MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Thermotoga thermarum DSM 5069 chromosome

Total Repeats: 4133

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
4001	NC_015707	AAT	2	6	1954145	1954150	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4002	NC_015707	AAG	2	6	1954231	1954236	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4003	NC_015707	A	6	6	1954297	1954302	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4004	NC_015707	TAT	2	6	1954321	1954326	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4005	NC_015707	AGA	2	6	1958310	1958315	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4006	NC_015707	CTT	2	6	1958329	1958334	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4007	NC_015707	CGG	2	6	1960363	1960368	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
4008	NC_015707	TCC	2	6	1960397	1960402	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
4009	NC_015707	CCA	2	6	1960550	1960555	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
4010	NC_015707	A	6	6	1960612	1960617	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4011	NC_015707	T	6	6	1960654	1960659	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4012	NC_015707	AGGG	2	8	1960665	1960672	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
4013	NC_015707	TTTTCA	2	12	1961849	1961860	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4014	NC_015707	A	6	6	1962070	1962075	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4015	NC_015707	T	7	7	1962086	1962092	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4016	NC_015707	ACA	2	6	1962097	1962102	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4017	NC_015707	CCT	2	6	1966282	1966287	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
4018	NC_015707	TCG	2	6	1967157	1967162	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4019	NC_015707	TTTC	2	8	1967227	1967234	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
4020	NC_015707	CCA	2	6	1967296	1967301	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
4021	NC_015707	A	7	7	1967332	1967338	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4022	NC_015707	TTG	2	6	1967383	1967388	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4023	NC_015707	T	6	6	1967504	1967509	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4024	NC_015707	TTC	2	6	1967529	1967534	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4025	NC_015707	T	6	6	1967597	1967602	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4026	NC_015707	TTGTT	2	10	1967797	1967806	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
4027	NC_015707	ACC	2	6	1967830	1967835	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
4028	NC_015707	CAC	2	6	1968215	1968220	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
4029	NC_015707	ACA	2	6	1968232	1968237	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4030	NC_015707	T	6	6	1968280	1968285	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4031	NC_015707	ATAAA	2	10	1968376	1968385	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
4032	NC_015707	TGG	2	6	1968408	1968413	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4033	NC_015707	ACC	2	6	1968430	1968435	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
4034	NC_015707	CTT	2	6	1968750	1968755	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4035	NC_015707	AGGA	2	8	1968760	1968767	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
4036	NC_015707	A	6	6	1971551	1971556	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4037	NC_015707	T	6	6	1971570	1971575	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4038	NC_015707	TA	3	6	1971607	1971612	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4039	NC_015707	GCG	2	6	1971660	1971665	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
4040	NC_015707	T	7	7	1971714	1971720	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4041	NC_015707	CA	3	6	1979595	1979600	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
4042	NC_015707	A	7	7	1979684	1979690	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4043	NC_015707	GC	3	6	1979712	1979717	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
4044	NC_015707	TTA	2	6	1981616	1981621	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4045	NC_015707	GTTT	2	8	1981635	1981642	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
4046	NC_015707	CAAA	2	8	1981646	1981653	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
4047	NC_015707	ACAT	2	8	1981657	1981664	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
4048	NC_015707	T	6	6	1983035	1983040	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4049	NC_015707	AGG	2	6	1983065	1983070	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4050	NC_015707	TTCTT	2	10	1990883	1990892	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
4051	NC_015707	GGT	2	6	1995616	1995621	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4052	NC_015707	CCT	2	6	2007485	2007490	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
4053	NC_015707	CTA	2	6	2009394	2009399	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4054	NC_015707	CCTC	2	8	2009400	2009407	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
4055	NC_015707	TTGGT	2	10	2009410	2009419	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
4056	NC_015707	TAT	2	6	2009432	2009437	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4057	NC_015707	GTTT	2	8	2009451	2009458	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
4058	NC_015707	ATTC	2	8	2009464	2009471	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
4059	NC_015707	A	6	6	2009519	2009524	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4060	NC_015707	GCT	2	6	2009534	2009539	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4061	NC_015707	TTGGA	2	10	2009552	2009561	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
4062	NC_015707	GGGA	2	8	2009590	2009597	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
4063	NC_015707	AGG	2	6	2010648	2010653	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4064	NC_015707	CTTTAT	2	12	2011869	2011880	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4065	NC_015707	T	7	7	2011880	2011886	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4066	NC_015707	TTTG	2	8	2017141	2017148	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
4067	NC_015707	AAGG	2	8	2017235	2017242	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
4068	NC_015707	CTT	2	6	2017329	2017334	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4069	NC_015707	T	6	6	2017342	2017347	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4070	NC_015707	CTC	2	6	2017362	2017367	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
4071	NC_015707	ATT	2	6	2017394	2017399	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4072	NC_015707	TAT	2	6	2017474	2017479	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4073	NC_015707	TTG	2	6	2017521	2017526	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4074	NC_015707	T	6	6	2017628	2017633	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4075	NC_015707	CAT	2	6	2017672	2017677	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4076	NC_015707	GA	3	6	2017723	2017728	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
4077	NC_015707	AGC	2	6	2017780	2017785	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4078	NC_015707	ACT	2	6	2017859	2017864	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4079	NC_015707	CTT	2	6	2018140	2018145	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4080	NC_015707	T	7	7	2018153	2018159	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4081	NC_015707	GAAGT	2	10	2018165	2018174	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
4082	NC_015707	GGAA	2	8	2018225	2018232	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
4083	NC_015707	AAAG	2	8	2018280	2018287	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
4084	NC_015707	CAC	2	6	2018359	2018364	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
4085	NC_015707	CCAA	2	8	2018540	2018547	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
4086	NC_015707	CCA	2	6	2018582	2018587	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
4087	NC_015707	AGA	2	6	2018672	2018677	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4088	NC_015707	AAGTA	2	10	2018690	2018699	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
4089	NC_015707	AAC	2	6	2018711	2018716	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4090	NC_015707	GAA	2	6	2018755	2018760	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4091	NC_015707	TGC	2	6	2018848	2018853	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4092	NC_015707	GTAC	2	8	2018877	2018884	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
4093	NC_015707	CA	4	8	2018947	2018954	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
4094	NC_015707	CTT	2	6	2019012	2019017	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4095	NC_015707	TCT	2	6	2019042	2019047	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4096	NC_015707	T	6	6	2019061	2019066	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4097	NC_015707	TTA	2	6	2019126	2019131	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4098	NC_015707	TAT	2	6	2019167	2019172	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4099	NC_015707	GAA	2	6	2019185	2019190	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4100	NC_015707	TCAC	2	8	2022299	2022306	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
4101	NC_015707	TA	3	6	2022316	2022321	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4102	NC_015707	AGG	2	6	2022366	2022371	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4103	NC_015707	AT	3	6	2022769	2022774	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4104	NC_015707	AAAAG	2	10	2026745	2026754	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
4105	NC_015707	ACG	2	6	2026807	2026812	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4106	NC_015707	A	6	6	2026818	2026823	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4107	NC_015707	GCT	2	6	2026875	2026880	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4108	NC_015707	G	6	6	2026915	2026920	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
4109	NC_015707	TGT	2	6	2026985	2026990	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4110	NC_015707	CTT	2	6	2027067	2027072	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4111	NC_015707	AGC	2	6	2027088	2027093	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4112	NC_015707	GGA	2	6	2027097	2027102	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4113	NC_015707	GCA	2	6	2027133	2027138	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4114	NC_015707	TGA	2	6	2027204	2027209	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4115	NC_015707	TA	3	6	2027242	2027247	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4116	NC_015707	TGG	2	6	2027260	2027265	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4117	NC_015707	TCT	2	6	2027305	2027310	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4118	NC_015707	GCA	2	6	2027466	2027471	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4119	NC_015707	CAG	2	6	2027476	2027481	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4120	NC_015707	GCT	2	6	2027529	2027534	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4121	NC_015707	CGC	2	6	2027656	2027661	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
4122	NC_015707	ATTGC	2	10	2027676	2027685	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
4123	NC_015707	ACA	3	9	2027829	2027837	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4124	NC_015707	GAT	2	6	2027976	2027981	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4125	NC_015707	ACG	2	6	2028019	2028024	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4126	NC_015707	GAT	2	6	2028087	2028092	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4127	NC_015707	CAC	2	6	2034721	2034726	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
4128	NC_015707	CCT	2	6	2039473	2039478	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
4129	NC_015707	TAA	2	6	2039601	2039606	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4130	NC_015707	T	9	9	2039847	2039855	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4131	NC_015707	TGTC	2	8	2039859	2039866	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
4132	NC_015707	TCT	2	6	2039871	2039876	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4133	NC_015707	AAC	2	6	2039922	2039927	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding

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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.