MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of thiomonas intermedia K12 plasmid pTINT02

Total Repeats: 334

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014155	TGC	3	9	783	791	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	296137656
2	NC_014155	GCA	2	6	803	808	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	296137656
3	NC_014155	TAC	2	6	931	936	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	296137656
4	NC_014155	TCA	2	6	997	1002	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	296137656
5	NC_014155	GAG	2	6	1123	1128	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	296137656
6	NC_014155	ACG	2	6	1133	1138	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	296137656
7	NC_014155	ATC	2	6	1186	1191	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	296137656
8	NC_014155	GCA	2	6	1230	1235	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	296137656
9	NC_014155	CGTG	2	8	1257	1264	0 %	25 %	50 %	25 %	296137656
10	NC_014155	GAG	2	6	1294	1299	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	296137656
11	NC_014155	CCG	2	6	1312	1317	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	296137656
12	NC_014155	CCA	3	9	1379	1387	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	296137656
13	NC_014155	CGA	2	6	1407	1412	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	296137656
14	NC_014155	CAGT	2	8	1462	1469	25 %	25 %	25 %	25 %	296137656
15	NC_014155	A	6	6	1487	1492	100 %	0 %	0 %	0 %	296137656
16	NC_014155	GCG	2	6	1794	1799	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	296137658
17	NC_014155	CG	3	6	1827	1832	0 %	0 %	50 %	50 %	296137658
18	NC_014155	CGG	2	6	1891	1896	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	296137658
19	NC_014155	CGCC	2	8	1911	1918	0 %	0 %	25 %	75 %	296137658
20	NC_014155	AGC	2	6	1931	1936	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	296137658
21	NC_014155	GTG	3	9	2034	2042	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	296137658
22	NC_014155	CGGT	2	8	2202	2209	0 %	25 %	50 %	25 %	296137658
23	NC_014155	CCG	2	6	2293	2298	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	296137658
24	NC_014155	CCG	2	6	2492	2497	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	296137659
25	NC_014155	GCC	2	6	2511	2516	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	296137659
26	NC_014155	GA	3	6	2566	2571	50 %	0 %	50 %	0 %	296137659
27	NC_014155	TTTGC	2	10	2599	2608	0 %	60 %	20 %	20 %	296137659
28	NC_014155	CGC	2	6	2633	2638	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	296137659
29	NC_014155	GATG	2	8	2702	2709	25 %	25 %	50 %	0 %	296137659
30	NC_014155	ATT	2	6	2715	2720	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	296137659
31	NC_014155	GTA	2	6	2745	2750	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	296137659
32	NC_014155	TCAGGC	2	12	2780	2791	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	296137659
33	NC_014155	AATCGC	2	12	2835	2846	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	296137659
34	NC_014155	GAT	2	6	2859	2864	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	296137659
35	NC_014155	ATC	2	6	2875	2880	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	296137659
36	NC_014155	CACC	2	8	3107	3114	25 %	0 %	0 %	75 %	296137660
37	NC_014155	TAC	2	6	3168	3173	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	296137660
38	NC_014155	GCG	2	6	3212	3217	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	296137660
39	NC_014155	TGG	2	6	3225	3230	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	296137660
40	NC_014155	ATT	2	6	3289	3294	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	296137660
41	NC_014155	TGC	2	6	3310	3315	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	296137660
42	NC_014155	GC	3	6	3359	3364	0 %	0 %	50 %	50 %	296137660
43	NC_014155	GCC	2	6	3398	3403	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	296137660
44	NC_014155	AAT	2	6	3412	3417	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	296137660
45	NC_014155	ACG	2	6	3422	3427	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	296137660
46	NC_014155	ATC	2	6	3428	3433	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	296137660
47	NC_014155	TTG	2	6	3454	3459	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	296137660
48	NC_014155	CAA	2	6	3964	3969	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	296137661
49	NC_014155	CCTA	2	8	3981	3988	25 %	25 %	0 %	50 %	296137661
50	NC_014155	CCT	2	6	4074	4079	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	296137661
51	NC_014155	GCTG	2	8	4103	4110	0 %	25 %	50 %	25 %	296137661
52	NC_014155	CAT	2	6	4111	4116	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	296137661
53	NC_014155	CGGCC	2	10	4122	4131	0 %	0 %	40 %	60 %	296137661
54	NC_014155	GC	3	6	4182	4187	0 %	0 %	50 %	50 %	296137661
55	NC_014155	GCC	2	6	4195	4200	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	296137661
56	NC_014155	CCGAGG	2	12	4243	4254	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	296137662
57	NC_014155	CGC	2	6	4283	4288	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	296137662
58	NC_014155	GC	3	6	4311	4316	0 %	0 %	50 %	50 %	296137662
59	NC_014155	CTCG	2	8	4676	4683	0 %	25 %	25 %	50 %	296137663
60	NC_014155	CGA	2	6	4739	4744	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	296137663
61	NC_014155	TTCCTG	2	12	4788	4799	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	296137663
62	NC_014155	TCA	2	6	4816	4821	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	296137663
63	NC_014155	CGA	2	6	4835	4840	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	296137663
64	NC_014155	TC	3	6	4847	4852	0 %	50 %	0 %	50 %	296137663
65	NC_014155	TCA	2	6	4891	4896	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	296137663
66	NC_014155	TC	3	6	4904	4909	0 %	50 %	0 %	50 %	296137663
67	NC_014155	CGC	2	6	4958	4963	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	296137663
68	NC_014155	TGT	2	6	4966	4971	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	296137663
69	NC_014155	CCA	2	6	5101	5106	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	296137663
70	NC_014155	CTT	2	6	5109	5114	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	296137663
71	NC_014155	GAA	2	6	5166	5171	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	296137663
72	NC_014155	CAC	2	6	5260	5265	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	296137663
73	NC_014155	TC	3	6	5327	5332	0 %	50 %	0 %	50 %	296137664
74	NC_014155	GC	3	6	5421	5426	0 %	0 %	50 %	50 %	296137664
75	NC_014155	ACC	3	9	5519	5527	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	296137664
76	NC_014155	GCA	2	6	5539	5544	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	296137664
77	NC_014155	GTC	2	6	5558	5563	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	296137664
78	NC_014155	GTA	2	6	5582	5587	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	296137664
79	NC_014155	AAGG	2	8	5617	5624	50 %	0 %	50 %	0 %	296137664
80	NC_014155	ACTT	2	8	5636	5643	25 %	50 %	0 %	25 %	296137664
81	NC_014155	AGGC	2	8	5647	5654	25 %	0 %	50 %	25 %	296137664
82	NC_014155	TGC	2	6	5678	5683	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	296137664
83	NC_014155	GT	3	6	5757	5762	0 %	50 %	50 %	0 %	296137664
84	NC_014155	CTG	2	6	5809	5814	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	296137664
85	NC_014155	AGCG	2	8	5821	5828	25 %	0 %	50 %	25 %	296137664
86	NC_014155	CCA	2	6	5896	5901	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	296137664
87	NC_014155	TGTT	2	8	5950	5957	0 %	75 %	25 %	0 %	296137664
88	NC_014155	ATA	2	6	6033	6038	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	296137664
89	NC_014155	AGCC	2	8	6086	6093	25 %	0 %	25 %	50 %	296137664
90	NC_014155	CTT	2	6	6094	6099	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	296137664
91	NC_014155	CCA	2	6	6144	6149	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	296137664
92	NC_014155	GTC	2	6	6199	6204	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	296137664
93	NC_014155	GCC	2	6	6227	6232	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	296137664
94	NC_014155	AGCGT	2	10	6247	6256	20 %	20 %	40 %	20 %	296137664
95	NC_014155	CTCA	2	8	6508	6515	25 %	25 %	0 %	50 %	296137665
96	NC_014155	GT	3	6	6518	6523	0 %	50 %	50 %	0 %	296137665
97	NC_014155	GCGTC	2	10	6532	6541	0 %	20 %	40 %	40 %	296137665
98	NC_014155	G	6	6	6567	6572	0 %	0 %	100 %	0 %	296137665
99	NC_014155	GTG	2	6	6623	6628	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	296137665
100	NC_014155	CTT	2	6	6643	6648	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	296137665
101	NC_014155	CCA	2	6	6653	6658	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	296137665
102	NC_014155	TCC	2	6	6683	6688	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	296137665
103	NC_014155	CAG	2	6	6715	6720	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	296137665
104	NC_014155	GCG	2	6	6760	6765	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	296137665
105	NC_014155	GTCG	2	8	6777	6784	0 %	25 %	50 %	25 %	296137665
106	NC_014155	CAG	2	6	6880	6885	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	296137665
107	NC_014155	GGC	2	6	6900	6905	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	296137665
108	NC_014155	GCGG	2	8	6994	7001	0 %	0 %	75 %	25 %	296137665
109	NC_014155	CCGG	2	8	7054	7061	0 %	0 %	50 %	50 %	296137665
110	NC_014155	GC	4	8	7082	7089	0 %	0 %	50 %	50 %	296137665
111	NC_014155	GCC	2	6	7093	7098	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	296137665
112	NC_014155	GT	3	6	7248	7253	0 %	50 %	50 %	0 %	296137665
113	NC_014155	CAC	2	6	7258	7263	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	296137665
114	NC_014155	CGG	2	6	7295	7300	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	296137665
115	NC_014155	GCC	2	6	7351	7356	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	296137665
116	NC_014155	TGA	2	6	7359	7364	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	296137665
117	NC_014155	TGT	2	6	7365	7370	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	296137665
118	NC_014155	TCA	2	6	7376	7381	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	296137665
119	NC_014155	GATGG	2	10	7408	7417	20 %	20 %	60 %	0 %	296137665
120	NC_014155	CAC	2	6	7474	7479	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	296137665
121	NC_014155	CAT	2	6	7563	7568	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	296137665
122	NC_014155	CAGA	2	8	7578	7585	50 %	0 %	25 %	25 %	296137665
123	NC_014155	CTT	2	6	7725	7730	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	296137665
124	NC_014155	CTT	2	6	7818	7823	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	296137665
125	NC_014155	GTC	2	6	7837	7842	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	296137665
126	NC_014155	CAC	2	6	7987	7992	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	296137665
127	NC_014155	G	6	6	8067	8072	0 %	0 %	100 %	0 %	296137665
128	NC_014155	TGA	2	6	8107	8112	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	296137665
129	NC_014155	ATCA	2	8	8215	8222	50 %	25 %	0 %	25 %	296137665
130	NC_014155	TTG	2	6	8234	8239	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	296137665
131	NC_014155	ATCA	2	8	8359	8366	50 %	25 %	0 %	25 %	296137665
132	NC_014155	TGA	2	6	8388	8393	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	296137665
133	NC_014155	CTT	2	6	8449	8454	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	296137665
134	NC_014155	TAA	2	6	8456	8461	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	296137665
135	NC_014155	GCA	2	6	8526	8531	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	296137665
136	NC_014155	TCCA	2	8	8734	8741	25 %	25 %	0 %	50 %	296137666
137	NC_014155	ATGC	2	8	8786	8793	25 %	25 %	25 %	25 %	296137666
138	NC_014155	TCG	2	6	8875	8880	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	296137666
139	NC_014155	TCGC	2	8	8901	8908	0 %	25 %	25 %	50 %	296137666
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141	NC_014155	GC	3	6	9600	9605	0 %	0 %	50 %	50 %	296137667
142	NC_014155	CGGC	2	8	9615	9622	0 %	0 %	50 %	50 %	296137667
143	NC_014155	GCG	2	6	9632	9637	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	296137667
144	NC_014155	TCG	2	6	9645	9650	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	296137667
145	NC_014155	CG	3	6	9655	9660	0 %	0 %	50 %	50 %	296137667
146	NC_014155	GAAC	2	8	9676	9683	50 %	0 %	25 %	25 %	296137667
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153	NC_014155	GAC	2	6	10170	10175	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	296137668
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157	NC_014155	GC	3	6	10397	10402	0 %	0 %	50 %	50 %	296137668
158	NC_014155	GCT	2	6	10434	10439	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	296137668
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161	NC_014155	ACC	2	6	10569	10574	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	296137668
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259	NC_014155	GCG	2	6	14886	14891	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	296137672
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261	NC_014155	GCC	2	6	14970	14975	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	296137672
262	NC_014155	CTC	2	6	14978	14983	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	296137672
263	NC_014155	GCA	2	6	15010	15015	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	296137672
264	NC_014155	TGGC	2	8	15034	15041	0 %	25 %	50 %	25 %	296137673
265	NC_014155	GC	3	6	15043	15048	0 %	0 %	50 %	50 %	296137673
266	NC_014155	TGA	2	6	15068	15073	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	296137673
267	NC_014155	TG	3	6	15176	15181	0 %	50 %	50 %	0 %	296137673
268	NC_014155	ATG	2	6	15345	15350	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	296137674
269	NC_014155	T	6	6	15364	15369	0 %	100 %	0 %	0 %	296137674
270	NC_014155	GC	3	6	15381	15386	0 %	0 %	50 %	50 %	296137674
271	NC_014155	TTC	2	6	15440	15445	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	296137674
272	NC_014155	TTC	2	6	15526	15531	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	296137675
273	NC_014155	CCT	2	6	15681	15686	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	296137675
274	NC_014155	CGC	2	6	15702	15707	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	296137675
275	NC_014155	TCCG	2	8	15738	15745	0 %	25 %	25 %	50 %	296137675
276	NC_014155	TTG	2	6	15760	15765	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	296137675
277	NC_014155	CAC	2	6	15847	15852	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	296137675
278	NC_014155	GCC	2	6	15854	15859	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	296137675
279	NC_014155	TCT	2	6	15864	15869	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	296137675
280	NC_014155	ACC	2	6	15893	15898	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	296137675
281	NC_014155	CGA	2	6	15951	15956	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	296137675
282	NC_014155	G	6	6	15958	15963	0 %	0 %	100 %	0 %	296137675
283	NC_014155	TGCGC	2	10	15985	15994	0 %	20 %	40 %	40 %	296137675
284	NC_014155	CTG	2	6	16001	16006	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	296137675
285	NC_014155	AAG	2	6	16031	16036	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	296137675
286	NC_014155	CGC	2	6	16040	16045	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	296137675
287	NC_014155	GGTT	2	8	16071	16078	0 %	50 %	50 %	0 %	296137675
288	NC_014155	GCC	2	6	16099	16104	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	296137675
289	NC_014155	GAT	2	6	16123	16128	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	296137675
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292	NC_014155	CGG	2	6	16253	16258	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	296137676
293	NC_014155	CGG	3	9	16267	16275	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	296137676
294	NC_014155	TGA	2	6	16283	16288	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	296137676
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296	NC_014155	GAAC	2	8	16332	16339	50 %	0 %	25 %	25 %	296137676
297	NC_014155	GCAA	2	8	16369	16376	50 %	0 %	25 %	25 %	296137676
298	NC_014155	TCT	2	6	16400	16405	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	296137676
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301	NC_014155	TCG	2	6	16501	16506	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	296137676
302	NC_014155	GGC	2	6	16551	16556	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	296137676
303	NC_014155	TCTT	2	8	16599	16606	0 %	75 %	0 %	25 %	296137676
304	NC_014155	TGA	2	6	16612	16617	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	296137676
305	NC_014155	CGCCC	2	10	16667	16676	0 %	0 %	20 %	80 %	296137676
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331	NC_014155	CGA	2	6	18830	18835	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	296137678
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333	NC_014155	GC	3	6	18882	18887	0 %	0 %	50 %	50 %	296137678
334	NC_014155	GC	3	6	18899	18904	0 %	0 %	50 %	50 %	296137678

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.