MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Thermococcus kodakarensis KOD1 chromosome

Total Repeats: 37442

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_006624	AAG	2	6	58	63	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	57639936
2	NC_006624	CCT	2	6	120	125	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	57639936
3	NC_006624	AAG	2	6	154	159	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	57639936
4	NC_006624	CCG	2	6	164	169	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	57639936
5	NC_006624	AGA	2	6	215	220	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	57639936
6	NC_006624	CAG	2	6	311	316	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	57639936
7	NC_006624	CGA	2	6	393	398	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	57639936
8	NC_006624	CT	3	6	431	436	0 %	50 %	0 %	50 %	57639936
9	NC_006624	GAG	2	6	448	453	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	57639936
10	NC_006624	CGA	2	6	489	494	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	57639936
11	NC_006624	GAA	2	6	519	524	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	57639936
12	NC_006624	CGT	2	6	546	551	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	57639936
13	NC_006624	GAT	2	6	567	572	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	57639936
14	NC_006624	TCC	2	6	581	586	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	57639936
15	NC_006624	ACTTCG	2	12	638	649	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	57639936
16	NC_006624	GACG	2	8	794	801	25 %	0 %	50 %	25 %	57639936
17	NC_006624	GA	3	6	916	921	50 %	0 %	50 %	0 %	57639936
18	NC_006624	TTCC	2	8	976	983	0 %	50 %	0 %	50 %	57639936
19	NC_006624	TCC	2	6	1067	1072	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	57639936
20	NC_006624	AGA	2	6	1135	1140	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	57639936
21	NC_006624	AGG	2	6	1155	1160	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	57639936
22	NC_006624	GA	3	6	1177	1182	50 %	0 %	50 %	0 %	57639936
23	NC_006624	GTC	2	6	1243	1248	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	57639936
24	NC_006624	AAGGGG	2	12	1249	1260	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	57639936
25	NC_006624	AG	3	6	1319	1324	50 %	0 %	50 %	0 %	57639936
26	NC_006624	GTT	2	6	1408	1413	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	57639936
27	NC_006624	GAAC	2	8	1419	1426	50 %	0 %	25 %	25 %	57639936
28	NC_006624	A	6	6	1471	1476	100 %	0 %	0 %	0 %	57639936
29	NC_006624	ATA	2	6	1489	1494	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	57639936
30	NC_006624	AGA	3	9	1545	1553	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	57639936
31	NC_006624	A	6	6	1639	1644	100 %	0 %	0 %	0 %	57639936
32	NC_006624	GGA	2	6	1646	1651	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	57639936
33	NC_006624	GAG	3	9	1693	1701	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	57639936
34	NC_006624	GTTT	2	8	1733	1740	0 %	75 %	25 %	0 %	57639936
35	NC_006624	GAA	2	6	1764	1769	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	57639936
36	NC_006624	GAA	3	9	1800	1808	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	57639936
37	NC_006624	ACA	2	6	1838	1843	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	57639936
38	NC_006624	TTC	2	6	1879	1884	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	57639936
39	NC_006624	AGG	2	6	1912	1917	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	57639936
40	NC_006624	TTG	2	6	1922	1927	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	57639936
41	NC_006624	TCA	2	6	1998	2003	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	57639936
42	NC_006624	GTATCA	2	12	2013	2024	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	57639936
43	NC_006624	TA	3	6	2050	2055	50 %	50 %	0 %	0 %	57639936
44	NC_006624	TCA	2	6	2108	2113	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	57639936
45	NC_006624	GAAA	2	8	2116	2123	75 %	0 %	25 %	0 %	57639936
46	NC_006624	TAA	2	6	2136	2141	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	57639936
47	NC_006624	AAC	2	6	2164	2169	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	57639936
48	NC_006624	CTA	2	6	2265	2270	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	57639936
49	NC_006624	ATC	3	9	2314	2322	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	57639936
50	NC_006624	CCT	2	6	2445	2450	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	57639936
51	NC_006624	AGAGG	2	10	2451	2460	40 %	0 %	60 %	0 %	57639936
52	NC_006624	AGA	2	6	2462	2467	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	57639936
53	NC_006624	AGA	3	9	2471	2479	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	57639936
54	NC_006624	CTC	2	6	2512	2517	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	57639936
55	NC_006624	GAT	2	6	2634	2639	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	57639936
56	NC_006624	GGA	2	6	2640	2645	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	57639936
57	NC_006624	AG	4	8	2663	2670	50 %	0 %	50 %	0 %	57639936
58	NC_006624	AAG	2	6	2731	2736	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	57639936
59	NC_006624	AG	3	6	2747	2752	50 %	0 %	50 %	0 %	57639936
60	NC_006624	ATT	2	6	2774	2779	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	57639936
61	NC_006624	GAG	2	6	2814	2819	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	57639936
62	NC_006624	GA	3	6	2941	2946	50 %	0 %	50 %	0 %	57639936
63	NC_006624	AGA	3	9	2988	2996	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	57639936
64	NC_006624	AAG	2	6	3034	3039	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	57639936
65	NC_006624	CTT	2	6	3042	3047	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	57639936
66	NC_006624	AAG	2	6	3154	3159	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	57639936
67	NC_006624	CAA	2	6	3246	3251	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	57639936
68	NC_006624	AATTC	2	10	3269	3278	40 %	40 %	0 %	20 %	57639936
69	NC_006624	CTC	2	6	3394	3399	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	57639936
70	NC_006624	CTA	2	6	3402	3407	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	57639936
71	NC_006624	GA	3	6	3508	3513	50 %	0 %	50 %	0 %	57639936
72	NC_006624	CAG	2	6	3519	3524	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	57639936
73	NC_006624	GAA	2	6	3570	3575	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	57639936
74	NC_006624	CCTT	2	8	3674	3681	0 %	50 %	0 %	50 %	57639936
75	NC_006624	TCC	2	6	3770	3775	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	57639936
76	NC_006624	CTG	2	6	3797	3802	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	57639936
77	NC_006624	GCG	2	6	3821	3826	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	57639936
78	NC_006624	TA	3	6	3838	3843	50 %	50 %	0 %	0 %	57639936
79	NC_006624	GAG	2	6	3847	3852	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	57639936
80	NC_006624	CTA	2	6	3888	3893	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	57639936
81	NC_006624	CTA	2	6	4167	4172	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	57639936
82	NC_006624	TAC	2	6	4177	4182	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	57639936
83	NC_006624	GC	3	6	4195	4200	0 %	0 %	50 %	50 %	57639936
84	NC_006624	AG	3	6	4221	4226	50 %	0 %	50 %	0 %	57639936
85	NC_006624	T	6	6	4321	4326	0 %	100 %	0 %	0 %	57639936
86	NC_006624	AAG	2	6	4363	4368	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	57639936
87	NC_006624	GC	3	6	4409	4414	0 %	0 %	50 %	50 %	57639936
88	NC_006624	CTT	2	6	4449	4454	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	57639936
89	NC_006624	GAA	3	9	4461	4469	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	57639936
90	NC_006624	AAC	2	6	4500	4505	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	57639936
91	NC_006624	AAG	2	6	4622	4627	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	57639936
92	NC_006624	CCG	2	6	4657	4662	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	57639936
93	NC_006624	CGTTGC	2	12	4728	4739	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	57639936
94	NC_006624	GAG	2	6	4757	4762	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	57639936
95	NC_006624	GGA	2	6	4814	4819	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	57639936
96	NC_006624	CGA	2	6	4842	4847	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	57639936
97	NC_006624	CGA	2	6	4856	4861	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	57639936
98	NC_006624	ACG	2	6	4871	4876	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	57639936
99	NC_006624	TAC	2	6	4882	4887	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	57639936
100	NC_006624	GA	3	6	4915	4920	50 %	0 %	50 %	0 %	57639936
101	NC_006624	AGA	2	6	4964	4969	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	57639936
102	NC_006624	GGTT	2	8	4977	4984	0 %	50 %	50 %	0 %	57639936
103	NC_006624	CGG	2	6	5101	5106	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	57639937
104	NC_006624	GTC	2	6	5155	5160	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	57639937
105	NC_006624	CGC	2	6	5205	5210	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	57639937
106	NC_006624	CTGG	2	8	5211	5218	0 %	25 %	50 %	25 %	57639937
107	NC_006624	AGG	2	6	5308	5313	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	57639937
108	NC_006624	GTT	2	6	5341	5346	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	57639937
109	NC_006624	C	6	6	5349	5354	0 %	0 %	0 %	100 %	57639937
110	NC_006624	GAA	2	6	5374	5379	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	57639937
111	NC_006624	CCGG	2	8	5394	5401	0 %	0 %	50 %	50 %	57639937
112	NC_006624	CCG	2	6	5542	5547	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	57639937
113	NC_006624	GTC	2	6	5566	5571	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	57639937
114	NC_006624	GAA	2	6	5670	5675	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	57639937
115	NC_006624	GTG	2	6	5676	5681	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	57639937
116	NC_006624	AGGGA	2	10	5720	5729	40 %	0 %	60 %	0 %	57639937
117	NC_006624	CTC	2	6	5754	5759	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	57639938
118	NC_006624	CTT	2	6	5760	5765	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	57639938
119	NC_006624	TGCTCC	2	12	5860	5871	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	57639938
120	NC_006624	GGT	2	6	5963	5968	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	57639938
121	NC_006624	CCT	2	6	6089	6094	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	57639938
122	NC_006624	ACT	2	6	6095	6100	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	57639938
123	NC_006624	TGG	2	6	6147	6152	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	57639939
124	NC_006624	AGTGT	2	10	6211	6220	20 %	40 %	40 %	0 %	57639939
125	NC_006624	TCG	2	6	6272	6277	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	57639939
126	NC_006624	GAG	2	6	6298	6303	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	57639939
127	NC_006624	TC	3	6	6328	6333	0 %	50 %	0 %	50 %	57639939
128	NC_006624	GAA	3	9	6387	6395	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	57639939
129	NC_006624	GAG	2	6	6400	6405	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	57639939
130	NC_006624	TCCTAT	2	12	6439	6450	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	57639939
131	NC_006624	GAG	2	6	6481	6486	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	57639939
132	NC_006624	CCA	2	6	6522	6527	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	57639939
133	NC_006624	GAG	2	6	6622	6627	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	57639940
134	NC_006624	TCG	2	6	6665	6670	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	57639940
135	NC_006624	GGA	2	6	6776	6781	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	57639940
136	NC_006624	AAG	2	6	6880	6885	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	57639940
137	NC_006624	GGT	2	6	6894	6899	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	57639940
138	NC_006624	ACA	2	6	6920	6925	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	57639940
139	NC_006624	AAG	2	6	6947	6952	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	57639940
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143	NC_006624	CT	3	6	7350	7355	0 %	50 %	0 %	50 %	57639941
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258	NC_006624	GAG	2	6	13358	13363	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	57639950
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260	NC_006624	CGT	2	6	13490	13495	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	57639951
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262	NC_006624	TTTC	2	8	13614	13621	0 %	75 %	0 %	25 %	57639951
263	NC_006624	CGA	2	6	13634	13639	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	57639951
264	NC_006624	TAC	2	6	13662	13667	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	57639951
265	NC_006624	TGT	2	6	13668	13673	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	57639951
266	NC_006624	CT	3	6	13697	13702	0 %	50 %	0 %	50 %	57639951
267	NC_006624	CCT	2	6	13721	13726	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	57639951
268	NC_006624	TCA	2	6	13727	13732	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	57639951
269	NC_006624	CTT	2	6	13755	13760	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	57639951
270	NC_006624	TCA	2	6	13805	13810	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	57639951
271	NC_006624	TTC	2	6	13832	13837	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	57639952
272	NC_006624	CTT	2	6	13877	13882	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	57639952
273	NC_006624	GAT	2	6	13934	13939	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	57639952
274	NC_006624	TCA	2	6	13944	13949	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	57639952
275	NC_006624	ACT	2	6	14013	14018	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	57639952
276	NC_006624	GCA	2	6	14183	14188	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	57639953
277	NC_006624	ACCGCG	2	12	14324	14335	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	57639953
278	NC_006624	TGG	2	6	14424	14429	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	57639953
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280	NC_006624	TAG	2	6	14517	14522	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	57639953
281	NC_006624	CGC	2	6	14560	14565	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	57639953
282	NC_006624	TGA	2	6	14587	14592	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	57639953
283	NC_006624	GGCG	2	8	14634	14641	0 %	0 %	75 %	25 %	57639953
284	NC_006624	TCCA	2	8	14671	14678	25 %	25 %	0 %	50 %	57639953
285	NC_006624	AGCG	2	8	14680	14687	25 %	0 %	50 %	25 %	57639953
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288	NC_006624	TGAGCC	2	12	14835	14846	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	57639953
289	NC_006624	GCTG	2	8	14868	14875	0 %	25 %	50 %	25 %	57639953
290	NC_006624	GAA	2	6	14884	14889	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	57639953
291	NC_006624	A	6	6	14983	14988	100 %	0 %	0 %	0 %	57639954
292	NC_006624	AAC	2	6	15035	15040	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	57639954
293	NC_006624	GGC	2	6	15082	15087	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	57639954
294	NC_006624	GGA	2	6	15092	15097	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	57639954
295	NC_006624	TCAG	2	8	15100	15107	25 %	25 %	25 %	25 %	57639954
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297	NC_006624	TTCA	2	8	15177	15184	25 %	50 %	0 %	25 %	57639954
298	NC_006624	AGAT	2	8	15216	15223	50 %	25 %	25 %	0 %	57639954
299	NC_006624	A	6	6	15244	15249	100 %	0 %	0 %	0 %	57639954
300	NC_006624	GAG	2	6	15308	15313	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	57639954
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302	NC_006624	TCA	2	6	15386	15391	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	57639954
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321	NC_006624	AAG	2	6	16454	16459	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	57639955
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328	NC_006624	GGA	2	6	16890	16895	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	57639956
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333	NC_006624	AAAG	2	8	17081	17088	75 %	0 %	25 %	0 %	57639956
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389	NC_006624	TCA	2	6	19829	19834	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	57639959
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392	NC_006624	TCCC	2	8	19906	19913	0 %	25 %	0 %	75 %	57639959
393	NC_006624	AGA	2	6	19922	19927	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	57639959
394	NC_006624	CTT	2	6	19953	19958	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	57639959
395	NC_006624	GAG	2	6	20016	20021	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	57639959
396	NC_006624	CGG	2	6	20027	20032	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	57639959
397	NC_006624	GAA	3	9	20052	20060	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	57639959
398	NC_006624	CGC	2	6	20078	20083	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	57639959
399	NC_006624	CCA	2	6	20265	20270	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	57639960
400	NC_006624	CCG	2	6	20316	20321	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	57639960
401	NC_006624	CCCCTG	2	12	20344	20355	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	57639960
402	NC_006624	GTA	2	6	20459	20464	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	57639960
403	NC_006624	AGGA	2	8	20477	20484	50 %	0 %	50 %	0 %	57639960
404	NC_006624	TCA	2	6	20590	20595	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	57639960
405	NC_006624	CATC	2	8	20614	20621	25 %	25 %	0 %	50 %	57639960
406	NC_006624	CTC	2	6	20660	20665	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	57639960
407	NC_006624	T	6	6	20681	20686	0 %	100 %	0 %	0 %	57639960
408	NC_006624	CCT	2	6	20750	20755	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	57639960
409	NC_006624	GCCGA	2	10	20757	20766	20 %	0 %	40 %	40 %	57639960
410	NC_006624	GAGG	2	8	21023	21030	25 %	0 %	75 %	0 %	57639960
411	NC_006624	GCG	2	6	21130	21135	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	57639960
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415	NC_006624	CGT	2	6	21391	21396	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	57639961
416	NC_006624	CCT	2	6	21421	21426	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	57639961
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419	NC_006624	T	6	6	21611	21616	0 %	100 %	0 %	0 %	57639961
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421	NC_006624	TTC	2	6	21741	21746	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	57639961
422	NC_006624	CTC	2	6	21839	21844	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	57639961
423	NC_006624	T	7	7	21851	21857	0 %	100 %	0 %	0 %	57639961
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427	NC_006624	CTC	2	6	22097	22102	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	57639962
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429	NC_006624	TCACC	2	10	22116	22125	20 %	20 %	0 %	60 %	57639962
430	NC_006624	CGA	2	6	22197	22202	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	57639962
431	NC_006624	CCA	2	6	22215	22220	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	57639962
432	NC_006624	CGT	2	6	22230	22235	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	57639962
433	NC_006624	CAATC	2	10	22242	22251	40 %	20 %	0 %	40 %	57639962
434	NC_006624	CTC	2	6	22513	22518	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	57639962
435	NC_006624	CCA	2	6	22689	22694	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	57639963
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440	NC_006624	CGC	2	6	23074	23079	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	57639963
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462	NC_006624	CTC	2	6	24445	24450	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	57639964
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467	NC_006624	GC	3	6	24690	24695	0 %	0 %	50 %	50 %	57639964
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470	NC_006624	CGG	2	6	24820	24825	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	57639964
471	NC_006624	CCTTTC	2	12	24893	24904	0 %	50 %	0 %	50 %	57639965
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