MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Treponema pallidum subsp. pallidum str. Mexico A chromosome

Total Repeats: 21915

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
4501	NC_018722	GCAG	2	8	249835	249842	25 %	0 %	50 %	25 %	408502135
4502	NC_018722	TGC	2	6	249867	249872	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502135
4503	NC_018722	GACG	2	8	249875	249882	25 %	0 %	50 %	25 %	408502135
4504	NC_018722	ATT	2	6	249891	249896	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	408502135
4505	NC_018722	GCA	2	6	250000	250005	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502135
4506	NC_018722	CGGCG	2	10	250078	250087	0 %	0 %	60 %	40 %	408502135
4507	NC_018722	GAT	2	6	250121	250126	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502135
4508	NC_018722	GAA	2	6	250295	250300	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502135
4509	NC_018722	AATT	2	8	250441	250448	50 %	50 %	0 %	0 %	408502136
4510	NC_018722	T	6	6	250479	250484	0 %	100 %	0 %	0 %	408502136
4511	NC_018722	TAC	2	6	250501	250506	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502136
4512	NC_018722	GGAATG	2	12	250510	250521	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	408502136
4513	NC_018722	TAC	2	6	250658	250663	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502136
4514	NC_018722	A	6	6	250774	250779	100 %	0 %	0 %	0 %	408502136
4515	NC_018722	GGC	2	6	250832	250837	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408502136
4516	NC_018722	CGG	2	6	250842	250847	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408502136
4517	NC_018722	ACCTTG	2	12	250884	250895	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	408502136
4518	NC_018722	TTG	2	6	250902	250907	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408502136
4519	NC_018722	GAT	2	6	250924	250929	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502136
4520	NC_018722	TGC	2	6	250959	250964	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502136
4521	NC_018722	GAT	2	6	251017	251022	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502136
4522	NC_018722	ATC	2	6	251177	251182	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502136
4523	NC_018722	TAT	2	6	251449	251454	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	408502136
4524	NC_018722	GAAA	2	8	251470	251477	75 %	0 %	25 %	0 %	408502136
4525	NC_018722	TGG	2	6	251631	251636	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408502136
4526	NC_018722	TG	3	6	251665	251670	0 %	50 %	50 %	0 %	408502136
4527	NC_018722	GGC	2	6	251731	251736	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408502136
4528	NC_018722	TGT	2	6	251760	251765	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408502136
4529	NC_018722	TAT	2	6	251840	251845	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	408502136
4530	NC_018722	CT	3	6	251860	251865	0 %	50 %	0 %	50 %	408502136
4531	NC_018722	GGA	2	6	251902	251907	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408502136
4532	NC_018722	ATG	2	6	251912	251917	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502136
4533	NC_018722	TGA	2	6	252064	252069	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502136
4534	NC_018722	AATT	2	8	252084	252091	50 %	50 %	0 %	0 %	408502136
4535	NC_018722	CTT	2	6	252175	252180	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408502136
4536	NC_018722	GAC	2	6	252200	252205	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502136
4537	NC_018722	ATC	2	6	252206	252211	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502136
4538	NC_018722	G	6	6	252284	252289	0 %	0 %	100 %	0 %	408502136
4539	NC_018722	CGT	2	6	252319	252324	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502136
4540	NC_018722	GAG	2	6	252347	252352	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408502136
4541	NC_018722	ATG	2	6	252365	252370	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502136
4542	NC_018722	GGAT	2	8	252391	252398	25 %	25 %	50 %	0 %	408502136
4543	NC_018722	ATG	2	6	252413	252418	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502136
4544	NC_018722	GC	3	6	252431	252436	0 %	0 %	50 %	50 %	408502136
4545	NC_018722	ATC	2	6	252503	252508	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502136
4546	NC_018722	T	6	6	252557	252562	0 %	100 %	0 %	0 %	408502136
4547	NC_018722	CGT	2	6	252635	252640	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502136
4548	NC_018722	TGG	2	6	252663	252668	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408502136
4549	NC_018722	GAG	2	6	252674	252679	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408502136
4550	NC_018722	CG	3	6	252710	252715	0 %	0 %	50 %	50 %	408502136
4551	NC_018722	ATT	2	6	252734	252739	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	408502136
4552	NC_018722	CTG	2	6	252809	252814	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502136
4553	NC_018722	CGA	2	6	252835	252840	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502136
4554	NC_018722	GAA	2	6	252860	252865	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502136
4555	NC_018722	GAG	2	6	252918	252923	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408502136
4556	NC_018722	TG	5	10	252924	252933	0 %	50 %	50 %	0 %	408502136
4557	NC_018722	CAA	2	6	252958	252963	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	408502136
4558	NC_018722	TAC	2	6	253072	253077	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502136
4559	NC_018722	GGA	2	6	253147	253152	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408502136
4560	NC_018722	T	6	6	253187	253192	0 %	100 %	0 %	0 %	408502136
4561	NC_018722	CG	4	8	253250	253257	0 %	0 %	50 %	50 %	408502136
4562	NC_018722	ACCAC	2	10	253281	253290	40 %	0 %	0 %	60 %	408502136
4563	NC_018722	ATCG	2	8	253337	253344	25 %	25 %	25 %	25 %	408502136
4564	NC_018722	GTA	2	6	253400	253405	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502136
4565	NC_018722	GCC	2	6	253426	253431	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	408502136
4566	NC_018722	ATT	2	6	253511	253516	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	408502136
4567	NC_018722	TGG	2	6	253560	253565	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408502136
4568	NC_018722	ACG	2	6	253577	253582	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502136
4569	NC_018722	TGA	2	6	253624	253629	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502136
4570	NC_018722	TAC	2	6	253652	253657	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502136
4571	NC_018722	GC	3	6	253670	253675	0 %	0 %	50 %	50 %	408502136
4572	NC_018722	GAA	2	6	253685	253690	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502136
4573	NC_018722	GC	3	6	253692	253697	0 %	0 %	50 %	50 %	408502136
4574	NC_018722	G	7	7	253762	253768	0 %	0 %	100 %	0 %	408502136
4575	NC_018722	ATT	2	6	253786	253791	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	408502136
4576	NC_018722	GCG	2	6	253798	253803	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408502136
4577	NC_018722	GTG	2	6	253883	253888	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408502136
4578	NC_018722	GGAA	2	8	253902	253909	50 %	0 %	50 %	0 %	408502136
4579	NC_018722	AGGC	2	8	253968	253975	25 %	0 %	50 %	25 %	408502136
4580	NC_018722	TG	3	6	253983	253988	0 %	50 %	50 %	0 %	408502136
4581	NC_018722	TGA	2	6	254052	254057	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502136
4582	NC_018722	TCAA	2	8	254093	254100	50 %	25 %	0 %	25 %	408502136
4583	NC_018722	GTG	2	6	254120	254125	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408502136
4584	NC_018722	G	6	6	254240	254245	0 %	0 %	100 %	0 %	408502136
4585	NC_018722	GC	3	6	254258	254263	0 %	0 %	50 %	50 %	408502136
4586	NC_018722	GGC	2	6	254287	254292	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408502136
4587	NC_018722	GCG	2	6	254357	254362	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408502136
4588	NC_018722	TGA	2	6	254377	254382	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502136
4589	NC_018722	TG	3	6	254385	254390	0 %	50 %	50 %	0 %	408502136
4590	NC_018722	GCG	2	6	254443	254448	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408502136
4591	NC_018722	GGA	2	6	254503	254508	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408502136
4592	NC_018722	AGG	2	6	254535	254540	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408502136
4593	NC_018722	T	6	6	254739	254744	0 %	100 %	0 %	0 %	408502137
4594	NC_018722	GT	3	6	254792	254797	0 %	50 %	50 %	0 %	408502137
4595	NC_018722	TGA	2	6	254805	254810	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502137
4596	NC_018722	A	6	6	254821	254826	100 %	0 %	0 %	0 %	408502137
4597	NC_018722	TCTGC	2	10	254834	254843	0 %	40 %	20 %	40 %	408502137
4598	NC_018722	G	6	6	254991	254996	0 %	0 %	100 %	0 %	408502137
4599	NC_018722	GTG	2	6	255014	255019	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408502137
4600	NC_018722	CG	3	6	255062	255067	0 %	0 %	50 %	50 %	408502137
4601	NC_018722	CCG	2	6	255125	255130	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	408502138
4602	NC_018722	CG	3	6	255136	255141	0 %	0 %	50 %	50 %	408502138
4603	NC_018722	GTG	2	6	255152	255157	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408502138
4604	NC_018722	ATG	2	6	255179	255184	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502138
4605	NC_018722	AAG	2	6	255194	255199	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502138
4606	NC_018722	TAT	2	6	255214	255219	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	408502138
4607	NC_018722	GAG	2	6	255257	255262	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408502138
4608	NC_018722	CGG	2	6	255323	255328	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408502138
4609	NC_018722	TGG	2	6	255331	255336	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408502138
4610	NC_018722	GCA	2	6	255410	255415	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502138
4611	NC_018722	GCA	2	6	255452	255457	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502138
4612	NC_018722	TTG	2	6	255586	255591	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408502139
4613	NC_018722	G	7	7	255720	255726	0 %	0 %	100 %	0 %	408502139
4614	NC_018722	GC	4	8	255751	255758	0 %	0 %	50 %	50 %	408502139
4615	NC_018722	GGT	2	6	255804	255809	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408502139
4616	NC_018722	TGCG	2	8	255854	255861	0 %	25 %	50 %	25 %	408502139
4617	NC_018722	GC	3	6	255924	255929	0 %	0 %	50 %	50 %	408502139
4618	NC_018722	TGCAG	2	10	255937	255946	20 %	20 %	40 %	20 %	408502139
4619	NC_018722	TGT	2	6	255953	255958	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408502139
4620	NC_018722	ATA	2	6	255980	255985	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	408502139
4621	NC_018722	CG	3	6	256026	256031	0 %	0 %	50 %	50 %	408502139
4622	NC_018722	GGA	2	6	256149	256154	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408502139
4623	NC_018722	AGC	2	6	256161	256166	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502139
4624	NC_018722	TGC	2	6	256206	256211	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502139
4625	NC_018722	TGC	2	6	256275	256280	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502139
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4733	NC_018722	GAAA	2	8	261492	261499	75 %	0 %	25 %	0 %	408502141
4734	NC_018722	TTGCG	2	10	261506	261515	0 %	40 %	40 %	20 %	408502141
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4736	NC_018722	GC	3	6	261547	261552	0 %	0 %	50 %	50 %	408502141
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4742	NC_018722	GCAA	2	8	261864	261871	50 %	0 %	25 %	25 %	408502141
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4746	NC_018722	ACT	2	6	262010	262015	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502141
4747	NC_018722	GC	3	6	262025	262030	0 %	0 %	50 %	50 %	408502141
4748	NC_018722	G	6	6	262080	262085	0 %	0 %	100 %	0 %	408502141
4749	NC_018722	TGAA	2	8	262650	262657	50 %	25 %	25 %	0 %	408502142
4750	NC_018722	GCT	2	6	262685	262690	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502142
4751	NC_018722	TGA	2	6	262712	262717	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502142
4752	NC_018722	TGA	2	6	262855	262860	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502142
4753	NC_018722	TCT	2	6	262863	262868	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408502142
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4756	NC_018722	TGC	2	6	262928	262933	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502142
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4767	NC_018722	GGTT	2	8	263654	263661	0 %	50 %	50 %	0 %	408502142
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4772	NC_018722	GCT	2	6	263926	263931	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502143
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4781	NC_018722	GTGCG	2	10	264411	264420	0 %	20 %	60 %	20 %	408502145
4782	NC_018722	TGT	2	6	264487	264492	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408502146
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4852	NC_018722	AATC	2	8	268170	268177	50 %	25 %	0 %	25 %	408502148
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4858	NC_018722	T	6	6	268526	268531	0 %	100 %	0 %	0 %	408502149
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4861	NC_018722	GTT	2	6	268732	268737	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408502150
4862	NC_018722	CTG	2	6	268748	268753	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502150
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4865	NC_018722	TTTTC	2	10	268794	268803	0 %	80 %	0 %	20 %	408502150
4866	NC_018722	TTA	2	6	268830	268835	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	408502150
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4868	NC_018722	TTTTTC	2	12	268949	268960	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	408502150
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4993	NC_018722	AGATG	2	10	277421	277430	40 %	20 %	40 %	0 %	408502158
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4995	NC_018722	CG	3	6	277504	277509	0 %	0 %	50 %	50 %	408502158
4996	NC_018722	A	6	6	277539	277544	100 %	0 %	0 %	0 %	408502158
4997	NC_018722	GGC	2	6	277578	277583	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408502158
4998	NC_018722	CG	4	8	277591	277598	0 %	0 %	50 %	50 %	408502158
4999	NC_018722	CCT	2	6	277675	277680	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	408502158
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