MICAS: Microsatellite Analysis Server

All Non-Coding Repeats of Treponema pallidum subsp. pallidum DAL-1 chromosome

Total Repeats: 1724

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
501	NC_016844	GTT	2	6	246038	246043	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
502	NC_016844	T	8	8	246540	246547	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
503	NC_016844	CGT	2	6	246562	246567	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
504	NC_016844	TG	3	6	246568	246573	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
505	NC_016844	TCGGT	2	10	246765	246774	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
506	NC_016844	G	6	6	246784	246789	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
507	NC_016844	TG	3	6	254641	254646	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
508	NC_016844	T	7	7	254671	254677	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
509	NC_016844	GAG	2	6	255082	255087	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
510	NC_016844	GTG	2	6	260983	260988	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
511	NC_016844	AGT	2	6	263710	263715	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
512	NC_016844	GT	3	6	264072	264077	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
513	NC_016844	GGT	2	6	264091	264096	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
514	NC_016844	GGC	2	6	264107	264112	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
515	NC_016844	GT	3	6	264124	264129	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
516	NC_016844	CAC	2	6	266547	266552	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
517	NC_016844	GTC	2	6	266567	266572	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
518	NC_016844	TTTC	2	8	266651	266658	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
519	NC_016844	TGC	2	6	266679	266684	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
520	NC_016844	GT	3	6	266715	266720	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
521	NC_016844	GT	3	6	268302	268307	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
522	NC_016844	GCGCG	2	10	268366	268375	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
523	NC_016844	GCG	2	6	269337	269342	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
524	NC_016844	CTA	2	6	269345	269350	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
525	NC_016844	GAG	2	6	269385	269390	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
526	NC_016844	GTTC	2	8	270527	270534	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
527	NC_016844	GCT	2	6	271246	271251	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
528	NC_016844	GC	3	6	271944	271949	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
529	NC_016844	CA	3	6	271997	272002	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
530	NC_016844	GCTC	2	8	272005	272012	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
531	NC_016844	TCC	2	6	272014	272019	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
532	NC_016844	GC	3	6	273456	273461	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
533	NC_016844	CGTGA	2	10	273469	273478	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
534	NC_016844	CTG	2	6	275258	275263	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
535	NC_016844	TACA	2	8	275301	275308	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
536	NC_016844	TG	3	6	275361	275366	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
537	NC_016844	ATT	2	6	275374	275379	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
538	NC_016844	ATT	2	6	275381	275386	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
539	NC_016844	GAGG	2	8	277700	277707	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
540	NC_016844	CGC	2	6	277856	277861	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
541	NC_016844	GCT	2	6	277884	277889	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
542	NC_016844	CGG	2	6	277943	277948	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
543	NC_016844	TCC	2	6	279486	279491	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
544	NC_016844	GTG	2	6	279533	279538	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
545	NC_016844	GTG	2	6	279575	279580	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
546	NC_016844	TG	4	8	279623	279630	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
547	NC_016844	GC	3	6	279646	279651	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
548	NC_016844	GGGA	2	8	279681	279688	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
549	NC_016844	AAT	2	6	279740	279745	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
550	NC_016844	GAAC	2	8	279770	279777	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
551	NC_016844	TTG	2	6	279997	280002	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
552	NC_016844	AC	3	6	280059	280064	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
553	NC_016844	GCA	2	6	280099	280104	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
554	NC_016844	CGA	2	6	280191	280196	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
555	NC_016844	GGGA	2	8	280208	280215	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
556	NC_016844	TGA	2	6	280225	280230	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
557	NC_016844	CAG	2	6	280268	280273	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
558	NC_016844	GTT	2	6	280299	280304	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
559	NC_016844	ATT	2	6	280309	280314	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
560	NC_016844	CTG	2	6	280392	280397	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
561	NC_016844	GAA	2	6	280460	280465	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
562	NC_016844	GAT	2	6	280494	280499	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
563	NC_016844	CA	3	6	280555	280560	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
564	NC_016844	GAT	2	6	280709	280714	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
565	NC_016844	TGC	2	6	280796	280801	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
566	NC_016844	GTC	2	6	280808	280813	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
567	NC_016844	GTG	2	6	280882	280887	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
568	NC_016844	GGA	2	6	280922	280927	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
569	NC_016844	TCA	2	6	280947	280952	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
570	NC_016844	AC	3	6	280973	280978	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
571	NC_016844	AC	3	6	281142	281147	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
572	NC_016844	AGGG	2	8	281202	281209	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
573	NC_016844	AGG	2	6	281233	281238	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
574	NC_016844	CCT	2	6	281285	281290	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
575	NC_016844	GCATG	2	10	281311	281320	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
576	NC_016844	TC	3	6	281381	281386	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
577	NC_016844	CCCTT	2	10	281387	281396	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
578	NC_016844	TAT	2	6	281490	281495	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
579	NC_016844	TTTGT	2	10	281508	281517	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
580	NC_016844	GGT	2	6	281535	281540	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
581	NC_016844	GGGTG	2	10	281562	281571	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
582	NC_016844	ATA	2	6	281591	281596	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
583	NC_016844	GAG	2	6	281680	281685	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
584	NC_016844	TGAA	2	8	281756	281763	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
585	NC_016844	AGGG	2	8	281765	281772	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
586	NC_016844	TGAAC	2	10	281788	281797	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
587	NC_016844	AG	3	6	281826	281831	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
588	NC_016844	AGT	2	6	281840	281845	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
589	NC_016844	GCGA	2	8	281847	281854	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
590	NC_016844	GGA	2	6	281859	281864	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
591	NC_016844	CG	3	6	281898	281903	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
592	NC_016844	GGTG	2	8	281915	281922	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
593	NC_016844	AAT	2	6	281924	281929	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
594	NC_016844	AG	3	6	281966	281971	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
595	NC_016844	CTG	2	6	282004	282009	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
596	NC_016844	CGG	2	6	282026	282031	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
597	NC_016844	CAA	2	6	282175	282180	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
598	NC_016844	GGT	2	6	282199	282204	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
599	NC_016844	GCA	2	6	282244	282249	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
600	NC_016844	GTG	2	6	282303	282308	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
601	NC_016844	CGT	2	6	282316	282321	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
602	NC_016844	GGA	2	6	282380	282385	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
603	NC_016844	A	6	6	282403	282408	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
604	NC_016844	AAAC	2	8	282443	282450	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
605	NC_016844	TGCG	2	8	282601	282608	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
606	NC_016844	AGG	2	6	282706	282711	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
607	NC_016844	AGC	2	6	282722	282727	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
608	NC_016844	TGA	2	6	282862	282867	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
609	NC_016844	GAG	2	6	282880	282885	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
610	NC_016844	AG	3	6	282902	282907	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
611	NC_016844	AGG	2	6	282931	282936	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
612	NC_016844	TTCC	2	8	282943	282950	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
613	NC_016844	CGT	2	6	283162	283167	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
614	NC_016844	GTGCGA	2	12	283178	283189	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
615	NC_016844	AGGTT	2	10	283247	283256	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
616	NC_016844	AGGT	2	8	283284	283291	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
617	NC_016844	GA	3	6	283315	283320	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
618	NC_016844	AC	3	6	283347	283352	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
619	NC_016844	GGT	2	6	283464	283469	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
620	NC_016844	AGAGG	2	10	283496	283505	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
621	NC_016844	TTGAA	2	10	283525	283534	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
622	NC_016844	CGG	2	6	283546	283551	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
623	NC_016844	AAG	2	6	283675	283680	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
624	NC_016844	GTA	2	6	283757	283762	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
625	NC_016844	ACC	2	6	283818	283823	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
626	NC_016844	CCT	2	6	283906	283911	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
627	NC_016844	AGG	2	6	283982	283987	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
628	NC_016844	GAG	2	6	284286	284291	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
629	NC_016844	TAA	2	6	284527	284532	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
630	NC_016844	ATT	2	6	284551	284556	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
631	NC_016844	TCCTTC	2	12	284559	284570	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
632	NC_016844	TGG	2	6	284610	284615	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
633	NC_016844	GAT	2	6	284668	284673	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
634	NC_016844	GTAG	2	8	284693	284700	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
635	NC_016844	TTC	2	6	285786	285791	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
636	NC_016844	TAAA	3	12	290494	290505	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
637	NC_016844	GA	3	6	291408	291413	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
638	NC_016844	AAC	2	6	291417	291422	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
639	NC_016844	GC	3	6	293604	293609	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
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775	NC_016844	GCG	2	6	396951	396956	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
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919	NC_016844	CCT	2	6	499578	499583	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
920	NC_016844	TCC	2	6	499595	499600	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
921	NC_016844	CCT	2	6	499602	499607	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
922	NC_016844	AGG	2	6	499762	499767	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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942	NC_016844	AGG	2	6	511604	511609	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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951	NC_016844	GGA	2	6	525774	525779	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
952	NC_016844	CT	3	6	532596	532601	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
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955	NC_016844	AGC	2	6	532729	532734	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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