MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Tetragenococcus halophilus NBRC 12172

Total Repeats: 9867

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016052	T	6	6	1410	1415	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_016052	CTA	2	6	1441	1446	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_016052	T	7	7	1456	1462	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_016052	TAATA	2	10	1465	1474	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_016052	TA	3	6	1473	1478	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_016052	AAG	2	6	2646	2651	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_016052	CTT	2	6	2674	2679	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_016052	ATTT	2	8	2740	2747	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_016052	A	6	6	2760	2765	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_016052	TATAA	2	10	2769	2778	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_016052	GAAAA	2	10	2788	2797	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_016052	AGG	2	6	6115	6120	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_016052	ATAA	2	8	8606	8613	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_016052	TAG	2	6	8622	8627	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15	NC_016052	CAA	2	6	8635	8640	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_016052	A	7	7	8653	8659	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_016052	T	6	6	8671	8676	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_016052	ACA	2	6	8693	8698	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_016052	AAT	2	6	8706	8711	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_016052	AGT	2	6	8766	8771	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_016052	CT	4	8	8784	8791	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
22	NC_016052	A	6	6	8800	8805	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_016052	GAG	2	6	9164	9169	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_016052	AGG	2	6	9692	9697	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_016052	T	7	7	9979	9985	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_016052	ATC	2	6	9986	9991	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_016052	ATA	2	6	10013	10018	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_016052	T	7	7	10069	10075	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_016052	ATT	2	6	10090	10095	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_016052	A	7	7	12138	12144	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_016052	TA	3	6	13533	13538	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_016052	T	7	7	13561	13567	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_016052	TTGTA	2	10	13599	13608	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
34	NC_016052	TA	3	6	13611	13616	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_016052	CAA	2	6	13617	13622	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_016052	TA	3	6	13649	13654	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_016052	T	7	7	15587	15593	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_016052	T	6	6	15596	15601	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_016052	TAT	2	6	15614	15619	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_016052	T	7	7	15619	15625	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_016052	T	6	6	15637	15642	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_016052	A	6	6	15651	15656	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_016052	T	6	6	15679	15684	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_016052	TAA	2	6	15690	15695	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_016052	AAT	2	6	15713	15718	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_016052	T	6	6	15765	15770	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_016052	AAAG	2	8	15789	15796	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_016052	A	6	6	17108	17113	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_016052	T	7	7	17135	17141	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_016052	ATTT	2	8	17160	17167	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_016052	TAA	2	6	17182	17187	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_016052	GCTT	2	8	18118	18125	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
53	NC_016052	T	6	6	19778	19783	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_016052	TTA	2	6	19809	19814	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_016052	GATA	2	8	19848	19855	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
56	NC_016052	TTA	2	6	19884	19889	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_016052	A	6	6	19889	19894	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_016052	GAAC	2	8	19895	19902	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
59	NC_016052	CCT	2	6	20132	20137	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
60	NC_016052	T	7	7	20163	20169	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_016052	AT	3	6	20225	20230	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_016052	A	6	6	20243	20248	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_016052	TAT	2	6	20267	20272	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_016052	CTAT	2	8	22380	22387	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
65	NC_016052	TAT	2	6	22416	22421	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_016052	A	6	6	22424	22429	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_016052	TAA	2	6	22472	22477	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_016052	TTTA	2	8	22509	22516	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_016052	A	6	6	22518	22523	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_016052	A	6	6	22532	22537	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_016052	AGA	2	6	22555	22560	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
72	NC_016052	ATA	2	6	22561	22566	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_016052	A	6	6	22566	22571	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_016052	CTTT	2	8	22593	22600	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
75	NC_016052	T	6	6	22598	22603	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_016052	CTTT	2	8	23520	23527	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
77	NC_016052	TTTA	2	8	23528	23535	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_016052	T	7	7	23600	23606	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_016052	T	7	7	23649	23655	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_016052	T	6	6	23694	23699	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_016052	TAAAA	2	10	24202	24211	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_016052	GTC	2	6	26774	26779	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_016052	TTATAT	2	12	26826	26837	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_016052	AGA	2	6	26865	26870	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_016052	ATC	2	6	28360	28365	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_016052	T	7	7	28367	28373	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_016052	AG	3	6	28377	28382	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
88	NC_016052	TGC	2	6	28392	28397	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_016052	A	7	7	28407	28413	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_016052	ATA	2	6	28486	28491	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_016052	AAAG	2	8	28495	28502	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
92	NC_016052	TAA	3	9	30394	30402	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_016052	A	7	7	30401	30407	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_016052	ATG	2	6	30418	30423	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
95	NC_016052	T	6	6	30433	30438	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_016052	GA	3	6	31834	31839	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
97	NC_016052	T	6	6	31847	31852	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_016052	GAT	2	6	31854	31859	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
99	NC_016052	ATA	2	6	31875	31880	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_016052	T	7	7	31893	31899	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_016052	TTAA	2	8	32821	32828	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_016052	T	6	6	32836	32841	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_016052	AGT	2	6	32851	32856	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
104	NC_016052	TAA	2	6	32857	32862	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_016052	ACT	2	6	32865	32870	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_016052	AACGA	2	10	33389	33398	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
107	NC_016052	T	7	7	33403	33409	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_016052	AAAT	2	8	33411	33418	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_016052	TTTTC	2	10	33468	33477	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
110	NC_016052	ATT	2	6	33498	33503	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_016052	TAAA	2	8	33506	33513	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_016052	ATTT	2	8	36114	36121	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_016052	ATT	2	6	36134	36139	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_016052	T	6	6	36153	36158	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_016052	A	7	7	36183	36189	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_016052	AAAGG	2	10	37096	37105	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
117	NC_016052	T	6	6	37787	37792	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_016052	ATT	2	6	37811	37816	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_016052	TAG	2	6	37850	37855	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
120	NC_016052	T	6	6	39127	39132	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_016052	T	8	8	39138	39145	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_016052	A	7	7	39147	39153	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_016052	AGT	2	6	39188	39193	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
124	NC_016052	AGG	2	6	39206	39211	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
125	NC_016052	AATA	2	8	40267	40274	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_016052	TTTTG	2	10	40316	40325	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
127	NC_016052	ATTA	2	8	40349	40356	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_016052	ATTAAA	2	12	40397	40408	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_016052	TG	3	6	40410	40415	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
130	NC_016052	AC	3	6	40420	40425	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
131	NC_016052	ATTT	2	8	40449	40456	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_016052	A	6	6	40472	40477	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_016052	A	6	6	42087	42092	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_016052	CCT	2	6	42861	42866	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
135	NC_016052	T	6	6	42866	42871	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_016052	TAT	2	6	42875	42880	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_016052	AT	3	6	42879	42884	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_016052	A	6	6	42893	42898	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_016052	CT	3	6	43568	43573	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
140	NC_016052	CTC	2	6	46216	46221	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
141	NC_016052	TAT	2	6	46246	46251	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_016052	AAG	2	6	46280	46285	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
143	NC_016052	AT	3	6	46313	46318	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_016052	A	6	6	46380	46385	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_016052	TAT	2	6	46392	46397	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_016052	AAAAT	2	10	46398	46407	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_016052	TA	3	6	46467	46472	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_016052	GAG	2	6	46484	46489	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
149	NC_016052	TGA	2	6	48092	48097	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
150	NC_016052	TTG	2	6	48544	48549	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
151	NC_016052	T	7	7	48559	48565	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_016052	T	7	7	48623	48629	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_016052	T	6	6	48642	48647	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_016052	ACA	2	6	48694	48699	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
155	NC_016052	T	7	7	49502	49508	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_016052	TAA	2	6	49583	49588	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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162	NC_016052	A	6	6	51266	51271	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
163	NC_016052	A	6	6	51289	51294	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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166	NC_016052	ATTA	2	8	52172	52179	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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173	NC_016052	TAT	2	6	54243	54248	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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188	NC_016052	T	7	7	56610	56616	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
189	NC_016052	GTAA	2	8	56642	56649	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
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192	NC_016052	AGG	2	6	56803	56808	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
193	NC_016052	T	6	6	56813	56818	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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282	NC_016052	T	6	6	89182	89187	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
283	NC_016052	AAC	2	6	89208	89213	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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288	NC_016052	T	6	6	96657	96662	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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293	NC_016052	GACG	2	8	96829	96836	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
294	NC_016052	CAAAG	2	10	96848	96857	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
295	NC_016052	AGA	2	6	97136	97141	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
296	NC_016052	GAG	2	6	97145	97150	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
297	NC_016052	CAAA	2	8	98058	98065	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
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439	NC_016052	TAT	2	6	135231	135236	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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443	NC_016052	TGAA	2	8	135288	135295	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
444	NC_016052	GCTA	2	8	135298	135305	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
445	NC_016052	A	6	6	135310	135315	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
446	NC_016052	CGAA	3	12	135502	135513	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
447	NC_016052	TAA	2	6	135524	135529	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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451	NC_016052	GTT	2	6	137460	137465	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
452	NC_016052	ATC	2	6	137524	137529	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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456	NC_016052	T	6	6	137598	137603	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
457	NC_016052	ATT	2	6	137619	137624	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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466	NC_016052	T	7	7	142423	142429	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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469	NC_016052	AAT	2	6	142547	142552	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
470	NC_016052	TAA	2	6	142564	142569	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
471	NC_016052	CAAA	2	8	142594	142601	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
472	NC_016052	ATA	2	6	142649	142654	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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475	NC_016052	CAAA	2	8	143948	143955	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
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479	NC_016052	A	6	6	144044	144049	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
480	NC_016052	TAG	2	6	144050	144055	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
481	NC_016052	ACC	2	6	144062	144067	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
482	NC_016052	ACT	2	6	144081	144086	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
483	NC_016052	TAT	2	6	144113	144118	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
484	NC_016052	TTA	2	6	144205	144210	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
485	NC_016052	A	6	6	145781	145786	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
486	NC_016052	CA	4	8	145794	145801	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
487	NC_016052	TTA	2	6	145840	145845	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
488	NC_016052	TCC	2	6	145870	145875	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
489	NC_016052	TCC	2	6	147873	147878	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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491	NC_016052	T	7	7	147961	147967	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
492	NC_016052	T	7	7	147969	147975	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
493	NC_016052	TAT	2	6	147988	147993	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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496	NC_016052	T	7	7	148705	148711	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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500	NC_016052	T	8	8	148810	148817	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding

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