MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Treponema pallidum subsp. pertenue str. SamoaD chromosome

Total Repeats: 22495

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
4501	NC_016842	CGTG	2	8	238254	238261	0 %	25 %	50 %	25 %	378972736
4502	NC_016842	TGC	2	6	238341	238346	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972736
4503	NC_016842	GT	3	6	238398	238403	0 %	50 %	50 %	0 %	378972736
4504	NC_016842	CGTG	2	8	238465	238472	0 %	25 %	50 %	25 %	378972736
4505	NC_016842	GGT	2	6	238500	238505	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972736
4506	NC_016842	GCAGAC	2	12	238519	238530	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972736
4507	NC_016842	TCG	2	6	238535	238540	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972736
4508	NC_016842	GAA	2	6	238561	238566	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972736
4509	NC_016842	GTC	2	6	238577	238582	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972736
4510	NC_016842	GCG	2	6	238624	238629	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972736
4511	NC_016842	GCCG	2	8	238679	238686	0 %	0 %	50 %	50 %	378972736
4512	NC_016842	TCC	2	6	238736	238741	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378972736
4513	NC_016842	GCACA	2	10	238798	238807	40 %	0 %	20 %	40 %	378972736
4514	NC_016842	AAC	2	6	238815	238820	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378972736
4515	NC_016842	T	6	6	238849	238854	0 %	100 %	0 %	0 %	378972736
4516	NC_016842	GTT	2	6	238899	238904	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378972736
4517	NC_016842	GGA	2	6	238935	238940	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972736
4518	NC_016842	TGC	2	6	238964	238969	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972736
4519	NC_016842	CA	3	6	238985	238990	50 %	0 %	0 %	50 %	378972736
4520	NC_016842	CGTG	2	8	239063	239070	0 %	25 %	50 %	25 %	378972737
4521	NC_016842	TGC	2	6	239071	239076	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972737
4522	NC_016842	TTC	2	6	239164	239169	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972737
4523	NC_016842	CTG	2	6	239172	239177	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972737
4524	NC_016842	GGT	2	6	239183	239188	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972737
4525	NC_016842	ATC	2	6	239210	239215	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972737
4526	NC_016842	TG	3	6	239289	239294	0 %	50 %	50 %	0 %	378972737
4527	NC_016842	TG	3	6	239310	239315	0 %	50 %	50 %	0 %	378972737
4528	NC_016842	GGT	2	6	239317	239322	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972737
4529	NC_016842	TCT	2	6	239351	239356	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972737
4530	NC_016842	CTT	2	6	239361	239366	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972737
4531	NC_016842	GC	3	6	239450	239455	0 %	0 %	50 %	50 %	378972737
4532	NC_016842	GC	3	6	239506	239511	0 %	0 %	50 %	50 %	378972737
4533	NC_016842	TATC	2	8	239545	239552	25 %	50 %	0 %	25 %	378972737
4534	NC_016842	CTCA	2	8	239570	239577	25 %	25 %	0 %	50 %	378972737
4535	NC_016842	AGG	2	6	239589	239594	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972737
4536	NC_016842	GGC	2	6	239617	239622	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972737
4537	NC_016842	GGC	2	6	239667	239672	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972737
4538	NC_016842	GAA	2	6	239762	239767	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972737
4539	NC_016842	TGC	2	6	239901	239906	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972737
4540	NC_016842	G	6	6	239907	239912	0 %	0 %	100 %	0 %	378972737
4541	NC_016842	CGT	2	6	239918	239923	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972737
4542	NC_016842	G	8	8	239947	239954	0 %	0 %	100 %	0 %	378972737
4543	NC_016842	CCG	2	6	239957	239962	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378972737
4544	NC_016842	GGT	2	6	239971	239976	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972737
4545	NC_016842	CT	3	6	240002	240007	0 %	50 %	0 %	50 %	378972737
4546	NC_016842	TGG	2	6	240015	240020	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972737
4547	NC_016842	AGG	2	6	240039	240044	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972737
4548	NC_016842	TCG	2	6	240073	240078	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972737
4549	NC_016842	GCAAT	2	10	240173	240182	40 %	20 %	20 %	20 %	378972737
4550	NC_016842	GGCA	2	8	240194	240201	25 %	0 %	50 %	25 %	378972737
4551	NC_016842	GCC	2	6	240208	240213	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378972737
4552	NC_016842	TCAT	2	8	240232	240239	25 %	50 %	0 %	25 %	378972737
4553	NC_016842	CGG	2	6	240253	240258	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972737
4554	NC_016842	TGCGC	2	10	240334	240343	0 %	20 %	40 %	40 %	378972737
4555	NC_016842	GCA	2	6	240355	240360	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972737
4556	NC_016842	CG	3	6	240377	240382	0 %	0 %	50 %	50 %	378972737
4557	NC_016842	CGC	2	6	240499	240504	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378972737
4558	NC_016842	TGA	2	6	240522	240527	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972737
4559	NC_016842	TCA	2	6	240573	240578	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972737
4560	NC_016842	GGT	2	6	240607	240612	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972737
4561	NC_016842	GT	3	6	240611	240616	0 %	50 %	50 %	0 %	378972737
4562	NC_016842	GCA	2	6	240619	240624	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972737
4563	NC_016842	GTTT	2	8	240706	240713	0 %	75 %	25 %	0 %	378972737
4564	NC_016842	GCA	2	6	240717	240722	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972737
4565	NC_016842	CGC	2	6	240745	240750	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378972737
4566	NC_016842	GT	3	6	240817	240822	0 %	50 %	50 %	0 %	378972737
4567	NC_016842	GGCA	2	8	240835	240842	25 %	0 %	50 %	25 %	378972737
4568	NC_016842	CTG	2	6	240860	240865	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972737
4569	NC_016842	CAT	2	6	240873	240878	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972737
4570	NC_016842	GTG	2	6	240884	240889	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972737
4571	NC_016842	CAG	2	6	240890	240895	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972737
4572	NC_016842	GC	3	6	240899	240904	0 %	0 %	50 %	50 %	378972737
4573	NC_016842	CGG	2	6	240930	240935	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972737
4574	NC_016842	ATT	2	6	241092	241097	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378972738
4575	NC_016842	GGT	2	6	241112	241117	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972738
4576	NC_016842	GCGGGT	2	12	241160	241171	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	378972738
4577	NC_016842	TGC	2	6	241252	241257	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972738
4578	NC_016842	GCT	2	6	241281	241286	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972738
4579	NC_016842	GCA	2	6	241306	241311	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972738
4580	NC_016842	GTG	2	6	241366	241371	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972738
4581	NC_016842	GCA	2	6	241401	241406	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972738
4582	NC_016842	GGC	2	6	241408	241413	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972738
4583	NC_016842	GT	3	6	241447	241452	0 %	50 %	50 %	0 %	378972738
4584	NC_016842	TGCG	2	8	241453	241460	0 %	25 %	50 %	25 %	378972738
4585	NC_016842	CATA	2	8	241470	241477	50 %	25 %	0 %	25 %	378972738
4586	NC_016842	CG	3	6	241577	241582	0 %	0 %	50 %	50 %	378972738
4587	NC_016842	CGTG	2	8	241599	241606	0 %	25 %	50 %	25 %	378972738
4588	NC_016842	CA	3	6	241633	241638	50 %	0 %	0 %	50 %	378972738
4589	NC_016842	TGT	2	6	241985	241990	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378972739
4590	NC_016842	CGT	2	6	242063	242068	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972739
4591	NC_016842	TTC	2	6	242102	242107	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972739
4592	NC_016842	T	6	6	242109	242114	0 %	100 %	0 %	0 %	378972739
4593	NC_016842	GTATT	2	10	242155	242164	20 %	60 %	20 %	0 %	378972739
4594	NC_016842	TCC	2	6	242190	242195	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378972739
4595	NC_016842	T	6	6	242316	242321	0 %	100 %	0 %	0 %	378972739
4596	NC_016842	AAG	2	6	242427	242432	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972739
4597	NC_016842	GTT	2	6	242461	242466	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378972739
4598	NC_016842	TC	3	6	242511	242516	0 %	50 %	0 %	50 %	378972739
4599	NC_016842	CGG	2	6	242771	242776	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972740
4600	NC_016842	GCG	2	6	242811	242816	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972740
4601	NC_016842	TGC	2	6	242900	242905	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972740
4602	NC_016842	AG	3	6	242908	242913	50 %	0 %	50 %	0 %	378972740
4603	NC_016842	AGG	2	6	243123	243128	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972741
4604	NC_016842	GTG	2	6	243129	243134	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972741
4605	NC_016842	GC	3	6	243141	243146	0 %	0 %	50 %	50 %	378972741
4606	NC_016842	TCT	3	9	243247	243255	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972741
4607	NC_016842	CA	3	6	243291	243296	50 %	0 %	0 %	50 %	378972742
4608	NC_016842	AACG	2	8	243362	243369	50 %	0 %	25 %	25 %	378972742
4609	NC_016842	AAG	2	6	243423	243428	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972742
4610	NC_016842	GGT	2	6	243431	243436	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972742
4611	NC_016842	TTG	2	6	243462	243467	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378972742
4612	NC_016842	GGA	2	6	243496	243501	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972742
4613	NC_016842	GT	3	6	243504	243509	0 %	50 %	50 %	0 %	378972742
4614	NC_016842	T	6	6	243542	243547	0 %	100 %	0 %	0 %	378972742
4615	NC_016842	TTC	2	6	243551	243556	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972742
4616	NC_016842	CTC	2	6	243640	243645	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378972742
4617	NC_016842	T	6	6	243659	243664	0 %	100 %	0 %	0 %	378972742
4618	NC_016842	ACA	2	6	243671	243676	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378972742
4619	NC_016842	GGA	2	6	243722	243727	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972742
4620	NC_016842	TGA	2	6	243730	243735	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972742
4621	NC_016842	CAA	2	6	243743	243748	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378972742
4622	NC_016842	GAA	3	9	243939	243947	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972743
4623	NC_016842	CGC	2	6	243998	244003	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378972743
4624	NC_016842	GCA	2	6	244053	244058	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972743
4625	NC_016842	TGG	2	6	244094	244099	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972743
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4734	NC_016842	CGGCG	2	10	249637	249646	0 %	0 %	60 %	40 %	378972748
4735	NC_016842	GAT	2	6	249680	249685	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972748
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4741	NC_016842	TAC	2	6	250217	250222	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972749
4742	NC_016842	A	6	6	250333	250338	100 %	0 %	0 %	0 %	378972749
4743	NC_016842	GGC	2	6	250391	250396	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972749
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4993	NC_016842	GCT	2	6	262244	262249	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972756
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4999	NC_016842	TGC	2	6	262487	262492	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972756
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