MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Treponema pallidum subsp. pertenue str. CDC2 chromosome

Total Repeats: 22539

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016848	TTTG	2	8	237	244	0 %	75 %	25 %	0 %	378981477
2	NC_016848	A	6	6	250	255	100 %	0 %	0 %	0 %	378981477
3	NC_016848	C	6	6	280	285	0 %	0 %	0 %	100 %	378981477
4	NC_016848	TACC	2	8	297	304	25 %	25 %	0 %	50 %	378981477
5	NC_016848	TTCC	2	8	329	336	0 %	50 %	0 %	50 %	378981477
6	NC_016848	GAA	2	6	397	402	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378981477
7	NC_016848	GCT	2	6	421	426	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378981477
8	NC_016848	A	6	6	438	443	100 %	0 %	0 %	0 %	378981477
9	NC_016848	ACA	2	6	538	543	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378981477
10	NC_016848	A	9	9	628	636	100 %	0 %	0 %	0 %	378981477
11	NC_016848	CTT	2	6	658	663	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378981477
12	NC_016848	CATT	2	8	672	679	25 %	50 %	0 %	25 %	378981477
13	NC_016848	T	7	7	678	684	0 %	100 %	0 %	0 %	378981477
14	NC_016848	AAG	2	6	704	709	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378981477
15	NC_016848	A	9	9	742	750	100 %	0 %	0 %	0 %	378981477
16	NC_016848	TC	3	6	795	800	0 %	50 %	0 %	50 %	378981477
17	NC_016848	A	7	7	886	892	100 %	0 %	0 %	0 %	378981477
18	NC_016848	TGT	2	6	945	950	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378981477
19	NC_016848	TTC	2	6	972	977	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378981477
20	NC_016848	GATA	2	8	1047	1054	50 %	25 %	25 %	0 %	378981477
21	NC_016848	CT	3	6	1062	1067	0 %	50 %	0 %	50 %	378981477
22	NC_016848	TTC	2	6	1078	1083	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378981477
23	NC_016848	CT	3	6	1084	1089	0 %	50 %	0 %	50 %	378981477
24	NC_016848	TTC	2	6	1121	1126	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378981477
25	NC_016848	GTT	2	6	1192	1197	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378981477
26	NC_016848	TC	3	6	1221	1226	0 %	50 %	0 %	50 %	378981477
27	NC_016848	ACT	2	6	1249	1254	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378981477
28	NC_016848	TGG	2	6	1272	1277	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378981477
29	NC_016848	A	6	6	1310	1315	100 %	0 %	0 %	0 %	378981477
30	NC_016848	AAAGT	2	10	1370	1379	60 %	20 %	20 %	0 %	378981477
31	NC_016848	T	7	7	1483	1489	0 %	100 %	0 %	0 %	378981478
32	NC_016848	A	6	6	1494	1499	100 %	0 %	0 %	0 %	378981478
33	NC_016848	TTC	2	6	1506	1511	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378981478
34	NC_016848	TG	3	6	1519	1524	0 %	50 %	50 %	0 %	378981478
35	NC_016848	TTTG	2	8	1530	1537	0 %	75 %	25 %	0 %	378981478
36	NC_016848	TAT	2	6	1582	1587	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378981478
37	NC_016848	TAA	2	6	1621	1626	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378981478
38	NC_016848	GGA	2	6	1627	1632	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378981478
39	NC_016848	AACT	2	8	1633	1640	50 %	25 %	0 %	25 %	378981478
40	NC_016848	AAG	2	6	1660	1665	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378981478
41	NC_016848	AGCAC	2	10	1683	1692	40 %	0 %	20 %	40 %	378981478
42	NC_016848	A	8	8	1710	1717	100 %	0 %	0 %	0 %	378981479
43	NC_016848	T	6	6	1726	1731	0 %	100 %	0 %	0 %	378981479
44	NC_016848	GCT	2	6	1746	1751	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378981479
45	NC_016848	T	6	6	1846	1851	0 %	100 %	0 %	0 %	378981479
46	NC_016848	TGT	2	6	1868	1873	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378981479
47	NC_016848	CAA	2	6	1885	1890	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378981479
48	NC_016848	GAA	2	6	1914	1919	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378981479
49	NC_016848	CAAA	2	8	1939	1946	75 %	0 %	0 %	25 %	378981479
50	NC_016848	AGG	2	6	2009	2014	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378981479
51	NC_016848	TC	3	6	2017	2022	0 %	50 %	0 %	50 %	378981479
52	NC_016848	AGA	2	6	2081	2086	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378981479
53	NC_016848	ATT	2	6	2139	2144	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378981479
54	NC_016848	TA	3	6	2175	2180	50 %	50 %	0 %	0 %	378981479
55	NC_016848	A	7	7	2182	2188	100 %	0 %	0 %	0 %	378981479
56	NC_016848	GCA	2	6	2300	2305	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378981479
57	NC_016848	T	8	8	2313	2320	0 %	100 %	0 %	0 %	378981479
58	NC_016848	TCT	2	6	2337	2342	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378981479
59	NC_016848	ATC	2	6	2389	2394	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378981479
60	NC_016848	GTT	2	6	2453	2458	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378981479
61	NC_016848	TTA	2	6	2485	2490	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378981479
62	NC_016848	CAG	2	6	2496	2501	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378981479
63	NC_016848	TTG	2	6	2505	2510	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378981479
64	NC_016848	GAA	2	6	2562	2567	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378981479
65	NC_016848	CTAT	2	8	2612	2619	25 %	50 %	0 %	25 %	378981479
66	NC_016848	GAA	2	6	2625	2630	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378981479
67	NC_016848	AGG	2	6	2653	2658	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378981479
68	NC_016848	CAT	2	6	2729	2734	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378981479
69	NC_016848	AT	3	6	2819	2824	50 %	50 %	0 %	0 %	378981480
70	NC_016848	T	8	8	2837	2844	0 %	100 %	0 %	0 %	378981480
71	NC_016848	TGC	2	6	2895	2900	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378981480
72	NC_016848	CG	3	6	2952	2957	0 %	0 %	50 %	50 %	378981480
73	NC_016848	CA	3	6	3004	3009	50 %	0 %	0 %	50 %	378981480
74	NC_016848	A	6	6	3033	3038	100 %	0 %	0 %	0 %	378981480
75	NC_016848	A	7	7	3058	3064	100 %	0 %	0 %	0 %	378981480
76	NC_016848	A	7	7	3072	3078	100 %	0 %	0 %	0 %	378981480
77	NC_016848	CAG	2	6	3087	3092	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378981480
78	NC_016848	T	6	6	3109	3114	0 %	100 %	0 %	0 %	378981480
79	NC_016848	CTT	2	6	3159	3164	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378981480
80	NC_016848	AACAAA	2	12	3231	3242	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	378981480
81	NC_016848	AG	3	6	3247	3252	50 %	0 %	50 %	0 %	378981480
82	NC_016848	TAT	2	6	3373	3378	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378981480
83	NC_016848	CTC	2	6	3435	3440	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378981480
84	NC_016848	GAG	2	6	3445	3450	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378981480
85	NC_016848	GGTT	2	8	3587	3594	0 %	50 %	50 %	0 %	378981480
86	NC_016848	GAT	2	6	3667	3672	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378981480
87	NC_016848	ATG	2	6	3712	3717	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378981480
88	NC_016848	A	6	6	3788	3793	100 %	0 %	0 %	0 %	378981480
89	NC_016848	AAT	2	6	3830	3835	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378981480
90	NC_016848	AT	3	6	3877	3882	50 %	50 %	0 %	0 %	378981481
91	NC_016848	GT	3	6	3929	3934	0 %	50 %	50 %	0 %	378981481
92	NC_016848	AAAG	2	8	4039	4046	75 %	0 %	25 %	0 %	378981481
93	NC_016848	CGT	2	6	4080	4085	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378981481
94	NC_016848	GTAC	2	8	4104	4111	25 %	25 %	25 %	25 %	378981481
95	NC_016848	GAA	2	6	4141	4146	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378981481
96	NC_016848	GAA	2	6	4247	4252	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378981481
97	NC_016848	GAA	2	6	4394	4399	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378981482
98	NC_016848	GGA	2	6	4558	4563	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378981482
99	NC_016848	CGTC	2	8	4650	4657	0 %	25 %	25 %	50 %	378981482
100	NC_016848	TCAT	2	8	4707	4714	25 %	50 %	0 %	25 %	378981482
101	NC_016848	CGAAG	2	10	4771	4780	40 %	0 %	40 %	20 %	378981482
102	NC_016848	A	6	6	4816	4821	100 %	0 %	0 %	0 %	378981482
103	NC_016848	TTC	2	6	4875	4880	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378981482
104	NC_016848	TCT	2	6	4897	4902	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378981482
105	NC_016848	TTG	2	6	5121	5126	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378981482
106	NC_016848	ATT	2	6	5174	5179	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378981482
107	NC_016848	TAC	2	6	5206	5211	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378981482
108	NC_016848	ACG	2	6	5277	5282	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378981482
109	NC_016848	GTA	2	6	5345	5350	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378981482
110	NC_016848	GTGC	2	8	5540	5547	0 %	25 %	50 %	25 %	378981482
111	NC_016848	ATC	2	6	5579	5584	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378981482
112	NC_016848	TTTGAC	2	12	5642	5653	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	378981482
113	NC_016848	GCAGGC	2	12	5659	5670	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	378981482
114	NC_016848	TCT	2	6	5756	5761	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378981482
115	NC_016848	GGA	2	6	5764	5769	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378981482
116	NC_016848	TTAC	2	8	5771	5778	25 %	50 %	0 %	25 %	378981482
117	NC_016848	GTT	2	6	5801	5806	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378981482
118	NC_016848	AAGA	2	8	5807	5814	75 %	0 %	25 %	0 %	378981482
119	NC_016848	GAT	2	6	5843	5848	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378981482
120	NC_016848	AGA	2	6	5893	5898	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378981482
121	NC_016848	GGA	2	6	5990	5995	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378981482
122	NC_016848	GGC	2	6	6019	6024	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378981482
123	NC_016848	TTA	2	6	6033	6038	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378981482
124	NC_016848	GGGC	2	8	6092	6099	0 %	0 %	75 %	25 %	378981482
125	NC_016848	GACG	2	8	6181	6188	25 %	0 %	50 %	25 %	378981482
126	NC_016848	GA	3	6	6214	6219	50 %	0 %	50 %	0 %	378981482
127	NC_016848	TAA	2	6	6226	6231	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378981482
128	NC_016848	ACT	2	6	6278	6283	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378981482
129	NC_016848	CG	3	6	6306	6311	0 %	0 %	50 %	50 %	378981482
130	NC_016848	TAT	2	6	6313	6318	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378981482
131	NC_016848	TTA	2	6	6390	6395	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378981482
132	NC_016848	GAGG	2	8	6427	6434	25 %	0 %	75 %	0 %	378981482
133	NC_016848	AAC	2	6	6522	6527	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378981482
134	NC_016848	AGA	2	6	6615	6620	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378981482
135	NC_016848	AC	3	6	6624	6629	50 %	0 %	0 %	50 %	378981482
136	NC_016848	GTGTAT	2	12	6685	6696	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	378981482
137	NC_016848	GT	3	6	6728	6733	0 %	50 %	50 %	0 %	378981482
138	NC_016848	GTG	2	6	6753	6758	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378981482
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270	NC_016848	CGG	2	6	13443	13448	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378981488
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319	NC_016848	CG	3	6	16390	16395	0 %	0 %	50 %	50 %	378981490
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391	NC_016848	AGA	2	6	20001	20006	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378981492
392	NC_016848	ATG	2	6	20127	20132	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378981492
393	NC_016848	GAG	2	6	20204	20209	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378981492
394	NC_016848	GTTTT	2	10	20301	20310	0 %	80 %	20 %	0 %	378981492
395	NC_016848	G	6	6	20322	20327	0 %	0 %	100 %	0 %	378981492
396	NC_016848	GT	3	6	20345	20350	0 %	50 %	50 %	0 %	378981492
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398	NC_016848	ATC	2	6	20528	20533	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378981492
399	NC_016848	CTT	2	6	20586	20591	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378981492
400	NC_016848	GAAA	2	8	20644	20651	75 %	0 %	25 %	0 %	378981492
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402	NC_016848	AGA	2	6	20719	20724	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378981492
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