MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Thermofilum pendens Hrk 5 plasmid pTPEN01

Total Repeats: 117

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008696	AAG	2	6	1720	1725	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2	NC_008696	TA	3	6	1738	1743	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_008696	G	6	6	1753	1758	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
4	NC_008696	A	7	7	1763	1769	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_008696	CAC	2	6	3576	3581	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
6	NC_008696	AC	3	6	3827	3832	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
7	NC_008696	TCA	2	6	4233	4238	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_008696	C	6	6	5098	5103	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
9	NC_008696	GGA	2	6	5164	5169	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_008696	GAG	2	6	5626	5631	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_008696	A	6	6	5632	5637	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_008696	TCT	3	9	5664	5672	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_008696	GA	4	8	5726	5733	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
14	NC_008696	GC	3	6	5746	5751	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
15	NC_008696	AAAGG	2	10	6413	6422	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
16	NC_008696	CCAG	2	8	6711	6718	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
17	NC_008696	CG	3	6	6724	6729	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
18	NC_008696	GGA	2	6	6785	6790	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_008696	AC	3	6	7598	7603	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
20	NC_008696	CA	3	6	7613	7618	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
21	NC_008696	TTAA	4	16	7632	7647	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_008696	AAT	2	6	7650	7655	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_008696	AAG	2	6	7668	7673	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_008696	GC	3	6	7702	7707	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
25	NC_008696	TCC	2	6	7737	7742	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
26	NC_008696	TTTTC	2	10	7746	7755	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_008696	GTT	2	6	7849	7854	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_008696	TAT	2	6	7910	7915	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_008696	TA	3	6	7951	7956	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_008696	A	6	6	8051	8056	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_008696	A	6	6	8058	8063	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_008696	GAT	2	6	8844	8849	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
33	NC_008696	G	6	6	8880	8885	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
34	NC_008696	G	6	6	8889	8894	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
35	NC_008696	TCT	2	6	8898	8903	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_008696	GTTT	2	8	9352	9359	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_008696	A	6	6	9394	9399	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_008696	T	6	6	9403	9408	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_008696	T	6	6	10337	10342	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_008696	ATTT	2	8	10386	10393	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_008696	TCAT	2	8	10441	10448	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
42	NC_008696	GAA	2	6	10586	10591	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
43	NC_008696	CAC	2	6	10602	10607	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
44	NC_008696	CCCAG	2	10	10612	10621	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
45	NC_008696	GGTACC	2	12	10633	10644	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_008696	GCC	2	6	10680	10685	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
47	NC_008696	GTC	2	6	10700	10705	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_008696	TCC	2	6	10752	10757	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
49	NC_008696	CTAGGA	2	12	10768	10779	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_008696	AAC	2	6	10785	10790	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_008696	GGT	2	6	10792	10797	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_008696	G	6	6	10802	10807	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
53	NC_008696	GAG	2	6	12036	12041	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_008696	T	6	6	12746	12751	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_008696	T	6	6	14265	14270	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_008696	GTG	2	6	14294	14299	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_008696	T	6	6	15411	15416	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_008696	T	7	7	17325	17331	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_008696	TC	3	6	17335	17340	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
60	NC_008696	G	6	6	17849	17854	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
61	NC_008696	AGGGGG	2	12	18720	18731	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
62	NC_008696	CCTC	2	8	18778	18785	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
63	NC_008696	G	6	6	19324	19329	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
64	NC_008696	GA	3	6	19624	19629	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
65	NC_008696	A	6	6	19629	19634	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_008696	A	6	6	19641	19646	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_008696	TTC	2	6	19655	19660	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_008696	TCAG	2	8	19682	19689	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
69	NC_008696	TTC	2	6	19727	19732	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_008696	TAA	2	6	19786	19791	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_008696	A	6	6	19858	19863	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_008696	C	7	7	19921	19927	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
73	NC_008696	TTA	2	6	22136	22141	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_008696	AAG	2	6	22158	22163	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
75	NC_008696	TAT	2	6	22307	22312	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_008696	CAAAA	2	10	22322	22331	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_008696	CGA	2	6	22334	22339	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_008696	TAGCCC	2	12	22563	22574	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
79	NC_008696	GTAGAG	2	12	22584	22595	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
80	NC_008696	CTT	2	6	22638	22643	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_008696	TCC	2	6	22644	22649	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
82	NC_008696	CTT	2	6	22674	22679	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_008696	TC	3	6	22763	22768	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
84	NC_008696	C	6	6	22774	22779	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
85	NC_008696	C	6	6	22787	22792	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
86	NC_008696	T	6	6	22858	22863	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_008696	A	6	6	22904	22909	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_008696	C	6	6	22993	22998	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
89	NC_008696	A	6	6	23045	23050	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_008696	G	6	6	23052	23057	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
91	NC_008696	A	7	7	23102	23108	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_008696	TAA	2	6	23568	23573	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_008696	CTC	2	6	23659	23664	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
94	NC_008696	TCA	2	6	23685	23690	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_008696	GA	4	8	23696	23703	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
96	NC_008696	A	6	6	23703	23708	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_008696	TAA	2	6	24218	24223	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_008696	CTC	2	6	24290	24295	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
99	NC_008696	TCA	2	6	24317	24322	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_008696	A	6	6	24363	24368	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_008696	GA	3	6	24386	24391	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
102	NC_008696	A	7	7	24391	24397	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_008696	TAA	2	6	25028	25033	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_008696	CTC	2	6	25808	25813	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
105	NC_008696	TAA	2	6	26146	26151	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_008696	TA	3	6	26186	26191	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_008696	T	6	6	26736	26741	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_008696	ACCT	2	8	27580	27587	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
109	NC_008696	AG	3	6	27606	27611	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
110	NC_008696	A	6	6	27612	27617	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_008696	C	6	6	28331	28336	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
112	NC_008696	TC	3	6	28352	28357	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
113	NC_008696	CTT	2	6	28359	28364	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_008696	GTA	2	6	29592	29597	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
115	NC_008696	CCT	2	6	29600	29605	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
116	NC_008696	TGCC	2	8	29632	29639	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
117	NC_008696	G	6	6	29673	29678	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.