MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Treponema pallidum subsp. pertenue str. SamoaD chromosome

Total Repeats: 22495

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
12501	NC_016842	CAG	2	6	631155	631160	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973090
12502	NC_016842	TG	3	6	631178	631183	0 %	50 %	50 %	0 %	378973090
12503	NC_016842	GC	3	6	631193	631198	0 %	0 %	50 %	50 %	378973090
12504	NC_016842	A	6	6	631247	631252	100 %	0 %	0 %	0 %	378973090
12505	NC_016842	TCC	2	6	631270	631275	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378973090
12506	NC_016842	TCA	2	6	631387	631392	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378973090
12507	NC_016842	A	6	6	631568	631573	100 %	0 %	0 %	0 %	378973090
12508	NC_016842	ACCAC	2	10	631579	631588	40 %	0 %	0 %	60 %	378973090
12509	NC_016842	AC	4	8	631587	631594	50 %	0 %	0 %	50 %	378973090
12510	NC_016842	CG	4	8	631600	631607	0 %	0 %	50 %	50 %	378973090
12511	NC_016842	TCG	2	6	631628	631633	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973090
12512	NC_016842	CG	3	6	631649	631654	0 %	0 %	50 %	50 %	378973090
12513	NC_016842	ACGC	2	8	631667	631674	25 %	0 %	25 %	50 %	378973090
12514	NC_016842	ACGCGC	2	12	631688	631699	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	378973090
12515	NC_016842	GAA	2	6	631714	631719	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378973090
12516	NC_016842	AAT	2	6	631812	631817	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378973090
12517	NC_016842	AAGG	2	8	631825	631832	50 %	0 %	50 %	0 %	378973090
12518	NC_016842	GGAA	2	8	631862	631869	50 %	0 %	50 %	0 %	378973090
12519	NC_016842	GC	4	8	631960	631967	0 %	0 %	50 %	50 %	378973091
12520	NC_016842	T	8	8	631992	631999	0 %	100 %	0 %	0 %	378973091
12521	NC_016842	CAG	2	6	632063	632068	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973091
12522	NC_016842	GGC	2	6	632156	632161	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378973091
12523	NC_016842	TAT	2	6	632213	632218	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378973091
12524	NC_016842	GC	3	6	632357	632362	0 %	0 %	50 %	50 %	378973091
12525	NC_016842	GTAC	2	8	632372	632379	25 %	25 %	25 %	25 %	378973091
12526	NC_016842	CAC	2	6	632527	632532	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378973091
12527	NC_016842	ACG	2	6	632543	632548	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973091
12528	NC_016842	TCTT	2	8	632607	632614	0 %	75 %	0 %	25 %	378973091
12529	NC_016842	T	7	7	632668	632674	0 %	100 %	0 %	0 %	378973091
12530	NC_016842	AGA	2	6	632691	632696	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378973091
12531	NC_016842	CTT	2	6	632708	632713	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378973091
12532	NC_016842	TGG	2	6	632730	632735	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378973091
12533	NC_016842	GAA	2	6	632786	632791	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378973091
12534	NC_016842	GTCA	2	8	632822	632829	25 %	25 %	25 %	25 %	378973091
12535	NC_016842	CT	4	8	632878	632885	0 %	50 %	0 %	50 %	378973091
12536	NC_016842	AAT	2	6	632929	632934	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378973091
12537	NC_016842	CTG	2	6	632949	632954	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973091
12538	NC_016842	CTT	2	6	633003	633008	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378973091
12539	NC_016842	GT	3	6	633012	633017	0 %	50 %	50 %	0 %	378973091
12540	NC_016842	AGG	2	6	633072	633077	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378973091
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12542	NC_016842	TTCT	2	8	633190	633197	0 %	75 %	0 %	25 %	378973092
12543	NC_016842	AAGT	2	8	633205	633212	50 %	25 %	25 %	0 %	378973092
12544	NC_016842	CTG	2	6	633221	633226	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973092
12545	NC_016842	ATT	2	6	633336	633341	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378973092
12546	NC_016842	GGA	2	6	633342	633347	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378973092
12547	NC_016842	GCAC	2	8	633410	633417	25 %	0 %	25 %	50 %	378973092
12548	NC_016842	TCA	2	6	633461	633466	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378973092
12549	NC_016842	GTGC	2	8	633540	633547	0 %	25 %	50 %	25 %	378973092
12550	NC_016842	GC	3	6	633587	633592	0 %	0 %	50 %	50 %	378973092
12551	NC_016842	CAT	2	6	633594	633599	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378973092
12552	NC_016842	AGG	2	6	633617	633622	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378973092
12553	NC_016842	CAG	2	6	633637	633642	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973092
12554	NC_016842	CTG	2	6	633735	633740	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973092
12555	NC_016842	TC	3	6	633742	633747	0 %	50 %	0 %	50 %	378973092
12556	NC_016842	CAG	2	6	633831	633836	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973092
12557	NC_016842	TG	3	6	633900	633905	0 %	50 %	50 %	0 %	378973093
12558	NC_016842	CAC	2	6	633968	633973	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378973093
12559	NC_016842	ACG	2	6	634024	634029	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973093
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12561	NC_016842	CAT	2	6	634081	634086	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378973093
12562	NC_016842	TTG	2	6	634095	634100	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378973093
12563	NC_016842	CAC	2	6	634135	634140	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378973093
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12567	NC_016842	GATG	2	8	634290	634297	25 %	25 %	50 %	0 %	378973093
12568	NC_016842	G	6	6	634343	634348	0 %	0 %	100 %	0 %	378973093
12569	NC_016842	T	8	8	634372	634379	0 %	100 %	0 %	0 %	378973093
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12573	NC_016842	GGT	2	6	634576	634581	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378973093
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12576	NC_016842	CTTT	2	8	634682	634689	0 %	75 %	0 %	25 %	378973093
12577	NC_016842	ATCG	2	8	634800	634807	25 %	25 %	25 %	25 %	378973093
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12587	NC_016842	ACT	2	6	635738	635743	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378973094
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12590	NC_016842	GCT	2	6	635890	635895	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973094
12591	NC_016842	CAA	2	6	636063	636068	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378973094
12592	NC_016842	GA	3	6	636159	636164	50 %	0 %	50 %	0 %	378973094
12593	NC_016842	TCC	2	6	636203	636208	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378973094
12594	NC_016842	GAA	2	6	636217	636222	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378973094
12595	NC_016842	TCT	2	6	636223	636228	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378973094
12596	NC_016842	TAC	2	6	636272	636277	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378973094
12597	NC_016842	GAG	2	6	636349	636354	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378973094
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12599	NC_016842	GTC	3	9	636451	636459	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973094
12600	NC_016842	GT	3	6	636528	636533	0 %	50 %	50 %	0 %	378973094
12601	NC_016842	AGC	2	6	636602	636607	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973094
12602	NC_016842	TGA	2	6	636672	636677	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378973094
12603	NC_016842	TAC	2	6	636679	636684	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378973094
12604	NC_016842	GC	3	6	636705	636710	0 %	0 %	50 %	50 %	378973094
12605	NC_016842	CAC	2	6	636747	636752	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378973094
12606	NC_016842	CGC	2	6	636860	636865	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378973095
12607	NC_016842	GTA	2	6	636878	636883	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378973095
12608	NC_016842	CTT	2	6	636890	636895	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378973095
12609	NC_016842	CT	3	6	636903	636908	0 %	50 %	0 %	50 %	378973095
12610	NC_016842	TTCC	2	8	636909	636916	0 %	50 %	0 %	50 %	378973095
12611	NC_016842	A	10	10	636918	636927	100 %	0 %	0 %	0 %	378973095
12612	NC_016842	CGC	2	6	636936	636941	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378973095
12613	NC_016842	GAAA	2	8	636953	636960	75 %	0 %	25 %	0 %	378973095
12614	NC_016842	CG	3	6	637017	637022	0 %	0 %	50 %	50 %	378973095
12615	NC_016842	GCT	2	6	637036	637041	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973095
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12617	NC_016842	GAATG	2	10	637238	637247	40 %	20 %	40 %	0 %	378973095
12618	NC_016842	T	6	6	637261	637266	0 %	100 %	0 %	0 %	378973095
12619	NC_016842	CAG	2	6	637383	637388	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973095
12620	NC_016842	TTCA	2	8	637394	637401	25 %	50 %	0 %	25 %	378973095
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12988	NC_016842	GAA	2	6	655415	655420	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378973108
12989	NC_016842	TGCG	2	8	655434	655441	0 %	25 %	50 %	25 %	378973108
12990	NC_016842	CTT	2	6	655446	655451	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378973108
12991	NC_016842	CG	3	6	655497	655502	0 %	0 %	50 %	50 %	378973108
12992	NC_016842	CG	3	6	655511	655516	0 %	0 %	50 %	50 %	378973108
12993	NC_016842	CCA	2	6	655545	655550	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378973108
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13000	NC_016842	AG	3	6	655854	655859	50 %	0 %	50 %	0 %	378973109

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