MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Treponema pallidum subsp. pertenue str. SamoaD chromosome

Total Repeats: 22495

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
2501	NC_016842	TCA	2	6	130713	130718	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972617
2502	NC_016842	AGA	2	6	130836	130841	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972617
2503	NC_016842	ACC	2	6	130877	130882	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378972617
2504	NC_016842	GGA	2	6	130890	130895	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972617
2505	NC_016842	GGC	2	6	130939	130944	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972617
2506	NC_016842	TGT	2	6	131014	131019	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378972617
2507	NC_016842	GGC	2	6	131167	131172	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972617
2508	NC_016842	TTGTCG	2	12	131199	131210	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	378972617
2509	NC_016842	AAG	2	6	131324	131329	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972617
2510	NC_016842	GAG	2	6	131387	131392	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972617
2511	NC_016842	CGC	2	6	131425	131430	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378972617
2512	NC_016842	CGT	2	6	131710	131715	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972618
2513	NC_016842	TCCA	2	8	131782	131789	25 %	25 %	0 %	50 %	378972618
2514	NC_016842	CGT	2	6	131830	131835	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972618
2515	NC_016842	CCG	2	6	131874	131879	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378972618
2516	NC_016842	CGCGC	2	10	131900	131909	0 %	0 %	40 %	60 %	378972618
2517	NC_016842	CCT	2	6	131929	131934	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378972618
2518	NC_016842	AAC	2	6	132002	132007	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378972618
2519	NC_016842	CG	3	6	132011	132016	0 %	0 %	50 %	50 %	378972618
2520	NC_016842	ATC	2	6	132033	132038	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972618
2521	NC_016842	GCA	2	6	132108	132113	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972618
2522	NC_016842	CA	3	6	132230	132235	50 %	0 %	0 %	50 %	378972618
2523	NC_016842	CAC	2	6	132364	132369	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378972618
2524	NC_016842	CCA	2	6	132384	132389	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378972618
2525	NC_016842	CTT	2	6	132582	132587	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972619
2526	NC_016842	CGTG	2	8	132628	132635	0 %	25 %	50 %	25 %	378972619
2527	NC_016842	TCA	2	6	132741	132746	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972619
2528	NC_016842	ATA	2	6	132750	132755	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378972619
2529	NC_016842	CT	3	6	132761	132766	0 %	50 %	0 %	50 %	378972619
2530	NC_016842	T	6	6	132793	132798	0 %	100 %	0 %	0 %	378972619
2531	NC_016842	TAC	2	6	132830	132835	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972619
2532	NC_016842	ATT	2	6	132837	132842	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378972619
2533	NC_016842	CGT	2	6	132953	132958	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972619
2534	NC_016842	TCTTGA	2	12	133054	133065	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	378972619
2535	NC_016842	ACG	2	6	133107	133112	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972619
2536	NC_016842	AGA	2	6	133177	133182	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972619
2537	NC_016842	GTT	2	6	133214	133219	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378972619
2538	NC_016842	GCG	2	6	133245	133250	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972619
2539	NC_016842	GAA	2	6	133268	133273	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972619
2540	NC_016842	GA	3	6	133446	133451	50 %	0 %	50 %	0 %	378972619
2541	NC_016842	ATT	2	6	133476	133481	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378972619
2542	NC_016842	CCG	2	6	133514	133519	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378972619
2543	NC_016842	CTT	2	6	133526	133531	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972619
2544	NC_016842	ATT	2	6	133533	133538	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378972619
2545	NC_016842	TGA	2	6	133564	133569	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972619
2546	NC_016842	CA	3	6	133756	133761	50 %	0 %	0 %	50 %	378972619
2547	NC_016842	AAC	2	6	133779	133784	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378972619
2548	NC_016842	AGA	2	6	133846	133851	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972619
2549	NC_016842	GAAC	2	8	133885	133892	50 %	0 %	25 %	25 %	378972619
2550	NC_016842	A	8	8	133915	133922	100 %	0 %	0 %	0 %	378972619
2551	NC_016842	ATT	2	6	133941	133946	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378972619
2552	NC_016842	TGCG	2	8	134025	134032	0 %	25 %	50 %	25 %	378972619
2553	NC_016842	TTA	2	6	134063	134068	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378972619
2554	NC_016842	CATT	2	8	134097	134104	25 %	50 %	0 %	25 %	378972619
2555	NC_016842	T	6	6	134131	134136	0 %	100 %	0 %	0 %	378972619
2556	NC_016842	CGA	3	9	134142	134150	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972619
2557	NC_016842	ATT	2	6	134162	134167	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378972619
2558	NC_016842	AGC	2	6	134173	134178	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972619
2559	NC_016842	GCGAT	2	10	134223	134232	20 %	20 %	40 %	20 %	378972619
2560	NC_016842	A	7	7	134359	134365	100 %	0 %	0 %	0 %	378972619
2561	NC_016842	GC	3	6	134398	134403	0 %	0 %	50 %	50 %	378972619
2562	NC_016842	GCAGAC	2	12	134405	134416	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972619
2563	NC_016842	CA	3	6	134422	134427	50 %	0 %	0 %	50 %	378972619
2564	NC_016842	TGC	2	6	134428	134433	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972619
2565	NC_016842	A	7	7	134438	134444	100 %	0 %	0 %	0 %	378972619
2566	NC_016842	TTCA	2	8	134772	134779	25 %	50 %	0 %	25 %	378972620
2567	NC_016842	TAA	2	6	134798	134803	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378972620
2568	NC_016842	TG	3	6	134835	134840	0 %	50 %	50 %	0 %	378972620
2569	NC_016842	CAC	2	6	134884	134889	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378972620
2570	NC_016842	GGTG	2	8	135029	135036	0 %	25 %	75 %	0 %	378972620
2571	NC_016842	AGT	2	6	135086	135091	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972620
2572	NC_016842	AG	3	6	135162	135167	50 %	0 %	50 %	0 %	378972620
2573	NC_016842	GC	3	6	135220	135225	0 %	0 %	50 %	50 %	378972620
2574	NC_016842	GC	3	6	135335	135340	0 %	0 %	50 %	50 %	378972620
2575	NC_016842	AGC	2	6	135393	135398	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972620
2576	NC_016842	CAT	2	6	135447	135452	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972620
2577	NC_016842	CAC	2	6	135483	135488	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378972620
2578	NC_016842	CT	4	8	135518	135525	0 %	50 %	0 %	50 %	378972620
2579	NC_016842	CCT	2	6	135622	135627	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378972620
2580	NC_016842	TGTTT	2	10	135645	135654	0 %	80 %	20 %	0 %	378972620
2581	NC_016842	TCGT	2	8	135655	135662	0 %	50 %	25 %	25 %	378972620
2582	NC_016842	TGC	2	6	135688	135693	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972620
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2584	NC_016842	GTG	2	6	135793	135798	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972620
2585	NC_016842	AGGA	2	8	135826	135833	50 %	0 %	50 %	0 %	378972620
2586	NC_016842	CCGGAG	2	12	135901	135912	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	378972620
2587	NC_016842	CA	3	6	135990	135995	50 %	0 %	0 %	50 %	378972620
2588	NC_016842	GGAA	2	8	136049	136056	50 %	0 %	50 %	0 %	378972620
2589	NC_016842	AGA	2	6	136095	136100	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972620
2590	NC_016842	CAGCTG	2	12	136125	136136	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	378972620
2591	NC_016842	CGG	2	6	136165	136170	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972620
2592	NC_016842	GT	3	6	136255	136260	0 %	50 %	50 %	0 %	378972620
2593	NC_016842	TTC	2	6	136264	136269	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972620
2594	NC_016842	GAGT	2	8	136316	136323	25 %	25 %	50 %	0 %	378972620
2595	NC_016842	AGC	2	6	136341	136346	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972620
2596	NC_016842	CACT	2	8	136392	136399	25 %	25 %	0 %	50 %	378972620
2597	NC_016842	AC	3	6	136476	136481	50 %	0 %	0 %	50 %	378972621
2598	NC_016842	GACA	2	8	136498	136505	50 %	0 %	25 %	25 %	378972621
2599	NC_016842	AG	3	6	136516	136521	50 %	0 %	50 %	0 %	378972621
2600	NC_016842	CCT	2	6	136569	136574	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378972621
2601	NC_016842	CTG	2	6	136624	136629	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972621
2602	NC_016842	ATC	2	6	136640	136645	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972621
2603	NC_016842	CA	3	6	136703	136708	50 %	0 %	0 %	50 %	378972621
2604	NC_016842	GCT	2	6	136710	136715	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972621
2605	NC_016842	CTGA	2	8	136716	136723	25 %	25 %	25 %	25 %	378972621
2606	NC_016842	GTCTT	2	10	136833	136842	0 %	60 %	20 %	20 %	378972621
2607	NC_016842	AGG	2	6	136852	136857	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972621
2608	NC_016842	TCCT	2	8	136867	136874	0 %	50 %	0 %	50 %	378972621
2609	NC_016842	AAC	2	6	136884	136889	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378972621
2610	NC_016842	GCA	2	6	136898	136903	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972621
2611	NC_016842	GC	4	8	136909	136916	0 %	0 %	50 %	50 %	378972621
2612	NC_016842	CGC	2	6	136963	136968	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378972621
2613	NC_016842	CAC	2	6	136989	136994	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378972621
2614	NC_016842	GC	3	6	137003	137008	0 %	0 %	50 %	50 %	378972621
2615	NC_016842	GC	3	6	137011	137016	0 %	0 %	50 %	50 %	378972621
2616	NC_016842	CTT	2	6	137025	137030	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972621
2617	NC_016842	CGC	2	6	137076	137081	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378972621
2618	NC_016842	GGA	2	6	137119	137124	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972621
2619	NC_016842	TAA	2	6	137190	137195	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378972621
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2621	NC_016842	CCG	2	6	137349	137354	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378972621
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2623	NC_016842	GCA	2	6	137627	137632	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972621
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2731	NC_016842	A	6	6	143785	143790	100 %	0 %	0 %	0 %	378972627
2732	NC_016842	TCG	2	6	143801	143806	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972627
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2742	NC_016842	GCG	2	6	144228	144233	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972627
2743	NC_016842	GAT	2	6	144334	144339	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972627
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2989	NC_016842	G	9	9	156518	156526	0 %	0 %	100 %	0 %	378972643
2990	NC_016842	TG	3	6	156543	156548	0 %	50 %	50 %	0 %	378972643
2991	NC_016842	A	6	6	156582	156587	100 %	0 %	0 %	0 %	378972643
2992	NC_016842	GGGT	2	8	156652	156659	0 %	25 %	75 %	0 %	378972643
2993	NC_016842	AGG	2	6	156685	156690	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972643
2994	NC_016842	CCG	2	6	156718	156723	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378972643
2995	NC_016842	CGGGG	2	10	156724	156733	0 %	0 %	80 %	20 %	378972643
2996	NC_016842	CG	4	8	156737	156744	0 %	0 %	50 %	50 %	378972643
2997	NC_016842	CCGC	2	8	156793	156800	0 %	0 %	25 %	75 %	378972643
2998	NC_016842	GC	3	6	156915	156920	0 %	0 %	50 %	50 %	378972643
2999	NC_016842	ACT	2	6	157068	157073	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972644
3000	NC_016842	TAC	2	6	157085	157090	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972644

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