MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Thioalkalimicrobium cyclicum ALM1 chromosome

Total Repeats: 34122

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015581	AGC	2	6	138	143	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	334143100
2	NC_015581	TGA	2	6	331	336	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	334143100
3	NC_015581	GCT	2	6	389	394	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	334143100
4	NC_015581	A	7	7	416	422	100 %	0 %	0 %	0 %	334143100
5	NC_015581	TTG	2	6	465	470	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	334143100
6	NC_015581	GGC	5	15	490	504	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	334143100
7	NC_015581	T	6	6	545	550	0 %	100 %	0 %	0 %	334143100
8	NC_015581	GGT	2	6	557	562	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	334143100
9	NC_015581	ATGC	2	8	587	594	25 %	25 %	25 %	25 %	334143100
10	NC_015581	AGA	2	6	615	620	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	334143100
11	NC_015581	ATA	2	6	690	695	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	334143100
12	NC_015581	GAA	2	6	701	706	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	334143100
13	NC_015581	ATTG	2	8	739	746	25 %	50 %	25 %	0 %	334143100
14	NC_015581	T	6	6	758	763	0 %	100 %	0 %	0 %	334143100
15	NC_015581	CAA	2	6	766	771	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	334143100
16	NC_015581	AAG	2	6	783	788	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	334143100
17	NC_015581	T	6	6	791	796	0 %	100 %	0 %	0 %	334143100
18	NC_015581	TTA	2	6	812	817	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	334143100
19	NC_015581	TTGG	2	8	900	907	0 %	50 %	50 %	0 %	334143100
20	NC_015581	GCC	2	6	928	933	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	334143100
21	NC_015581	TGA	2	6	960	965	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	334143100
22	NC_015581	A	6	6	965	970	100 %	0 %	0 %	0 %	334143100
23	NC_015581	T	6	6	1010	1015	0 %	100 %	0 %	0 %	334143100
24	NC_015581	CGTG	2	8	1039	1046	0 %	25 %	50 %	25 %	334143100
25	NC_015581	CAA	2	6	1094	1099	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	334143100
26	NC_015581	AGTTG	2	10	1108	1117	20 %	40 %	40 %	0 %	334143100
27	NC_015581	TTG	2	6	1139	1144	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	334143100
28	NC_015581	A	6	6	1155	1160	100 %	0 %	0 %	0 %	334143100
29	NC_015581	A	6	6	1182	1187	100 %	0 %	0 %	0 %	334143100
30	NC_015581	ACT	2	6	1197	1202	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	334143100
31	NC_015581	ACG	2	6	1234	1239	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	334143100
32	NC_015581	TGG	2	6	1330	1335	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	334143100
33	NC_015581	ACG	2	6	1346	1351	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	334143100
34	NC_015581	ATT	2	6	1433	1438	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	334143100
35	NC_015581	AACT	2	8	1462	1469	50 %	25 %	0 %	25 %	334143101
36	NC_015581	CACCT	2	10	1578	1587	20 %	20 %	0 %	60 %	334143101
37	NC_015581	CAG	2	6	1759	1764	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	334143101
38	NC_015581	CTC	2	6	1769	1774	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	334143101
39	NC_015581	CTTGC	2	10	1836	1845	0 %	40 %	20 %	40 %	334143101
40	NC_015581	TTTA	2	8	1918	1925	25 %	75 %	0 %	0 %	334143101
41	NC_015581	TAG	2	6	1966	1971	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	334143101
42	NC_015581	ACC	2	6	1995	2000	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	334143101
43	NC_015581	TTG	2	6	2062	2067	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	334143101
44	NC_015581	TAC	2	6	2080	2085	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	334143101
45	NC_015581	TGA	2	6	2093	2098	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	334143101
46	NC_015581	TTGA	2	8	2169	2176	25 %	50 %	25 %	0 %	334143101
47	NC_015581	TCG	2	6	2195	2200	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	334143101
48	NC_015581	AAT	2	6	2214	2219	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	334143101
49	NC_015581	GTT	2	6	2246	2251	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	334143101
50	NC_015581	AAC	2	6	2322	2327	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	334143101
51	NC_015581	AAATTG	2	12	2404	2415	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	334143101
52	NC_015581	GAT	2	6	2460	2465	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	334143101
53	NC_015581	ATA	2	6	2488	2493	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	334143101
54	NC_015581	TGT	2	6	2543	2548	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	334143101
55	NC_015581	GTT	2	6	2781	2786	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	334143102
56	NC_015581	ATG	2	6	2802	2807	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	334143102
57	NC_015581	GAA	2	6	2942	2947	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	334143102
58	NC_015581	A	6	6	3003	3008	100 %	0 %	0 %	0 %	334143103
59	NC_015581	CGT	2	6	3021	3026	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	334143103
60	NC_015581	GGC	3	9	3041	3049	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	334143103
61	NC_015581	TGT	2	6	3119	3124	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	334143103
62	NC_015581	TGG	3	9	3131	3139	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	334143103
63	NC_015581	TGG	3	9	3143	3151	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	334143103
64	NC_015581	ACC	2	6	3216	3221	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	334143103
65	NC_015581	ATGA	2	8	3270	3277	50 %	25 %	25 %	0 %	334143103
66	NC_015581	ATG	2	6	3292	3297	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	334143103
67	NC_015581	TGG	2	6	3334	3339	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	334143103
68	NC_015581	TGCCA	2	10	3533	3542	20 %	20 %	20 %	40 %	334143103
69	NC_015581	GGT	2	6	3546	3551	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	334143103
70	NC_015581	CCA	2	6	3570	3575	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	334143103
71	NC_015581	CCA	2	6	3591	3596	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	334143103
72	NC_015581	ATA	2	6	3640	3645	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	334143103
73	NC_015581	A	7	7	3676	3682	100 %	0 %	0 %	0 %	334143103
74	NC_015581	GAT	2	6	3737	3742	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	334143103
75	NC_015581	GAT	2	6	3759	3764	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	334143103
76	NC_015581	TGC	2	6	3809	3814	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	334143103
77	NC_015581	CAC	2	6	3853	3858	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	334143103
78	NC_015581	TGC	2	6	4172	4177	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	334143103
79	NC_015581	GGA	2	6	4191	4196	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	334143103
80	NC_015581	CCG	2	6	4226	4231	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	334143103
81	NC_015581	TGGT	2	8	4253	4260	0 %	50 %	50 %	0 %	334143103
82	NC_015581	GTA	2	6	4264	4269	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	334143103
83	NC_015581	TTG	2	6	4442	4447	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	334143104
84	NC_015581	TTA	2	6	4480	4485	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	334143104
85	NC_015581	TCA	2	6	4522	4527	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	334143104
86	NC_015581	TGAT	2	8	4538	4545	25 %	50 %	25 %	0 %	334143104
87	NC_015581	CAA	2	6	4612	4617	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	334143104
88	NC_015581	GTC	2	6	4673	4678	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	334143104
89	NC_015581	TTTA	2	8	4835	4842	25 %	75 %	0 %	0 %	334143104
90	NC_015581	TCAG	2	8	4848	4855	25 %	25 %	25 %	25 %	334143104
91	NC_015581	TTG	2	6	4922	4927	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	334143104
92	NC_015581	CA	3	6	5040	5045	50 %	0 %	0 %	50 %	334143104
93	NC_015581	GGT	2	6	5124	5129	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	334143104
94	NC_015581	CAG	2	6	5162	5167	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	334143104
95	NC_015581	ATC	2	6	5183	5188	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	334143104
96	NC_015581	TGAT	2	8	5231	5238	25 %	50 %	25 %	0 %	334143104
97	NC_015581	AAG	2	6	5264	5269	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	334143104
98	NC_015581	AGA	2	6	5385	5390	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	334143104
99	NC_015581	TAT	2	6	5391	5396	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	334143104
100	NC_015581	CCG	2	6	5498	5503	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	334143104
101	NC_015581	AGC	2	6	5531	5536	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	334143104
102	NC_015581	TGA	2	6	5705	5710	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	334143104
103	NC_015581	GGC	2	6	5754	5759	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	334143104
104	NC_015581	A	7	7	5775	5781	100 %	0 %	0 %	0 %	334143104
105	NC_015581	CGG	2	6	5957	5962	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	334143104
106	NC_015581	TGA	2	6	5994	5999	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	334143104
107	NC_015581	GTT	2	6	6010	6015	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	334143104
108	NC_015581	ATG	2	6	6029	6034	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	334143104
109	NC_015581	GGT	2	6	6082	6087	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	334143104
110	NC_015581	ACT	2	6	6154	6159	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	334143104
111	NC_015581	GTCG	2	8	6166	6173	0 %	25 %	50 %	25 %	334143104
112	NC_015581	GTT	2	6	6210	6215	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	334143104
113	NC_015581	AAT	2	6	6640	6645	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	334143105
114	NC_015581	GCG	2	6	6647	6652	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	334143105
115	NC_015581	A	7	7	6671	6677	100 %	0 %	0 %	0 %	334143105
116	NC_015581	CGG	2	6	6688	6693	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	334143105
117	NC_015581	TGG	2	6	6756	6761	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	334143105
118	NC_015581	AGC	2	6	6814	6819	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	334143105
119	NC_015581	GGC	2	6	6887	6892	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	334143105
120	NC_015581	TGG	2	6	6963	6968	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	334143105
121	NC_015581	TGA	2	6	6969	6974	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	334143105
122	NC_015581	GAT	2	6	6986	6991	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	334143105
123	NC_015581	GT	3	6	7074	7079	0 %	50 %	50 %	0 %	334143105
124	NC_015581	GAT	2	6	7081	7086	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	334143105
125	NC_015581	GCG	2	6	7100	7105	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	334143105
126	NC_015581	TCGC	2	8	7165	7172	0 %	25 %	25 %	50 %	334143105
127	NC_015581	ATG	2	6	7173	7178	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	334143105
128	NC_015581	GC	3	6	7184	7189	0 %	0 %	50 %	50 %	334143105
129	NC_015581	AAG	2	6	7314	7319	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	334143105
130	NC_015581	GGT	2	6	7469	7474	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	334143105
131	NC_015581	ATG	3	9	7501	7509	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	334143106
132	NC_015581	GCCG	2	8	7575	7582	0 %	0 %	50 %	50 %	334143106
133	NC_015581	ACT	2	6	7602	7607	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	334143106
134	NC_015581	TGA	2	6	7629	7634	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	334143106
135	NC_015581	TTGA	2	8	7648	7655	25 %	50 %	25 %	0 %	334143106
136	NC_015581	TGA	2	6	7722	7727	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	334143106
137	NC_015581	CCA	2	6	7741	7746	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	334143106
138	NC_015581	TTCG	2	8	7777	7784	0 %	50 %	25 %	25 %	334143107
139	NC_015581	TTTGA	2	10	7801	7810	20 %	60 %	20 %	0 %	334143107
140	NC_015581	GC	4	8	7830	7837	0 %	0 %	50 %	50 %	334143107
141	NC_015581	CGGTG	2	10	7851	7860	0 %	20 %	60 %	20 %	334143107
142	NC_015581	TGA	2	6	7899	7904	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	334143107
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144	NC_015581	ATT	2	6	8008	8013	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	334143107
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146	NC_015581	TAT	2	6	8106	8111	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	334143107
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148	NC_015581	GAA	2	6	8142	8147	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	334143107
149	NC_015581	GTTAA	2	10	8217	8226	40 %	40 %	20 %	0 %	334143107
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154	NC_015581	CCGG	2	8	8625	8632	0 %	0 %	50 %	50 %	334143108
155	NC_015581	GGT	2	6	8642	8647	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	334143108
156	NC_015581	AAG	2	6	8653	8658	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	334143108
157	NC_015581	CTG	2	6	8659	8664	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	334143108
158	NC_015581	TAA	2	6	8668	8673	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	334143108
159	NC_015581	TGA	2	6	8678	8683	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	334143108
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161	NC_015581	CAG	2	6	8764	8769	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	334143108
162	NC_015581	CGC	2	6	8803	8808	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	334143108
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166	NC_015581	CTA	2	6	8967	8972	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	334143108
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169	NC_015581	AAG	2	6	9103	9108	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	334143108
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171	NC_015581	ACA	3	9	9296	9304	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	334143108
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175	NC_015581	GATTG	2	10	9513	9522	20 %	40 %	40 %	0 %	334143108
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238	NC_015581	TAACC	2	10	14055	14064	40 %	20 %	0 %	40 %	334143115
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247	NC_015581	GAT	2	6	15245	15250	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	334143116
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249	NC_015581	T	6	6	15317	15322	0 %	100 %	0 %	0 %	334143116
250	NC_015581	CAA	2	6	15325	15330	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	334143116
251	NC_015581	TG	3	6	15384	15389	0 %	50 %	50 %	0 %	334143116
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262	NC_015581	CAC	2	6	15750	15755	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	334143116
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386	NC_015581	GAC	2	6	22703	22708	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	334143121
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