MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of thiomonas intermedia K12 plasmid pTINT02

Total Repeats: 92

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014155	TCA	2	6	3	8	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_014155	GTCG	2	8	43	50	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
3	NC_014155	GGCT	2	8	518	525	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
4	NC_014155	GCC	2	6	528	533	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
5	NC_014155	TG	3	6	545	550	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
6	NC_014155	TGGC	2	8	557	564	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
7	NC_014155	CAT	2	6	578	583	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_014155	ACA	2	6	600	605	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_014155	TAT	2	6	657	662	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_014155	GCC	2	6	1722	1727	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
11	NC_014155	C	6	6	1726	1731	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
12	NC_014155	CTG	2	6	1741	1746	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_014155	C	7	7	2332	2338	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
14	NC_014155	TTC	2	6	2349	2354	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_014155	A	7	7	2930	2936	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_014155	CGG	2	6	2946	2951	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_014155	GAA	2	6	2962	2967	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
18	NC_014155	TTCTT	2	10	2998	3007	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_014155	A	7	7	3522	3528	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_014155	TGC	2	6	3560	3565	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_014155	C	6	6	3595	3600	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
22	NC_014155	GA	3	6	3610	3615	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
23	NC_014155	CG	3	6	3672	3677	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
24	NC_014155	CGA	2	6	3796	3801	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_014155	GCT	2	6	3836	3841	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_014155	GCTC	2	8	3852	3859	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
27	NC_014155	GCC	2	6	4349	4354	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
28	NC_014155	CGTTCA	2	12	4382	4393	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_014155	TGC	2	6	4624	4629	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_014155	ACG	2	6	9062	9067	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_014155	CAG	2	6	9097	9102	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_014155	ATTG	2	8	9148	9155	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_014155	GCC	2	6	9166	9171	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
34	NC_014155	GCC	2	6	9173	9178	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
35	NC_014155	TTG	2	6	9223	9228	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_014155	ATC	2	6	9234	9239	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_014155	GGC	2	6	9255	9260	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_014155	GCGG	2	8	9404	9411	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
39	NC_014155	CATC	2	8	9430	9437	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
40	NC_014155	CGC	2	6	9444	9449	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
41	NC_014155	GC	3	6	9448	9453	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
42	NC_014155	CA	3	6	9478	9483	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
43	NC_014155	TGC	2	6	9496	9501	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_014155	CCT	2	6	9811	9816	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
45	NC_014155	TA	3	6	9837	9842	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_014155	GGCG	2	8	9881	9888	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
47	NC_014155	TAG	2	6	10045	10050	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
48	NC_014155	GGC	2	6	13610	13615	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_014155	TGCT	2	8	13628	13635	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
50	NC_014155	CCGGC	2	10	13717	13726	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
51	NC_014155	CAT	2	6	13792	13797	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_014155	GAC	2	6	13841	13846	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_014155	CGGCG	2	10	13855	13864	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
54	NC_014155	T	6	6	13887	13892	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_014155	ACGG	2	8	15240	15247	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
56	NC_014155	TGGA	2	8	15267	15274	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
57	NC_014155	CAA	3	9	15290	15298	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_014155	A	7	7	16837	16843	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_014155	CG	4	8	16963	16970	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
60	NC_014155	GTC	2	6	17004	17009	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_014155	GAC	2	6	17027	17032	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_014155	GCC	2	6	17052	17057	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
63	NC_014155	G	6	6	17092	17097	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
64	NC_014155	AGC	2	6	17101	17106	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_014155	C	6	6	17106	17111	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
66	NC_014155	GC	3	6	17113	17118	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
67	NC_014155	C	6	6	17133	17138	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
68	NC_014155	CTT	2	6	17150	17155	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_014155	CGG	2	6	17174	17179	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_014155	AGC	2	6	17198	17203	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_014155	A	6	6	17219	17224	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_014155	CCA	2	6	17233	17238	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
73	NC_014155	AAT	2	6	17304	17309	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_014155	CAG	2	6	17375	17380	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_014155	TG	3	6	17434	17439	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
76	NC_014155	T	6	6	18420	18425	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_014155	TGT	2	6	18437	18442	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
78	NC_014155	A	6	6	18516	18521	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_014155	GCA	2	6	18531	18536	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_014155	GCA	2	6	18611	18616	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_014155	A	8	8	18928	18935	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_014155	GGC	2	6	19016	19021	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_014155	TCG	2	6	19121	19126	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_014155	TGG	2	6	19137	19142	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
85	NC_014155	GAT	2	6	19160	19165	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
86	NC_014155	TGC	3	9	19185	19193	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_014155	A	6	6	19253	19258	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_014155	TC	3	6	19259	19264	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
89	NC_014155	GTT	2	6	19358	19363	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
90	NC_014155	ACC	2	6	19371	19376	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
91	NC_014155	TCACA	2	10	19461	19470	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
92	NC_014155	GCC	2	6	19679	19684	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.