MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Thermovirga lienii DSM 17291 plasmid pTLIE01

Total Repeats: 95

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016149	CAAGG	2	10	11	20	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
2	NC_016149	CAAACC	2	12	50	61	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
3	NC_016149	A	6	6	1302	1307	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_016149	TA	3	6	1417	1422	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_016149	GTC	2	6	1448	1453	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_016149	GGAAAC	2	12	1511	1522	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_016149	TTAT	2	8	2300	2307	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_016149	AGT	2	6	2315	2320	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_016149	AGG	2	6	2343	2348	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_016149	T	6	6	2350	2355	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_016149	ACA	2	6	4114	4119	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_016149	AAG	2	6	4167	4172	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13	NC_016149	A	6	6	4181	4186	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_016149	AT	3	6	4191	4196	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_016149	CAT	2	6	4202	4207	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_016149	TGGT	2	8	4403	4410	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
17	NC_016149	TGGT	2	8	4443	4450	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
18	NC_016149	CTC	2	6	4464	4469	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
19	NC_016149	T	6	6	4482	4487	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_016149	TGA	2	6	6282	6287	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_016149	CTT	2	6	6302	6307	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_016149	AGGG	2	8	6317	6324	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
23	NC_016149	CAT	2	6	6359	6364	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_016149	ACT	2	6	6372	6377	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_016149	GA	3	6	7112	7117	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
26	NC_016149	GTC	2	6	8673	8678	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_016149	TAAA	2	8	8714	8721	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_016149	CCT	3	9	11483	11491	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
29	NC_016149	CCT	2	6	15545	15550	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
30	NC_016149	A	6	6	15560	15565	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_016149	TTC	2	6	15613	15618	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_016149	TCCTT	2	10	15809	15818	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
33	NC_016149	ATT	2	6	15867	15872	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_016149	TGC	2	6	15990	15995	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_016149	AAC	3	9	15996	16004	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_016149	AGG	2	6	16020	16025	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_016149	CAT	2	6	16142	16147	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_016149	TGA	2	6	16177	16182	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_016149	ATT	2	6	16213	16218	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_016149	A	6	6	16223	16228	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_016149	AGA	2	6	16316	16321	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_016149	AG	3	6	16328	16333	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
43	NC_016149	AT	3	6	16356	16361	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_016149	AAC	2	6	16394	16399	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_016149	A	6	6	16409	16414	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_016149	CTA	2	6	16441	16446	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_016149	CCA	2	6	16523	16528	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
48	NC_016149	TGC	2	6	16537	16542	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_016149	TTC	2	6	16706	16711	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_016149	CGG	2	6	16735	16740	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_016149	GAA	2	6	16745	16750	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
52	NC_016149	AGAAAA	2	12	16754	16765	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_016149	CTCTC	2	10	16803	16812	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
54	NC_016149	AAG	2	6	16830	16835	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
55	NC_016149	GAT	2	6	16868	16873	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
56	NC_016149	A	6	6	17010	17015	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_016149	TGG	2	6	17103	17108	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_016149	CCA	2	6	17134	17139	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
59	NC_016149	TAAA	2	8	17223	17230	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_016149	CAA	2	6	17248	17253	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_016149	ATC	2	6	17288	17293	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_016149	CCT	2	6	17827	17832	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
63	NC_016149	TCA	2	6	17882	17887	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_016149	CAAA	2	8	19015	19022	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
65	NC_016149	TGCCTT	2	12	19793	19804	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_016149	CAT	2	6	19843	19848	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_016149	CTT	2	6	20831	20836	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_016149	AAT	2	6	22198	22203	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_016149	TCC	2	6	22294	22299	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
70	NC_016149	TTA	2	6	22352	22357	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_016149	TC	4	8	22358	22365	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
72	NC_016149	CGT	2	6	22418	22423	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_016149	CCATT	2	10	22498	22507	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
74	NC_016149	ATG	2	6	22512	22517	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
75	NC_016149	GT	3	6	22618	22623	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
76	NC_016149	TTC	2	6	22641	22646	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_016149	GAA	2	6	22735	22740	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
78	NC_016149	TTTA	2	8	22742	22749	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_016149	CCT	2	6	24378	24383	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
80	NC_016149	AGAT	2	8	24387	24394	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
81	NC_016149	ATA	2	6	25607	25612	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_016149	A	6	6	25655	25660	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_016149	AAT	2	6	25703	25708	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_016149	TTC	2	6	25711	25716	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_016149	TTG	2	6	25753	25758	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
86	NC_016149	A	7	7	25798	25804	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_016149	CTT	2	6	27115	27120	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_016149	T	6	6	27174	27179	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_016149	TGT	2	6	27304	27309	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
90	NC_016149	TAA	2	6	27344	27349	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_016149	ATAC	2	8	27424	27431	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
92	NC_016149	TCC	2	6	31728	31733	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
93	NC_016149	TCAA	2	8	31736	31743	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
94	NC_016149	TTC	2	6	31751	31756	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_016149	TAA	2	6	31825	31830	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.