MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Treponema pallidum subsp. pallidum str. Mexico A chromosome

Total Repeats: 24024

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018722	TTTG	2	8	237	244	0 %	75 %	25 %	0 %	408501913
2	NC_018722	A	6	6	250	255	100 %	0 %	0 %	0 %	408501913
3	NC_018722	C	6	6	280	285	0 %	0 %	0 %	100 %	408501913
4	NC_018722	TACC	2	8	297	304	25 %	25 %	0 %	50 %	408501913
5	NC_018722	TTCC	2	8	329	336	0 %	50 %	0 %	50 %	408501913
6	NC_018722	GAA	2	6	397	402	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408501913
7	NC_018722	GCT	2	6	421	426	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501913
8	NC_018722	A	6	6	438	443	100 %	0 %	0 %	0 %	408501913
9	NC_018722	ACA	2	6	538	543	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	408501913
10	NC_018722	A	9	9	628	636	100 %	0 %	0 %	0 %	408501913
11	NC_018722	CTT	2	6	658	663	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408501913
12	NC_018722	CATT	2	8	672	679	25 %	50 %	0 %	25 %	408501913
13	NC_018722	T	7	7	678	684	0 %	100 %	0 %	0 %	408501913
14	NC_018722	AAG	2	6	704	709	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408501913
15	NC_018722	A	9	9	742	750	100 %	0 %	0 %	0 %	408501913
16	NC_018722	TC	3	6	795	800	0 %	50 %	0 %	50 %	408501913
17	NC_018722	A	7	7	886	892	100 %	0 %	0 %	0 %	408501913
18	NC_018722	TGT	2	6	945	950	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408501913
19	NC_018722	TTC	2	6	972	977	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408501913
20	NC_018722	GATA	2	8	1047	1054	50 %	25 %	25 %	0 %	408501913
21	NC_018722	CT	3	6	1062	1067	0 %	50 %	0 %	50 %	408501913
22	NC_018722	TTC	2	6	1078	1083	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408501913
23	NC_018722	CT	3	6	1084	1089	0 %	50 %	0 %	50 %	408501913
24	NC_018722	TTC	2	6	1121	1126	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408501913
25	NC_018722	GTT	2	6	1192	1197	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408501913
26	NC_018722	TC	3	6	1221	1226	0 %	50 %	0 %	50 %	408501913
27	NC_018722	ACT	2	6	1249	1254	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408501913
28	NC_018722	TGG	2	6	1272	1277	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408501913
29	NC_018722	A	6	6	1310	1315	100 %	0 %	0 %	0 %	408501913
30	NC_018722	AAAGT	2	10	1370	1379	60 %	20 %	20 %	0 %	408501913
31	NC_018722	GTG	2	6	1428	1433	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_018722	T	7	7	1483	1489	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_018722	A	6	6	1494	1499	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_018722	TTC	2	6	1506	1511	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_018722	TG	3	6	1519	1524	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
36	NC_018722	TTTG	2	8	1530	1537	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_018722	TAT	2	6	1582	1587	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_018722	TAA	2	6	1621	1626	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_018722	GGA	2	6	1627	1632	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_018722	AACT	2	8	1633	1640	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
41	NC_018722	AAG	2	6	1660	1665	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408501914
42	NC_018722	AGCAC	2	10	1683	1692	40 %	0 %	20 %	40 %	408501914
43	NC_018722	A	8	8	1710	1717	100 %	0 %	0 %	0 %	408501914
44	NC_018722	T	6	6	1726	1731	0 %	100 %	0 %	0 %	408501914
45	NC_018722	GCT	2	6	1746	1751	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501914
46	NC_018722	T	6	6	1846	1851	0 %	100 %	0 %	0 %	408501914
47	NC_018722	TGT	2	6	1868	1873	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408501914
48	NC_018722	CAA	2	6	1885	1890	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	408501914
49	NC_018722	GAA	2	6	1914	1919	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408501914
50	NC_018722	CAAA	2	8	1939	1946	75 %	0 %	0 %	25 %	408501914
51	NC_018722	AGG	2	6	2009	2014	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408501914
52	NC_018722	TC	3	6	2017	2022	0 %	50 %	0 %	50 %	408501914
53	NC_018722	AGA	2	6	2081	2086	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408501914
54	NC_018722	ATT	2	6	2139	2144	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	408501914
55	NC_018722	TA	3	6	2175	2180	50 %	50 %	0 %	0 %	408501914
56	NC_018722	A	7	7	2182	2188	100 %	0 %	0 %	0 %	408501914
57	NC_018722	GCA	2	6	2300	2305	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408501914
58	NC_018722	T	8	8	2313	2320	0 %	100 %	0 %	0 %	408501914
59	NC_018722	TCT	2	6	2337	2342	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408501914
60	NC_018722	ATC	2	6	2389	2394	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408501914
61	NC_018722	GTT	2	6	2453	2458	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408501914
62	NC_018722	TTA	2	6	2485	2490	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	408501914
63	NC_018722	CAG	2	6	2496	2501	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408501914
64	NC_018722	TTG	2	6	2505	2510	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408501914
65	NC_018722	GAA	2	6	2562	2567	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408501914
66	NC_018722	CTAT	2	8	2612	2619	25 %	50 %	0 %	25 %	408501914
67	NC_018722	GAA	2	6	2625	2630	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408501914
68	NC_018722	AGG	2	6	2653	2658	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408501914
69	NC_018722	CAT	2	6	2729	2734	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408501914
70	NC_018722	AT	3	6	2819	2824	50 %	50 %	0 %	0 %	408501915
71	NC_018722	T	8	8	2837	2844	0 %	100 %	0 %	0 %	408501915
72	NC_018722	TGC	2	6	2895	2900	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501915
73	NC_018722	CG	3	6	2952	2957	0 %	0 %	50 %	50 %	408501915
74	NC_018722	CA	3	6	3004	3009	50 %	0 %	0 %	50 %	408501915
75	NC_018722	A	6	6	3033	3038	100 %	0 %	0 %	0 %	408501915
76	NC_018722	A	7	7	3058	3064	100 %	0 %	0 %	0 %	408501915
77	NC_018722	A	7	7	3072	3078	100 %	0 %	0 %	0 %	408501915
78	NC_018722	CAG	2	6	3087	3092	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408501915
79	NC_018722	T	6	6	3109	3114	0 %	100 %	0 %	0 %	408501915
80	NC_018722	CTT	2	6	3159	3164	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408501915
81	NC_018722	AACAAA	2	12	3231	3242	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	408501915
82	NC_018722	AG	3	6	3247	3252	50 %	0 %	50 %	0 %	408501915
83	NC_018722	TAT	2	6	3373	3378	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	408501915
84	NC_018722	CTC	2	6	3435	3440	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	408501915
85	NC_018722	GAG	2	6	3445	3450	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408501915
86	NC_018722	GGTT	2	8	3587	3594	0 %	50 %	50 %	0 %	408501915
87	NC_018722	GAT	2	6	3667	3672	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408501915
88	NC_018722	ATG	2	6	3712	3717	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408501915
89	NC_018722	A	6	6	3788	3793	100 %	0 %	0 %	0 %	408501915
90	NC_018722	AAT	2	6	3830	3835	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	408501915
91	NC_018722	AT	3	6	3877	3882	50 %	50 %	0 %	0 %	408501916
92	NC_018722	GT	3	6	3929	3934	0 %	50 %	50 %	0 %	408501916
93	NC_018722	AAAG	2	8	4039	4046	75 %	0 %	25 %	0 %	408501916
94	NC_018722	CGT	2	6	4080	4085	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501916
95	NC_018722	GTAC	2	8	4104	4111	25 %	25 %	25 %	25 %	408501916
96	NC_018722	GAA	2	6	4141	4146	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408501916
97	NC_018722	GAA	2	6	4247	4252	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408501916
98	NC_018722	TC	3	6	4346	4351	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
99	NC_018722	GCCC	2	8	4382	4389	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
100	NC_018722	GAA	2	6	4394	4399	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408501917
101	NC_018722	GGA	2	6	4558	4563	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408501917
102	NC_018722	CGTC	2	8	4650	4657	0 %	25 %	25 %	50 %	408501917
103	NC_018722	TCAT	2	8	4707	4714	25 %	50 %	0 %	25 %	408501917
104	NC_018722	CGAAG	2	10	4771	4780	40 %	0 %	40 %	20 %	408501917
105	NC_018722	A	6	6	4816	4821	100 %	0 %	0 %	0 %	408501917
106	NC_018722	TTC	2	6	4875	4880	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408501917
107	NC_018722	TCT	2	6	4897	4902	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408501917
108	NC_018722	TTG	2	6	5121	5126	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408501917
109	NC_018722	ATT	2	6	5174	5179	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	408501917
110	NC_018722	TAC	2	6	5206	5211	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408501917
111	NC_018722	ACG	2	6	5277	5282	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408501917
112	NC_018722	GTA	2	6	5345	5350	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408501917
113	NC_018722	GTGC	2	8	5540	5547	0 %	25 %	50 %	25 %	408501917
114	NC_018722	ATC	2	6	5579	5584	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408501917
115	NC_018722	TTTGAC	2	12	5642	5653	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	408501917
116	NC_018722	GCAGGC	2	12	5659	5670	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	408501917
117	NC_018722	TCT	2	6	5756	5761	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408501917
118	NC_018722	GGA	2	6	5764	5769	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408501917
119	NC_018722	TTAC	2	8	5771	5778	25 %	50 %	0 %	25 %	408501917
120	NC_018722	GTT	2	6	5801	5806	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408501917
121	NC_018722	AAGA	2	8	5807	5814	75 %	0 %	25 %	0 %	408501917
122	NC_018722	GAT	2	6	5843	5848	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408501917
123	NC_018722	AGA	2	6	5893	5898	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408501917
124	NC_018722	GGA	2	6	5990	5995	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408501917
125	NC_018722	GGC	2	6	6019	6024	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408501917
126	NC_018722	TTA	2	6	6033	6038	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	408501917
127	NC_018722	GGGC	2	8	6092	6099	0 %	0 %	75 %	25 %	408501917
128	NC_018722	GACG	2	8	6181	6188	25 %	0 %	50 %	25 %	408501917
129	NC_018722	GA	3	6	6214	6219	50 %	0 %	50 %	0 %	408501917
130	NC_018722	TAA	2	6	6226	6231	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	408501917
131	NC_018722	ACT	2	6	6278	6283	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408501917
132	NC_018722	CG	3	6	6306	6311	0 %	0 %	50 %	50 %	408501917
133	NC_018722	TAT	2	6	6313	6318	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	408501917
134	NC_018722	TTA	2	6	6390	6395	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	408501917
135	NC_018722	GAGG	2	8	6427	6434	25 %	0 %	75 %	0 %	408501917
136	NC_018722	AAC	2	6	6522	6527	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	408501917
137	NC_018722	AGA	2	6	6615	6620	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408501917
138	NC_018722	AC	3	6	6624	6629	50 %	0 %	0 %	50 %	408501917
139	NC_018722	GTGTAT	2	12	6685	6696	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	408501917
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173	NC_018722	AT	4	8	8573	8580	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
174	NC_018722	CG	3	6	8707	8712	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
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257	NC_018722	G	9	9	12477	12485	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
258	NC_018722	GA	3	6	12510	12515	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
259	NC_018722	GT	3	6	12518	12523	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
260	NC_018722	GGT	2	6	12574	12579	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408501920
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263	NC_018722	GGA	2	6	12652	12657	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408501920
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273	NC_018722	GAG	2	6	13175	13180	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408501920
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275	NC_018722	CA	4	8	13234	13241	50 %	0 %	0 %	50 %	408501920
276	NC_018722	GAA	2	6	13267	13272	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408501920
277	NC_018722	TGA	2	6	13314	13319	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408501920
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279	NC_018722	CGG	2	6	13440	13445	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408501920
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282	NC_018722	CT	4	8	13578	13585	0 %	50 %	0 %	50 %	408501920
283	NC_018722	GTTT	2	8	13596	13603	0 %	75 %	25 %	0 %	408501920
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289	NC_018722	GTG	2	6	13906	13911	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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299	NC_018722	G	7	7	14289	14295	0 %	0 %	100 %	0 %	408501921
300	NC_018722	CG	3	6	14299	14304	0 %	0 %	50 %	50 %	408501921
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369	NC_018722	GTTTT	2	10	18343	18352	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
370	NC_018722	CGAT	2	8	18415	18422	25 %	25 %	25 %	25 %	408501923
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392	NC_018722	GAA	2	6	19552	19557	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408501924
393	NC_018722	ATT	2	6	19586	19591	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	408501924
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400	NC_018722	A	6	6	19886	19891	100 %	0 %	0 %	0 %	408501924
401	NC_018722	CG	3	6	19909	19914	0 %	0 %	50 %	50 %	408501924
402	NC_018722	AGG	2	6	19935	19940	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408501924
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405	NC_018722	AGA	2	6	19998	20003	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408501924
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