MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Thermococcus kodakarensis KOD1 chromosome

Total Repeats: 3629

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
3501	NC_006624	GCA	2	6	2027214	2027219	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3502	NC_006624	CGT	2	6	2027276	2027281	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3503	NC_006624	GCC	2	6	2027316	2027321	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
3504	NC_006624	CGC	2	6	2027410	2027415	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
3505	NC_006624	GGC	2	6	2027465	2027470	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
3506	NC_006624	GAA	2	6	2027526	2027531	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3507	NC_006624	GGGAA	2	10	2027561	2027570	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
3508	NC_006624	CGGG	2	8	2027614	2027621	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
3509	NC_006624	GA	3	6	2027628	2027633	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
3510	NC_006624	AAT	2	6	2027665	2027670	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
3511	NC_006624	ATTG	2	8	2027724	2027731	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
3512	NC_006624	TTG	2	6	2027764	2027769	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3513	NC_006624	TGG	2	6	2027785	2027790	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3514	NC_006624	GAG	2	6	2029481	2029486	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3515	NC_006624	TA	3	6	2029490	2029495	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3516	NC_006624	GTC	2	6	2030398	2030403	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3517	NC_006624	TAA	2	6	2030439	2030444	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
3518	NC_006624	GGT	2	6	2030497	2030502	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3519	NC_006624	GTTT	2	8	2032789	2032796	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
3520	NC_006624	TA	3	6	2032805	2032810	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3521	NC_006624	TTC	2	6	2035001	2035006	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3522	NC_006624	TGG	3	9	2035019	2035027	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3523	NC_006624	TCT	2	6	2035644	2035649	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3524	NC_006624	CT	3	6	2035648	2035653	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
3525	NC_006624	TCT	3	9	2035651	2035659	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3526	NC_006624	TA	3	6	2035669	2035674	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3527	NC_006624	TC	3	6	2041095	2041100	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
3528	NC_006624	ACTT	2	8	2041130	2041137	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
3529	NC_006624	CAA	2	6	2041145	2041150	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3530	NC_006624	TCT	2	6	2041167	2041172	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3531	NC_006624	AGA	2	6	2042349	2042354	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3532	NC_006624	A	6	6	2042354	2042359	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
3533	NC_006624	TC	3	6	2043582	2043587	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
3534	NC_006624	ATGT	2	8	2043591	2043598	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
3535	NC_006624	ATCC	2	8	2043623	2043630	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
3536	NC_006624	CAG	2	6	2043631	2043636	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3537	NC_006624	TCTA	2	8	2043662	2043669	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
3538	NC_006624	ATC	2	6	2043682	2043687	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3539	NC_006624	TTA	2	6	2043728	2043733	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3540	NC_006624	AT	3	6	2043750	2043755	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3541	NC_006624	GGT	2	6	2045428	2045433	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3542	NC_006624	CTC	2	6	2048840	2048845	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
3543	NC_006624	TCT	2	6	2048989	2048994	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3544	NC_006624	TGA	2	6	2049048	2049053	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3545	NC_006624	GAA	2	6	2049054	2049059	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3546	NC_006624	A	6	6	2049065	2049070	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
3547	NC_006624	TGA	2	6	2049099	2049104	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3548	NC_006624	GGT	2	6	2049152	2049157	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3549	NC_006624	G	6	6	2049214	2049219	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
3550	NC_006624	TCTT	2	8	2049240	2049247	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
3551	NC_006624	TGG	2	6	2049331	2049336	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3552	NC_006624	A	6	6	2049362	2049367	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
3553	NC_006624	CG	3	6	2049485	2049490	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
3554	NC_006624	CTTT	2	8	2049529	2049536	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
3555	NC_006624	GA	3	6	2049563	2049568	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
3556	NC_006624	AGTA	2	8	2049707	2049714	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
3557	NC_006624	T	6	6	2049747	2049752	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
3558	NC_006624	CTT	2	6	2049753	2049758	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3559	NC_006624	GTA	2	6	2049839	2049844	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3560	NC_006624	A	7	7	2049846	2049852	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
3561	NC_006624	TGA	2	6	2049867	2049872	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3562	NC_006624	CGGGC	2	10	2049899	2049908	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
3563	NC_006624	TAG	2	6	2050989	2050994	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3564	NC_006624	CTA	2	6	2051001	2051006	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3565	NC_006624	TGT	2	6	2052386	2052391	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3566	NC_006624	GAA	2	6	2052463	2052468	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3567	NC_006624	AAATTT	2	12	2054649	2054660	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3568	NC_006624	T	6	6	2054658	2054663	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
3569	NC_006624	TCT	2	6	2054681	2054686	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3570	NC_006624	CAC	2	6	2054848	2054853	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
3571	NC_006624	GGT	2	6	2054867	2054872	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3572	NC_006624	CAC	2	6	2054938	2054943	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
3573	NC_006624	CTT	2	6	2054974	2054979	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3574	NC_006624	C	6	6	2056558	2056563	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
3575	NC_006624	ACC	2	6	2056831	2056836	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
3576	NC_006624	C	6	6	2058023	2058028	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
3577	NC_006624	TA	3	6	2058056	2058061	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3578	NC_006624	TGT	2	6	2058088	2058093	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3579	NC_006624	TTC	2	6	2058554	2058559	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3580	NC_006624	A	6	6	2058560	2058565	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
3581	NC_006624	ATA	2	6	2058578	2058583	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
3582	NC_006624	ACT	2	6	2058617	2058622	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3583	NC_006624	GTG	2	6	2058659	2058664	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3584	NC_006624	AAT	2	6	2058881	2058886	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
3585	NC_006624	TAA	2	6	2061295	2061300	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
3586	NC_006624	CTG	2	6	2061335	2061340	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3587	NC_006624	AGA	2	6	2063587	2063592	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3588	NC_006624	TTA	2	6	2063605	2063610	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3589	NC_006624	A	6	6	2063610	2063615	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
3590	NC_006624	CTTC	2	8	2064789	2064796	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
3591	NC_006624	CCT	2	6	2064798	2064803	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
3592	NC_006624	ATTAA	2	10	2066189	2066198	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
3593	NC_006624	TCT	3	9	2066950	2066958	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3594	NC_006624	GTT	2	6	2066976	2066981	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3595	NC_006624	ACC	2	6	2070057	2070062	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
3596	NC_006624	TCA	3	9	2070079	2070087	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3597	NC_006624	TCA	2	6	2070105	2070110	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3598	NC_006624	CT	3	6	2070990	2070995	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
3599	NC_006624	TGGGG	2	10	2071070	2071079	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
3600	NC_006624	CCT	2	6	2073106	2073111	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
3601	NC_006624	TA	3	6	2073159	2073164	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3602	NC_006624	TGGG	2	8	2073211	2073218	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
3603	NC_006624	TAA	2	6	2073321	2073326	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
3604	NC_006624	TG	3	6	2073369	2073374	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
3605	NC_006624	TG	3	6	2073409	2073414	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
3606	NC_006624	TTCTT	2	10	2074803	2074812	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
3607	NC_006624	TG	3	6	2074839	2074844	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
3608	NC_006624	ACC	2	6	2074854	2074859	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
3609	NC_006624	AG	3	6	2075550	2075555	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
3610	NC_006624	CAC	2	6	2075766	2075771	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
3611	NC_006624	TTC	2	6	2075840	2075845	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3612	NC_006624	AAG	2	6	2075847	2075852	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3613	NC_006624	TTA	2	6	2075859	2075864	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3614	NC_006624	TGA	2	6	2076347	2076352	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3615	NC_006624	TTC	2	6	2077047	2077052	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3616	NC_006624	TGT	2	6	2077517	2077522	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3617	NC_006624	GAAAA	2	10	2078350	2078359	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
3618	NC_006624	AAT	2	6	2079552	2079557	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
3619	NC_006624	TTA	2	6	2079634	2079639	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3620	NC_006624	GGT	2	6	2081538	2081543	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3621	NC_006624	ACC	2	6	2082640	2082645	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
3622	NC_006624	GGT	2	6	2084703	2084708	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3623	NC_006624	CAAAAA	2	12	2084799	2084810	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
3624	NC_006624	TTTCT	2	10	2086481	2086490	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
3625	NC_006624	TTA	2	6	2087972	2087977	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3626	NC_006624	ATT	2	6	2088292	2088297	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3627	NC_006624	GA	3	6	2088387	2088392	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
3628	NC_006624	GAT	2	6	2088550	2088555	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3629	NC_006624	TC	3	6	2088673	2088678	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding

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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.