MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Treponema pallidum subsp. pertenue str. SamoaD chromosome

Total Repeats: 22495

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
13501	NC_016842	GCA	2	6	680272	680277	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973130
13502	NC_016842	CCTG	2	8	680418	680425	0 %	25 %	25 %	50 %	378973131
13503	NC_016842	TGC	2	6	680431	680436	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973131
13504	NC_016842	CT	3	6	680472	680477	0 %	50 %	0 %	50 %	378973131
13505	NC_016842	ACGC	2	8	680489	680496	25 %	0 %	25 %	50 %	378973131
13506	NC_016842	GCA	2	6	680517	680522	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973131
13507	NC_016842	TCC	3	9	680541	680549	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378973131
13508	NC_016842	AC	3	6	680602	680607	50 %	0 %	0 %	50 %	378973131
13509	NC_016842	TGCACG	2	12	680665	680676	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	378973131
13510	NC_016842	GCCT	2	8	680682	680689	0 %	25 %	25 %	50 %	378973131
13511	NC_016842	CAG	2	6	680700	680705	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973131
13512	NC_016842	TCG	2	6	680766	680771	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973131
13513	NC_016842	A	6	6	680808	680813	100 %	0 %	0 %	0 %	378973131
13514	NC_016842	CAC	2	6	680852	680857	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378973131
13515	NC_016842	GC	3	6	680927	680932	0 %	0 %	50 %	50 %	378973131
13516	NC_016842	CACG	2	8	680941	680948	25 %	0 %	25 %	50 %	378973131
13517	NC_016842	C	7	7	680971	680977	0 %	0 %	0 %	100 %	378973131
13518	NC_016842	GCC	2	6	680991	680996	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378973131
13519	NC_016842	GC	3	6	681020	681025	0 %	0 %	50 %	50 %	378973131
13520	NC_016842	TGTT	2	8	681074	681081	0 %	75 %	25 %	0 %	378973131
13521	NC_016842	GTG	2	6	681161	681166	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378973131
13522	NC_016842	GC	3	6	681236	681241	0 %	0 %	50 %	50 %	378973131
13523	NC_016842	CAG	2	6	681254	681259	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973131
13524	NC_016842	GC	3	6	681305	681310	0 %	0 %	50 %	50 %	378973131
13525	NC_016842	TTGC	2	8	681326	681333	0 %	50 %	25 %	25 %	378973131
13526	NC_016842	CGA	2	6	681358	681363	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973131
13527	NC_016842	AGC	2	6	681364	681369	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973131
13528	NC_016842	ACG	2	6	681426	681431	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973131
13529	NC_016842	CGA	2	6	681448	681453	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973131
13530	NC_016842	CGGTGT	2	12	681463	681474	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	378973131
13531	NC_016842	ACG	2	6	681510	681515	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973131
13532	NC_016842	AGG	2	6	681654	681659	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378973131
13533	NC_016842	GCG	2	6	681662	681667	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378973131
13534	NC_016842	GCGCA	2	10	681683	681692	20 %	0 %	40 %	40 %	378973131
13535	NC_016842	TAC	2	6	681736	681741	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378973131
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13537	NC_016842	TCG	2	6	681805	681810	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973131
13538	NC_016842	AGGA	2	8	681939	681946	50 %	0 %	50 %	0 %	378973132
13539	NC_016842	CG	3	6	681964	681969	0 %	0 %	50 %	50 %	378973132
13540	NC_016842	CAC	2	6	682013	682018	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378973132
13541	NC_016842	GAA	2	6	682021	682026	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378973132
13542	NC_016842	TGC	2	6	682061	682066	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973132
13543	NC_016842	ACG	2	6	682082	682087	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973132
13544	NC_016842	TAC	2	6	682114	682119	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378973132
13545	NC_016842	TA	3	6	682237	682242	50 %	50 %	0 %	0 %	378973132
13546	NC_016842	A	6	6	682246	682251	100 %	0 %	0 %	0 %	378973132
13547	NC_016842	GCAG	2	8	682261	682268	25 %	0 %	50 %	25 %	378973132
13548	NC_016842	GCCT	2	8	682274	682281	0 %	25 %	25 %	50 %	378973132
13549	NC_016842	CTA	2	6	682287	682292	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378973132
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13552	NC_016842	CA	3	6	682437	682442	50 %	0 %	0 %	50 %	378973132
13553	NC_016842	A	6	6	682442	682447	100 %	0 %	0 %	0 %	378973132
13554	NC_016842	AAG	2	6	682466	682471	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378973132
13555	NC_016842	CG	4	8	682488	682495	0 %	0 %	50 %	50 %	378973132
13556	NC_016842	A	6	6	682503	682508	100 %	0 %	0 %	0 %	378973132
13557	NC_016842	AGAC	2	8	682511	682518	50 %	0 %	25 %	25 %	378973132
13558	NC_016842	AAG	2	6	682520	682525	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378973132
13559	NC_016842	AC	3	6	682527	682532	50 %	0 %	0 %	50 %	378973132
13560	NC_016842	GCAAA	2	10	682538	682547	60 %	0 %	20 %	20 %	378973132
13561	NC_016842	CACC	2	8	682577	682584	25 %	0 %	0 %	75 %	378973132
13562	NC_016842	CA	3	6	682599	682604	50 %	0 %	0 %	50 %	378973133
13563	NC_016842	A	7	7	682659	682665	100 %	0 %	0 %	0 %	378973133
13564	NC_016842	CCT	2	6	682685	682690	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378973133
13565	NC_016842	CGC	2	6	682706	682711	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378973133
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13569	NC_016842	AT	3	6	682821	682826	50 %	50 %	0 %	0 %	378973133
13570	NC_016842	TC	3	6	682859	682864	0 %	50 %	0 %	50 %	378973133
13571	NC_016842	AGC	2	6	682885	682890	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973133
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13573	NC_016842	TGA	2	6	683012	683017	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378973133
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13577	NC_016842	CCAT	2	8	683368	683375	25 %	25 %	0 %	50 %	378973133
13578	NC_016842	TA	3	6	683440	683445	50 %	50 %	0 %	0 %	378973133
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13580	NC_016842	GACC	2	8	683495	683502	25 %	0 %	25 %	50 %	378973133
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13584	NC_016842	CA	3	6	683651	683656	50 %	0 %	0 %	50 %	378973133
13585	NC_016842	TGA	2	6	683693	683698	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378973133
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13591	NC_016842	ATGG	2	8	684111	684118	25 %	25 %	50 %	0 %	378973134
13592	NC_016842	TCT	2	6	684169	684174	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378973134
13593	NC_016842	A	8	8	684258	684265	100 %	0 %	0 %	0 %	378973134
13594	NC_016842	TGA	2	6	684273	684278	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378973134
13595	NC_016842	GAGC	2	8	684314	684321	25 %	0 %	50 %	25 %	378973134
13596	NC_016842	A	10	10	684322	684331	100 %	0 %	0 %	0 %	378973134
13597	NC_016842	AAAC	2	8	684422	684429	75 %	0 %	0 %	25 %	378973134
13598	NC_016842	GCAC	2	8	684448	684455	25 %	0 %	25 %	50 %	378973134
13599	NC_016842	GCA	2	6	684466	684471	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973134
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13601	NC_016842	CAA	2	6	684536	684541	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378973134
13602	NC_016842	TGCG	2	8	684555	684562	0 %	25 %	50 %	25 %	378973134
13603	NC_016842	CG	3	6	684578	684583	0 %	0 %	50 %	50 %	378973134
13604	NC_016842	CG	4	8	684623	684630	0 %	0 %	50 %	50 %	378973134
13605	NC_016842	CAC	2	6	684639	684644	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378973134
13606	NC_016842	TGC	2	6	684646	684651	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973134
13607	NC_016842	GCA	2	6	684766	684771	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973134
13608	NC_016842	GAA	2	6	684782	684787	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378973134
13609	NC_016842	CTA	2	6	684797	684802	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378973134
13610	NC_016842	GTGC	2	8	684816	684823	0 %	25 %	50 %	25 %	378973134
13611	NC_016842	CA	3	6	684884	684889	50 %	0 %	0 %	50 %	378973134
13612	NC_016842	GCA	2	6	684895	684900	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973134
13613	NC_016842	CAA	2	6	684917	684922	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378973134
13614	NC_016842	A	6	6	684921	684926	100 %	0 %	0 %	0 %	378973134
13615	NC_016842	AGA	2	6	685050	685055	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378973134
13616	NC_016842	TGCAC	2	10	685106	685115	20 %	20 %	20 %	40 %	378973134
13617	NC_016842	A	6	6	685146	685151	100 %	0 %	0 %	0 %	378973134
13618	NC_016842	AGC	2	6	685176	685181	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973134
13619	NC_016842	AC	3	6	685223	685228	50 %	0 %	0 %	50 %	378973134
13620	NC_016842	GTA	2	6	685232	685237	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378973134
13621	NC_016842	CG	3	6	685240	685245	0 %	0 %	50 %	50 %	378973134
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13623	NC_016842	TGAGCG	2	12	685417	685428	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	378973134
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