MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Thermofilum pendens Hrk 5 chromosome

Total Repeats: 33781

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008698	GAG	2	6	35	40	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	119718919
2	NC_008698	CGG	2	6	61	66	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	119718919
3	NC_008698	GGC	2	6	130	135	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	119718919
4	NC_008698	CGA	2	6	152	157	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	119718919
5	NC_008698	TCG	2	6	196	201	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	119718919
6	NC_008698	CGT	2	6	257	262	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	119718919
7	NC_008698	GAA	2	6	266	271	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	119718919
8	NC_008698	C	6	6	290	295	0 %	0 %	0 %	100 %	119718919
9	NC_008698	CCA	2	6	358	363	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	119718919
10	NC_008698	AGT	2	6	404	409	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	119718919
11	NC_008698	CGG	2	6	488	493	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	119718919
12	NC_008698	TAC	2	6	528	533	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	119718919
13	NC_008698	TCC	2	6	567	572	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	119718919
14	NC_008698	G	6	6	602	607	0 %	0 %	100 %	0 %	119718919
15	NC_008698	CGA	2	6	631	636	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	119718919
16	NC_008698	G	6	6	648	653	0 %	0 %	100 %	0 %	119718919
17	NC_008698	TAG	2	6	658	663	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	119718919
18	NC_008698	ACG	2	6	771	776	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	119718919
19	NC_008698	TA	3	6	888	893	50 %	50 %	0 %	0 %	119718920
20	NC_008698	TCC	2	6	1040	1045	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	119718920
21	NC_008698	GCC	2	6	1076	1081	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	119718920
22	NC_008698	CCT	2	6	1114	1119	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	119718920
23	NC_008698	ATC	2	6	1161	1166	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	119718920
24	NC_008698	CGT	2	6	1276	1281	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	119718920
25	NC_008698	CCT	3	9	1324	1332	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	119718920
26	NC_008698	GGT	2	6	1363	1368	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	119718920
27	NC_008698	GTC	2	6	1427	1432	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	119718920
28	NC_008698	TCC	2	6	1530	1535	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	119718920
29	NC_008698	GAC	2	6	1577	1582	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	119718920
30	NC_008698	CTC	2	6	1592	1597	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	119718920
31	NC_008698	CTT	2	6	1649	1654	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	119718920
32	NC_008698	GAC	2	6	1664	1669	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	119718920
33	NC_008698	GTG	2	6	1710	1715	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	119718920
34	NC_008698	TGA	2	6	1720	1725	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	119718920
35	NC_008698	CTCG	2	8	1799	1806	0 %	25 %	25 %	50 %	119718920
36	NC_008698	AGT	2	6	1870	1875	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	119718920
37	NC_008698	CTC	2	6	1901	1906	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	119718920
38	NC_008698	CTG	2	6	2145	2150	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	119718921
39	NC_008698	AGT	2	6	2159	2164	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	119718921
40	NC_008698	TGT	2	6	2168	2173	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	119718921
41	NC_008698	GACAG	2	10	2343	2352	40 %	0 %	40 %	20 %	119718921
42	NC_008698	TCG	2	6	2356	2361	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	119718921
43	NC_008698	AAC	2	6	2430	2435	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	119718921
44	NC_008698	CGT	2	6	2441	2446	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	119718921
45	NC_008698	GC	3	6	2459	2464	0 %	0 %	50 %	50 %	119718921
46	NC_008698	GCG	2	6	2593	2598	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	119718921
47	NC_008698	GC	3	6	2619	2624	0 %	0 %	50 %	50 %	119718921
48	NC_008698	GGTG	2	8	2689	2696	0 %	25 %	75 %	0 %	119718921
49	NC_008698	GC	3	6	2707	2712	0 %	0 %	50 %	50 %	119718921
50	NC_008698	GACC	2	8	2777	2784	25 %	0 %	25 %	50 %	119718921
51	NC_008698	ACG	2	6	2854	2859	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	119718921
52	NC_008698	TTC	2	6	2889	2894	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	119718921
53	NC_008698	AAG	2	6	2904	2909	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	119718921
54	NC_008698	TTC	2	6	3003	3008	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	119718921
55	NC_008698	TAG	2	6	3056	3061	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	119718922
56	NC_008698	TAC	2	6	3100	3105	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	119718922
57	NC_008698	TCGT	2	8	3229	3236	0 %	50 %	25 %	25 %	119718922
58	NC_008698	TAA	2	6	3293	3298	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	119718922
59	NC_008698	CGTGGG	2	12	3381	3392	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	119718922
60	NC_008698	CTA	2	6	3459	3464	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	119718922
61	NC_008698	ACT	2	6	3549	3554	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	119718922
62	NC_008698	TCC	2	6	3572	3577	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	119718922
63	NC_008698	AG	3	6	3628	3633	50 %	0 %	50 %	0 %	119718922
64	NC_008698	AGG	2	6	3637	3642	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	119718922
65	NC_008698	GAA	2	6	3675	3680	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	119718922
66	NC_008698	ATA	2	6	3802	3807	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	119718922
67	NC_008698	GCG	3	9	3808	3816	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	119718922
68	NC_008698	GGC	2	6	3847	3852	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	119718922
69	NC_008698	AGT	3	9	3918	3926	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	119718922
70	NC_008698	GAT	2	6	3939	3944	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	119718922
71	NC_008698	TACCCC	2	12	3958	3969	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	119718922
72	NC_008698	CCT	2	6	3993	3998	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	119718922
73	NC_008698	ATG	2	6	4027	4032	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	119718922
74	NC_008698	CAC	2	6	4035	4040	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	119718922
75	NC_008698	GGT	2	6	4077	4082	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	119718922
76	NC_008698	AAC	2	6	4129	4134	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	119718922
77	NC_008698	TCT	2	6	4167	4172	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	119718922
78	NC_008698	GCG	2	6	4187	4192	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	119718922
79	NC_008698	CGA	2	6	4232	4237	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	119718922
80	NC_008698	CTT	2	6	4323	4328	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	119718923
81	NC_008698	CCT	2	6	4460	4465	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	119718923
82	NC_008698	TCG	2	6	4514	4519	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	119718923
83	NC_008698	CAG	2	6	4530	4535	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	119718923
84	NC_008698	TCG	2	6	4834	4839	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	119718923
85	NC_008698	GA	3	6	4850	4855	50 %	0 %	50 %	0 %	119718923
86	NC_008698	CTAG	2	8	4897	4904	25 %	25 %	25 %	25 %	119718923
87	NC_008698	GTC	2	6	4918	4923	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	119718923
88	NC_008698	CGA	2	6	4940	4945	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	119718923
89	NC_008698	GAG	2	6	4968	4973	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	119718923
90	NC_008698	CTC	2	6	5039	5044	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	119718923
91	NC_008698	ATC	2	6	5119	5124	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	119718923
92	NC_008698	CCT	2	6	5269	5274	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	119718924
93	NC_008698	AGG	2	6	5289	5294	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	119718924
94	NC_008698	CTT	2	6	5384	5389	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	119718924
95	NC_008698	TCG	2	6	5451	5456	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	119718924
96	NC_008698	CGC	2	6	5515	5520	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	119718924
97	NC_008698	TCCC	2	8	5538	5545	0 %	25 %	0 %	75 %	119718924
98	NC_008698	CG	3	6	5605	5610	0 %	0 %	50 %	50 %	119718924
99	NC_008698	CTC	2	6	5642	5647	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	119718924
100	NC_008698	CAC	2	6	5699	5704	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	119718924
101	NC_008698	AAC	2	6	5732	5737	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	119718924
102	NC_008698	GAG	2	6	5780	5785	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	119718924
103	NC_008698	GTT	2	6	5820	5825	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	119718924
104	NC_008698	CTC	2	6	5863	5868	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	119718924
105	NC_008698	AGTCC	2	10	5897	5906	20 %	20 %	20 %	40 %	119718924
106	NC_008698	TAT	2	6	5962	5967	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	119718925
107	NC_008698	AAG	2	6	5989	5994	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	119718925
108	NC_008698	AGG	2	6	6032	6037	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	119718925
109	NC_008698	TCC	2	6	6042	6047	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	119718925
110	NC_008698	TGG	2	6	6234	6239	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	119718925
111	NC_008698	T	6	6	6294	6299	0 %	100 %	0 %	0 %	119718925
112	NC_008698	GAA	2	6	6337	6342	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	119718925
113	NC_008698	GAA	2	6	6376	6381	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	119718925
114	NC_008698	CGCT	2	8	6387	6394	0 %	25 %	25 %	50 %	119718925
115	NC_008698	CGT	2	6	6481	6486	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	119718925
116	NC_008698	GCC	2	6	6524	6529	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	119718925
117	NC_008698	GGC	2	6	6622	6627	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	119718925
118	NC_008698	TGT	2	6	6869	6874	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	119718926
119	NC_008698	ACG	2	6	6928	6933	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	119718926
120	NC_008698	CCA	2	6	6951	6956	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	119718926
121	NC_008698	GCT	2	6	7156	7161	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	119718926
122	NC_008698	GAA	2	6	7182	7187	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	119718926
123	NC_008698	CGG	2	6	7286	7291	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	119718926
124	NC_008698	TCG	2	6	7810	7815	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	119718927
125	NC_008698	GCTG	2	8	7853	7860	0 %	25 %	50 %	25 %	119718927
126	NC_008698	CGC	2	6	7976	7981	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	119718927
127	NC_008698	CAGC	2	8	8016	8023	25 %	0 %	25 %	50 %	119718927
128	NC_008698	TGT	2	6	8195	8200	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	119718927
129	NC_008698	GCG	2	6	8345	8350	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	119718927
130	NC_008698	CCAC	2	8	8453	8460	25 %	0 %	0 %	75 %	119718927
131	NC_008698	CT	3	6	8463	8468	0 %	50 %	0 %	50 %	119718927
132	NC_008698	CTC	2	6	8632	8637	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	119718927
133	NC_008698	GCG	2	6	8704	8709	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	119718927
134	NC_008698	CGCTC	2	10	8756	8765	0 %	20 %	20 %	60 %	119718927
135	NC_008698	CTC	2	6	8901	8906	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	119718927
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137	NC_008698	CCT	2	6	9048	9053	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	119718927
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260	NC_008698	TTCC	2	8	15949	15956	0 %	50 %	0 %	50 %	119718937
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262	NC_008698	CTC	2	6	16010	16015	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	119718937
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