MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Thermus sp. CCB_US3_UF1 plasmid pTCCB09

Total Repeats: 500

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016634	GGCG	2	8	60	67	0 %	0 %	75 %	25 %	384440649
2	NC_016634	CAC	2	6	68	73	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384440649
3	NC_016634	GC	3	6	155	160	0 %	0 %	50 %	50 %	384440649
4	NC_016634	ACCAG	2	10	196	205	40 %	0 %	20 %	40 %	384440649
5	NC_016634	AG	3	6	247	252	50 %	0 %	50 %	0 %	384440649
6	NC_016634	CCT	2	6	370	375	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384440650
7	NC_016634	AG	3	6	381	386	50 %	0 %	50 %	0 %	384440650
8	NC_016634	CCT	3	9	487	495	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384440650
9	NC_016634	TCC	2	6	582	587	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384440650
10	NC_016634	GGC	2	6	599	604	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384440650
11	NC_016634	CGG	2	6	640	645	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384440650
12	NC_016634	GGC	2	6	674	679	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384440650
13	NC_016634	CCT	2	6	685	690	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384440650
14	NC_016634	GCGG	2	8	695	702	0 %	0 %	75 %	25 %	384440650
15	NC_016634	TCC	2	6	774	779	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384440651
16	NC_016634	GA	3	6	806	811	50 %	0 %	50 %	0 %	384440651
17	NC_016634	GC	3	6	896	901	0 %	0 %	50 %	50 %	384440651
18	NC_016634	CCT	2	6	914	919	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384440652
19	NC_016634	CAG	2	6	923	928	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384440652
20	NC_016634	GCGG	2	8	945	952	0 %	0 %	75 %	25 %	384440652
21	NC_016634	CCT	2	6	1037	1042	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384440652
22	NC_016634	ACC	2	6	1112	1117	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384440652
23	NC_016634	GGC	2	6	1161	1166	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384440652
24	NC_016634	GAACCT	2	12	1193	1204	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	384440652
25	NC_016634	TG	3	6	1210	1215	0 %	50 %	50 %	0 %	384440652
26	NC_016634	ACCC	2	8	1365	1372	25 %	0 %	0 %	75 %	384440653
27	NC_016634	AGCC	2	8	1398	1405	25 %	0 %	25 %	50 %	384440653
28	NC_016634	GCCC	2	8	1445	1452	0 %	0 %	25 %	75 %	384440653
29	NC_016634	AGG	2	6	1524	1529	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384440653
30	NC_016634	GGGA	2	8	1538	1545	25 %	0 %	75 %	0 %	384440653
31	NC_016634	TGG	2	6	1587	1592	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384440653
32	NC_016634	GGC	2	6	1605	1610	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384440653
33	NC_016634	CCA	2	6	1630	1635	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384440653
34	NC_016634	CGG	2	6	1639	1644	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384440653
35	NC_016634	CAGGC	2	10	1650	1659	20 %	0 %	40 %	40 %	384440653
36	NC_016634	CGC	2	6	1675	1680	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384440653
37	NC_016634	C	6	6	1703	1708	0 %	0 %	0 %	100 %	384440653
38	NC_016634	CCA	2	6	1726	1731	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384440653
39	NC_016634	AGG	2	6	1980	1985	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384440654
40	NC_016634	C	7	7	1995	2001	0 %	0 %	0 %	100 %	384440654
41	NC_016634	C	6	6	2003	2008	0 %	0 %	0 %	100 %	384440654
42	NC_016634	GGA	2	6	2015	2020	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384440654
43	NC_016634	G	6	6	2029	2034	0 %	0 %	100 %	0 %	384440654
44	NC_016634	G	6	6	2036	2041	0 %	0 %	100 %	0 %	384440654
45	NC_016634	G	6	6	2050	2055	0 %	0 %	100 %	0 %	384440654
46	NC_016634	GCG	2	6	2073	2078	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384440654
47	NC_016634	CTG	2	6	2123	2128	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384440655
48	NC_016634	GCAGG	2	10	2164	2173	20 %	0 %	60 %	20 %	384440655
49	NC_016634	GGT	2	6	2200	2205	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384440655
50	NC_016634	CCG	2	6	2284	2289	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384440655
51	NC_016634	CCG	2	6	2404	2409	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384440655
52	NC_016634	CTACCT	2	12	2419	2430	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	384440655
53	NC_016634	GGA	2	6	2431	2436	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384440655
54	NC_016634	G	6	6	2459	2464	0 %	0 %	100 %	0 %	384440655
55	NC_016634	GC	3	6	2497	2502	0 %	0 %	50 %	50 %	384440655
56	NC_016634	GGCTG	2	10	2504	2513	0 %	20 %	60 %	20 %	384440655
57	NC_016634	TCC	2	6	2527	2532	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384440655
58	NC_016634	GAGGG	2	10	2628	2637	20 %	0 %	80 %	0 %	384440655
59	NC_016634	C	6	6	2671	2676	0 %	0 %	0 %	100 %	384440655
60	NC_016634	GCC	2	6	2677	2682	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384440655
61	NC_016634	TCC	2	6	2727	2732	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384440655
62	NC_016634	GGGGT	2	10	2768	2777	0 %	20 %	80 %	0 %	384440655
63	NC_016634	GCCCT	2	10	2792	2801	0 %	20 %	20 %	60 %	384440656
64	NC_016634	ACC	3	9	2819	2827	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384440656
65	NC_016634	GGCC	2	8	2955	2962	0 %	0 %	50 %	50 %	384440656
66	NC_016634	CTC	2	6	2974	2979	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384440656
67	NC_016634	AG	3	6	3031	3036	50 %	0 %	50 %	0 %	384440656
68	NC_016634	GGCTC	2	10	3077	3086	0 %	20 %	40 %	40 %	384440656
69	NC_016634	CCA	2	6	3093	3098	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384440656
70	NC_016634	CTC	2	6	3118	3123	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384440656
71	NC_016634	CGGGCG	2	12	3125	3136	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384440656
72	NC_016634	GGCG	2	8	3183	3190	0 %	0 %	75 %	25 %	384440656
73	NC_016634	CCT	2	6	3213	3218	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384440656
74	NC_016634	CCG	2	6	3220	3225	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384440656
75	NC_016634	CTG	2	6	3235	3240	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384440656
76	NC_016634	CTC	2	6	3247	3252	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384440656
77	NC_016634	TCCT	2	8	3289	3296	0 %	50 %	0 %	50 %	384440656
78	NC_016634	AGG	2	6	3320	3325	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384440656
79	NC_016634	AGGG	2	8	3332	3339	25 %	0 %	75 %	0 %	384440656
80	NC_016634	GGGA	2	8	3371	3378	25 %	0 %	75 %	0 %	384440656
81	NC_016634	GGC	2	6	3430	3435	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384440656
82	NC_016634	CAC	2	6	3439	3444	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384440656
83	NC_016634	CCCG	2	8	3452	3459	0 %	0 %	25 %	75 %	384440656
84	NC_016634	AG	3	6	3476	3481	50 %	0 %	50 %	0 %	384440656
85	NC_016634	GCG	2	6	3500	3505	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384440656
86	NC_016634	GGA	2	6	3507	3512	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384440656
87	NC_016634	GGCGG	2	10	3516	3525	0 %	0 %	80 %	20 %	384440656
88	NC_016634	GGT	2	6	3526	3531	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384440656
89	NC_016634	AGGGG	2	10	3572	3581	20 %	0 %	80 %	0 %	384440656
90	NC_016634	GCC	2	6	3596	3601	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384440656
91	NC_016634	C	6	6	3627	3632	0 %	0 %	0 %	100 %	384440656
92	NC_016634	GCC	2	6	3681	3686	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384440656
93	NC_016634	GCA	2	6	3693	3698	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384440656
94	NC_016634	CCA	2	6	3735	3740	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384440656
95	NC_016634	TCC	2	6	3782	3787	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384440656
96	NC_016634	CCA	3	9	3816	3824	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384440656
97	NC_016634	CCT	2	6	3843	3848	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384440656
98	NC_016634	CCA	2	6	3939	3944	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384440656
99	NC_016634	AG	3	6	3976	3981	50 %	0 %	50 %	0 %	384440656
100	NC_016634	CCT	2	6	4029	4034	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384440656
101	NC_016634	G	6	6	4035	4040	0 %	0 %	100 %	0 %	384440656
102	NC_016634	GGC	2	6	4066	4071	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384440656
103	NC_016634	CAG	2	6	4135	4140	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384440656
104	NC_016634	GCG	2	6	4223	4228	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384440656
105	NC_016634	AGG	2	6	4235	4240	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384440656
106	NC_016634	CCAG	2	8	4275	4282	25 %	0 %	25 %	50 %	384440656
107	NC_016634	GAG	2	6	4283	4288	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384440656
108	NC_016634	GGT	3	9	4318	4326	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384440656
109	NC_016634	GGCCAG	2	12	4354	4365	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	384440656
110	NC_016634	CGG	2	6	4410	4415	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384440656
111	NC_016634	GGC	2	6	4420	4425	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384440656
112	NC_016634	CGG	2	6	4443	4448	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384440656
113	NC_016634	CCT	2	6	4463	4468	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384440657
114	NC_016634	TCCA	2	8	4528	4535	25 %	25 %	0 %	50 %	384440657
115	NC_016634	GAG	2	6	4545	4550	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384440657
116	NC_016634	CCCTC	2	10	4667	4676	0 %	20 %	0 %	80 %	384440657
117	NC_016634	CCGT	2	8	4737	4744	0 %	25 %	25 %	50 %	384440658
118	NC_016634	TCC	2	6	4771	4776	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384440658
119	NC_016634	ACC	2	6	4808	4813	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384440658
120	NC_016634	CAGG	2	8	4819	4826	25 %	0 %	50 %	25 %	384440658
121	NC_016634	CTCCC	2	10	4890	4899	0 %	20 %	0 %	80 %	384440658
122	NC_016634	CGG	2	6	4931	4936	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384440658
123	NC_016634	C	6	6	4941	4946	0 %	0 %	0 %	100 %	384440658
124	NC_016634	AGG	2	6	4990	4995	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384440658
125	NC_016634	G	6	6	5031	5036	0 %	0 %	100 %	0 %	384440658
126	NC_016634	C	7	7	5042	5048	0 %	0 %	0 %	100 %	384440658
127	NC_016634	AGG	2	6	5128	5133	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384440658
128	NC_016634	G	6	6	5206	5211	0 %	0 %	100 %	0 %	384440659
129	NC_016634	CTC	2	6	5294	5299	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384440659
130	NC_016634	GGGCCA	2	12	5302	5313	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	384440659
131	NC_016634	CGG	3	9	5362	5370	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384440659
132	NC_016634	CCG	2	6	5380	5385	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384440659
133	NC_016634	GGC	2	6	5390	5395	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384440659
134	NC_016634	CCCGGG	2	12	5401	5412	0 %	0 %	50 %	50 %	384440659
135	NC_016634	CGG	2	6	5458	5463	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384440659
136	NC_016634	GCG	2	6	5481	5486	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384440659
137	NC_016634	GAA	2	6	5495	5500	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384440659
138	NC_016634	ACCCGC	2	12	5511	5522	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	384440659
139	NC_016634	TGC	2	6	5534	5539	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384440659
140	NC_016634	GC	3	6	5559	5564	0 %	0 %	50 %	50 %	384440659
141	NC_016634	GGC	2	6	5657	5662	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384440659
142	NC_016634	CGG	2	6	5671	5676	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384440659
143	NC_016634	GGCG	2	8	5704	5711	0 %	0 %	75 %	25 %	384440659
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147	NC_016634	GGGCCA	2	12	5818	5829	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	384440659
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152	NC_016634	GCCC	2	8	5966	5973	0 %	0 %	25 %	75 %	384440660
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251	NC_016634	GCTG	3	12	9621	9632	0 %	25 %	50 %	25 %	384440666
252	NC_016634	AAT	2	6	9666	9671	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384440666
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254	NC_016634	GAGG	2	8	9757	9764	25 %	0 %	75 %	0 %	384440666
255	NC_016634	GAATG	2	10	9856	9865	40 %	20 %	40 %	0 %	384440666
256	NC_016634	TAC	2	6	9893	9898	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384440666
257	NC_016634	AAC	2	6	9915	9920	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384440666
258	NC_016634	AAG	2	6	9922	9927	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384440666
259	NC_016634	G	6	6	9927	9932	0 %	0 %	100 %	0 %	384440666
260	NC_016634	GCT	2	6	9976	9981	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384440666
261	NC_016634	ACT	2	6	10025	10030	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384440666
262	NC_016634	AAGG	2	8	10073	10080	50 %	0 %	50 %	0 %	384440666
263	NC_016634	AG	3	6	10092	10097	50 %	0 %	50 %	0 %	384440666
264	NC_016634	CAAA	2	8	10163	10170	75 %	0 %	0 %	25 %	384440667
265	NC_016634	CAA	2	6	10172	10177	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384440667
266	NC_016634	CCCA	2	8	10214	10221	25 %	0 %	0 %	75 %	384440667
267	NC_016634	T	6	6	10260	10265	0 %	100 %	0 %	0 %	384440667
268	NC_016634	TCA	2	6	10292	10297	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384440667
269	NC_016634	A	6	6	10320	10325	100 %	0 %	0 %	0 %	384440667
270	NC_016634	GTT	3	9	10495	10503	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384440667
271	NC_016634	T	6	6	10515	10520	0 %	100 %	0 %	0 %	384440667
272	NC_016634	CTGT	2	8	10533	10540	0 %	50 %	25 %	25 %	384440667
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402	NC_016634	C	6	6	16196	16201	0 %	0 %	0 %	100 %	384440677
403	NC_016634	C	7	7	16234	16240	0 %	0 %	0 %	100 %	384440677
404	NC_016634	CGC	2	6	16245	16250	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384440677
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452	NC_016634	TCCC	2	8	17820	17827	0 %	25 %	0 %	75 %	384440679
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497	NC_016634	AG	3	6	19346	19351	50 %	0 %	50 %	0 %	384440680
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