MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Treponema pallidum subsp. pallidum str. Mexico A chromosome

Total Repeats: 21915

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
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10502	NC_018722	ATT	3	9	555366	555374	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	408502386
10503	NC_018722	TTTCCA	2	12	555496	555507	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	408502386
10504	NC_018722	TGA	2	6	555509	555514	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502386
10505	NC_018722	ACA	2	6	555556	555561	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	408502386
10506	NC_018722	ATT	2	6	555680	555685	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	408502386
10507	NC_018722	CTTAC	2	10	555699	555708	20 %	40 %	0 %	40 %	408502386
10508	NC_018722	AAGC	2	8	555783	555790	50 %	0 %	25 %	25 %	408502386
10509	NC_018722	TGC	2	6	555856	555861	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502386
10510	NC_018722	AAT	2	6	555864	555869	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	408502386
10511	NC_018722	GTT	2	6	555906	555911	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408502386
10512	NC_018722	TTCA	2	8	555999	556006	25 %	50 %	0 %	25 %	408502386
10513	NC_018722	GAC	2	6	556007	556012	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502386
10514	NC_018722	ACCC	2	8	556048	556055	25 %	0 %	0 %	75 %	408502386
10515	NC_018722	AGG	3	9	556081	556089	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408502386
10516	NC_018722	CTTT	2	8	556156	556163	0 %	75 %	0 %	25 %	408502386
10517	NC_018722	CTAT	2	8	556252	556259	25 %	50 %	0 %	25 %	408502386
10518	NC_018722	ACC	2	6	556263	556268	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	408502386
10519	NC_018722	CTAT	2	8	556292	556299	25 %	50 %	0 %	25 %	408502386
10520	NC_018722	TTA	2	6	556322	556327	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	408502386
10521	NC_018722	TGTA	2	8	556363	556370	25 %	50 %	25 %	0 %	408502386
10522	NC_018722	ATGTGC	2	12	556372	556383	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	408502386
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10524	NC_018722	T	6	6	556415	556420	0 %	100 %	0 %	0 %	408502386
10525	NC_018722	AG	3	6	556476	556481	50 %	0 %	50 %	0 %	408502386
10526	NC_018722	AGC	2	6	556500	556505	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502386
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10528	NC_018722	CTT	2	6	556655	556660	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408502386
10529	NC_018722	TC	3	6	556714	556719	0 %	50 %	0 %	50 %	408502386
10530	NC_018722	TG	3	6	556721	556726	0 %	50 %	50 %	0 %	408502386
10531	NC_018722	CAA	2	6	556743	556748	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	408502386
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10533	NC_018722	TCC	2	6	556826	556831	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	408502386
10534	NC_018722	T	7	7	556886	556892	0 %	100 %	0 %	0 %	408502386
10535	NC_018722	GAA	2	6	556908	556913	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502386
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10538	NC_018722	GAG	2	6	557080	557085	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408502386
10539	NC_018722	GT	3	6	557111	557116	0 %	50 %	50 %	0 %	408502386
10540	NC_018722	GCA	2	6	557159	557164	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502386
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10542	NC_018722	CAAAA	2	10	557194	557203	80 %	0 %	0 %	20 %	408502386
10543	NC_018722	AAT	2	6	557238	557243	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	408502386
10544	NC_018722	T	6	6	557274	557279	0 %	100 %	0 %	0 %	408502386
10545	NC_018722	TGC	2	6	557384	557389	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502386
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10548	NC_018722	CT	3	6	557502	557507	0 %	50 %	0 %	50 %	408502386
10549	NC_018722	AAAC	2	8	557577	557584	75 %	0 %	0 %	25 %	408502386
10550	NC_018722	TCTT	2	8	557654	557661	0 %	75 %	0 %	25 %	408502386
10551	NC_018722	TCT	2	6	557663	557668	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408502386
10552	NC_018722	AAT	2	6	557703	557708	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	408502386
10553	NC_018722	ATG	2	6	557746	557751	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502386
10554	NC_018722	GCG	2	6	557780	557785	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408502386
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10557	NC_018722	CTT	2	6	558133	558138	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408502386
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10562	NC_018722	A	7	7	558433	558439	100 %	0 %	0 %	0 %	408502387
10563	NC_018722	A	7	7	558563	558569	100 %	0 %	0 %	0 %	408502387
10564	NC_018722	CGC	2	6	558586	558591	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	408502387
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10572	NC_018722	TAA	2	6	559009	559014	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	408502387
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10581	NC_018722	A	6	6	559345	559350	100 %	0 %	0 %	0 %	408502387
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10588	NC_018722	AGA	2	6	559591	559596	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502387
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10601	NC_018722	T	6	6	560067	560072	0 %	100 %	0 %	0 %	408502388
10602	NC_018722	TGT	2	6	560110	560115	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408502388
10603	NC_018722	AC	3	6	560152	560157	50 %	0 %	0 %	50 %	408502388
10604	NC_018722	AT	3	6	560217	560222	50 %	50 %	0 %	0 %	408502388
10605	NC_018722	GCA	2	6	560266	560271	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502388
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10618	NC_018722	GCAG	2	8	561045	561052	25 %	0 %	50 %	25 %	408502389
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10622	NC_018722	GGA	2	6	561246	561251	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408502390
10623	NC_018722	TCC	2	6	561269	561274	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	408502390
10624	NC_018722	GA	3	6	561316	561321	50 %	0 %	50 %	0 %	408502390
10625	NC_018722	GA	3	6	561335	561340	50 %	0 %	50 %	0 %	408502390
10626	NC_018722	GTGCA	2	10	561433	561442	20 %	20 %	40 %	20 %	408502390
10627	NC_018722	T	7	7	561471	561477	0 %	100 %	0 %	0 %	408502390
10628	NC_018722	TCT	2	6	561485	561490	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408502390
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10630	NC_018722	CGCAG	2	10	561545	561554	20 %	0 %	40 %	40 %	408502390
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10635	NC_018722	AGT	2	6	561722	561727	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502390
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10642	NC_018722	TTTG	2	8	562089	562096	0 %	75 %	25 %	0 %	408502390
10643	NC_018722	A	6	6	562187	562192	100 %	0 %	0 %	0 %	408502390
10644	NC_018722	AAT	2	6	562252	562257	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	408502390
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10652	NC_018722	TG	3	6	563788	563793	0 %	50 %	50 %	0 %	408502391
10653	NC_018722	GGT	2	6	563825	563830	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408502391
10654	NC_018722	A	7	7	563868	563874	100 %	0 %	0 %	0 %	408502391
10655	NC_018722	A	6	6	563907	563912	100 %	0 %	0 %	0 %	408502391
10656	NC_018722	TACC	2	8	563965	563972	25 %	25 %	0 %	50 %	408502391
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10660	NC_018722	T	6	6	564117	564122	0 %	100 %	0 %	0 %	408502391
10661	NC_018722	TCGG	2	8	564126	564133	0 %	25 %	50 %	25 %	408502391
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10667	NC_018722	CTG	2	6	564437	564442	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502391
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10689	NC_018722	CAA	2	6	565319	565324	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	408502392
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10727	NC_018722	GC	3	6	566994	566999	0 %	0 %	50 %	50 %	408502394
10728	NC_018722	GCT	2	6	567028	567033	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502394
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10732	NC_018722	ATC	2	6	567224	567229	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502394
10733	NC_018722	CATC	2	8	567271	567278	25 %	25 %	0 %	50 %	408502394
10734	NC_018722	TCA	2	6	567288	567293	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502394
10735	NC_018722	T	6	6	567352	567357	0 %	100 %	0 %	0 %	408502394
10736	NC_018722	CCT	2	6	567412	567417	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	408502394
10737	NC_018722	ACGC	3	12	567429	567440	25 %	0 %	25 %	50 %	408502394
10738	NC_018722	TTC	2	6	567450	567455	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408502394
10739	NC_018722	CAG	2	6	567545	567550	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502394
10740	NC_018722	GA	4	8	567601	567608	50 %	0 %	50 %	0 %	408502394
10741	NC_018722	CAG	2	6	567671	567676	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502394
10742	NC_018722	CGC	2	6	567691	567696	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	408502394
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10990	NC_018722	AGA	3	9	579779	579787	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502403
10991	NC_018722	AGCA	2	8	579818	579825	50 %	0 %	25 %	25 %	408502403
10992	NC_018722	A	6	6	579832	579837	100 %	0 %	0 %	0 %	408502403
10993	NC_018722	CGCA	2	8	579866	579873	25 %	0 %	25 %	50 %	408502403
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10995	NC_018722	GCA	2	6	579883	579888	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502403
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11000	NC_018722	CA	3	6	580036	580041	50 %	0 %	0 %	50 %	408502403

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