
1008	NC_016844	AAC	2	6	572091	572096	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1009	NC_016844	AGC	2	6	572097	572102	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1010	NC_016844	AC	3	6	572785	572790	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
1011	NC_016844	TGA	2	6	577055	577060	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1012	NC_016844	GAT	2	6	577085	577090	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1013	NC_016844	A	6	6	577104	577109	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1014	NC_016844	CTCA	2	8	577175	577182	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
1015	NC_016844	GCC	2	6	577277	577282	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1016	NC_016844	GGC	2	6	577296	577301	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1017	NC_016844	AAG	2	6	577316	577321	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1018	NC_016844	AC	3	6	577339	577344	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
1019	NC_016844	TAC	2	6	580979	580984	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1020	NC_016844	CAC	2	6	581876	581881	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1021	NC_016844	CTC	2	6	583148	583153	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1022	NC_016844	CG	3	6	583423	583428	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1023	NC_016844	GGT	2	6	583474	583479	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1024	NC_016844	GT	3	6	583478	583483	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
1025	NC_016844	T	6	6	583531	583536	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1026	NC_016844	TG	3	6	583566	583571	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
1027	NC_016844	TG	3	6	587556	587561	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
1028	NC_016844	CTC	2	6	589459	589464	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1029	NC_016844	TCC	2	6	590545	590550	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1030	NC_016844	CTT	2	6	590581	590586	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1031	NC_016844	CG	3	6	590607	590612	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1032	NC_016844	TCAC	2	8	593470	593477	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
1033	NC_016844	GAA	2	6	593493	593498	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1034	NC_016844	GC	3	6	593504	593509	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1035	NC_016844	GCG	2	6	593545	593550	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1036	NC_016844	TGG	2	6	593551	593556	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1037	NC_016844	TTC	3	9	593561	593569	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1038	NC_016844	TATT	2	8	593573	593580	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
1039	NC_016844	CGC	2	6	594947	594952	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1040	NC_016844	CA	3	6	594970	594975	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
1041	NC_016844	CCG	2	6	594995	595000	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1042	NC_016844	AGGG	2	8	595002	595009	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
1043	NC_016844	AG	3	6	600661	600666	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
1044	NC_016844	CGAA	2	8	600693	600700	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
1045	NC_016844	A	7	7	600791	600797	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1046	NC_016844	AACC	2	8	600818	600825	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
1047	NC_016844	ACG	2	6	602812	602817	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1048	NC_016844	TCC	3	9	604042	604050	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1049	NC_016844	AACC	2	8	604121	604128	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
1050	NC_016844	CAA	2	6	604228	604233	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1051	NC_016844	TTG	2	6	605274	605279	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1052	NC_016844	ATT	2	6	605296	605301	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1053	NC_016844	CAG	2	6	605342	605347	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1054	NC_016844	GGT	2	6	605351	605356	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1055	NC_016844	GCA	2	6	608295	608300	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1056	NC_016844	CTT	2	6	608311	608316	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1057	NC_016844	AG	3	6	610376	610381	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
1058	NC_016844	GTGCT	2	10	610406	610415	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
1059	NC_016844	GCC	2	6	618294	618299	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1060	NC_016844	CT	3	6	618315	618320	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
1061	NC_016844	CCA	2	6	618340	618345	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1062	NC_016844	CTC	2	6	618989	618994	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1063	NC_016844	CA	3	6	622318	622323	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
1064	NC_016844	CTT	2	6	622998	623003	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1065	NC_016844	CTC	2	6	624096	624101	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1066	NC_016844	AC	3	6	624175	624180	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
1067	NC_016844	GGA	2	6	627675	627680	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1068	NC_016844	GAA	2	6	627730	627735	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1069	NC_016844	T	7	7	635700	635706	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1070	NC_016844	AGA	2	6	635750	635755	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1071	NC_016844	TTCC	2	8	642914	642921	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
1072	NC_016844	T	6	6	642940	642945	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1073	NC_016844	CT	3	6	643999	644004	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
1074	NC_016844	AG	3	6	644008	644013	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
1075	NC_016844	TACA	2	8	644044	644051	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
1076	NC_016844	CTG	2	6	644060	644065	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1077	NC_016844	GA	3	6	644107	644112	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
1078	NC_016844	GCC	2	6	644116	644121	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1079	NC_016844	GTC	2	6	644148	644153	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1080	NC_016844	GC	3	6	644222	644227	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1081	NC_016844	ACC	2	6	644240	644245	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1082	NC_016844	CA	3	6	644263	644268	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
1083	NC_016844	CGCAC	2	10	644279	644288	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
1084	NC_016844	GC	3	6	644380	644385	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1085	NC_016844	GCG	2	6	644415	644420	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1086	NC_016844	GCC	2	6	644509	644514	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1087	NC_016844	A	6	6	644515	644520	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1088	NC_016844	CAC	2	6	644533	644538	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1089	NC_016844	T	8	8	644553	644560	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1090	NC_016844	TGC	2	6	644623	644628	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1091	NC_016844	CG	3	6	644645	644650	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1092	NC_016844	CCG	2	6	648160	648165	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1093	NC_016844	ACG	2	6	648841	648846	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1094	NC_016844	C	6	6	648849	648854	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
1095	NC_016844	ACAT	2	8	648855	648862	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
1096	NC_016844	AAAC	2	8	649505	649512	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
1097	NC_016844	TCC	2	6	650652	650657	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1098	NC_016844	ACC	2	6	650702	650707	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1099	NC_016844	AG	3	6	658118	658123	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
1100	NC_016844	TGCT	2	8	658145	658152	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
1101	NC_016844	CCT	2	6	659072	659077	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1102	NC_016844	AC	3	6	659123	659128	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
1103	NC_016844	TCC	2	6	660038	660043	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1104	NC_016844	AG	3	6	660046	660051	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
1105	NC_016844	TC	3	6	660070	660075	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
1106	NC_016844	CAC	2	6	660079	660084	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1107	NC_016844	CA	3	6	660135	660140	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
1108	NC_016844	GCA	2	6	660211	660216	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1109	NC_016844	CCGC	2	8	660376	660383	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
1110	NC_016844	CAG	2	6	660391	660396	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1111	NC_016844	TCC	2	6	661135	661140	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1112	NC_016844	GCACG	2	10	661184	661193	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
1113	NC_016844	CG	3	6	661192	661197	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1114	NC_016844	CAC	2	6	661221	661226	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1115	NC_016844	AC	3	6	661264	661269	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
1116	NC_016844	ACG	2	6	661471	661476	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1117	NC_016844	GCG	2	6	661510	661515	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1118	NC_016844	GCT	2	6	661558	661563	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1119	NC_016844	GTGC	2	8	661606	661613	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
1120	NC_016844	C	6	6	661648	661653	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
1121	NC_016844	TCC	2	6	661841	661846	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1122	NC_016844	CGCT	2	8	661856	661863	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
1123	NC_016844	TAC	2	6	661881	661886	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1124	NC_016844	TCCCC	2	10	661919	661928	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
1125	NC_016844	GC	3	6	661953	661958	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1126	NC_016844	CTG	2	6	661988	661993	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1127	NC_016844	AGA	2	6	662009	662014	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1128	NC_016844	TGCG	2	8	662036	662043	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
1129	NC_016844	GC	5	10	662055	662064	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1130	NC_016844	CA	3	6	662155	662160	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
1131	NC_016844	ACT	2	6	662212	662217	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1132	NC_016844	GC	3	6	662236	662241	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1133	NC_016844	GGCA	2	8	662262	662269	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
1134	NC_016844	GAC	2	6	662293	662298	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1135	NC_016844	T	6	6	662299	662304	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1136	NC_016844	GC	3	6	662314	662319	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1137	NC_016844	GCC	2	6	662420	662425	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1138	NC_016844	TGG	2	6	662444	662449	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1139	NC_016844	ACTG	2	8	662476	662483	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
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1142	NC_016844	CCTT	2	8	662555	662562	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
1143	NC_016844	GC	3	6	662568	662573	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1144	NC_016844	GCA	2	6	662577	662582	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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1148	NC_016844	GC	3	6	662629	662634	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1149	NC_016844	CG	3	6	662689	662694	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1150	NC_016844	ACT	2	6	662730	662735	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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1413	NC_016844	CTT	2	6	890736	890741	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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1416	NC_016844	AGA	2	6	890782	890787	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1417	NC_016844	ATCC	2	8	891664	891671	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
1418	NC_016844	GC	3	6	892650	892655	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1419	NC_016844	CCGC	2	8	893168	893175	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
1420	NC_016844	CACC	2	8	893237	893244	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
1421	NC_016844	CCTCA	2	10	901193	901202	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
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1423	NC_016844	AGC	2	6	902077	902082	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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1425	NC_016844	GT	4	8	907054	907061	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
1426	NC_016844	CTA	2	6	908010	908015	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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1453	NC_016844	CA	3	6	926892	926897	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
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