MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Treponema pallidum subsp. pallidum str. Mexico A chromosome

Total Repeats: 24024

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
19001	NC_018722	GCG	2	6	900978	900983	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408502683
19002	NC_018722	CA	3	6	900993	900998	50 %	0 %	0 %	50 %	408502683
19003	NC_018722	TCT	2	6	901007	901012	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408502683
19004	NC_018722	CTG	2	6	901030	901035	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502683
19005	NC_018722	CGG	2	6	901114	901119	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408502683
19006	NC_018722	TAAC	2	8	901128	901135	50 %	25 %	0 %	25 %	408502683
19007	NC_018722	GCC	2	6	901200	901205	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	408502683
19008	NC_018722	CA	3	6	901212	901217	50 %	0 %	0 %	50 %	408502683
19009	NC_018722	CCTCA	2	10	901230	901239	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
19010	NC_018722	GAAC	2	8	901253	901260	50 %	0 %	25 %	25 %	408502684
19011	NC_018722	TCAA	2	8	901323	901330	50 %	25 %	0 %	25 %	408502684
19012	NC_018722	ACC	2	6	901374	901379	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	408502684
19013	NC_018722	CTC	2	6	901430	901435	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	408502684
19014	NC_018722	CTT	2	6	901459	901464	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408502684
19015	NC_018722	GC	3	6	901554	901559	0 %	0 %	50 %	50 %	408502684
19016	NC_018722	CCT	2	6	901606	901611	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	408502684
19017	NC_018722	TGT	2	6	901671	901676	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408502684
19018	NC_018722	AGCCG	2	10	901817	901826	20 %	0 %	40 %	40 %	408502684
19019	NC_018722	ACG	2	6	901835	901840	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502684
19020	NC_018722	AC	3	6	901906	901911	50 %	0 %	0 %	50 %	408502684
19021	NC_018722	TCT	2	6	901922	901927	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408502684
19022	NC_018722	GAAA	2	8	901933	901940	75 %	0 %	25 %	0 %	408502684
19023	NC_018722	TGA	2	6	901988	901993	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502684
19024	NC_018722	TGC	2	6	902056	902061	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502684
19025	NC_018722	AC	3	6	902062	902067	50 %	0 %	0 %	50 %	408502684
19026	NC_018722	A	6	6	902088	902093	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
19027	NC_018722	AGC	2	6	902114	902119	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
19028	NC_018722	CG	3	6	902200	902205	0 %	0 %	50 %	50 %	408502685
19029	NC_018722	CTG	2	6	902207	902212	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502685
19030	NC_018722	TATCAG	2	12	902287	902298	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	408502685
19031	NC_018722	CCT	2	6	902303	902308	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	408502685
19032	NC_018722	TTC	2	6	902321	902326	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408502685
19033	NC_018722	TAC	2	6	902458	902463	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502685
19034	NC_018722	GCG	2	6	902469	902474	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408502685
19035	NC_018722	CG	3	6	902477	902482	0 %	0 %	50 %	50 %	408502685
19036	NC_018722	AC	4	8	902555	902562	50 %	0 %	0 %	50 %	408502685
19037	NC_018722	GCG	2	6	902565	902570	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408502685
19038	NC_018722	GCG	2	6	902585	902590	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408502685
19039	NC_018722	CG	3	6	902652	902657	0 %	0 %	50 %	50 %	408502685
19040	NC_018722	CGTG	2	8	902690	902697	0 %	25 %	50 %	25 %	408502685
19041	NC_018722	AAC	2	6	902715	902720	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	408502685
19042	NC_018722	GC	3	6	902724	902729	0 %	0 %	50 %	50 %	408502685
19043	NC_018722	TCG	2	6	902783	902788	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502685
19044	NC_018722	ACA	2	6	902818	902823	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	408502685
19045	NC_018722	GACAC	2	10	902834	902843	40 %	0 %	20 %	40 %	408502685
19046	NC_018722	ACT	2	6	902910	902915	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502686
19047	NC_018722	CAC	2	6	902938	902943	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	408502686
19048	NC_018722	T	6	6	902947	902952	0 %	100 %	0 %	0 %	408502686
19049	NC_018722	CG	3	6	902956	902961	0 %	0 %	50 %	50 %	408502686
19050	NC_018722	CCGTC	2	10	902970	902979	0 %	20 %	20 %	60 %	408502686
19051	NC_018722	CTC	2	6	903045	903050	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	408502686
19052	NC_018722	GTA	2	6	903083	903088	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502686
19053	NC_018722	ACAA	2	8	903104	903111	75 %	0 %	0 %	25 %	408502686
19054	NC_018722	CCG	2	6	903188	903193	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	408502686
19055	NC_018722	CG	4	8	903199	903206	0 %	0 %	50 %	50 %	408502686
19056	NC_018722	AATT	2	8	903285	903292	50 %	50 %	0 %	0 %	408502686
19057	NC_018722	CGC	2	6	903353	903358	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	408502686
19058	NC_018722	AAG	2	6	903425	903430	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502686
19059	NC_018722	T	6	6	903456	903461	0 %	100 %	0 %	0 %	408502686
19060	NC_018722	CAA	2	6	903543	903548	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	408502686
19061	NC_018722	ATC	2	6	903562	903567	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502686
19062	NC_018722	GCC	2	6	903568	903573	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	408502686
19063	NC_018722	A	6	6	903611	903616	100 %	0 %	0 %	0 %	408502686
19064	NC_018722	GAAAG	2	10	903651	903660	60 %	0 %	40 %	0 %	408502686
19065	NC_018722	CCAA	2	8	903762	903769	50 %	0 %	0 %	50 %	408502686
19066	NC_018722	ATT	2	6	903775	903780	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	408502686
19067	NC_018722	GAAA	2	8	903809	903816	75 %	0 %	25 %	0 %	408502686
19068	NC_018722	CG	3	6	903914	903919	0 %	0 %	50 %	50 %	408502686
19069	NC_018722	CA	3	6	903960	903965	50 %	0 %	0 %	50 %	408502686
19070	NC_018722	ACT	2	6	904009	904014	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502686
19071	NC_018722	TAA	2	6	904098	904103	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	408502686
19072	NC_018722	GAC	2	6	904277	904282	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502687
19073	NC_018722	TC	3	6	904310	904315	0 %	50 %	0 %	50 %	408502687
19074	NC_018722	TGC	2	6	904392	904397	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502687
19075	NC_018722	CCA	2	6	904448	904453	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	408502687
19076	NC_018722	GTT	2	6	904512	904517	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408502687
19077	NC_018722	T	6	6	904576	904581	0 %	100 %	0 %	0 %	408502687
19078	NC_018722	GCG	2	6	904787	904792	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408502687
19079	NC_018722	CG	3	6	904808	904813	0 %	0 %	50 %	50 %	408502687
19080	NC_018722	CCT	2	6	904825	904830	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	408502687
19081	NC_018722	GC	3	6	904834	904839	0 %	0 %	50 %	50 %	408502687
19082	NC_018722	CGC	2	6	904842	904847	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	408502687
19083	NC_018722	ACTG	2	8	904852	904859	25 %	25 %	25 %	25 %	408502687
19084	NC_018722	CATA	2	8	904898	904905	50 %	25 %	0 %	25 %	408502687
19085	NC_018722	CTG	2	6	904908	904913	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502687
19086	NC_018722	CA	3	6	905184	905189	50 %	0 %	0 %	50 %	408502687
19087	NC_018722	CCTG	2	8	905245	905252	0 %	25 %	25 %	50 %	408502687
19088	NC_018722	GCA	2	6	905258	905263	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502687
19089	NC_018722	GCG	2	6	905408	905413	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408502687
19090	NC_018722	TCC	2	6	905418	905423	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	408502687
19091	NC_018722	AATCC	2	10	905457	905466	40 %	20 %	0 %	40 %	408502687
19092	NC_018722	TCA	2	6	905549	905554	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502687
19093	NC_018722	GCA	2	6	905597	905602	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502687
19094	NC_018722	ATC	2	6	905629	905634	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502687
19095	NC_018722	CAC	2	6	905715	905720	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	408502687
19096	NC_018722	GAC	2	6	905748	905753	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502687
19097	NC_018722	CG	3	6	905774	905779	0 %	0 %	50 %	50 %	408502687
19098	NC_018722	GCG	2	6	905795	905800	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408502687
19099	NC_018722	TCT	2	6	905815	905820	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408502687
19100	NC_018722	GAT	2	6	905867	905872	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502687
19101	NC_018722	GCG	2	6	905894	905899	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408502687
19102	NC_018722	CTGCGC	2	12	905930	905941	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	408502687
19103	NC_018722	CTA	2	6	905942	905947	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502687
19104	NC_018722	CCAA	2	8	906055	906062	50 %	0 %	0 %	50 %	408502687
19105	NC_018722	CACG	2	8	906119	906126	25 %	0 %	25 %	50 %	408502687
19106	NC_018722	GCA	3	9	906146	906154	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502687
19107	NC_018722	GCA	2	6	906160	906165	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502687
19108	NC_018722	CCTGC	2	10	906170	906179	0 %	20 %	20 %	60 %	408502687
19109	NC_018722	T	6	6	906217	906222	0 %	100 %	0 %	0 %	408502687
19110	NC_018722	GCG	2	6	906296	906301	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408502687
19111	NC_018722	CCA	2	6	906388	906393	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	408502687
19112	NC_018722	GCA	2	6	906406	906411	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502687
19113	NC_018722	GCA	2	6	906418	906423	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502687
19114	NC_018722	AGA	2	6	906432	906437	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502687
19115	NC_018722	CTG	2	6	906439	906444	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502687
19116	NC_018722	GCG	2	6	906458	906463	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408502687
19117	NC_018722	GCAC	2	8	906538	906545	25 %	0 %	25 %	50 %	408502687
19118	NC_018722	CCA	2	6	906734	906739	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	408502687
19119	NC_018722	GCG	2	6	906743	906748	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408502687
19120	NC_018722	AG	3	6	906789	906794	50 %	0 %	50 %	0 %	408502687
19121	NC_018722	CGT	2	6	906815	906820	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502687
19122	NC_018722	CG	3	6	906917	906922	0 %	0 %	50 %	50 %	408502687
19123	NC_018722	GAG	2	6	906953	906958	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408502687
19124	NC_018722	GTA	2	6	906970	906975	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502687
19125	NC_018722	CA	3	6	907024	907029	50 %	0 %	0 %	50 %	408502687
19126	NC_018722	ATGC	2	8	907047	907054	25 %	25 %	25 %	25 %	408502687
19127	NC_018722	TCC	2	6	907061	907066	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
19128	NC_018722	GT	4	8	907091	907098	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
19129	NC_018722	CTG	2	6	907208	907213	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502688
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19131	NC_018722	CTG	3	9	907253	907261	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502688
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19135	NC_018722	GTA	2	6	907360	907365	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502688
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19152	NC_018722	ACC	2	6	908144	908149	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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19164	NC_018722	GAA	2	6	908786	908791	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502689
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19223	NC_018722	ACCA	2	8	912691	912698	50 %	0 %	0 %	50 %	408502691
19224	NC_018722	GT	3	6	912713	912718	0 %	50 %	50 %	0 %	408502691
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19226	NC_018722	TCC	2	6	912776	912781	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
19227	NC_018722	CGC	2	6	912818	912823	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
19228	NC_018722	CG	3	6	912835	912840	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
19229	NC_018722	TTCG	2	8	912920	912927	0 %	50 %	25 %	25 %	408502692
19230	NC_018722	CTG	2	6	912963	912968	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502692
19231	NC_018722	TGCA	2	8	913008	913015	25 %	25 %	25 %	25 %	408502692
19232	NC_018722	CTT	2	6	913022	913027	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408502692
19233	NC_018722	TG	3	6	913049	913054	0 %	50 %	50 %	0 %	408502692
19234	NC_018722	T	6	6	913183	913188	0 %	100 %	0 %	0 %	408502692
19235	NC_018722	T	6	6	913206	913211	0 %	100 %	0 %	0 %	408502692
19236	NC_018722	TCA	2	6	913243	913248	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502692
19237	NC_018722	AAC	2	6	913305	913310	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	408502692
19238	NC_018722	TCAC	2	8	913365	913372	25 %	25 %	0 %	50 %	408502692
19239	NC_018722	T	7	7	913412	913418	0 %	100 %	0 %	0 %	408502692
19240	NC_018722	TACC	2	8	913441	913448	25 %	25 %	0 %	50 %	408502692
19241	NC_018722	GCA	2	6	913469	913474	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502692
19242	NC_018722	T	7	7	913571	913577	0 %	100 %	0 %	0 %	408502692
19243	NC_018722	CAG	2	6	913580	913585	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502692
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19369	NC_018722	CGC	2	6	919911	919916	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	408502697
19370	NC_018722	CCT	2	6	919979	919984	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	408502697
19371	NC_018722	GTT	2	6	919998	920003	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408502697
19372	NC_018722	TCGC	2	8	920057	920064	0 %	25 %	25 %	50 %	408502697
19373	NC_018722	TCC	2	6	920073	920078	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	408502697
19374	NC_018722	GC	3	6	920114	920119	0 %	0 %	50 %	50 %	408502697
19375	NC_018722	GAC	2	6	920156	920161	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502697
19376	NC_018722	GAT	2	6	920186	920191	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502697
19377	NC_018722	CA	3	6	920288	920293	50 %	0 %	0 %	50 %	408502697
19378	NC_018722	GC	3	6	920300	920305	0 %	0 %	50 %	50 %	408502697
19379	NC_018722	CG	4	8	920332	920339	0 %	0 %	50 %	50 %	408502697
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19383	NC_018722	CCA	2	6	920438	920443	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	408502698
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19385	NC_018722	CTCTT	2	10	920524	920533	0 %	60 %	0 %	40 %	408502698
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19401	NC_018722	GA	3	6	921146	921151	50 %	0 %	50 %	0 %	408502700
19402	NC_018722	CGC	2	6	921328	921333	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	408502700
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19406	NC_018722	TTACC	2	10	921599	921608	20 %	40 %	0 %	40 %	408502701
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19412	NC_018722	CA	3	6	921795	921800	50 %	0 %	0 %	50 %	408502702
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19421	NC_018722	ATGTC	2	10	922314	922323	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
19422	NC_018722	CAC	2	6	922389	922394	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
19423	NC_018722	TCA	2	6	922463	922468	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502703
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19474	NC_018722	A	7	7	924827	924833	100 %	0 %	0 %	0 %	408502704
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19476	NC_018722	AC	3	6	924863	924868	50 %	0 %	0 %	50 %	408502704
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19478	NC_018722	A	7	7	924935	924941	100 %	0 %	0 %	0 %	408502704
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19482	NC_018722	GC	3	6	925246	925251	0 %	0 %	50 %	50 %	408502704
19483	NC_018722	A	6	6	925321	925326	100 %	0 %	0 %	0 %	408502704
19484	NC_018722	TGG	2	6	925372	925377	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408502704
19485	NC_018722	A	6	6	925378	925383	100 %	0 %	0 %	0 %	408502704
19486	NC_018722	A	7	7	925421	925427	100 %	0 %	0 %	0 %	408502704
19487	NC_018722	GCTC	2	8	925453	925460	0 %	25 %	25 %	50 %	408502704
19488	NC_018722	CGC	2	6	925488	925493	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	408502704
19489	NC_018722	ATT	2	6	925578	925583	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	408502704
19490	NC_018722	ACG	2	6	925597	925602	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502704
19491	NC_018722	CA	3	6	925622	925627	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
19492	NC_018722	CAC	2	6	925697	925702	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
19493	NC_018722	TTAT	2	8	925791	925798	25 %	75 %	0 %	0 %	408502705
19494	NC_018722	GGA	2	6	925807	925812	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408502705
19495	NC_018722	CTG	2	6	925847	925852	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502705
19496	NC_018722	CA	4	8	925880	925887	50 %	0 %	0 %	50 %	408502705
19497	NC_018722	CTTCTG	3	18	925942	925959	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	408502705
19498	NC_018722	CCA	2	6	925978	925983	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	408502705
19499	NC_018722	CCT	2	6	926011	926016	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	408502705
19500	NC_018722	ACA	2	6	926088	926093	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	408502705

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