MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Thermus thermophilus HB8 plasmid pTT8

Total Repeats: 162

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_006463	GGT	2	6	118	123	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	55978436
2	NC_006463	CGC	2	6	136	141	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	55978436
3	NC_006463	CCT	2	6	178	183	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	55978436
4	NC_006463	CCCCT	2	10	186	195	0 %	20 %	0 %	80 %	55978436
5	NC_006463	GAC	2	6	281	286	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	55978436
6	NC_006463	AGG	2	6	291	296	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	55978436
7	NC_006463	TGG	3	9	378	386	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	55978436
8	NC_006463	GGA	2	6	412	417	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	55978436
9	NC_006463	C	7	7	433	439	0 %	0 %	0 %	100 %	55978436
10	NC_006463	CTGGTC	2	12	443	454	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	55978436
11	NC_006463	CGGG	2	8	520	527	0 %	0 %	75 %	25 %	55978436
12	NC_006463	GGCCCT	2	12	544	555	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	55978436
13	NC_006463	CTG	2	6	575	580	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	55978436
14	NC_006463	CTA	2	6	586	591	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	55978436
15	NC_006463	TCTCC	2	10	616	625	0 %	40 %	0 %	60 %	55978436
16	NC_006463	TCC	2	6	636	641	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	55978436
17	NC_006463	C	6	6	643	648	0 %	0 %	0 %	100 %	55978436
18	NC_006463	G	6	6	665	670	0 %	0 %	100 %	0 %	55978436
19	NC_006463	CCT	2	6	756	761	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	55978436
20	NC_006463	AAC	2	6	770	775	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	55978436
21	NC_006463	GCGG	2	8	793	800	0 %	0 %	75 %	25 %	55978436
22	NC_006463	G	7	7	839	845	0 %	0 %	100 %	0 %	55978436
23	NC_006463	AGG	2	6	846	851	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	55978436
24	NC_006463	ACC	2	6	909	914	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	55978436
25	NC_006463	CCA	2	6	943	948	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	55978436
26	NC_006463	G	6	6	990	995	0 %	0 %	100 %	0 %	55978436
27	NC_006463	TCC	2	6	1013	1018	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	55978436
28	NC_006463	CCGGA	2	10	1028	1037	20 %	0 %	40 %	40 %	55978436
29	NC_006463	GCC	2	6	1038	1043	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	55978436
30	NC_006463	TC	3	6	1044	1049	0 %	50 %	0 %	50 %	55978436
31	NC_006463	AGG	2	6	1095	1100	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	55978436
32	NC_006463	GGC	2	6	1119	1124	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	55978436
33	NC_006463	GCAG	2	8	1137	1144	25 %	0 %	50 %	25 %	55978436
34	NC_006463	GAG	2	6	1151	1156	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	55978436
35	NC_006463	G	6	6	1191	1196	0 %	0 %	100 %	0 %	55978436
36	NC_006463	GGC	2	6	1879	1884	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	55978437
37	NC_006463	CCT	2	6	1902	1907	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	55978437
38	NC_006463	CAG	2	6	1912	1917	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	55978437
39	NC_006463	GGA	2	6	1941	1946	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	55978437
40	NC_006463	CCAGG	2	10	1996	2005	20 %	0 %	40 %	40 %	55978437
41	NC_006463	GCC	2	6	2012	2017	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	55978437
42	NC_006463	AGG	2	6	2039	2044	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	55978437
43	NC_006463	G	6	6	2059	2064	0 %	0 %	100 %	0 %	55978437
44	NC_006463	GGA	2	6	2073	2078	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	55978437
45	NC_006463	AGG	2	6	2090	2095	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	55978437
46	NC_006463	CTC	2	6	2193	2198	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	55978438
47	NC_006463	GAA	2	6	2298	2303	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	55978438
48	NC_006463	CTT	2	6	2307	2312	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	55978438
49	NC_006463	TTC	2	6	2434	2439	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	55978438
50	NC_006463	CAA	2	6	2666	2671	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	55978438
51	NC_006463	GAC	2	6	2832	2837	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	55978439
52	NC_006463	CAC	2	6	2936	2941	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	55978439
53	NC_006463	GAA	2	6	2951	2956	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	55978439
54	NC_006463	CTGGA	2	10	3001	3010	20 %	20 %	40 %	20 %	55978439
55	NC_006463	GCTG	2	8	3052	3059	0 %	25 %	50 %	25 %	55978439
56	NC_006463	CCT	2	6	3115	3120	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	55978439
57	NC_006463	TCC	2	6	3121	3126	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	55978439
58	NC_006463	ACC	2	6	3189	3194	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	55978439
59	NC_006463	GCT	2	6	3200	3205	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	55978439
60	NC_006463	CGG	2	6	3235	3240	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	55978439
61	NC_006463	GTC	2	6	3275	3280	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	55978439
62	NC_006463	CTA	2	6	3281	3286	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	55978439
63	NC_006463	CTACCG	2	12	3305	3316	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	55978439
64	NC_006463	GGT	2	6	3317	3322	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	55978439
65	NC_006463	AGG	2	6	3370	3375	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	55978439
66	NC_006463	C	6	6	3382	3387	0 %	0 %	0 %	100 %	55978439
67	NC_006463	ACT	2	6	3421	3426	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	55978439
68	NC_006463	TC	3	6	3431	3436	0 %	50 %	0 %	50 %	55978439
69	NC_006463	TCG	2	6	3488	3493	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	55978440
70	NC_006463	CTG	2	6	3502	3507	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	55978440
71	NC_006463	TGT	2	6	3578	3583	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	55978440
72	NC_006463	GGA	2	6	3613	3618	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	55978440
73	NC_006463	CAA	2	6	3636	3641	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	55978440
74	NC_006463	CAC	2	6	3672	3677	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	55978440
75	NC_006463	CTCCC	2	10	3678	3687	0 %	20 %	0 %	80 %	55978440
76	NC_006463	GCT	2	6	3747	3752	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	55978440
77	NC_006463	GACCT	2	10	3787	3796	20 %	20 %	20 %	40 %	55978440
78	NC_006463	GCC	2	6	3818	3823	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	55978440
79	NC_006463	ACC	2	6	3829	3834	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	55978440
80	NC_006463	GCC	2	6	3849	3854	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	55978440
81	NC_006463	ACT	2	6	3860	3865	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	55978440
82	NC_006463	TCG	2	6	3866	3871	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	55978440
83	NC_006463	AGA	2	6	3878	3883	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	55978440
84	NC_006463	GTG	3	9	3895	3903	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	55978440
85	NC_006463	CGG	2	6	3909	3914	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	55978440
86	NC_006463	GGT	2	6	3978	3983	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	55978441
87	NC_006463	CGG	2	6	4015	4020	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	55978441
88	NC_006463	GGT	2	6	4022	4027	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	55978441
89	NC_006463	AGGCC	2	10	4030	4039	20 %	0 %	40 %	40 %	55978441
90	NC_006463	GCTTC	2	10	4061	4070	0 %	40 %	20 %	40 %	55978441
91	NC_006463	AGG	2	6	4081	4086	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	55978441
92	NC_006463	GTG	2	6	4089	4094	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	55978441
93	NC_006463	CTC	2	6	6191	6196	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	55978442
94	NC_006463	CCT	2	6	6211	6216	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	55978442
95	NC_006463	GGC	2	6	6295	6300	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	55978442
96	NC_006463	TCC	2	6	6330	6335	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	55978442
97	NC_006463	GCC	2	6	6344	6349	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	55978442
98	NC_006463	GCGCC	2	10	6361	6370	0 %	0 %	40 %	60 %	55978442
99	NC_006463	CTC	2	6	6389	6394	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	55978442
100	NC_006463	C	6	6	6431	6436	0 %	0 %	0 %	100 %	55978442
101	NC_006463	C	6	6	6465	6470	0 %	0 %	0 %	100 %	55978442
102	NC_006463	GCG	2	6	6487	6492	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	55978442
103	NC_006463	CG	4	8	6513	6520	0 %	0 %	50 %	50 %	55978442
104	NC_006463	GGA	2	6	6607	6612	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	55978442
105	NC_006463	CCT	2	6	6628	6633	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	55978442
106	NC_006463	GGC	2	6	6637	6642	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	55978442
107	NC_006463	CGC	2	6	6652	6657	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	55978442
108	NC_006463	GCG	2	6	6720	6725	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	55978442
109	NC_006463	GCA	2	6	6760	6765	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	55978442
110	NC_006463	GGCG	2	8	6822	6829	0 %	0 %	75 %	25 %	55978442
111	NC_006463	C	6	6	6852	6857	0 %	0 %	0 %	100 %	55978442
112	NC_006463	GAG	2	6	6887	6892	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	55978442
113	NC_006463	GTG	2	6	6913	6918	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	55978442
114	NC_006463	GTG	2	6	7000	7005	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	55978443
115	NC_006463	CCG	2	6	7055	7060	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	55978443
116	NC_006463	GAG	2	6	7069	7074	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	55978443
117	NC_006463	C	7	7	7089	7095	0 %	0 %	0 %	100 %	55978443
118	NC_006463	GAG	2	6	7105	7110	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	55978443
119	NC_006463	CCT	2	6	7122	7127	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	55978443
120	NC_006463	GAGGGG	2	12	7201	7212	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	55978443
121	NC_006463	GCG	2	6	7305	7310	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	55978443
122	NC_006463	GTGGA	2	10	7381	7390	20 %	20 %	60 %	0 %	55978444
123	NC_006463	AGG	2	6	7488	7493	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	55978444
124	NC_006463	GAC	2	6	7585	7590	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	55978444
125	NC_006463	GAGGG	2	10	7642	7651	20 %	0 %	80 %	0 %	55978444
126	NC_006463	CCT	2	6	7715	7720	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	55978445
127	NC_006463	TGG	2	6	7765	7770	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	55978445
128	NC_006463	GGC	2	6	7814	7819	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	55978445
129	NC_006463	GAG	2	6	7869	7874	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	55978445
130	NC_006463	ATC	2	6	7884	7889	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	55978445
131	NC_006463	TCC	2	6	7906	7911	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	55978445
132	NC_006463	GGC	2	6	7919	7924	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	55978445
133	NC_006463	CAG	2	6	7961	7966	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	55978446
134	NC_006463	GA	3	6	7972	7977	50 %	0 %	50 %	0 %	55978446
135	NC_006463	TCGGA	2	10	7984	7993	20 %	20 %	40 %	20 %	55978446
136	NC_006463	TCCC	2	8	8036	8043	0 %	25 %	0 %	75 %	55978446
137	NC_006463	C	6	6	8062	8067	0 %	0 %	0 %	100 %	55978446
138	NC_006463	CCT	2	6	8075	8080	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	55978446
139	NC_006463	TGG	2	6	8224	8229	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	55978447
140	NC_006463	GAA	2	6	8253	8258	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	55978447
141	NC_006463	GCA	2	6	8290	8295	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	55978447
142	NC_006463	GAC	2	6	8334	8339	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	55978447
143	NC_006463	GGA	2	6	8342	8347	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	55978447
144	NC_006463	CTA	2	6	8348	8353	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	55978447
145	NC_006463	GCC	2	6	8413	8418	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	55978447
146	NC_006463	CGC	2	6	8488	8493	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	55978448
147	NC_006463	TTC	2	6	8504	8509	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	55978448
148	NC_006463	GGTCCT	2	12	8643	8654	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	55978448
149	NC_006463	CCG	2	6	8667	8672	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	55978448
150	NC_006463	GACCC	2	10	8792	8801	20 %	0 %	20 %	60 %	55978449
151	NC_006463	GCC	2	6	8819	8824	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	55978449
152	NC_006463	CGC	2	6	8863	8868	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	55978449
153	NC_006463	G	7	7	8910	8916	0 %	0 %	100 %	0 %	55978449
154	NC_006463	AGG	2	6	8931	8936	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	55978449
155	NC_006463	GGC	2	6	8953	8958	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	55978449
156	NC_006463	GGA	2	6	8992	8997	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	55978449
157	NC_006463	GCCCTC	2	12	9029	9040	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	55978449
158	NC_006463	GGCCCT	2	12	9055	9066	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	55978449
159	NC_006463	GAG	2	6	9125	9130	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	55978449
160	NC_006463	CGCC	2	8	9133	9140	0 %	0 %	25 %	75 %	55978449
161	NC_006463	GGC	2	6	9177	9182	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	55978449
162	NC_006463	TGG	2	6	9185	9190	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	55978449

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.