MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Treponema pallidum subsp. pertenue str. SamoaD chromosome

Total Repeats: 1481

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
501	NC_016842	CGT	2	6	281841	281846	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
502	NC_016842	GGA	2	6	281905	281910	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
503	NC_016842	A	6	6	281928	281933	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
504	NC_016842	AAAC	2	8	281968	281975	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
505	NC_016842	TGCG	2	8	282126	282133	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
506	NC_016842	AGG	2	6	282231	282236	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
507	NC_016842	AGC	2	6	282247	282252	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
508	NC_016842	TGA	2	6	282387	282392	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
509	NC_016842	GAG	2	6	282405	282410	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
510	NC_016842	AG	3	6	282427	282432	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
511	NC_016842	AGG	2	6	282456	282461	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
512	NC_016842	TTCC	2	8	282468	282475	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
513	NC_016842	CGT	2	6	282687	282692	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
514	NC_016842	GTGCGA	2	12	282703	282714	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
515	NC_016842	AGGTT	2	10	282772	282781	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
516	NC_016842	AGGT	2	8	282809	282816	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
517	NC_016842	GA	3	6	282840	282845	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
518	NC_016842	AC	3	6	282872	282877	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
519	NC_016842	GGT	2	6	282989	282994	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
520	NC_016842	AGAGG	2	10	283021	283030	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
521	NC_016842	TTGAA	2	10	283050	283059	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
522	NC_016842	CGG	2	6	283071	283076	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
523	NC_016842	AAG	2	6	283200	283205	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
524	NC_016842	GTA	2	6	283282	283287	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
525	NC_016842	ACC	2	6	283343	283348	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
526	NC_016842	CCT	2	6	283431	283436	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
527	NC_016842	AGG	2	6	283507	283512	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
528	NC_016842	GAG	2	6	283811	283816	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
529	NC_016842	TAA	2	6	284052	284057	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
530	NC_016842	ATT	2	6	284076	284081	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
531	NC_016842	TCCTTC	2	12	284084	284095	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
532	NC_016842	TGG	2	6	284135	284140	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
533	NC_016842	GAT	2	6	284193	284198	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
534	NC_016842	GTAG	2	8	284218	284225	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
535	NC_016842	TTC	2	6	285311	285316	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
536	NC_016842	TAAA	3	12	290019	290030	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
537	NC_016842	GA	3	6	290933	290938	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
538	NC_016842	AAC	2	6	290942	290947	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
539	NC_016842	GC	3	6	293129	293134	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
540	NC_016842	ACA	2	6	293148	293153	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
541	NC_016842	TC	3	6	293169	293174	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
542	NC_016842	AGT	2	6	293200	293205	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
543	NC_016842	GCG	2	6	293206	293211	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
544	NC_016842	GCAC	2	8	293216	293223	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
545	NC_016842	GACC	2	8	293252	293259	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
546	NC_016842	ACA	2	6	294752	294757	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
547	NC_016842	GAG	2	6	294761	294766	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
548	NC_016842	GAT	2	6	294796	294801	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
549	NC_016842	TTTCC	2	10	294843	294852	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
550	NC_016842	GGA	2	6	294865	294870	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
551	NC_016842	GC	3	6	294891	294896	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
552	NC_016842	GAG	2	6	294913	294918	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
553	NC_016842	CTT	2	6	294959	294964	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
554	NC_016842	GT	3	6	297579	297584	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
555	NC_016842	TGG	2	6	297635	297640	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
556	NC_016842	CTC	3	9	297641	297649	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
557	NC_016842	GTT	2	6	297651	297656	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
558	NC_016842	AGGT	2	8	297690	297697	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
559	NC_016842	GT	3	6	297710	297715	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
560	NC_016842	GCT	2	6	297770	297775	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
561	NC_016842	GAG	2	6	297821	297826	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
562	NC_016842	GTGCG	2	10	298572	298581	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
563	NC_016842	AG	3	6	298605	298610	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
564	NC_016842	GAG	2	6	298635	298640	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
565	NC_016842	TGC	2	6	298669	298674	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
566	NC_016842	T	6	6	298678	298683	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
567	NC_016842	CGC	2	6	298692	298697	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
568	NC_016842	AAC	2	6	298707	298712	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
569	NC_016842	TGA	2	6	299229	299234	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
570	NC_016842	GTT	2	6	304504	304509	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
571	NC_016842	T	6	6	304508	304513	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
572	NC_016842	T	6	6	305395	305400	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
573	NC_016842	TC	3	6	311746	311751	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
574	NC_016842	GTG	2	6	311755	311760	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
575	NC_016842	GAG	2	6	311783	311788	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
576	NC_016842	GA	3	6	311840	311845	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
577	NC_016842	CG	3	6	323441	323446	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
578	NC_016842	T	6	6	323453	323458	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
579	NC_016842	TG	3	6	323498	323503	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
580	NC_016842	GC	4	8	323522	323529	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
581	NC_016842	GGGA	2	8	323574	323581	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
582	NC_016842	T	6	6	326295	326300	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
583	NC_016842	T	7	7	326310	326316	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
584	NC_016842	GT	3	6	326319	326324	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
585	NC_016842	G	7	7	326333	326339	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
586	NC_016842	GT	3	6	327513	327518	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
587	NC_016842	GA	3	6	327546	327551	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
588	NC_016842	T	6	6	327578	327583	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
589	NC_016842	AGAA	2	8	327587	327594	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
590	NC_016842	CAG	2	6	327598	327603	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
591	NC_016842	CTA	2	6	331009	331014	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
592	NC_016842	CGC	2	6	331017	331022	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
593	NC_016842	TCC	2	6	331047	331052	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
594	NC_016842	CTC	2	6	333709	333714	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
595	NC_016842	C	10	10	333729	333738	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
596	NC_016842	C	10	10	336039	336048	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
597	NC_016842	TAG	2	6	336058	336063	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
598	NC_016842	CCT	2	6	336077	336082	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
599	NC_016842	CA	3	6	336084	336089	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
600	NC_016842	CAC	2	6	336100	336105	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
601	NC_016842	CCT	2	6	336114	336119	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
602	NC_016842	G	6	6	336173	336178	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
603	NC_016842	GT	3	6	337423	337428	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
604	NC_016842	CCCG	2	8	337434	337441	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
605	NC_016842	GAGG	2	8	337478	337485	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
606	NC_016842	GAA	2	6	341157	341162	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
607	NC_016842	T	6	6	341231	341236	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
608	NC_016842	CCA	2	6	348229	348234	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
609	NC_016842	CCT	2	6	348792	348797	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
610	NC_016842	CAC	2	6	353236	353241	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
611	NC_016842	CG	3	6	353249	353254	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
612	NC_016842	TCT	2	6	353298	353303	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
613	NC_016842	GGA	2	6	355193	355198	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
614	NC_016842	GAT	2	6	355204	355209	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
615	NC_016842	ACA	2	6	355261	355266	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
616	NC_016842	CCG	2	6	355268	355273	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
617	NC_016842	GCA	2	6	355291	355296	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
618	NC_016842	GGT	2	6	355302	355307	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
619	NC_016842	AATATA	2	12	355324	355335	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
620	NC_016842	GGA	2	6	355355	355360	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
621	NC_016842	CCT	2	6	356837	356842	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
622	NC_016842	TGCG	2	8	356844	356851	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
623	NC_016842	CTT	2	6	357058	357063	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
624	NC_016842	GCT	2	6	357145	357150	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
625	NC_016842	TGG	3	9	366324	366332	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
626	NC_016842	TGG	2	6	366348	366353	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
627	NC_016842	ATGG	2	8	366382	366389	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
628	NC_016842	GTA	2	6	371377	371382	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
629	NC_016842	TTTCCG	2	12	372587	372598	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
630	NC_016842	ATG	2	6	372601	372606	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
631	NC_016842	G	9	9	374141	374149	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
632	NC_016842	GCG	2	6	378213	378218	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
633	NC_016842	GTCT	2	8	378267	378274	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
634	NC_016842	GGT	2	6	378283	378288	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
635	NC_016842	GT	3	6	378287	378292	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
636	NC_016842	TG	3	6	380331	380336	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
637	NC_016842	ATAG	2	8	380374	380381	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
638	NC_016842	CCT	2	6	380494	380499	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
639	NC_016842	GGA	2	6	380823	380828	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
640	NC_016842	GGA	2	6	380832	380837	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
641	NC_016842	TCG	2	6	380897	380902	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
642	NC_016842	TG	3	6	380922	380927	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
643	NC_016842	GT	3	6	380935	380940	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
644	NC_016842	TTC	2	6	383241	383246	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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650	NC_016842	GGA	2	6	390220	390225	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
651	NC_016842	CG	3	6	395730	395735	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
652	NC_016842	T	6	6	396054	396059	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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656	NC_016842	CG	4	8	397736	397743	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
657	NC_016842	CTG	2	6	401539	401544	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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659	NC_016842	GCG	2	6	403685	403690	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
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671	NC_016842	ATGT	2	8	409418	409425	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
672	NC_016842	GGA	2	6	409487	409492	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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674	NC_016842	T	6	6	423125	423130	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
675	NC_016842	GAA	2	6	423131	423136	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
676	NC_016842	T	8	8	423154	423161	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
677	NC_016842	GT	3	6	424073	424078	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
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679	NC_016842	GGA	2	6	424118	424123	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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779	NC_016842	GTTT	2	8	545865	545872	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
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