MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Treponema pallidum subsp. pertenue str. SamoaD chromosome

Total Repeats: 22495

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
6001	NC_016842	TGG	2	6	318429	318434	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972805
6002	NC_016842	ACG	2	6	318470	318475	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972805
6003	NC_016842	GCG	2	6	318503	318508	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972805
6004	NC_016842	T	7	7	318510	318516	0 %	100 %	0 %	0 %	378972805
6005	NC_016842	GC	3	6	318632	318637	0 %	0 %	50 %	50 %	378972805
6006	NC_016842	CA	3	6	318642	318647	50 %	0 %	0 %	50 %	378972805
6007	NC_016842	A	6	6	318678	318683	100 %	0 %	0 %	0 %	378972806
6008	NC_016842	AGA	2	6	318879	318884	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972806
6009	NC_016842	AT	3	6	318901	318906	50 %	50 %	0 %	0 %	378972806
6010	NC_016842	CCT	2	6	318981	318986	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378972806
6011	NC_016842	CAC	2	6	319126	319131	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378972806
6012	NC_016842	TGAA	2	8	319307	319314	50 %	25 %	25 %	0 %	378972806
6013	NC_016842	TAA	2	6	319334	319339	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378972806
6014	NC_016842	GCA	2	6	319372	319377	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972806
6015	NC_016842	CTG	2	6	319378	319383	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972806
6016	NC_016842	C	6	6	319384	319389	0 %	0 %	0 %	100 %	378972806
6017	NC_016842	GTT	2	6	319390	319395	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378972806
6018	NC_016842	GCA	2	6	319399	319404	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972806
6019	NC_016842	CCG	2	6	319418	319423	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378972806
6020	NC_016842	CAGG	2	8	319432	319439	25 %	0 %	50 %	25 %	378972806
6021	NC_016842	A	6	6	319471	319476	100 %	0 %	0 %	0 %	378972806
6022	NC_016842	CCG	2	6	319526	319531	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378972806
6023	NC_016842	A	6	6	319633	319638	100 %	0 %	0 %	0 %	378972806
6024	NC_016842	GT	3	6	319721	319726	0 %	50 %	50 %	0 %	378972806
6025	NC_016842	GCT	2	6	319741	319746	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972806
6026	NC_016842	GGC	2	6	319757	319762	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972806
6027	NC_016842	CTC	2	6	319888	319893	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378972806
6028	NC_016842	CGC	2	6	319928	319933	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378972806
6029	NC_016842	CTG	2	6	320037	320042	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972806
6030	NC_016842	GCA	2	6	320060	320065	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972806
6031	NC_016842	ACC	2	6	320081	320086	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378972806
6032	NC_016842	C	7	7	320097	320103	0 %	0 %	0 %	100 %	378972806
6033	NC_016842	CGT	2	6	320145	320150	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972806
6034	NC_016842	GA	3	6	320163	320168	50 %	0 %	50 %	0 %	378972806
6035	NC_016842	CG	3	6	320259	320264	0 %	0 %	50 %	50 %	378972806
6036	NC_016842	CAT	2	6	320272	320277	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972806
6037	NC_016842	GTC	2	6	320284	320289	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972806
6038	NC_016842	AAT	2	6	320332	320337	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378972806
6039	NC_016842	AAGC	2	8	320510	320517	50 %	0 %	25 %	25 %	378972806
6040	NC_016842	GT	4	8	320560	320567	0 %	50 %	50 %	0 %	378972806
6041	NC_016842	GTGC	2	8	320584	320591	0 %	25 %	50 %	25 %	378972806
6042	NC_016842	GCTC	2	8	320592	320599	0 %	25 %	25 %	50 %	378972806
6043	NC_016842	CGTC	2	8	320633	320640	0 %	25 %	25 %	50 %	378972806
6044	NC_016842	GAT	2	6	320655	320660	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972806
6045	NC_016842	GA	3	6	320676	320681	50 %	0 %	50 %	0 %	378972806
6046	NC_016842	ACGGTC	2	12	320728	320739	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	378972806
6047	NC_016842	ATA	2	6	320740	320745	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378972806
6048	NC_016842	CCTC	2	8	321045	321052	0 %	25 %	0 %	75 %	378972806
6049	NC_016842	AGG	2	6	321054	321059	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972806
6050	NC_016842	CGT	2	6	321132	321137	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972806
6051	NC_016842	GGGA	2	8	321175	321182	25 %	0 %	75 %	0 %	378972806
6052	NC_016842	GAA	2	6	321193	321198	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972806
6053	NC_016842	GA	3	6	321202	321207	50 %	0 %	50 %	0 %	378972806
6054	NC_016842	A	6	6	321231	321236	100 %	0 %	0 %	0 %	378972806
6055	NC_016842	CAG	2	6	321241	321246	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972806
6056	NC_016842	CG	3	6	321282	321287	0 %	0 %	50 %	50 %	378972806
6057	NC_016842	TGA	2	6	321294	321299	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972806
6058	NC_016842	TG	4	8	321344	321351	0 %	50 %	50 %	0 %	378972806
6059	NC_016842	GAC	2	6	321361	321366	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972806
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6061	NC_016842	TTC	2	6	321418	321423	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972806
6062	NC_016842	GAT	2	6	321481	321486	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972806
6063	NC_016842	TTC	2	6	321517	321522	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972806
6064	NC_016842	GC	4	8	321569	321576	0 %	0 %	50 %	50 %	378972806
6065	NC_016842	A	6	6	321674	321679	100 %	0 %	0 %	0 %	378972806
6066	NC_016842	TTA	2	6	321726	321731	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378972806
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6070	NC_016842	GGA	2	6	322022	322027	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972807
6071	NC_016842	CGC	2	6	322090	322095	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378972807
6072	NC_016842	TGC	2	6	322096	322101	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972807
6073	NC_016842	GGT	2	6	322117	322122	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972807
6074	NC_016842	GGT	2	6	322136	322141	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972807
6075	NC_016842	TGAAA	2	10	322264	322273	60 %	20 %	20 %	0 %	378972807
6076	NC_016842	ACAGC	2	10	322285	322294	40 %	0 %	20 %	40 %	378972807
6077	NC_016842	GCT	2	6	322303	322308	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972807
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6079	NC_016842	T	6	6	322389	322394	0 %	100 %	0 %	0 %	378972807
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6081	NC_016842	TCTA	2	8	322439	322446	25 %	50 %	0 %	25 %	378972807
6082	NC_016842	TG	3	6	322491	322496	0 %	50 %	50 %	0 %	378972807
6083	NC_016842	CTG	2	6	322519	322524	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972807
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6087	NC_016842	GGT	2	6	322607	322612	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972807
6088	NC_016842	GCA	2	6	322622	322627	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972807
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6090	NC_016842	CGG	2	6	322691	322696	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972807
6091	NC_016842	TGG	2	6	322713	322718	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972807
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6093	NC_016842	CGG	3	9	322770	322778	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972807
6094	NC_016842	GAT	2	6	322918	322923	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972807
6095	NC_016842	CG	3	6	322939	322944	0 %	0 %	50 %	50 %	378972807
6096	NC_016842	GC	3	6	323006	323011	0 %	0 %	50 %	50 %	378972807
6097	NC_016842	GTT	2	6	323072	323077	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378972807
6098	NC_016842	CG	5	10	323160	323169	0 %	0 %	50 %	50 %	378972807
6099	NC_016842	G	6	6	323184	323189	0 %	0 %	100 %	0 %	378972807
6100	NC_016842	CGGCAC	2	12	323201	323212	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	378972807
6101	NC_016842	GC	3	6	323240	323245	0 %	0 %	50 %	50 %	378972807
6102	NC_016842	GGT	2	6	323302	323307	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972807
6103	NC_016842	TGG	2	6	323400	323405	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972807
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6105	NC_016842	AAG	2	6	323692	323697	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972808
6106	NC_016842	AGC	2	6	323729	323734	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972808
6107	NC_016842	AGC	2	6	323759	323764	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972808
6108	NC_016842	GCG	2	6	323886	323891	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972808
6109	NC_016842	GC	3	6	324014	324019	0 %	0 %	50 %	50 %	378972808
6110	NC_016842	ATG	2	6	324020	324025	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972808
6111	NC_016842	TCA	2	6	324026	324031	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972808
6112	NC_016842	CTA	2	6	324032	324037	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972808
6113	NC_016842	CAT	2	6	324060	324065	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972808
6114	NC_016842	GAG	2	6	324121	324126	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972808
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6118	NC_016842	GAT	2	6	324309	324314	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972809
6119	NC_016842	GTT	2	6	324327	324332	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378972809
6120	NC_016842	GTA	2	6	324357	324362	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972809
6121	NC_016842	T	7	7	324386	324392	0 %	100 %	0 %	0 %	378972809
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6123	NC_016842	CTG	2	6	324454	324459	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972809
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6494	NC_016842	T	6	6	343372	343377	0 %	100 %	0 %	0 %	378972824
6495	NC_016842	GCA	2	6	343437	343442	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972824
6496	NC_016842	GCAGG	2	10	343591	343600	20 %	0 %	60 %	20 %	378972824
6497	NC_016842	GGA	2	6	343720	343725	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972824
6498	NC_016842	TGA	2	6	343734	343739	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972824
6499	NC_016842	CCCA	2	8	343759	343766	25 %	0 %	0 %	75 %	378972824
6500	NC_016842	GCGT	2	8	343827	343834	0 %	25 %	50 %	25 %	378972824

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