MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Treponema pallidum subsp. pertenue str. SamoaD chromosome

Total Repeats: 22495

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
11501	NC_016842	CG	3	6	584566	584571	0 %	0 %	50 %	50 %	378973049
11502	NC_016842	CTC	2	6	584581	584586	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378973049
11503	NC_016842	CA	3	6	584647	584652	50 %	0 %	0 %	50 %	378973049
11504	NC_016842	CGC	2	6	584700	584705	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378973050
11505	NC_016842	GGGC	2	8	584708	584715	0 %	0 %	75 %	25 %	378973050
11506	NC_016842	CA	4	8	584747	584754	50 %	0 %	0 %	50 %	378973050
11507	NC_016842	ATA	2	6	584766	584771	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378973050
11508	NC_016842	CGA	2	6	584824	584829	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973050
11509	NC_016842	GA	3	6	584828	584833	50 %	0 %	50 %	0 %	378973050
11510	NC_016842	T	6	6	584872	584877	0 %	100 %	0 %	0 %	378973050
11511	NC_016842	AGA	2	6	584961	584966	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378973050
11512	NC_016842	AGA	2	6	585016	585021	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378973050
11513	NC_016842	AAT	2	6	585047	585052	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378973050
11514	NC_016842	A	7	7	585096	585102	100 %	0 %	0 %	0 %	378973050
11515	NC_016842	A	6	6	585116	585121	100 %	0 %	0 %	0 %	378973050
11516	NC_016842	GTAC	2	8	585129	585136	25 %	25 %	25 %	25 %	378973050
11517	NC_016842	TG	3	6	585247	585252	0 %	50 %	50 %	0 %	378973050
11518	NC_016842	CAG	2	6	585260	585265	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973050
11519	NC_016842	AGCAGA	2	12	585288	585299	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	378973050
11520	NC_016842	GC	3	6	585359	585364	0 %	0 %	50 %	50 %	378973050
11521	NC_016842	GC	3	6	585472	585477	0 %	0 %	50 %	50 %	378973050
11522	NC_016842	CA	3	6	585491	585496	50 %	0 %	0 %	50 %	378973050
11523	NC_016842	CTT	2	6	585539	585544	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378973050
11524	NC_016842	GACA	2	8	585554	585561	50 %	0 %	25 %	25 %	378973050
11525	NC_016842	GC	3	6	585578	585583	0 %	0 %	50 %	50 %	378973050
11526	NC_016842	TAA	2	6	585623	585628	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378973050
11527	NC_016842	CG	3	6	585659	585664	0 %	0 %	50 %	50 %	378973050
11528	NC_016842	TCA	2	6	585838	585843	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378973050
11529	NC_016842	CCT	2	6	585844	585849	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378973050
11530	NC_016842	CGG	2	6	585896	585901	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378973050
11531	NC_016842	ACC	2	6	586107	586112	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378973050
11532	NC_016842	AG	3	6	586249	586254	50 %	0 %	50 %	0 %	378973050
11533	NC_016842	GTG	2	6	586282	586287	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378973050
11534	NC_016842	C	6	6	586322	586327	0 %	0 %	0 %	100 %	378973050
11535	NC_016842	GAA	2	6	586328	586333	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378973050
11536	NC_016842	AG	3	6	586376	586381	50 %	0 %	50 %	0 %	378973050
11537	NC_016842	GAT	2	6	586393	586398	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378973051
11538	NC_016842	ACCGC	2	10	586427	586436	20 %	0 %	20 %	60 %	378973051
11539	NC_016842	ACTC	2	8	586449	586456	25 %	25 %	0 %	50 %	378973051
11540	NC_016842	GCA	2	6	586458	586463	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973052
11541	NC_016842	CTT	3	9	586525	586533	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378973052
11542	NC_016842	CCG	2	6	586588	586593	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378973052
11543	NC_016842	GCA	2	6	586686	586691	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973052
11544	NC_016842	ATC	2	6	586694	586699	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378973052
11545	NC_016842	T	6	6	586779	586784	0 %	100 %	0 %	0 %	378973052
11546	NC_016842	CA	3	6	586837	586842	50 %	0 %	0 %	50 %	378973052
11547	NC_016842	GCA	2	6	587025	587030	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973052
11548	NC_016842	GCGCTC	2	12	587087	587098	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	378973052
11549	NC_016842	GCT	2	6	587232	587237	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973053
11550	NC_016842	CAG	2	6	587259	587264	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973053
11551	NC_016842	GC	3	6	587272	587277	0 %	0 %	50 %	50 %	378973053
11552	NC_016842	ACAG	2	8	587282	587289	50 %	0 %	25 %	25 %	378973053
11553	NC_016842	CCA	3	9	587433	587441	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378973053
11554	NC_016842	GCA	2	6	587471	587476	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973053
11555	NC_016842	GCC	2	6	587495	587500	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378973053
11556	NC_016842	GAA	2	6	587576	587581	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378973053
11557	NC_016842	CAA	2	6	587598	587603	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378973053
11558	NC_016842	CCA	2	6	587646	587651	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378973053
11559	NC_016842	GT	3	6	587661	587666	0 %	50 %	50 %	0 %	378973053
11560	NC_016842	GC	3	6	587695	587700	0 %	0 %	50 %	50 %	378973053
11561	NC_016842	T	6	6	587705	587710	0 %	100 %	0 %	0 %	378973053
11562	NC_016842	TGTTCC	2	12	587755	587766	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	378973053
11563	NC_016842	CGGTA	2	10	587805	587814	20 %	20 %	40 %	20 %	378973053
11564	NC_016842	AAC	2	6	587820	587825	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378973053
11565	NC_016842	TCC	2	6	587836	587841	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378973053
11566	NC_016842	TGA	2	6	587987	587992	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378973053
11567	NC_016842	T	7	7	587995	588001	0 %	100 %	0 %	0 %	378973053
11568	NC_016842	CAA	2	6	588024	588029	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378973053
11569	NC_016842	CG	3	6	588081	588086	0 %	0 %	50 %	50 %	378973053
11570	NC_016842	AGA	2	6	588244	588249	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378973053
11571	NC_016842	CAC	2	6	588268	588273	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378973053
11572	NC_016842	AGG	2	6	588301	588306	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378973053
11573	NC_016842	AGGAC	2	10	588362	588371	40 %	0 %	40 %	20 %	378973053
11574	NC_016842	TCC	2	6	588397	588402	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378973053
11575	NC_016842	AGG	2	6	588440	588445	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378973053
11576	NC_016842	CAG	2	6	588468	588473	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973053
11577	NC_016842	GC	4	8	588654	588661	0 %	0 %	50 %	50 %	378973053
11578	NC_016842	CCACG	2	10	588885	588894	20 %	0 %	20 %	60 %	378973053
11579	NC_016842	CACG	2	8	588900	588907	25 %	0 %	25 %	50 %	378973053
11580	NC_016842	CGC	2	6	588973	588978	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378973053
11581	NC_016842	CACG	2	8	589021	589028	25 %	0 %	25 %	50 %	378973053
11582	NC_016842	CA	4	8	589136	589143	50 %	0 %	0 %	50 %	378973054
11583	NC_016842	CG	3	6	589171	589176	0 %	0 %	50 %	50 %	378973054
11584	NC_016842	TGCG	2	8	589195	589202	0 %	25 %	50 %	25 %	378973054
11585	NC_016842	CAAA	2	8	589257	589264	75 %	0 %	0 %	25 %	378973054
11586	NC_016842	A	7	7	589396	589402	100 %	0 %	0 %	0 %	378973054
11587	NC_016842	GT	4	8	589480	589487	0 %	50 %	50 %	0 %	378973054
11588	NC_016842	TC	3	6	589574	589579	0 %	50 %	0 %	50 %	378973054
11589	NC_016842	AC	3	6	589588	589593	50 %	0 %	0 %	50 %	378973054
11590	NC_016842	ATA	2	6	589655	589660	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378973054
11591	NC_016842	GCA	2	6	589722	589727	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973054
11592	NC_016842	TCG	2	6	589736	589741	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973054
11593	NC_016842	GAA	2	6	589807	589812	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378973054
11594	NC_016842	GC	3	6	589825	589830	0 %	0 %	50 %	50 %	378973054
11595	NC_016842	CTG	2	6	589831	589836	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973054
11596	NC_016842	GC	3	6	589855	589860	0 %	0 %	50 %	50 %	378973054
11597	NC_016842	CGC	2	6	589899	589904	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378973054
11598	NC_016842	GC	3	6	589903	589908	0 %	0 %	50 %	50 %	378973054
11599	NC_016842	T	6	6	589981	589986	0 %	100 %	0 %	0 %	378973054
11600	NC_016842	AG	3	6	589996	590001	50 %	0 %	50 %	0 %	378973054
11601	NC_016842	GC	3	6	590014	590019	0 %	0 %	50 %	50 %	378973054
11602	NC_016842	ACT	2	6	590048	590053	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378973054
11603	NC_016842	CA	3	6	590100	590105	50 %	0 %	0 %	50 %	378973054
11604	NC_016842	AC	3	6	590117	590122	50 %	0 %	0 %	50 %	378973054
11605	NC_016842	GGAT	2	8	590233	590240	25 %	25 %	50 %	0 %	378973055
11606	NC_016842	TGC	2	6	590248	590253	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973055
11607	NC_016842	CGT	2	6	590364	590369	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973055
11608	NC_016842	GC	3	6	590446	590451	0 %	0 %	50 %	50 %	378973055
11609	NC_016842	AAG	2	6	590474	590479	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378973055
11610	NC_016842	GGC	2	6	590569	590574	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378973055
11611	NC_016842	GACG	2	8	590619	590626	25 %	0 %	50 %	25 %	378973055
11612	NC_016842	CAT	2	6	590688	590693	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378973055
11613	NC_016842	TAA	2	6	590703	590708	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378973055
11614	NC_016842	GA	3	6	590735	590740	50 %	0 %	50 %	0 %	378973055
11615	NC_016842	GAA	2	6	590762	590767	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378973055
11616	NC_016842	CCG	2	6	590774	590779	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378973055
11617	NC_016842	CA	3	6	590795	590800	50 %	0 %	0 %	50 %	378973055
11618	NC_016842	GT	3	6	590803	590808	0 %	50 %	50 %	0 %	378973055
11619	NC_016842	GCA	2	6	590865	590870	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378973055
11620	NC_016842	TGC	2	6	590915	590920	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973055
11621	NC_016842	TCG	2	6	590960	590965	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973055
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11991	NC_016842	CTG	2	6	606927	606932	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973070
11992	NC_016842	GCT	3	9	606948	606956	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378973070
11993	NC_016842	CGCT	2	8	607012	607019	0 %	25 %	25 %	50 %	378973070
11994	NC_016842	GC	3	6	607020	607025	0 %	0 %	50 %	50 %	378973070
11995	NC_016842	GGCGC	2	10	607052	607061	0 %	0 %	60 %	40 %	378973070
11996	NC_016842	CCA	2	6	607121	607126	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378973070
11997	NC_016842	GCGCGA	2	12	607184	607195	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	378973070
11998	NC_016842	CGG	2	6	607277	607282	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378973070
11999	NC_016842	CTGT	2	8	607337	607344	0 %	50 %	25 %	25 %	378973070
12000	NC_016842	CCT	2	6	607368	607373	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378973070

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