MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Treponema pallidum subsp. pallidum str. Mexico A chromosome

Total Repeats: 21915

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
10001	NC_018722	TCA	2	6	528836	528841	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502365
10002	NC_018722	CGTT	2	8	528909	528916	0 %	50 %	25 %	25 %	408502365
10003	NC_018722	TCGA	2	8	528919	528926	25 %	25 %	25 %	25 %	408502365
10004	NC_018722	AT	4	8	528927	528934	50 %	50 %	0 %	0 %	408502365
10005	NC_018722	GCAG	2	8	528954	528961	25 %	0 %	50 %	25 %	408502365
10006	NC_018722	TGT	2	6	528985	528990	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408502365
10007	NC_018722	TAG	2	6	529018	529023	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502365
10008	NC_018722	ACT	2	6	529104	529109	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502365
10009	NC_018722	ACA	2	6	529332	529337	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	408502365
10010	NC_018722	TCTG	2	8	529349	529356	0 %	50 %	25 %	25 %	408502365
10011	NC_018722	GGT	2	6	529430	529435	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408502365
10012	NC_018722	GT	4	8	529471	529478	0 %	50 %	50 %	0 %	408502365
10013	NC_018722	CGA	2	6	529586	529591	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502365
10014	NC_018722	CGT	2	6	529680	529685	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502365
10015	NC_018722	CTG	2	6	529692	529697	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502365
10016	NC_018722	GGC	2	6	529720	529725	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408502365
10017	NC_018722	GAG	2	6	529755	529760	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408502365
10018	NC_018722	ATG	2	6	529782	529787	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502365
10019	NC_018722	AGC	2	6	529792	529797	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502365
10020	NC_018722	TGA	2	6	529802	529807	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502365
10021	NC_018722	ATG	2	6	529838	529843	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502365
10022	NC_018722	GAA	2	6	529894	529899	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502366
10023	NC_018722	ATG	2	6	529911	529916	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502366
10024	NC_018722	AGA	2	6	529954	529959	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502366
10025	NC_018722	GCT	2	6	529960	529965	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502366
10026	NC_018722	ATG	2	6	529968	529973	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502366
10027	NC_018722	TCT	2	6	530007	530012	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408502366
10028	NC_018722	AGG	2	6	530022	530027	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408502366
10029	NC_018722	AGA	2	6	530032	530037	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502366
10030	NC_018722	CGATGG	2	12	530074	530085	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	408502366
10031	NC_018722	GCGT	2	8	530109	530116	0 %	25 %	50 %	25 %	408502366
10032	NC_018722	CG	3	6	530167	530172	0 %	0 %	50 %	50 %	408502366
10033	NC_018722	CAT	2	6	530287	530292	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502366
10034	NC_018722	ATT	2	6	530300	530305	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	408502366
10035	NC_018722	CTT	2	6	530321	530326	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408502366
10036	NC_018722	A	6	6	530360	530365	100 %	0 %	0 %	0 %	408502366
10037	NC_018722	GAG	2	6	530420	530425	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408502366
10038	NC_018722	AGT	2	6	530552	530557	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502366
10039	NC_018722	GAA	2	6	530561	530566	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502366
10040	NC_018722	GT	3	6	530567	530572	0 %	50 %	50 %	0 %	408502366
10041	NC_018722	AGC	2	6	530574	530579	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502366
10042	NC_018722	CG	3	6	530662	530667	0 %	0 %	50 %	50 %	408502366
10043	NC_018722	GCG	2	6	530686	530691	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408502366
10044	NC_018722	TG	3	6	530730	530735	0 %	50 %	50 %	0 %	408502366
10045	NC_018722	GTCAT	2	10	530934	530943	20 %	40 %	20 %	20 %	408502366
10046	NC_018722	AAG	2	6	530948	530953	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502366
10047	NC_018722	AAG	2	6	531005	531010	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502366
10048	NC_018722	T	8	8	531030	531037	0 %	100 %	0 %	0 %	408502366
10049	NC_018722	GTG	2	6	531127	531132	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408502366
10050	NC_018722	GC	3	6	531170	531175	0 %	0 %	50 %	50 %	408502366
10051	NC_018722	ATAA	2	8	531209	531216	75 %	25 %	0 %	0 %	408502366
10052	NC_018722	GTT	2	6	531238	531243	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408502366
10053	NC_018722	TGA	2	6	531268	531273	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502366
10054	NC_018722	GCA	2	6	531283	531288	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502366
10055	NC_018722	GC	3	6	531332	531337	0 %	0 %	50 %	50 %	408502366
10056	NC_018722	TC	3	6	531345	531350	0 %	50 %	0 %	50 %	408502366
10057	NC_018722	GAG	3	9	531368	531376	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408502366
10058	NC_018722	CTGACG	2	12	531402	531413	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	408502366
10059	NC_018722	ACT	2	6	531534	531539	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502366
10060	NC_018722	CAG	2	6	531640	531645	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502366
10061	NC_018722	GGT	2	6	531724	531729	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408502367
10062	NC_018722	AGA	2	6	531738	531743	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502367
10063	NC_018722	AAAG	2	8	531815	531822	75 %	0 %	25 %	0 %	408502367
10064	NC_018722	GAA	2	6	531860	531865	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502367
10065	NC_018722	ACC	2	6	531878	531883	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	408502367
10066	NC_018722	GCG	2	6	531904	531909	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408502367
10067	NC_018722	ACA	2	6	531933	531938	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	408502367
10068	NC_018722	AGG	2	6	531981	531986	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408502367
10069	NC_018722	AGG	2	6	531996	532001	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408502367
10070	NC_018722	GC	3	6	532022	532027	0 %	0 %	50 %	50 %	408502367
10071	NC_018722	AGA	2	6	532054	532059	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502367
10072	NC_018722	AAG	2	6	532074	532079	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502367
10073	NC_018722	GCA	2	6	532087	532092	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502367
10074	NC_018722	AGG	2	6	532170	532175	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408502367
10075	NC_018722	GCG	2	6	532180	532185	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408502367
10076	NC_018722	TAT	2	6	532231	532236	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	408502367
10077	NC_018722	GT	3	6	532280	532285	0 %	50 %	50 %	0 %	408502367
10078	NC_018722	GAG	2	6	532385	532390	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408502367
10079	NC_018722	CTT	2	6	532411	532416	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408502367
10080	NC_018722	TGA	2	6	532417	532422	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502367
10081	NC_018722	AGA	2	6	532459	532464	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502367
10082	NC_018722	GGA	2	6	532469	532474	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408502367
10083	NC_018722	AG	3	6	532503	532508	50 %	0 %	50 %	0 %	408502367
10084	NC_018722	T	7	7	532863	532869	0 %	100 %	0 %	0 %	408502368
10085	NC_018722	CTA	2	6	532888	532893	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502368
10086	NC_018722	TTC	2	6	532915	532920	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408502368
10087	NC_018722	GGA	2	6	532928	532933	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408502368
10088	NC_018722	TAC	2	6	533017	533022	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502368
10089	NC_018722	GC	4	8	533036	533043	0 %	0 %	50 %	50 %	408502368
10090	NC_018722	GAA	2	6	533061	533066	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502368
10091	NC_018722	GGC	2	6	533094	533099	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408502368
10092	NC_018722	TGC	2	6	533154	533159	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502368
10093	NC_018722	CTA	2	6	533160	533165	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502368
10094	NC_018722	CG	3	6	533236	533241	0 %	0 %	50 %	50 %	408502368
10095	NC_018722	CTA	2	6	533298	533303	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502368
10096	NC_018722	TAC	2	6	533317	533322	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502368
10097	NC_018722	CTGTAT	2	12	533539	533550	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	408502368
10098	NC_018722	TGC	2	6	533607	533612	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502368
10099	NC_018722	ATC	2	6	533702	533707	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502368
10100	NC_018722	GCGG	2	8	533748	533755	0 %	0 %	75 %	25 %	408502368
10101	NC_018722	GGC	2	6	533759	533764	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408502368
10102	NC_018722	T	6	6	533839	533844	0 %	100 %	0 %	0 %	408502369
10103	NC_018722	CTG	2	6	533858	533863	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502369
10104	NC_018722	GGAA	2	8	533907	533914	50 %	0 %	50 %	0 %	408502369
10105	NC_018722	GTC	2	6	533923	533928	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502369
10106	NC_018722	TGG	2	6	533942	533947	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408502369
10107	NC_018722	AGT	2	6	533970	533975	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502369
10108	NC_018722	TGT	2	6	534002	534007	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408502369
10109	NC_018722	TAC	2	6	534072	534077	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502369
10110	NC_018722	GAT	2	6	534084	534089	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502369
10111	NC_018722	GAG	2	6	534238	534243	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408502369
10112	NC_018722	TGC	2	6	534249	534254	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502369
10113	NC_018722	AGA	2	6	534279	534284	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502369
10114	NC_018722	GT	3	6	534301	534306	0 %	50 %	50 %	0 %	408502369
10115	NC_018722	G	8	8	534313	534320	0 %	0 %	100 %	0 %	408502369
10116	NC_018722	TGG	2	6	534356	534361	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408502369
10117	NC_018722	ATT	2	6	534439	534444	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	408502369
10118	NC_018722	GAA	2	6	534619	534624	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502369
10119	NC_018722	CCT	2	6	534649	534654	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	408502369
10120	NC_018722	TCG	2	6	534671	534676	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502369
10121	NC_018722	CT	3	6	534705	534710	0 %	50 %	0 %	50 %	408502369
10122	NC_018722	T	10	10	534886	534895	0 %	100 %	0 %	0 %	408502370
10123	NC_018722	TCT	2	6	534957	534962	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408502370
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10128	NC_018722	TGT	2	6	535324	535329	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408502370
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10130	NC_018722	GTG	2	6	535367	535372	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408502370
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10132	NC_018722	G	6	6	535477	535482	0 %	0 %	100 %	0 %	408502370
10133	NC_018722	GAA	2	6	535513	535518	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502370
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10141	NC_018722	TTCG	2	8	535956	535963	0 %	50 %	25 %	25 %	408502371
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10147	NC_018722	TCG	2	6	536306	536311	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502372
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10150	NC_018722	A	9	9	536377	536385	100 %	0 %	0 %	0 %	408502372
10151	NC_018722	GTA	2	6	536405	536410	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502372
10152	NC_018722	G	6	6	536429	536434	0 %	0 %	100 %	0 %	408502372
10153	NC_018722	CAA	2	6	536541	536546	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	408502372
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10161	NC_018722	ATCG	2	8	536983	536990	25 %	25 %	25 %	25 %	408502372
10162	NC_018722	AGA	2	6	537009	537014	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502372
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10169	NC_018722	GC	3	6	537774	537779	0 %	0 %	50 %	50 %	408502372
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10227	NC_018722	CA	3	6	540407	540412	50 %	0 %	0 %	50 %	408502375
10228	NC_018722	TGG	2	6	540556	540561	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408502375
10229	NC_018722	GC	3	6	540632	540637	0 %	0 %	50 %	50 %	408502375
10230	NC_018722	GCA	2	6	540659	540664	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502375
10231	NC_018722	AAG	2	6	540684	540689	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502375
10232	NC_018722	ATT	2	6	540715	540720	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	408502375
10233	NC_018722	CCCGA	2	10	540782	540791	20 %	0 %	20 %	60 %	408502375
10234	NC_018722	ACT	2	6	540824	540829	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502375
10235	NC_018722	TCC	2	6	541021	541026	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	408502376
10236	NC_018722	AC	3	6	541077	541082	50 %	0 %	0 %	50 %	408502376
10237	NC_018722	CTC	2	6	541087	541092	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	408502376
10238	NC_018722	GTG	2	6	541154	541159	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408502376
10239	NC_018722	GCAC	2	8	541170	541177	25 %	0 %	25 %	50 %	408502376
10240	NC_018722	GGC	2	6	541222	541227	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408502376
10241	NC_018722	TGC	2	6	541249	541254	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502376
10242	NC_018722	AAAG	2	8	541278	541285	75 %	0 %	25 %	0 %	408502376
10243	NC_018722	TC	3	6	541290	541295	0 %	50 %	0 %	50 %	408502376
10244	NC_018722	GTG	3	9	541334	541342	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408502376
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10254	NC_018722	ATTC	2	8	541660	541667	25 %	50 %	0 %	25 %	408502376
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10270	NC_018722	A	6	6	542299	542304	100 %	0 %	0 %	0 %	408502376
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10355	NC_018722	GCT	2	6	547828	547833	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502381
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10483	NC_018722	GT	3	6	554570	554575	0 %	50 %	50 %	0 %	408502385
10484	NC_018722	TTTC	2	8	554645	554652	0 %	75 %	0 %	25 %	408502385
10485	NC_018722	GGA	2	6	554662	554667	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408502385
10486	NC_018722	T	6	6	554715	554720	0 %	100 %	0 %	0 %	408502385
10487	NC_018722	TG	3	6	554745	554750	0 %	50 %	50 %	0 %	408502385
10488	NC_018722	GAA	2	6	554833	554838	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502385
10489	NC_018722	T	8	8	554847	554854	0 %	100 %	0 %	0 %	408502385
10490	NC_018722	CTG	2	6	554855	554860	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502385
10491	NC_018722	TCC	2	6	554862	554867	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	408502385
10492	NC_018722	CT	3	6	554888	554893	0 %	50 %	0 %	50 %	408502385
10493	NC_018722	CT	3	6	555008	555013	0 %	50 %	0 %	50 %	408502385
10494	NC_018722	CTA	2	6	555029	555034	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502385
10495	NC_018722	ATC	2	6	555055	555060	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502385
10496	NC_018722	GTT	2	6	555073	555078	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408502385
10497	NC_018722	TGA	2	6	555110	555115	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502385
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10499	NC_018722	AGG	2	6	555174	555179	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408502385
10500	NC_018722	TTCT	2	8	555315	555322	0 %	75 %	0 %	25 %	408502386

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